# TARGET T0323 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1224 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.011 0.035 0.031 0.062 0.122 0.062 0.649 2 R 0.043 0.012 0.037 0.069 0.087 0.149 0.134 0.470 3 Y 0.067 0.016 0.023 0.027 0.041 0.119 0.095 0.612 4 F 0.121 0.021 0.021 0.023 0.035 0.122 0.081 0.576 5 S 0.086 0.026 0.016 0.012 0.017 0.131 0.071 0.639 6 T 0.024 0.041 0.010 0.005 0.007 0.132 0.031 0.750 7 D 0.078 0.297 0.009 0.004 0.006 0.084 0.041 0.481 8 S 0.247 0.498 0.005 0.002 0.002 0.043 0.051 0.152 9 P 0.064 0.282 0.010 0.004 0.005 0.050 0.375 0.210 10 E 0.036 0.680 0.007 0.002 0.004 0.029 0.130 0.111 11 V 0.039 0.816 0.005 0.002 0.004 0.021 0.029 0.083 12 K 0.021 0.765 0.015 0.007 0.009 0.024 0.027 0.132 13 T 0.040 0.774 0.010 0.003 0.006 0.020 0.060 0.086 14 I 0.101 0.617 0.024 0.004 0.004 0.026 0.139 0.085 15 V 0.091 0.384 0.028 0.007 0.007 0.053 0.224 0.205 16 A 0.042 0.365 0.015 0.003 0.003 0.049 0.171 0.352 17 Q 0.036 0.681 0.005 0.001 0.001 0.022 0.102 0.151 18 D 0.051 0.803 0.005 0.001 0.001 0.014 0.046 0.079 19 S 0.019 0.701 0.005 0.002 0.002 0.027 0.086 0.157 20 R 0.009 0.929 0.002 0.001 0.001 0.007 0.018 0.033 21 L 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.010 22 F 0.006 0.957 0.004 0.001 0.001 0.003 0.016 0.013 23 Q 0.012 0.911 0.009 0.001 0.001 0.005 0.039 0.022 24 F 0.070 0.664 0.052 0.003 0.003 0.011 0.166 0.030 25 I 0.183 0.328 0.084 0.010 0.008 0.031 0.203 0.153 26 E 0.103 0.063 0.057 0.006 0.006 0.058 0.078 0.629 27 I 0.093 0.022 0.017 0.004 0.004 0.073 0.036 0.750 28 A 0.095 0.007 0.021 0.005 0.005 0.087 0.033 0.748 29 G 0.055 0.005 0.010 0.005 0.009 0.095 0.018 0.804 30 E 0.033 0.002 0.014 0.006 0.009 0.085 0.019 0.832 31 V 0.012 0.002 0.036 0.030 0.026 0.139 0.031 0.724 32 Q 0.027 0.002 0.035 0.018 0.031 0.111 0.055 0.721 33 L 0.156 0.003 0.026 0.028 0.023 0.088 0.042 0.634 34 P 0.038 0.002 0.023 0.017 0.023 0.092 0.021 0.785 35 T 0.051 0.005 0.011 0.005 0.010 0.107 0.026 0.784 36 K 0.025 0.016 0.011 0.011 0.017 0.175 0.024 0.720 37 P 0.010 0.024 0.004 0.002 0.002 0.064 0.022 0.872 38 N 0.046 0.683 0.002 0.004 0.002 0.023 0.178 0.061 39 P 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 40 F 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 41 Q 0.001 0.639 0.002 0.001 0.002 0.002 0.347 0.005 42 S 0.001 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.001 43 L 0.001 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 44 V 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 45 S 0.002 0.870 0.008 0.002 0.003 0.004 0.100 0.010 46 S 0.006 0.908 0.004 0.002 0.001 0.005 0.065 0.009 47 I 0.034 0.869 0.016 0.002 0.002 0.007 0.052 0.018 48 V 0.157 0.554 0.013 0.003 0.005 0.038 0.113 0.117 49 E 0.050 0.177 0.012 0.003 0.004 0.045 0.459 0.251 50 Q 0.009 0.615 0.010 0.003 0.004 0.034 0.088 0.239 51 Q 0.017 0.707 0.013 0.005 0.008 0.045 0.020 0.186 52 L 0.019 0.603 0.021 0.013 0.008 0.053 0.059 0.222 53 S 0.020 0.934 0.003 0.001 0.001 0.004 0.019 0.018 54 I 0.050 0.719 0.008 0.002 0.002 0.008 0.174 0.037 55 K 0.008 0.795 0.011 0.007 0.004 0.017 0.097 0.062 56 A 0.013 0.911 0.003 0.001 0.002 0.006 0.025 0.039 57 A 0.011 0.934 0.002 0.001 0.001 0.004 0.031 0.016 58 S 0.009 0.910 0.004 0.002 0.002 0.005 0.046 0.024 59 A 0.008 0.901 0.002 0.001 0.001 0.007 0.040 0.039 60 I 0.007 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.029 0.011 61 Y 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.008 62 G 0.003 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.027 0.016 63 R 0.004 0.964 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.009 64 V 0.054 0.773 0.013 0.002 0.002 0.007 0.132 0.018 65 E 0.082 0.379 0.084 0.009 0.005 0.025 0.307 0.109 66 Q 0.179 0.181 0.045 0.005 0.005 0.056 0.065 0.464 67 L 0.284 0.046 0.042 0.004 0.004 0.082 0.046 0.492 68 V 0.087 0.020 0.016 0.005 0.008 0.099 0.053 0.714 69 G 0.045 0.006 0.008 0.002 0.004 0.063 0.014 0.858 70 G 0.025 0.010 0.022 0.018 0.018 0.123 0.032 0.753 71 A 0.046 0.019 0.029 0.008 0.009 0.130 0.036 0.724 72 L 0.060 0.038 0.028 0.013 0.012 0.146 0.026 0.677 73 E 0.016 0.043 0.014 0.004 0.003 0.081 0.012 0.827 74 K 0.113 0.791 0.004 0.001 0.001 0.011 0.022 0.057 75 P 0.128 0.803 0.003 0.001 0.001 0.010 0.016 0.038 76 E 0.068 0.570 0.039 0.007 0.005 0.021 0.124 0.166 77 Q 0.300 0.422 0.015 0.004 0.007 0.038 0.027 0.186 78 L 0.373 0.029 0.032 0.005 0.008 0.076 0.259 0.218 79 Y 0.052 0.092 0.017 0.006 0.010 0.119 0.089 0.615 80 R 0.012 0.049 0.004 0.001 0.004 0.063 0.009 0.859 81 V 0.011 0.119 0.010 0.006 0.003 0.110 0.018 0.723 82 S 0.116 0.818 0.002 0.001 0.001 0.009 0.027 0.026 83 D 0.216 0.703 0.004 0.001 0.001 0.009 0.024 0.043 84 E 0.044 0.668 0.046 0.006 0.004 0.025 0.041 0.165 85 A 0.126 0.480 0.051 0.004 0.005 0.043 0.057 0.234 86 L 0.195 0.094 0.158 0.007 0.008 0.103 0.137 0.298 87 R 0.506 0.047 0.024 0.003 0.003 0.051 0.034 0.333 88 Q 0.067 0.011 0.006 0.001 0.002 0.043 0.060 0.811 89 A 0.007 0.032 0.034 0.005 0.013 0.177 0.028 0.703 90 G 0.034 0.074 0.036 0.013 0.031 0.131 0.050 0.631 91 V 0.043 0.191 0.043 0.037 0.013 0.082 0.063 0.528 92 S 0.033 0.799 0.009 0.004 0.007 0.013 0.047 0.089 93 K 0.025 0.857 0.004 0.002 0.003 0.013 0.030 0.066 94 R 0.004 0.824 0.012 0.008 0.005 0.012 0.078 0.057 95 K 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 96 I 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 97 E 0.001 0.874 0.003 0.001 0.001 0.001 0.114 0.005 98 Y 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.003 99 I 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 100 R 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 101 H 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.014 102 V 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 103 C 0.010 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.006 104 E 0.016 0.507 0.012 0.002 0.002 0.014 0.357 0.090 105 H 0.013 0.302 0.046 0.002 0.003 0.030 0.542 0.062 106 V 0.246 0.329 0.086 0.007 0.006 0.034 0.202 0.090 107 E 0.299 0.068 0.028 0.005 0.006 0.067 0.038 0.488 108 S 0.012 0.012 0.017 0.002 0.004 0.076 0.020 0.857 109 G 0.059 0.032 0.013 0.003 0.005 0.142 0.023 0.725 110 R 0.139 0.025 0.015 0.007 0.005 0.145 0.079 0.586 111 L 0.026 0.045 0.008 0.004 0.003 0.114 0.020 0.780 112 D 0.101 0.448 0.010 0.003 0.005 0.037 0.040 0.356 113 F 0.181 0.504 0.015 0.007 0.004 0.040 0.046 0.203 114 T 0.078 0.262 0.080 0.021 0.017 0.053 0.142 0.348 115 E 0.327 0.224 0.018 0.007 0.009 0.055 0.036 0.322 116 L 0.528 0.051 0.028 0.005 0.007 0.065 0.052 0.263 117 E 0.046 0.049 0.010 0.004 0.009 0.100 0.029 0.752 118 G 0.016 0.016 0.005 0.001 0.004 0.059 0.050 0.850 119 A 0.017 0.031 0.010 0.008 0.004 0.136 0.367 0.427 120 E 0.058 0.561 0.006 0.003 0.004 0.043 0.118 0.207 121 A 0.022 0.898 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.061 122 T 0.007 0.934 0.004 0.001 0.001 0.007 0.007 0.040 123 T 0.005 0.971 0.004 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 124 V 0.025 0.947 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 125 I 0.013 0.028 0.008 0.001 0.001 0.002 0.944 0.004 126 E 0.014 0.469 0.010 0.003 0.002 0.016 0.389 0.097 127 K 0.127 0.376 0.032 0.003 0.007 0.034 0.071 0.350 128 L 0.148 0.137 0.045 0.021 0.014 0.103 0.098 0.434 129 T 0.046 0.020 0.026 0.011 0.017 0.090 0.050 0.739 130 A 0.087 0.008 0.009 0.002 0.003 0.111 0.016 0.763 131 I 0.219 0.011 0.037 0.010 0.008 0.168 0.079 0.470 132 K 0.038 0.006 0.024 0.003 0.006 0.148 0.020 0.756 133 G 0.026 0.017 0.045 0.003 0.007 0.107 0.033 0.763 134 I 0.030 0.044 0.091 0.009 0.007 0.089 0.139 0.592 135 G 0.096 0.386 0.028 0.007 0.007 0.053 0.200 0.223 136 Q 0.019 0.574 0.020 0.003 0.005 0.048 0.096 0.236 137 W 0.003 0.896 0.007 0.004 0.005 0.011 0.027 0.047 138 T 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 139 A 0.001 0.932 0.001 0.001 0.002 0.002 0.058 0.004 140 E 0.001 0.836 0.004 0.002 0.003 0.001 0.151 0.002 141 M 0.002 0.934 0.004 0.001 0.002 0.001 0.053 0.003 142 F 0.012 0.626 0.071 0.008 0.014 0.007 0.252 0.011 143 M 0.031 0.366 0.083 0.016 0.017 0.021 0.428 0.039 144 M 0.076 0.207 0.098 0.017 0.019 0.058 0.291 0.233 145 F 0.222 0.077 0.045 0.019 0.022 0.094 0.107 0.415 146 S 0.112 0.019 0.021 0.008 0.010 0.139 0.078 0.613 147 L 0.012 0.006 0.021 0.005 0.009 0.164 0.047 0.737 148 G 0.034 0.009 0.028 0.009 0.016 0.175 0.048 0.681 149 R 0.148 0.014 0.020 0.011 0.012 0.168 0.076 0.549 150 L 0.029 0.008 0.043 0.010 0.018 0.138 0.072 0.682 151 D 0.021 0.013 0.232 0.025 0.063 0.128 0.107 0.411 152 V 0.008 0.008 0.156 0.024 0.037 0.115 0.071 0.580 153 L 0.013 0.012 0.508 0.057 0.042 0.076 0.043 0.249 154 S 0.124 0.087 0.243 0.022 0.042 0.096 0.120 0.265 155 V 0.078 0.113 0.178 0.024 0.030 0.129 0.118 0.330 156 G 0.080 0.259 0.051 0.010 0.020 0.091 0.063 0.427 157 D 0.048 0.563 0.020 0.006 0.011 0.054 0.115 0.182 158 V 0.008 0.710 0.022 0.012 0.018 0.042 0.059 0.130 159 G 0.009 0.871 0.009 0.008 0.015 0.009 0.050 0.029 160 L 0.008 0.862 0.005 0.005 0.006 0.008 0.090 0.017 161 Q 0.004 0.839 0.008 0.008 0.009 0.004 0.115 0.013 162 R 0.006 0.905 0.006 0.008 0.012 0.005 0.043 0.015 163 G 0.021 0.862 0.018 0.006 0.010 0.009 0.056 0.018 164 A 0.047 0.626 0.046 0.030 0.032 0.018 0.147 0.054 165 K 0.081 0.318 0.041 0.030 0.040 0.052 0.153 0.287 166 W 0.116 0.112 0.049 0.026 0.029 0.106 0.180 0.383 167 L 0.091 0.048 0.054 0.039 0.046 0.135 0.133 0.454 168 Y 0.085 0.019 0.023 0.014 0.028 0.126 0.043 0.663 169 G 0.039 0.009 0.020 0.017 0.027 0.122 0.060 0.706 170 N 0.091 0.012 0.016 0.016 0.022 0.136 0.044 0.663 171 G 0.102 0.012 0.014 0.014 0.019 0.131 0.061 0.647 172 E 0.065 0.019 0.009 0.005 0.008 0.129 0.022 0.743 173 G 0.086 0.050 0.011 0.008 0.012 0.117 0.025 0.692 174 D 0.027 0.090 0.008 0.007 0.008 0.104 0.015 0.740 175 G 0.040 0.776 0.003 0.003 0.005 0.018 0.031 0.123 176 K 0.019 0.925 0.002 0.002 0.002 0.007 0.011 0.033 177 K 0.005 0.922 0.005 0.006 0.006 0.005 0.019 0.031 178 L 0.008 0.905 0.005 0.005 0.006 0.006 0.041 0.024 179 L 0.020 0.759 0.008 0.004 0.005 0.006 0.185 0.012 180 I 0.015 0.849 0.009 0.006 0.006 0.005 0.090 0.020 181 Y 0.050 0.714 0.014 0.009 0.011 0.016 0.068 0.117 182 H 0.096 0.266 0.050 0.019 0.017 0.045 0.326 0.181 183 G 0.394 0.167 0.016 0.011 0.014 0.043 0.092 0.263 184 K 0.263 0.021 0.007 0.004 0.004 0.054 0.027 0.620 185 A 0.010 0.014 0.006 0.004 0.006 0.097 0.021 0.841 186 W 0.029 0.019 0.011 0.003 0.007 0.109 0.018 0.805 187 A 0.071 0.024 0.019 0.018 0.009 0.155 0.130 0.573 188 P 0.060 0.176 0.015 0.004 0.005 0.076 0.095 0.569 189 Y 0.096 0.571 0.009 0.003 0.005 0.050 0.049 0.216 190 E 0.026 0.630 0.018 0.009 0.010 0.043 0.033 0.232 191 T 0.027 0.812 0.008 0.005 0.010 0.019 0.040 0.081 192 V 0.027 0.773 0.014 0.010 0.014 0.023 0.082 0.057 193 A 0.023 0.683 0.019 0.023 0.043 0.023 0.114 0.072 194 C 0.031 0.591 0.021 0.028 0.048 0.031 0.138 0.112 195 L 0.032 0.446 0.050 0.056 0.095 0.046 0.104 0.170 196 Y 0.047 0.214 0.063 0.156 0.230 0.051 0.092 0.147 197 L 0.057 0.094 0.067 0.084 0.154 0.077 0.123 0.345 198 W 0.081 0.067 0.045 0.147 0.174 0.081 0.084 0.320 199 K 0.036 0.015 0.025 0.054 0.075 0.097 0.100 0.596 200 A 0.037 0.030 0.018 0.031 0.037 0.121 0.069 0.657 201 A 0.130 0.089 0.018 0.024 0.033 0.086 0.059 0.561 202 G 0.095 0.082 0.016 0.015 0.019 0.088 0.039 0.645 203 T 0.058 0.098 0.030 0.028 0.029 0.100 0.043 0.614 204 F 0.109 0.155 0.025 0.022 0.027 0.081 0.068 0.515 205 A 0.262 0.126 0.023 0.017 0.022 0.066 0.081 0.403 206 E 0.079 0.055 0.031 0.031 0.028 0.091 0.087 0.598 207 E 0.029 0.049 0.017 0.013 0.022 0.086 0.049 0.734 208 Y 0.167 0.108 0.019 0.013 0.017 0.106 0.036 0.535 209 R 0.047 0.130 0.016 0.019 0.019 0.119 0.026 0.625 210 S 0.035 0.392 0.005 0.003 0.004 0.045 0.014 0.502 211 L 0.104 0.725 0.008 0.004 0.003 0.021 0.043 0.091 212 E 0.117 0.689 0.009 0.006 0.004 0.026 0.037 0.111 213 E 0.196 0.400 0.019 0.006 0.008 0.034 0.123 0.214 214 L 0.139 0.230 0.026 0.010 0.015 0.104 0.103 0.373 215 L 0.128 0.090 0.020 0.013 0.021 0.106 0.118 0.504 216 H 0.066 0.056 0.009 0.007 0.011 0.099 0.063 0.688 217 H 0.105 0.113 0.011 0.012 0.024 0.104 0.101 0.530 218 G 0.085 0.059 0.015 0.019 0.040 0.122 0.063 0.597 219 N 0.055 0.035 0.028 0.055 0.093 0.119 0.099 0.517 220 Q 0.025 0.024 0.035 0.058 0.090 0.115 0.087 0.567 221 C 0.031 0.020 0.050 0.093 0.134 0.100 0.078 0.494