# TARGET T0323 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1244 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.014 0.117 0.057 0.091 0.080 0.009 0.567 2 R 0.047 0.017 0.138 0.081 0.108 0.115 0.010 0.483 3 Y 0.031 0.011 0.068 0.031 0.065 0.056 0.005 0.734 4 F 0.065 0.019 0.101 0.049 0.098 0.115 0.006 0.547 5 S 0.057 0.018 0.040 0.028 0.044 0.162 0.010 0.642 6 T 0.095 0.018 0.028 0.013 0.028 0.099 0.012 0.706 7 D 0.134 0.023 0.024 0.008 0.017 0.253 0.020 0.521 8 S 0.170 0.021 0.014 0.009 0.013 0.265 0.011 0.497 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 10 E 0.011 0.031 0.005 0.005 0.018 0.296 0.003 0.630 11 V 0.218 0.214 0.013 0.007 0.014 0.136 0.010 0.389 12 K 0.073 0.641 0.010 0.010 0.015 0.048 0.006 0.198 13 T 0.086 0.639 0.013 0.012 0.015 0.033 0.008 0.195 14 I 0.070 0.702 0.017 0.010 0.023 0.022 0.007 0.149 15 V 0.031 0.777 0.008 0.009 0.020 0.028 0.006 0.121 16 A 0.054 0.775 0.008 0.008 0.012 0.030 0.013 0.100 17 Q 0.151 0.673 0.010 0.004 0.005 0.024 0.022 0.111 18 D 0.152 0.601 0.016 0.004 0.005 0.020 0.024 0.178 19 S 0.064 0.340 0.022 0.004 0.006 0.042 0.018 0.505 20 R 0.102 0.315 0.014 0.003 0.006 0.203 0.019 0.339 21 L 0.142 0.470 0.018 0.003 0.009 0.153 0.016 0.190 22 F 0.031 0.767 0.010 0.002 0.004 0.042 0.004 0.140 23 Q 0.014 0.801 0.006 0.002 0.002 0.031 0.003 0.142 24 F 0.025 0.858 0.004 0.002 0.004 0.016 0.004 0.088 25 I 0.009 0.958 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.024 26 E 0.009 0.957 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.020 27 I 0.039 0.907 0.005 0.002 0.002 0.003 0.018 0.023 28 A 0.057 0.869 0.008 0.004 0.004 0.002 0.022 0.033 29 G 0.172 0.370 0.044 0.019 0.013 0.019 0.110 0.252 30 E 0.229 0.074 0.067 0.013 0.012 0.048 0.056 0.500 31 V 0.247 0.056 0.112 0.035 0.040 0.054 0.029 0.427 32 Q 0.049 0.019 0.055 0.032 0.040 0.090 0.015 0.700 33 L 0.045 0.012 0.109 0.067 0.069 0.071 0.006 0.621 34 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.989 35 T 0.011 0.003 0.016 0.017 0.040 0.073 0.004 0.836 36 K 0.126 0.006 0.032 0.021 0.024 0.091 0.006 0.693 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 N 0.026 0.006 0.013 0.019 0.036 0.260 0.002 0.638 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 40 F 0.021 0.023 0.007 0.006 0.018 0.589 0.002 0.334 41 Q 0.272 0.148 0.006 0.004 0.007 0.308 0.004 0.250 42 S 0.018 0.835 0.003 0.003 0.003 0.018 0.001 0.120 43 L 0.007 0.906 0.003 0.005 0.007 0.014 0.002 0.057 44 V 0.012 0.915 0.004 0.003 0.009 0.007 0.003 0.047 45 S 0.001 0.991 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 46 S 0.003 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 47 I 0.018 0.950 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.021 48 V 0.023 0.924 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.038 49 E 0.044 0.849 0.002 0.002 0.002 0.004 0.014 0.083 50 Q 0.203 0.596 0.007 0.002 0.001 0.006 0.069 0.116 51 Q 0.143 0.641 0.018 0.004 0.003 0.013 0.040 0.138 52 L 0.033 0.612 0.058 0.012 0.011 0.033 0.012 0.228 53 S 0.019 0.484 0.035 0.015 0.018 0.065 0.008 0.355 54 I 0.022 0.528 0.038 0.008 0.019 0.031 0.005 0.350 55 K 0.006 0.785 0.016 0.007 0.007 0.039 0.003 0.137 56 A 0.020 0.789 0.006 0.004 0.005 0.060 0.006 0.109 57 A 0.019 0.944 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.025 58 S 0.008 0.949 0.003 0.002 0.003 0.004 0.002 0.029 59 A 0.033 0.844 0.003 0.002 0.003 0.009 0.010 0.096 60 I 0.068 0.848 0.003 0.001 0.002 0.009 0.010 0.059 61 Y 0.024 0.886 0.007 0.002 0.004 0.010 0.008 0.060 62 G 0.015 0.856 0.004 0.002 0.002 0.009 0.006 0.106 63 R 0.016 0.859 0.005 0.001 0.001 0.011 0.005 0.101 64 V 0.015 0.904 0.003 0.001 0.002 0.007 0.004 0.064 65 E 0.005 0.958 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.026 66 Q 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 67 L 0.025 0.941 0.005 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 68 V 0.042 0.905 0.005 0.002 0.002 0.002 0.017 0.025 69 G 0.143 0.589 0.052 0.009 0.007 0.010 0.065 0.123 70 G 0.151 0.291 0.114 0.015 0.011 0.035 0.046 0.337 71 A 0.174 0.132 0.051 0.008 0.014 0.085 0.039 0.498 72 L 0.196 0.115 0.101 0.020 0.025 0.083 0.022 0.438 73 E 0.022 0.042 0.053 0.013 0.012 0.106 0.011 0.741 74 K 0.054 0.030 0.024 0.013 0.020 0.146 0.006 0.706 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 76 E 0.006 0.014 0.010 0.011 0.037 0.255 0.002 0.666 77 Q 0.133 0.095 0.007 0.004 0.012 0.299 0.008 0.442 78 L 0.113 0.751 0.003 0.003 0.011 0.012 0.002 0.104 79 Y 0.117 0.783 0.005 0.004 0.010 0.014 0.008 0.060 80 R 0.714 0.148 0.006 0.004 0.002 0.004 0.063 0.059 81 V 0.729 0.064 0.088 0.005 0.005 0.007 0.048 0.055 82 S 0.100 0.076 0.092 0.021 0.049 0.090 0.025 0.546 83 D 0.002 0.006 0.011 0.002 0.010 0.007 0.001 0.961 84 E 0.006 0.015 0.010 0.002 0.005 0.387 0.002 0.574 85 A 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.931 0.002 0.044 86 L 0.155 0.734 0.004 0.002 0.002 0.008 0.002 0.092 87 R 0.011 0.827 0.007 0.002 0.006 0.019 0.004 0.124 88 Q 0.055 0.534 0.016 0.006 0.006 0.018 0.021 0.343 89 A 0.200 0.645 0.012 0.008 0.009 0.008 0.038 0.081 90 G 0.531 0.128 0.025 0.016 0.014 0.016 0.081 0.189 91 V 0.076 0.092 0.463 0.022 0.021 0.057 0.012 0.258 92 S 0.015 0.087 0.040 0.018 0.028 0.140 0.005 0.666 93 K 0.043 0.113 0.041 0.008 0.023 0.077 0.005 0.689 94 R 0.036 0.201 0.024 0.008 0.010 0.362 0.006 0.353 95 K 0.129 0.338 0.011 0.004 0.005 0.190 0.013 0.310 96 I 0.029 0.882 0.008 0.003 0.005 0.015 0.002 0.057 97 E 0.004 0.938 0.002 0.002 0.003 0.011 0.001 0.038 98 Y 0.016 0.907 0.002 0.001 0.002 0.010 0.004 0.058 99 I 0.017 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.023 100 R 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 101 H 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 102 V 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 103 C 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 104 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 105 H 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 106 V 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 107 E 0.017 0.950 0.004 0.002 0.002 0.002 0.007 0.014 108 S 0.033 0.860 0.014 0.004 0.003 0.004 0.028 0.054 109 G 0.495 0.180 0.016 0.004 0.002 0.007 0.193 0.103 110 R 0.412 0.069 0.136 0.006 0.004 0.035 0.050 0.288 111 L 0.018 0.019 0.187 0.015 0.015 0.081 0.007 0.657 112 D 0.027 0.020 0.051 0.031 0.051 0.262 0.005 0.553 113 F 0.038 0.024 0.063 0.016 0.053 0.042 0.003 0.761 114 T 0.017 0.022 0.022 0.010 0.026 0.594 0.003 0.305 115 E 0.082 0.024 0.004 0.003 0.008 0.760 0.007 0.112 116 L 0.199 0.639 0.005 0.007 0.011 0.025 0.005 0.108 117 E 0.128 0.375 0.024 0.017 0.022 0.095 0.045 0.293 118 G 0.466 0.078 0.015 0.008 0.010 0.055 0.055 0.314 119 A 0.519 0.123 0.049 0.016 0.037 0.041 0.017 0.197 120 E 0.012 0.033 0.014 0.008 0.017 0.069 0.004 0.843 121 A 0.027 0.042 0.021 0.006 0.025 0.071 0.008 0.802 122 T 0.044 0.053 0.013 0.003 0.006 0.094 0.006 0.781 123 T 0.044 0.067 0.005 0.002 0.003 0.300 0.005 0.574 124 V 0.055 0.431 0.005 0.003 0.006 0.121 0.004 0.375 125 I 0.013 0.822 0.004 0.002 0.008 0.012 0.001 0.138 126 E 0.004 0.906 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.074 127 K 0.014 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.032 128 L 0.031 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 129 T 0.033 0.910 0.008 0.006 0.005 0.002 0.012 0.025 130 A 0.109 0.607 0.028 0.007 0.009 0.008 0.057 0.175 131 I 0.149 0.474 0.137 0.020 0.020 0.014 0.034 0.151 132 K 0.002 0.047 0.013 0.004 0.003 0.007 0.003 0.921 133 G 0.034 0.038 0.051 0.011 0.015 0.058 0.020 0.772 134 I 0.224 0.054 0.129 0.016 0.008 0.057 0.018 0.495 135 G 0.049 0.061 0.138 0.022 0.021 0.126 0.011 0.572 136 Q 0.010 0.025 0.039 0.008 0.012 0.039 0.001 0.866 137 W 0.009 0.101 0.037 0.018 0.021 0.138 0.002 0.674 138 T 0.048 0.235 0.022 0.013 0.024 0.235 0.007 0.416 139 A 0.012 0.861 0.012 0.008 0.011 0.015 0.002 0.079 140 E 0.006 0.851 0.006 0.005 0.007 0.039 0.003 0.083 141 M 0.036 0.875 0.003 0.003 0.005 0.032 0.005 0.041 142 F 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 143 M 0.003 0.984 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.003 144 M 0.005 0.983 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 145 F 0.050 0.903 0.003 0.006 0.005 0.001 0.022 0.010 146 S 0.127 0.758 0.021 0.011 0.009 0.004 0.043 0.026 147 L 0.127 0.572 0.080 0.028 0.025 0.010 0.065 0.094 148 G 0.333 0.119 0.055 0.035 0.031 0.034 0.134 0.259 149 R 0.141 0.057 0.340 0.028 0.042 0.067 0.034 0.291 150 L 0.004 0.013 0.052 0.013 0.014 0.033 0.003 0.869 151 D 0.038 0.019 0.208 0.073 0.085 0.145 0.022 0.411 152 V 0.155 0.011 0.200 0.027 0.033 0.080 0.017 0.477 153 L 0.017 0.007 0.784 0.058 0.034 0.020 0.004 0.076 154 S 0.007 0.006 0.187 0.036 0.057 0.100 0.004 0.603 155 V 0.012 0.011 0.416 0.046 0.109 0.054 0.003 0.350 156 G 0.006 0.020 0.185 0.038 0.054 0.198 0.004 0.495 157 D 0.071 0.021 0.066 0.017 0.037 0.255 0.014 0.518 158 V 0.081 0.119 0.180 0.041 0.039 0.109 0.009 0.421 159 G 0.062 0.090 0.034 0.033 0.047 0.320 0.014 0.400 160 L 0.093 0.243 0.085 0.041 0.069 0.117 0.011 0.342 161 Q 0.013 0.705 0.023 0.030 0.046 0.035 0.003 0.144 162 R 0.026 0.578 0.016 0.019 0.036 0.064 0.008 0.254 163 G 0.021 0.863 0.005 0.008 0.014 0.014 0.004 0.071 164 A 0.010 0.930 0.005 0.005 0.011 0.005 0.003 0.031 165 K 0.010 0.940 0.002 0.003 0.005 0.004 0.005 0.030 166 W 0.037 0.897 0.005 0.004 0.005 0.003 0.014 0.036 167 L 0.069 0.849 0.008 0.008 0.007 0.004 0.023 0.032 168 Y 0.120 0.611 0.043 0.030 0.025 0.012 0.056 0.103 169 G 0.154 0.295 0.092 0.043 0.044 0.041 0.053 0.279 170 N 0.202 0.165 0.094 0.045 0.052 0.057 0.042 0.342 171 G 0.089 0.053 0.051 0.025 0.025 0.051 0.022 0.685 172 E 0.079 0.023 0.068 0.017 0.025 0.192 0.017 0.579 173 G 0.052 0.013 0.021 0.009 0.012 0.080 0.009 0.804 174 D 0.021 0.006 0.008 0.004 0.005 0.063 0.003 0.891 175 G 0.031 0.010 0.009 0.004 0.007 0.265 0.005 0.669 176 K 0.066 0.016 0.010 0.003 0.010 0.120 0.004 0.771 177 K 0.015 0.059 0.006 0.004 0.008 0.208 0.002 0.699 178 L 0.038 0.235 0.003 0.004 0.007 0.293 0.003 0.417 179 L 0.024 0.823 0.002 0.003 0.005 0.017 0.002 0.124 180 I 0.005 0.940 0.002 0.002 0.005 0.005 0.001 0.039 181 Y 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 182 H 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 183 G 0.021 0.955 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.012 184 K 0.024 0.926 0.005 0.003 0.004 0.004 0.008 0.025 185 A 0.086 0.778 0.007 0.004 0.003 0.006 0.035 0.080 186 W 0.158 0.576 0.034 0.005 0.006 0.008 0.079 0.133 187 A 0.163 0.344 0.051 0.038 0.023 0.036 0.031 0.312 188 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 189 Y 0.009 0.021 0.015 0.013 0.038 0.067 0.003 0.835 190 E 0.101 0.042 0.016 0.006 0.008 0.103 0.008 0.717 191 T 0.092 0.136 0.008 0.007 0.009 0.138 0.006 0.604 192 V 0.122 0.530 0.023 0.009 0.016 0.060 0.004 0.237 193 A 0.030 0.743 0.013 0.010 0.018 0.051 0.005 0.131 194 C 0.030 0.840 0.007 0.009 0.014 0.015 0.007 0.078 195 L 0.028 0.915 0.007 0.008 0.009 0.005 0.006 0.023 196 Y 0.033 0.879 0.010 0.012 0.017 0.006 0.011 0.032 197 L 0.043 0.810 0.026 0.023 0.030 0.007 0.014 0.048 198 W 0.107 0.591 0.031 0.037 0.040 0.018 0.037 0.138 199 K 0.149 0.370 0.064 0.029 0.033 0.024 0.049 0.281 200 A 0.072 0.234 0.069 0.022 0.034 0.060 0.026 0.483 201 A 0.064 0.089 0.035 0.014 0.020 0.113 0.036 0.630 202 G 0.252 0.051 0.034 0.010 0.011 0.081 0.036 0.526 203 T 0.044 0.029 0.057 0.007 0.007 0.058 0.007 0.792 204 F 0.038 0.028 0.030 0.010 0.020 0.161 0.008 0.706 205 A 0.077 0.059 0.053 0.011 0.040 0.107 0.005 0.648 206 E 0.046 0.091 0.031 0.012 0.028 0.263 0.007 0.522 207 E 0.155 0.092 0.014 0.004 0.009 0.354 0.014 0.358 208 Y 0.372 0.307 0.020 0.008 0.009 0.051 0.016 0.218 209 R 0.044 0.344 0.034 0.011 0.015 0.075 0.008 0.469 210 S 0.047 0.324 0.029 0.014 0.034 0.125 0.012 0.415 211 L 0.085 0.350 0.019 0.007 0.042 0.105 0.012 0.381 212 E 0.058 0.351 0.006 0.004 0.010 0.128 0.009 0.434 213 E 0.068 0.561 0.005 0.003 0.003 0.151 0.010 0.200 214 L 0.061 0.872 0.003 0.002 0.003 0.005 0.005 0.049 215 L 0.030 0.856 0.007 0.005 0.009 0.009 0.007 0.078 216 H 0.055 0.755 0.017 0.011 0.014 0.016 0.018 0.114 217 H 0.204 0.561 0.014 0.007 0.013 0.020 0.044 0.138 218 G 0.233 0.336 0.028 0.011 0.011 0.029 0.061 0.291 219 N 0.159 0.165 0.095 0.020 0.013 0.063 0.070 0.416 220 Q 0.170 0.044 0.076 0.013 0.015 0.079 0.031 0.573 221 C 0.111 0.036 0.096 0.028 0.047 0.109 0.012 0.562