# TARGET T0323 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1244 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.424 0.200 0.152 0.128 0.070 0.023 0.003 2 R 0.499 0.291 0.136 0.053 0.016 0.004 0.001 3 Y 0.284 0.204 0.189 0.178 0.105 0.037 0.004 4 F 0.231 0.192 0.184 0.183 0.134 0.068 0.008 5 S 0.407 0.280 0.160 0.092 0.042 0.016 0.003 6 T 0.368 0.240 0.185 0.127 0.058 0.020 0.003 7 D 0.399 0.259 0.164 0.107 0.051 0.019 0.002 8 S 0.394 0.280 0.177 0.096 0.038 0.013 0.002 9 P 0.598 0.225 0.096 0.051 0.022 0.007 0.001 10 E 0.376 0.265 0.166 0.118 0.055 0.018 0.002 11 V 0.158 0.167 0.217 0.249 0.152 0.053 0.005 12 K 0.378 0.323 0.171 0.088 0.031 0.008 0.001 13 T 0.216 0.253 0.228 0.182 0.088 0.030 0.003 14 I 0.094 0.130 0.173 0.247 0.222 0.124 0.011 15 V 0.158 0.204 0.200 0.203 0.143 0.078 0.014 16 A 0.227 0.265 0.212 0.161 0.086 0.041 0.008 17 Q 0.107 0.169 0.205 0.242 0.179 0.089 0.010 18 D 0.154 0.238 0.235 0.199 0.113 0.051 0.009 19 S 0.235 0.360 0.215 0.116 0.051 0.019 0.004 20 R 0.041 0.114 0.207 0.286 0.233 0.108 0.011 21 L 0.017 0.039 0.081 0.195 0.337 0.295 0.037 22 F 0.097 0.270 0.298 0.206 0.092 0.032 0.004 23 Q 0.051 0.205 0.326 0.272 0.112 0.031 0.002 24 F 0.011 0.020 0.036 0.134 0.367 0.394 0.039 25 I 0.019 0.076 0.186 0.335 0.281 0.098 0.006 26 E 0.230 0.435 0.218 0.087 0.023 0.006 0.001 27 I 0.079 0.216 0.300 0.264 0.110 0.028 0.002 28 A 0.052 0.145 0.232 0.283 0.201 0.081 0.006 29 G 0.178 0.290 0.239 0.171 0.089 0.029 0.004 30 E 0.258 0.337 0.220 0.125 0.045 0.013 0.002 31 V 0.045 0.088 0.164 0.278 0.281 0.136 0.008 32 Q 0.122 0.272 0.300 0.200 0.080 0.023 0.002 33 L 0.100 0.114 0.141 0.248 0.266 0.122 0.009 34 P 0.306 0.309 0.202 0.129 0.043 0.010 0.001 35 T 0.390 0.287 0.167 0.109 0.038 0.009 0.001 36 K 0.348 0.293 0.195 0.115 0.039 0.010 0.001 37 P 0.392 0.285 0.171 0.103 0.039 0.010 0.001 38 N 0.181 0.245 0.228 0.180 0.111 0.049 0.006 39 P 0.047 0.094 0.143 0.219 0.256 0.208 0.033 40 F 0.012 0.033 0.071 0.160 0.279 0.357 0.087 41 Q 0.016 0.057 0.111 0.190 0.269 0.267 0.090 42 S 0.011 0.027 0.057 0.131 0.255 0.333 0.186 43 L 0.003 0.007 0.015 0.043 0.118 0.420 0.394 44 V 0.002 0.006 0.017 0.055 0.145 0.387 0.388 45 S 0.011 0.030 0.063 0.145 0.259 0.344 0.148 46 S 0.013 0.030 0.064 0.143 0.240 0.331 0.179 47 I 0.007 0.007 0.014 0.049 0.137 0.437 0.349 48 V 0.016 0.042 0.085 0.160 0.228 0.330 0.139 49 E 0.056 0.127 0.136 0.199 0.220 0.186 0.076 50 Q 0.033 0.076 0.132 0.231 0.262 0.200 0.065 51 Q 0.032 0.103 0.186 0.240 0.195 0.186 0.058 52 L 0.081 0.139 0.141 0.180 0.209 0.175 0.074 53 S 0.094 0.222 0.225 0.215 0.140 0.086 0.018 54 I 0.057 0.116 0.216 0.302 0.214 0.086 0.010 55 K 0.210 0.437 0.215 0.086 0.034 0.014 0.003 56 A 0.032 0.122 0.207 0.285 0.228 0.111 0.015 57 A 0.004 0.008 0.020 0.102 0.335 0.449 0.082 58 S 0.027 0.173 0.334 0.317 0.123 0.025 0.001 59 A 0.059 0.253 0.343 0.241 0.082 0.020 0.002 60 I 0.009 0.019 0.024 0.075 0.280 0.529 0.064 61 Y 0.004 0.018 0.079 0.221 0.355 0.295 0.029 62 G 0.056 0.307 0.354 0.188 0.071 0.023 0.002 63 R 0.013 0.062 0.267 0.432 0.190 0.034 0.002 64 V 0.003 0.003 0.006 0.047 0.310 0.572 0.058 65 E 0.013 0.109 0.294 0.363 0.177 0.042 0.002 66 Q 0.172 0.534 0.212 0.067 0.013 0.002 0.001 67 L 0.017 0.078 0.230 0.423 0.211 0.040 0.002 68 V 0.025 0.074 0.180 0.356 0.290 0.073 0.002 69 G 0.382 0.403 0.149 0.050 0.013 0.003 0.001 70 G 0.252 0.324 0.238 0.140 0.041 0.007 0.001 71 A 0.121 0.312 0.273 0.188 0.081 0.024 0.001 72 L 0.033 0.082 0.163 0.289 0.289 0.137 0.006 73 E 0.113 0.219 0.254 0.226 0.138 0.045 0.004 74 K 0.059 0.245 0.320 0.239 0.107 0.028 0.002 75 P 0.024 0.045 0.096 0.249 0.390 0.185 0.010 76 E 0.153 0.387 0.287 0.134 0.033 0.005 0.001 77 Q 0.039 0.227 0.373 0.257 0.083 0.019 0.001 78 L 0.006 0.010 0.021 0.107 0.373 0.449 0.033 79 Y 0.008 0.047 0.168 0.362 0.306 0.105 0.005 80 R 0.075 0.355 0.311 0.166 0.065 0.026 0.002 81 V 0.013 0.044 0.141 0.324 0.326 0.142 0.009 82 S 0.187 0.331 0.248 0.148 0.061 0.022 0.002 83 D 0.246 0.327 0.245 0.131 0.041 0.009 0.001 84 E 0.619 0.265 0.074 0.028 0.010 0.003 0.001 85 A 0.303 0.336 0.217 0.111 0.029 0.004 0.001 86 L 0.091 0.089 0.157 0.313 0.274 0.073 0.003 87 R 0.292 0.358 0.221 0.100 0.025 0.004 0.001 88 Q 0.386 0.321 0.176 0.082 0.027 0.008 0.001 89 A 0.196 0.170 0.178 0.228 0.162 0.064 0.004 90 G 0.186 0.204 0.215 0.208 0.123 0.056 0.008 91 V 0.089 0.084 0.116 0.190 0.232 0.243 0.045 92 S 0.128 0.186 0.175 0.184 0.165 0.139 0.024 93 K 0.138 0.232 0.257 0.219 0.108 0.040 0.006 94 R 0.149 0.264 0.214 0.179 0.119 0.064 0.012 95 K 0.019 0.064 0.104 0.205 0.280 0.292 0.036 96 I 0.003 0.017 0.073 0.245 0.390 0.252 0.021 97 E 0.026 0.345 0.412 0.164 0.044 0.009 0.001 98 Y 0.002 0.023 0.104 0.316 0.370 0.168 0.017 99 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.153 0.681 0.152 100 R 0.002 0.030 0.240 0.483 0.207 0.036 0.001 101 H 0.002 0.077 0.373 0.397 0.128 0.023 0.001 102 V 0.001 0.001 0.002 0.023 0.241 0.661 0.072 103 C 0.001 0.002 0.018 0.160 0.513 0.297 0.010 104 E 0.014 0.395 0.426 0.137 0.025 0.004 0.001 105 H 0.002 0.041 0.274 0.510 0.161 0.013 0.001 106 V 0.001 0.006 0.024 0.170 0.475 0.310 0.013 107 E 0.036 0.324 0.405 0.195 0.036 0.003 0.001 108 S 0.505 0.381 0.084 0.025 0.004 0.001 0.001 109 G 0.115 0.352 0.346 0.163 0.023 0.002 0.001 110 R 0.397 0.407 0.153 0.037 0.005 0.001 0.001 111 L 0.035 0.083 0.184 0.345 0.301 0.052 0.001 112 D 0.178 0.353 0.256 0.140 0.059 0.013 0.001 113 F 0.043 0.096 0.204 0.332 0.264 0.060 0.002 114 T 0.346 0.365 0.180 0.079 0.025 0.006 0.001 115 E 0.220 0.266 0.249 0.179 0.071 0.015 0.001 116 L 0.240 0.182 0.197 0.210 0.128 0.042 0.001 117 E 0.631 0.217 0.093 0.044 0.014 0.002 0.001 118 G 0.509 0.334 0.115 0.035 0.006 0.001 0.001 119 A 0.151 0.176 0.241 0.263 0.136 0.032 0.001 120 E 0.513 0.289 0.126 0.055 0.015 0.002 0.001 121 A 0.390 0.333 0.184 0.073 0.017 0.003 0.001 122 T 0.745 0.162 0.052 0.025 0.012 0.005 0.001 123 T 0.449 0.389 0.119 0.035 0.007 0.001 0.001 124 V 0.021 0.060 0.198 0.417 0.254 0.050 0.001 125 I 0.059 0.282 0.380 0.225 0.049 0.004 0.001 126 E 0.281 0.548 0.142 0.025 0.004 0.001 0.001 127 K 0.022 0.145 0.366 0.361 0.097 0.009 0.001 128 L 0.001 0.004 0.020 0.163 0.541 0.265 0.005 129 T 0.060 0.394 0.367 0.149 0.027 0.003 0.001 130 A 0.215 0.460 0.228 0.083 0.012 0.002 0.001 131 I 0.007 0.032 0.095 0.270 0.386 0.200 0.009 132 K 0.045 0.185 0.309 0.282 0.129 0.046 0.005 133 G 0.049 0.114 0.152 0.216 0.238 0.201 0.031 134 I 0.019 0.056 0.106 0.199 0.263 0.290 0.067 135 G 0.017 0.046 0.082 0.169 0.270 0.293 0.123 136 Q 0.049 0.139 0.196 0.217 0.208 0.143 0.048 137 W 0.015 0.038 0.073 0.176 0.308 0.301 0.089 138 T 0.010 0.034 0.070 0.119 0.168 0.304 0.296 139 A 0.001 0.005 0.015 0.058 0.183 0.454 0.284 140 E 0.001 0.009 0.045 0.179 0.293 0.287 0.187 141 M 0.001 0.001 0.004 0.016 0.077 0.382 0.518 142 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.191 0.791 143 M 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.221 0.733 144 M 0.001 0.002 0.004 0.011 0.046 0.235 0.703 145 F 0.001 0.001 0.005 0.021 0.082 0.318 0.574 146 S 0.001 0.002 0.007 0.030 0.116 0.416 0.429 147 L 0.001 0.005 0.015 0.060 0.207 0.446 0.267 148 G 0.011 0.059 0.119 0.204 0.263 0.256 0.089 149 R 0.017 0.081 0.159 0.231 0.238 0.195 0.080 150 L 0.017 0.046 0.076 0.144 0.233 0.317 0.166 151 D 0.036 0.070 0.111 0.175 0.214 0.254 0.140 152 V 0.023 0.023 0.040 0.078 0.159 0.344 0.333 153 L 0.039 0.032 0.032 0.047 0.098 0.303 0.449 154 S 0.052 0.050 0.056 0.081 0.122 0.253 0.385 155 V 0.040 0.039 0.046 0.086 0.150 0.279 0.360 156 G 0.019 0.043 0.067 0.128 0.195 0.299 0.250 157 D 0.021 0.059 0.094 0.155 0.200 0.275 0.196 158 V 0.013 0.041 0.075 0.136 0.211 0.316 0.209 159 G 0.009 0.032 0.074 0.149 0.227 0.309 0.199 160 L 0.002 0.005 0.009 0.032 0.114 0.414 0.423 161 Q 0.008 0.047 0.126 0.240 0.307 0.219 0.053 162 R 0.012 0.072 0.144 0.215 0.260 0.224 0.072 163 G 0.002 0.011 0.022 0.049 0.123 0.352 0.441 164 A 0.001 0.002 0.008 0.045 0.167 0.484 0.292 165 K 0.002 0.028 0.095 0.207 0.301 0.289 0.077 166 W 0.003 0.010 0.039 0.140 0.292 0.385 0.129 167 L 0.003 0.007 0.010 0.021 0.083 0.477 0.400 168 Y 0.015 0.062 0.166 0.283 0.255 0.170 0.050 169 G 0.078 0.171 0.175 0.214 0.221 0.117 0.023 170 N 0.064 0.138 0.216 0.285 0.206 0.082 0.008 171 G 0.211 0.262 0.245 0.181 0.077 0.022 0.002 172 E 0.355 0.296 0.175 0.108 0.050 0.014 0.001 173 G 0.432 0.290 0.152 0.085 0.032 0.009 0.001 174 D 0.377 0.266 0.180 0.111 0.048 0.015 0.002 175 G 0.216 0.304 0.222 0.158 0.076 0.023 0.001 176 K 0.085 0.216 0.305 0.253 0.107 0.031 0.003 177 K 0.534 0.279 0.100 0.049 0.025 0.011 0.002 178 L 0.072 0.316 0.331 0.197 0.067 0.016 0.001 179 L 0.004 0.013 0.049 0.234 0.437 0.245 0.018 180 I 0.016 0.136 0.301 0.340 0.163 0.042 0.003 181 Y 0.106 0.466 0.287 0.103 0.029 0.009 0.001 182 H 0.006 0.038 0.165 0.389 0.306 0.092 0.004 183 G 0.002 0.005 0.011 0.063 0.310 0.541 0.069 184 K 0.049 0.211 0.326 0.283 0.105 0.025 0.002 185 A 0.137 0.394 0.281 0.140 0.038 0.010 0.001 186 W 0.014 0.037 0.089 0.241 0.347 0.248 0.023 187 A 0.015 0.051 0.131 0.262 0.303 0.203 0.034 188 P 0.168 0.348 0.244 0.143 0.065 0.027 0.006 189 Y 0.036 0.097 0.182 0.294 0.255 0.116 0.021 190 E 0.073 0.203 0.235 0.219 0.154 0.093 0.022 191 T 0.056 0.125 0.176 0.220 0.211 0.157 0.055 192 V 0.011 0.020 0.037 0.102 0.231 0.405 0.194 193 A 0.013 0.029 0.056 0.122 0.229 0.367 0.184 194 C 0.018 0.033 0.052 0.095 0.171 0.368 0.263 195 L 0.014 0.023 0.045 0.102 0.193 0.371 0.252 196 Y 0.022 0.030 0.046 0.089 0.173 0.366 0.273 197 L 0.017 0.041 0.075 0.166 0.268 0.323 0.110 198 W 0.046 0.118 0.182 0.264 0.234 0.129 0.027 199 K 0.139 0.245 0.242 0.222 0.108 0.038 0.007 200 A 0.385 0.315 0.154 0.088 0.036 0.017 0.005 201 A 0.478 0.258 0.127 0.082 0.037 0.015 0.003 202 G 0.357 0.305 0.192 0.103 0.034 0.009 0.001 203 T 0.443 0.267 0.154 0.088 0.036 0.011 0.001 204 F 0.460 0.283 0.148 0.077 0.025 0.005 0.001 205 A 0.508 0.265 0.143 0.061 0.019 0.004 0.001 206 E 0.690 0.198 0.077 0.027 0.007 0.001 0.001 207 E 0.603 0.268 0.089 0.030 0.009 0.002 0.001 208 Y 0.416 0.258 0.191 0.103 0.027 0.005 0.001 209 R 0.532 0.282 0.118 0.052 0.014 0.002 0.001 210 S 0.293 0.229 0.175 0.169 0.102 0.030 0.001 211 L 0.306 0.305 0.246 0.113 0.025 0.004 0.001 212 E 0.578 0.296 0.090 0.028 0.007 0.001 0.001 213 E 0.287 0.279 0.236 0.140 0.047 0.010 0.001 214 L 0.146 0.184 0.214 0.258 0.159 0.038 0.001 215 L 0.325 0.339 0.193 0.104 0.033 0.006 0.001 216 H 0.480 0.259 0.132 0.088 0.032 0.008 0.001 217 H 0.451 0.259 0.176 0.089 0.021 0.003 0.001 218 G 0.621 0.225 0.101 0.043 0.009 0.001 0.001 219 N 0.705 0.216 0.059 0.017 0.003 0.001 0.001 220 Q 0.521 0.260 0.134 0.064 0.018 0.003 0.001 221 C 0.369 0.190 0.164 0.157 0.090 0.028 0.002