# TARGET T0323 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1224 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.017 0.012 0.018 0.160 0.741 2 R 0.122 0.042 0.018 0.038 0.153 0.627 3 Y 0.092 0.040 0.037 0.031 0.232 0.568 4 F 0.063 0.038 0.055 0.036 0.356 0.453 5 S 0.035 0.022 0.052 0.030 0.431 0.430 6 T 0.017 0.017 0.030 0.042 0.374 0.521 7 D 0.007 0.008 0.007 0.044 0.256 0.678 8 S 0.003 0.003 0.028 0.554 0.207 0.204 9 P 0.002 0.002 0.048 0.822 0.090 0.036 10 E 0.003 0.003 0.056 0.858 0.061 0.019 11 V 0.009 0.003 0.042 0.867 0.051 0.028 12 K 0.009 0.003 0.023 0.903 0.030 0.032 13 T 0.007 0.002 0.019 0.909 0.027 0.037 14 I 0.007 0.002 0.022 0.897 0.031 0.042 15 V 0.006 0.001 0.019 0.911 0.032 0.031 16 A 0.006 0.002 0.016 0.899 0.035 0.043 17 Q 0.006 0.002 0.014 0.819 0.049 0.110 18 D 0.005 0.002 0.015 0.640 0.115 0.223 19 S 0.001 0.001 0.025 0.920 0.032 0.023 20 R 0.002 0.001 0.021 0.942 0.020 0.015 21 L 0.002 0.001 0.010 0.974 0.007 0.006 22 F 0.002 0.001 0.005 0.981 0.005 0.007 23 Q 0.002 0.001 0.004 0.986 0.004 0.004 24 F 0.001 0.001 0.007 0.983 0.005 0.003 25 I 0.001 0.001 0.009 0.979 0.007 0.004 26 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.010 0.005 27 I 0.002 0.001 0.006 0.948 0.021 0.023 28 A 0.002 0.004 0.008 0.714 0.089 0.184 29 G 0.004 0.003 0.022 0.101 0.289 0.581 30 E 0.019 0.017 0.039 0.031 0.317 0.578 31 V 0.063 0.044 0.041 0.027 0.329 0.495 32 Q 0.063 0.038 0.026 0.030 0.318 0.525 33 L 0.042 0.019 0.010 0.010 0.288 0.630 34 P 0.047 0.024 0.020 0.011 0.389 0.510 35 T 0.029 0.037 0.024 0.017 0.478 0.415 36 K 0.014 0.038 0.014 0.013 0.513 0.409 37 P 0.009 0.030 0.004 0.020 0.321 0.616 38 N 0.005 0.016 0.001 0.063 0.176 0.738 39 P 0.001 0.001 0.004 0.972 0.012 0.010 40 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 45 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 46 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 48 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.002 49 E 0.001 0.001 0.010 0.973 0.011 0.004 50 Q 0.002 0.001 0.013 0.932 0.030 0.022 51 Q 0.004 0.002 0.016 0.618 0.118 0.242 52 L 0.005 0.015 0.005 0.277 0.122 0.577 53 S 0.006 0.006 0.001 0.097 0.041 0.849 54 I 0.001 0.001 0.006 0.985 0.003 0.005 55 K 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 56 A 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 57 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 58 S 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 59 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 60 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 62 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 64 V 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 66 Q 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 67 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.006 0.005 68 V 0.001 0.001 0.004 0.926 0.023 0.045 69 G 0.001 0.004 0.017 0.132 0.271 0.575 70 G 0.003 0.002 0.064 0.021 0.422 0.487 71 A 0.029 0.020 0.113 0.014 0.423 0.400 72 L 0.038 0.034 0.066 0.022 0.344 0.497 73 E 0.029 0.025 0.010 0.027 0.269 0.640 74 K 0.011 0.007 0.003 0.039 0.097 0.844 75 P 0.001 0.001 0.039 0.943 0.011 0.007 76 E 0.001 0.001 0.063 0.915 0.016 0.004 77 Q 0.001 0.001 0.102 0.873 0.019 0.004 78 L 0.003 0.003 0.055 0.901 0.024 0.014 79 Y 0.008 0.003 0.078 0.802 0.062 0.047 80 R 0.017 0.005 0.030 0.217 0.178 0.553 81 V 0.012 0.017 0.006 0.094 0.119 0.752 82 S 0.005 0.014 0.003 0.025 0.045 0.908 83 D 0.001 0.001 0.197 0.767 0.020 0.015 84 E 0.001 0.001 0.154 0.834 0.010 0.002 85 A 0.001 0.001 0.074 0.920 0.005 0.001 86 L 0.001 0.001 0.011 0.976 0.007 0.004 87 R 0.001 0.001 0.016 0.957 0.013 0.012 88 Q 0.003 0.002 0.033 0.894 0.041 0.027 89 A 0.002 0.002 0.030 0.806 0.065 0.094 90 G 0.004 0.006 0.017 0.038 0.149 0.787 91 V 0.007 0.019 0.008 0.028 0.161 0.777 92 S 0.009 0.006 0.006 0.060 0.163 0.754 93 K 0.001 0.001 0.023 0.948 0.017 0.011 94 R 0.001 0.001 0.019 0.968 0.009 0.004 95 K 0.001 0.001 0.024 0.965 0.007 0.004 96 I 0.001 0.001 0.006 0.984 0.005 0.005 97 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 98 Y 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 99 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 101 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 103 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 104 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 105 H 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 106 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 107 E 0.001 0.001 0.005 0.976 0.014 0.004 108 S 0.001 0.001 0.012 0.890 0.060 0.037 109 G 0.001 0.002 0.022 0.152 0.277 0.546 110 R 0.005 0.025 0.042 0.052 0.477 0.400 111 L 0.014 0.044 0.014 0.044 0.338 0.546 112 D 0.010 0.010 0.009 0.052 0.259 0.661 113 F 0.001 0.001 0.090 0.865 0.035 0.010 114 T 0.001 0.001 0.171 0.766 0.052 0.009 115 E 0.002 0.003 0.230 0.698 0.060 0.007 116 L 0.008 0.009 0.128 0.696 0.131 0.029 117 E 0.006 0.008 0.073 0.649 0.193 0.070 118 G 0.005 0.004 0.049 0.364 0.298 0.281 119 A 0.005 0.013 0.006 0.063 0.288 0.623 120 E 0.002 0.009 0.005 0.098 0.104 0.782 121 A 0.001 0.002 0.007 0.828 0.040 0.122 122 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 123 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 125 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 127 K 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.004 128 L 0.001 0.001 0.005 0.974 0.012 0.006 129 T 0.003 0.001 0.011 0.908 0.037 0.040 130 A 0.006 0.004 0.018 0.654 0.064 0.254 131 I 0.013 0.021 0.017 0.278 0.170 0.502 132 K 0.013 0.012 0.012 0.131 0.216 0.616 133 G 0.020 0.010 0.014 0.098 0.313 0.545 134 I 0.026 0.024 0.026 0.308 0.258 0.359 135 G 0.022 0.012 0.026 0.444 0.152 0.344 136 Q 0.002 0.002 0.014 0.937 0.015 0.029 137 W 0.001 0.001 0.007 0.983 0.004 0.005 138 T 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.002 139 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 140 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 141 M 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 142 F 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 143 M 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 144 M 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 145 F 0.001 0.001 0.011 0.981 0.004 0.004 146 S 0.001 0.001 0.021 0.905 0.020 0.052 147 L 0.002 0.006 0.038 0.670 0.062 0.223 148 G 0.004 0.004 0.024 0.111 0.142 0.715 149 R 0.013 0.015 0.019 0.024 0.207 0.722 150 L 0.032 0.012 0.022 0.014 0.332 0.588 151 D 0.114 0.011 0.020 0.008 0.337 0.510 152 V 0.630 0.030 0.009 0.006 0.125 0.201 153 L 0.796 0.033 0.003 0.004 0.055 0.109 154 S 0.742 0.022 0.004 0.006 0.117 0.109 155 V 0.285 0.037 0.005 0.052 0.246 0.375 156 G 0.040 0.006 0.008 0.045 0.263 0.637 157 D 0.010 0.004 0.034 0.746 0.117 0.088 158 V 0.008 0.004 0.036 0.833 0.064 0.056 159 G 0.005 0.002 0.023 0.936 0.022 0.011 160 L 0.005 0.001 0.009 0.973 0.007 0.005 161 Q 0.005 0.001 0.008 0.977 0.006 0.004 162 R 0.006 0.001 0.007 0.976 0.007 0.003 163 G 0.004 0.001 0.007 0.978 0.007 0.004 164 A 0.002 0.001 0.012 0.973 0.007 0.005 165 K 0.002 0.001 0.021 0.962 0.011 0.004 166 W 0.002 0.001 0.024 0.941 0.020 0.012 167 L 0.002 0.003 0.023 0.871 0.045 0.055 168 Y 0.006 0.010 0.046 0.439 0.202 0.297 169 G 0.008 0.007 0.047 0.078 0.378 0.482 170 N 0.014 0.013 0.035 0.027 0.478 0.433 171 G 0.020 0.022 0.038 0.020 0.538 0.363 172 E 0.025 0.029 0.043 0.034 0.539 0.330 173 G 0.014 0.019 0.026 0.031 0.588 0.322 174 D 0.009 0.024 0.017 0.082 0.474 0.393 175 G 0.006 0.014 0.010 0.185 0.179 0.607 176 K 0.001 0.001 0.009 0.979 0.006 0.005 177 K 0.001 0.001 0.007 0.987 0.003 0.002 178 L 0.001 0.001 0.011 0.981 0.005 0.002 179 L 0.003 0.001 0.007 0.982 0.004 0.003 180 I 0.005 0.001 0.012 0.971 0.007 0.004 181 Y 0.006 0.001 0.012 0.960 0.014 0.007 182 H 0.004 0.001 0.013 0.957 0.015 0.010 183 G 0.003 0.003 0.026 0.914 0.024 0.029 184 K 0.003 0.001 0.151 0.757 0.062 0.026 185 A 0.003 0.002 0.099 0.776 0.070 0.049 186 W 0.004 0.006 0.046 0.541 0.122 0.281 187 A 0.004 0.010 0.006 0.064 0.188 0.728 188 P 0.004 0.004 0.012 0.062 0.281 0.637 189 Y 0.008 0.006 0.099 0.360 0.341 0.186 190 E 0.019 0.007 0.080 0.493 0.271 0.130 191 T 0.039 0.008 0.072 0.655 0.142 0.083 192 V 0.067 0.009 0.034 0.759 0.066 0.064 193 A 0.111 0.007 0.039 0.741 0.054 0.048 194 C 0.112 0.002 0.044 0.776 0.035 0.031 195 L 0.118 0.002 0.033 0.804 0.023 0.020 196 Y 0.120 0.002 0.028 0.795 0.029 0.025 197 L 0.128 0.004 0.029 0.778 0.033 0.028 198 W 0.098 0.002 0.036 0.790 0.038 0.036 199 K 0.142 0.004 0.064 0.642 0.061 0.087 200 A 0.113 0.008 0.059 0.621 0.084 0.114 201 A 0.066 0.008 0.036 0.508 0.112 0.270 202 G 0.033 0.004 0.016 0.099 0.127 0.720 203 T 0.066 0.018 0.030 0.129 0.174 0.583 204 F 0.093 0.021 0.052 0.140 0.233 0.460 205 A 0.043 0.008 0.205 0.284 0.207 0.253 206 E 0.045 0.008 0.296 0.250 0.203 0.197 207 E 0.041 0.006 0.305 0.256 0.227 0.166 208 Y 0.027 0.008 0.182 0.356 0.186 0.242 209 R 0.035 0.020 0.053 0.252 0.185 0.455 210 S 0.039 0.014 0.044 0.289 0.220 0.395 211 L 0.009 0.003 0.105 0.652 0.104 0.127 212 E 0.009 0.003 0.137 0.763 0.051 0.037 213 E 0.009 0.004 0.155 0.748 0.062 0.022 214 L 0.014 0.004 0.091 0.701 0.116 0.074 215 L 0.024 0.009 0.054 0.600 0.184 0.130 216 H 0.033 0.012 0.048 0.498 0.245 0.164 217 H 0.035 0.011 0.055 0.226 0.357 0.316 218 G 0.034 0.008 0.160 0.170 0.354 0.274 219 N 0.074 0.015 0.164 0.183 0.306 0.257 220 Q 0.086 0.024 0.115 0.199 0.264 0.313 221 C 0.087 0.025 0.032 0.145 0.210 0.501