# TARGET T0323 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1244 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.010 0.037 0.052 0.074 0.122 0.063 0.604 2 R 0.048 0.011 0.038 0.070 0.093 0.137 0.123 0.480 3 Y 0.044 0.011 0.021 0.026 0.042 0.116 0.076 0.663 4 F 0.117 0.017 0.025 0.030 0.040 0.118 0.065 0.588 5 S 0.114 0.021 0.017 0.014 0.020 0.123 0.079 0.612 6 T 0.027 0.036 0.010 0.006 0.009 0.136 0.029 0.747 7 D 0.063 0.163 0.010 0.005 0.008 0.106 0.037 0.608 8 S 0.214 0.366 0.007 0.004 0.004 0.070 0.061 0.275 9 P 0.080 0.252 0.009 0.005 0.006 0.049 0.399 0.201 10 E 0.043 0.674 0.006 0.003 0.005 0.031 0.116 0.122 11 V 0.039 0.793 0.005 0.003 0.005 0.023 0.026 0.106 12 K 0.021 0.756 0.013 0.008 0.009 0.026 0.026 0.142 13 T 0.038 0.797 0.008 0.003 0.006 0.018 0.059 0.070 14 I 0.102 0.650 0.019 0.003 0.003 0.021 0.130 0.071 15 V 0.086 0.397 0.026 0.007 0.007 0.049 0.237 0.190 16 A 0.044 0.375 0.016 0.003 0.003 0.046 0.182 0.330 17 Q 0.046 0.671 0.005 0.001 0.001 0.023 0.102 0.151 18 D 0.065 0.754 0.007 0.001 0.001 0.017 0.052 0.103 19 S 0.023 0.662 0.005 0.002 0.002 0.031 0.079 0.195 20 R 0.012 0.906 0.003 0.001 0.001 0.010 0.020 0.048 21 L 0.015 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.014 22 F 0.008 0.949 0.005 0.001 0.001 0.004 0.017 0.017 23 Q 0.014 0.894 0.011 0.001 0.002 0.006 0.045 0.027 24 F 0.069 0.664 0.054 0.004 0.003 0.012 0.160 0.035 25 I 0.190 0.314 0.089 0.010 0.008 0.032 0.196 0.160 26 E 0.108 0.067 0.060 0.007 0.006 0.059 0.076 0.616 27 I 0.096 0.023 0.017 0.004 0.005 0.071 0.035 0.750 28 A 0.084 0.007 0.021 0.005 0.005 0.090 0.032 0.756 29 G 0.056 0.005 0.010 0.006 0.010 0.094 0.019 0.800 30 E 0.040 0.003 0.014 0.006 0.009 0.084 0.021 0.823 31 V 0.012 0.002 0.038 0.031 0.028 0.140 0.032 0.717 32 Q 0.024 0.002 0.034 0.018 0.032 0.110 0.053 0.727 33 L 0.142 0.002 0.025 0.028 0.024 0.089 0.042 0.646 34 P 0.034 0.002 0.025 0.018 0.025 0.096 0.020 0.780 35 T 0.044 0.005 0.012 0.005 0.010 0.106 0.026 0.791 36 K 0.026 0.018 0.012 0.012 0.017 0.176 0.026 0.712 37 P 0.011 0.027 0.004 0.002 0.002 0.066 0.024 0.863 38 N 0.044 0.697 0.002 0.003 0.002 0.022 0.173 0.058 39 P 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 40 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 41 Q 0.001 0.642 0.002 0.001 0.002 0.002 0.346 0.004 42 S 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.001 43 L 0.001 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 44 V 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 45 S 0.002 0.876 0.007 0.002 0.003 0.003 0.098 0.009 46 S 0.006 0.908 0.004 0.001 0.001 0.005 0.068 0.008 47 I 0.032 0.881 0.014 0.002 0.001 0.006 0.049 0.016 48 V 0.153 0.583 0.011 0.003 0.004 0.034 0.103 0.107 49 E 0.048 0.179 0.011 0.002 0.003 0.043 0.469 0.245 50 Q 0.008 0.619 0.010 0.002 0.003 0.033 0.095 0.228 51 Q 0.018 0.713 0.014 0.005 0.007 0.044 0.022 0.178 52 L 0.021 0.581 0.022 0.013 0.008 0.057 0.061 0.237 53 S 0.022 0.925 0.004 0.001 0.001 0.005 0.022 0.021 54 I 0.053 0.718 0.009 0.002 0.002 0.010 0.163 0.044 55 K 0.009 0.768 0.013 0.009 0.005 0.020 0.100 0.075 56 A 0.015 0.892 0.004 0.001 0.002 0.007 0.028 0.050 57 A 0.014 0.916 0.003 0.001 0.001 0.005 0.036 0.022 58 S 0.011 0.895 0.005 0.002 0.002 0.006 0.049 0.030 59 A 0.010 0.882 0.003 0.002 0.002 0.009 0.042 0.052 60 I 0.008 0.938 0.002 0.001 0.001 0.004 0.031 0.015 61 Y 0.009 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.009 62 G 0.003 0.950 0.002 0.001 0.001 0.003 0.024 0.017 63 R 0.004 0.966 0.003 0.001 0.001 0.002 0.014 0.009 64 V 0.051 0.833 0.011 0.002 0.002 0.005 0.080 0.016 65 E 0.091 0.370 0.090 0.010 0.005 0.023 0.304 0.105 66 Q 0.193 0.197 0.040 0.005 0.005 0.054 0.070 0.437 67 L 0.282 0.049 0.039 0.004 0.004 0.075 0.049 0.498 68 V 0.079 0.021 0.014 0.005 0.007 0.092 0.049 0.734 69 G 0.062 0.008 0.007 0.002 0.004 0.057 0.016 0.844 70 G 0.027 0.010 0.014 0.015 0.014 0.112 0.027 0.781 71 A 0.045 0.017 0.022 0.007 0.008 0.124 0.032 0.744 72 L 0.056 0.032 0.020 0.011 0.010 0.146 0.023 0.703 73 E 0.015 0.036 0.012 0.004 0.003 0.080 0.011 0.841 74 K 0.115 0.787 0.004 0.001 0.001 0.011 0.021 0.061 75 P 0.124 0.810 0.003 0.001 0.001 0.010 0.015 0.037 76 E 0.066 0.579 0.040 0.007 0.006 0.021 0.115 0.167 77 Q 0.292 0.429 0.015 0.005 0.008 0.038 0.027 0.186 78 L 0.371 0.030 0.034 0.005 0.009 0.077 0.257 0.218 79 Y 0.053 0.092 0.018 0.007 0.011 0.123 0.088 0.609 80 R 0.011 0.046 0.004 0.001 0.004 0.063 0.009 0.862 81 V 0.010 0.105 0.010 0.007 0.003 0.112 0.018 0.736 82 S 0.124 0.804 0.002 0.001 0.002 0.010 0.029 0.028 83 D 0.231 0.682 0.004 0.001 0.001 0.010 0.025 0.047 84 E 0.046 0.636 0.048 0.007 0.005 0.028 0.044 0.185 85 A 0.127 0.456 0.051 0.005 0.006 0.046 0.059 0.250 86 L 0.188 0.093 0.148 0.007 0.009 0.108 0.132 0.314 87 R 0.474 0.048 0.025 0.003 0.004 0.056 0.035 0.356 88 Q 0.067 0.012 0.006 0.001 0.002 0.045 0.065 0.802 89 A 0.007 0.035 0.034 0.006 0.014 0.176 0.029 0.698 90 G 0.033 0.077 0.038 0.014 0.033 0.133 0.052 0.620 91 V 0.041 0.191 0.044 0.037 0.014 0.082 0.063 0.528 92 S 0.034 0.804 0.008 0.004 0.006 0.012 0.048 0.084 93 K 0.026 0.861 0.004 0.002 0.002 0.013 0.029 0.064 94 R 0.005 0.822 0.011 0.007 0.005 0.012 0.081 0.058 95 K 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 96 I 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 97 E 0.001 0.869 0.003 0.001 0.001 0.001 0.119 0.005 98 Y 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 99 I 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 100 R 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 101 H 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.021 102 V 0.008 0.943 0.003 0.001 0.001 0.003 0.036 0.007 103 C 0.019 0.925 0.004 0.001 0.001 0.004 0.034 0.013 104 E 0.030 0.391 0.028 0.005 0.004 0.027 0.310 0.206 105 H 0.022 0.136 0.096 0.006 0.007 0.059 0.542 0.134 106 V 0.468 0.063 0.099 0.009 0.008 0.048 0.176 0.128 107 E 0.303 0.011 0.013 0.004 0.005 0.062 0.020 0.582 108 S 0.004 0.002 0.005 0.001 0.002 0.054 0.004 0.927 109 G 0.017 0.014 0.012 0.005 0.010 0.165 0.013 0.764 110 R 0.056 0.024 0.024 0.023 0.014 0.161 0.049 0.649 111 L 0.054 0.068 0.025 0.014 0.009 0.103 0.034 0.693 112 D 0.221 0.269 0.041 0.013 0.017 0.049 0.080 0.309 113 F 0.203 0.178 0.045 0.020 0.019 0.071 0.077 0.385 114 T 0.087 0.073 0.076 0.026 0.031 0.071 0.115 0.522 115 E 0.236 0.067 0.019 0.015 0.022 0.086 0.042 0.513 116 L 0.198 0.034 0.021 0.014 0.021 0.101 0.043 0.568 117 E 0.028 0.028 0.013 0.009 0.022 0.134 0.021 0.746 118 G 0.023 0.016 0.008 0.005 0.013 0.099 0.059 0.776 119 A 0.027 0.026 0.010 0.017 0.009 0.129 0.316 0.465 120 E 0.065 0.465 0.006 0.005 0.006 0.054 0.125 0.275 121 A 0.024 0.888 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.064 122 T 0.009 0.927 0.003 0.002 0.001 0.007 0.007 0.045 123 T 0.005 0.967 0.003 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 124 V 0.024 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.008 125 I 0.015 0.032 0.006 0.001 0.001 0.002 0.940 0.004 126 E 0.014 0.473 0.009 0.003 0.003 0.016 0.386 0.096 127 K 0.127 0.380 0.028 0.003 0.008 0.033 0.075 0.346 128 L 0.152 0.137 0.044 0.023 0.016 0.102 0.101 0.424 129 T 0.046 0.020 0.027 0.012 0.018 0.090 0.052 0.734 130 A 0.086 0.008 0.009 0.002 0.003 0.108 0.016 0.769 131 I 0.218 0.010 0.035 0.010 0.008 0.166 0.077 0.476 132 K 0.038 0.005 0.023 0.003 0.006 0.149 0.020 0.756 133 G 0.025 0.015 0.042 0.003 0.007 0.107 0.031 0.769 134 I 0.030 0.041 0.087 0.009 0.007 0.088 0.131 0.606 135 G 0.100 0.377 0.029 0.007 0.008 0.055 0.193 0.231 136 Q 0.018 0.545 0.022 0.004 0.005 0.052 0.099 0.256 137 W 0.003 0.889 0.007 0.005 0.005 0.011 0.029 0.050 138 T 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 139 A 0.001 0.933 0.001 0.001 0.002 0.002 0.056 0.004 140 E 0.001 0.833 0.005 0.002 0.003 0.001 0.152 0.002 141 M 0.002 0.928 0.004 0.002 0.002 0.001 0.058 0.003 142 F 0.011 0.630 0.071 0.009 0.015 0.007 0.247 0.010 143 M 0.030 0.379 0.084 0.017 0.018 0.021 0.412 0.039 144 M 0.075 0.217 0.101 0.018 0.021 0.058 0.286 0.225 145 F 0.223 0.083 0.047 0.020 0.024 0.093 0.108 0.402 146 S 0.113 0.021 0.022 0.009 0.010 0.141 0.080 0.604 147 L 0.012 0.006 0.021 0.006 0.010 0.160 0.048 0.736 148 G 0.034 0.011 0.030 0.010 0.016 0.176 0.051 0.673 149 R 0.161 0.017 0.020 0.012 0.013 0.166 0.080 0.532 150 L 0.033 0.009 0.039 0.010 0.017 0.136 0.073 0.683 151 D 0.023 0.015 0.209 0.025 0.062 0.131 0.108 0.429 152 V 0.009 0.009 0.142 0.022 0.036 0.117 0.071 0.594 153 L 0.014 0.012 0.481 0.058 0.043 0.083 0.044 0.264 154 S 0.126 0.086 0.228 0.022 0.042 0.099 0.120 0.278 155 V 0.082 0.116 0.164 0.024 0.029 0.131 0.117 0.337 156 G 0.080 0.260 0.048 0.010 0.020 0.091 0.061 0.431 157 D 0.045 0.558 0.020 0.006 0.012 0.054 0.117 0.188 158 V 0.008 0.709 0.023 0.012 0.018 0.041 0.061 0.128 159 G 0.009 0.864 0.009 0.008 0.016 0.010 0.054 0.029 160 L 0.008 0.854 0.006 0.005 0.006 0.008 0.096 0.017 161 Q 0.004 0.826 0.009 0.008 0.010 0.005 0.125 0.013 162 R 0.006 0.905 0.006 0.008 0.013 0.005 0.041 0.015 163 G 0.024 0.851 0.019 0.007 0.012 0.010 0.057 0.020 164 A 0.046 0.559 0.055 0.035 0.040 0.021 0.181 0.063 165 K 0.091 0.304 0.034 0.031 0.044 0.056 0.148 0.291 166 W 0.102 0.089 0.048 0.029 0.033 0.110 0.207 0.382 167 L 0.052 0.044 0.058 0.051 0.067 0.147 0.141 0.441 168 Y 0.090 0.020 0.029 0.021 0.046 0.131 0.049 0.614 169 G 0.051 0.010 0.022 0.027 0.038 0.128 0.069 0.654 170 N 0.081 0.012 0.017 0.020 0.030 0.136 0.045 0.658 171 G 0.074 0.010 0.013 0.014 0.023 0.136 0.055 0.676 172 E 0.062 0.019 0.010 0.007 0.011 0.138 0.025 0.729 173 G 0.092 0.051 0.011 0.009 0.013 0.114 0.027 0.683 174 D 0.031 0.092 0.008 0.007 0.008 0.101 0.015 0.737 175 G 0.045 0.745 0.004 0.004 0.006 0.020 0.033 0.143 176 K 0.019 0.913 0.002 0.002 0.002 0.008 0.013 0.041 177 K 0.005 0.925 0.005 0.006 0.006 0.005 0.019 0.030 178 L 0.007 0.910 0.004 0.005 0.007 0.006 0.037 0.024 179 L 0.018 0.771 0.008 0.004 0.006 0.006 0.174 0.013 180 I 0.014 0.850 0.008 0.006 0.006 0.005 0.092 0.019 181 Y 0.047 0.724 0.014 0.010 0.012 0.016 0.071 0.108 182 H 0.076 0.296 0.043 0.017 0.016 0.042 0.344 0.167 183 G 0.359 0.220 0.016 0.009 0.012 0.040 0.117 0.226 184 K 0.263 0.029 0.009 0.005 0.005 0.056 0.034 0.599 185 A 0.014 0.019 0.007 0.005 0.007 0.087 0.029 0.832 186 W 0.054 0.026 0.011 0.003 0.007 0.110 0.024 0.766 187 A 0.047 0.019 0.021 0.018 0.008 0.170 0.137 0.580 188 P 0.034 0.159 0.011 0.002 0.003 0.073 0.059 0.660 189 Y 0.114 0.602 0.008 0.002 0.003 0.047 0.053 0.171 190 E 0.028 0.732 0.015 0.005 0.005 0.034 0.036 0.145 191 T 0.029 0.846 0.006 0.002 0.005 0.014 0.045 0.053 192 V 0.018 0.843 0.013 0.005 0.008 0.015 0.062 0.037 193 A 0.023 0.766 0.016 0.014 0.036 0.018 0.079 0.049 194 C 0.045 0.393 0.052 0.035 0.055 0.043 0.230 0.147 195 L 0.051 0.358 0.090 0.078 0.107 0.072 0.099 0.144 196 Y 0.111 0.158 0.113 0.071 0.110 0.075 0.087 0.277 197 L 0.042 0.062 0.086 0.062 0.081 0.101 0.126 0.442 198 W 0.121 0.055 0.040 0.039 0.059 0.091 0.075 0.521 199 K 0.291 0.027 0.012 0.012 0.014 0.096 0.075 0.473 200 A 0.045 0.028 0.012 0.008 0.009 0.114 0.041 0.745 201 A 0.039 0.035 0.008 0.003 0.005 0.075 0.026 0.810 202 G 0.172 0.110 0.016 0.007 0.006 0.100 0.065 0.525 203 T 0.119 0.131 0.027 0.007 0.007 0.106 0.047 0.555 204 F 0.128 0.165 0.024 0.006 0.011 0.080 0.092 0.494 205 A 0.203 0.234 0.020 0.005 0.008 0.068 0.071 0.389 206 E 0.047 0.174 0.039 0.013 0.016 0.096 0.124 0.490 207 E 0.031 0.276 0.032 0.007 0.011 0.079 0.098 0.467 208 Y 0.136 0.489 0.033 0.009 0.010 0.060 0.068 0.196 209 R 0.058 0.464 0.036 0.011 0.010 0.068 0.043 0.309 210 S 0.052 0.756 0.011 0.002 0.004 0.018 0.031 0.126 211 L 0.095 0.821 0.006 0.002 0.002 0.010 0.014 0.051 212 E 0.071 0.592 0.029 0.008 0.007 0.033 0.056 0.204 213 E 0.084 0.409 0.032 0.007 0.008 0.051 0.127 0.282 214 L 0.259 0.173 0.047 0.011 0.011 0.060 0.169 0.271 215 L 0.128 0.039 0.034 0.017 0.018 0.090 0.116 0.557 216 H 0.068 0.008 0.012 0.005 0.007 0.067 0.055 0.778 217 H 0.149 0.008 0.010 0.008 0.010 0.102 0.038 0.675 218 G 0.052 0.002 0.006 0.004 0.008 0.079 0.016 0.833 219 N 0.024 0.002 0.008 0.008 0.014 0.119 0.017 0.808 220 Q 0.019 0.003 0.020 0.016 0.027 0.128 0.032 0.754 221 C 0.031 0.006 0.034 0.036 0.039 0.105 0.044 0.705