# TARGET T0323 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1224 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.017 0.085 0.037 0.067 0.077 0.009 0.650 2 R 0.070 0.024 0.110 0.071 0.106 0.141 0.013 0.465 3 Y 0.052 0.019 0.068 0.037 0.069 0.080 0.008 0.668 4 F 0.083 0.025 0.077 0.041 0.087 0.103 0.007 0.576 5 S 0.077 0.026 0.039 0.032 0.049 0.192 0.012 0.573 6 T 0.121 0.022 0.026 0.014 0.027 0.096 0.013 0.681 7 D 0.112 0.033 0.027 0.010 0.020 0.266 0.018 0.514 8 S 0.137 0.023 0.014 0.008 0.015 0.264 0.011 0.528 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.994 10 E 0.013 0.050 0.005 0.005 0.016 0.368 0.003 0.542 11 V 0.180 0.356 0.012 0.006 0.014 0.102 0.008 0.321 12 K 0.041 0.777 0.006 0.008 0.011 0.028 0.004 0.124 13 T 0.064 0.747 0.010 0.009 0.011 0.020 0.007 0.133 14 I 0.055 0.796 0.013 0.007 0.014 0.013 0.007 0.096 15 V 0.025 0.830 0.007 0.007 0.016 0.017 0.006 0.092 16 A 0.045 0.792 0.010 0.008 0.011 0.024 0.013 0.097 17 Q 0.139 0.670 0.012 0.004 0.005 0.032 0.024 0.113 18 D 0.148 0.629 0.015 0.004 0.005 0.018 0.022 0.159 19 S 0.055 0.363 0.021 0.004 0.005 0.042 0.016 0.493 20 R 0.082 0.302 0.012 0.003 0.005 0.239 0.017 0.340 21 L 0.137 0.481 0.014 0.003 0.007 0.159 0.014 0.184 22 F 0.024 0.829 0.007 0.002 0.003 0.028 0.003 0.105 23 Q 0.010 0.846 0.004 0.001 0.002 0.021 0.003 0.114 24 F 0.021 0.878 0.003 0.001 0.003 0.012 0.004 0.077 25 I 0.007 0.967 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 26 E 0.008 0.965 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.016 27 I 0.038 0.911 0.005 0.002 0.002 0.003 0.018 0.021 28 A 0.053 0.875 0.009 0.004 0.004 0.002 0.021 0.032 29 G 0.157 0.384 0.044 0.019 0.014 0.019 0.105 0.259 30 E 0.219 0.074 0.062 0.012 0.011 0.046 0.057 0.520 31 V 0.257 0.056 0.119 0.034 0.038 0.053 0.029 0.413 32 Q 0.044 0.018 0.054 0.030 0.037 0.087 0.014 0.716 33 L 0.044 0.012 0.108 0.067 0.070 0.071 0.006 0.621 34 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.989 35 T 0.013 0.003 0.018 0.018 0.042 0.086 0.005 0.816 36 K 0.143 0.007 0.035 0.022 0.025 0.097 0.007 0.664 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 38 N 0.029 0.007 0.014 0.020 0.037 0.259 0.002 0.632 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 40 F 0.019 0.021 0.007 0.007 0.020 0.605 0.002 0.319 41 Q 0.304 0.140 0.007 0.004 0.008 0.302 0.004 0.231 42 S 0.019 0.823 0.003 0.003 0.004 0.018 0.001 0.129 43 L 0.007 0.898 0.003 0.006 0.008 0.015 0.002 0.061 44 V 0.013 0.907 0.004 0.004 0.011 0.008 0.003 0.050 45 S 0.001 0.989 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 46 S 0.003 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 47 I 0.018 0.950 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.021 48 V 0.023 0.924 0.003 0.002 0.004 0.003 0.005 0.036 49 E 0.042 0.858 0.002 0.002 0.002 0.004 0.013 0.077 50 Q 0.207 0.597 0.007 0.002 0.001 0.006 0.070 0.109 51 Q 0.151 0.642 0.018 0.004 0.003 0.013 0.041 0.128 52 L 0.037 0.600 0.062 0.013 0.012 0.035 0.013 0.228 53 S 0.021 0.467 0.038 0.016 0.019 0.070 0.008 0.362 54 I 0.022 0.507 0.039 0.008 0.020 0.031 0.005 0.368 55 K 0.007 0.747 0.017 0.007 0.008 0.048 0.003 0.164 56 A 0.021 0.768 0.006 0.004 0.005 0.071 0.006 0.120 57 A 0.018 0.947 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.024 58 S 0.006 0.956 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.026 59 A 0.029 0.865 0.003 0.002 0.002 0.007 0.008 0.084 60 I 0.059 0.865 0.002 0.001 0.002 0.007 0.009 0.054 61 Y 0.020 0.903 0.005 0.001 0.003 0.008 0.006 0.053 62 G 0.012 0.887 0.003 0.001 0.002 0.007 0.005 0.083 63 R 0.012 0.889 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.080 64 V 0.013 0.920 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.053 65 E 0.004 0.965 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.021 66 Q 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 67 L 0.018 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 68 V 0.025 0.936 0.004 0.002 0.002 0.001 0.013 0.017 69 G 0.175 0.575 0.044 0.008 0.006 0.008 0.081 0.103 70 G 0.170 0.304 0.169 0.018 0.012 0.027 0.052 0.249 71 A 0.157 0.111 0.057 0.010 0.016 0.082 0.038 0.528 72 L 0.156 0.084 0.119 0.022 0.030 0.079 0.018 0.492 73 E 0.018 0.029 0.047 0.013 0.012 0.106 0.009 0.765 74 K 0.056 0.024 0.027 0.014 0.020 0.148 0.006 0.704 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 76 E 0.006 0.013 0.010 0.011 0.039 0.256 0.002 0.662 77 Q 0.140 0.091 0.007 0.004 0.014 0.293 0.008 0.443 78 L 0.124 0.731 0.003 0.004 0.012 0.013 0.003 0.111 79 Y 0.138 0.750 0.006 0.005 0.010 0.015 0.009 0.067 80 R 0.748 0.117 0.006 0.004 0.002 0.004 0.062 0.058 81 V 0.720 0.058 0.098 0.005 0.005 0.007 0.046 0.060 82 S 0.090 0.067 0.090 0.019 0.048 0.096 0.023 0.566 83 D 0.002 0.007 0.012 0.002 0.011 0.008 0.001 0.959 84 E 0.006 0.014 0.010 0.002 0.004 0.373 0.002 0.588 85 A 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.929 0.002 0.046 86 L 0.155 0.730 0.004 0.002 0.002 0.008 0.002 0.097 87 R 0.011 0.832 0.006 0.002 0.006 0.018 0.003 0.121 88 Q 0.053 0.560 0.016 0.006 0.006 0.016 0.021 0.323 89 A 0.188 0.663 0.011 0.008 0.008 0.007 0.038 0.077 90 G 0.548 0.124 0.022 0.015 0.013 0.015 0.084 0.179 91 V 0.076 0.093 0.476 0.021 0.019 0.056 0.012 0.247 92 S 0.014 0.087 0.040 0.018 0.027 0.136 0.005 0.672 93 K 0.043 0.116 0.042 0.009 0.023 0.079 0.005 0.684 94 R 0.038 0.220 0.027 0.009 0.011 0.341 0.006 0.347 95 K 0.119 0.355 0.013 0.005 0.006 0.179 0.013 0.310 96 I 0.028 0.879 0.008 0.003 0.006 0.015 0.002 0.059 97 E 0.004 0.936 0.002 0.002 0.003 0.011 0.001 0.039 98 Y 0.016 0.906 0.002 0.001 0.002 0.011 0.004 0.058 99 I 0.016 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.023 100 R 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 101 H 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 102 V 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 103 C 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 104 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 105 H 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 106 V 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 107 E 0.013 0.964 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.011 108 S 0.031 0.903 0.008 0.003 0.002 0.002 0.017 0.034 109 G 0.422 0.280 0.017 0.003 0.002 0.007 0.145 0.125 110 R 0.465 0.184 0.081 0.006 0.004 0.024 0.061 0.176 111 L 0.048 0.067 0.141 0.013 0.012 0.123 0.021 0.574 112 D 0.049 0.023 0.029 0.008 0.013 0.163 0.011 0.703 113 F 0.096 0.033 0.077 0.008 0.028 0.068 0.006 0.686 114 T 0.018 0.028 0.022 0.006 0.015 0.342 0.003 0.566 115 E 0.058 0.051 0.007 0.003 0.011 0.430 0.007 0.433 116 L 0.185 0.572 0.008 0.006 0.015 0.049 0.005 0.160 117 E 0.142 0.526 0.017 0.012 0.015 0.071 0.029 0.188 118 G 0.589 0.094 0.009 0.005 0.005 0.020 0.056 0.222 119 A 0.468 0.156 0.115 0.013 0.021 0.030 0.024 0.174 120 E 0.009 0.036 0.015 0.005 0.011 0.065 0.004 0.854 121 A 0.024 0.044 0.026 0.005 0.023 0.064 0.008 0.806 122 T 0.043 0.057 0.018 0.002 0.005 0.106 0.006 0.762 123 T 0.043 0.069 0.008 0.001 0.002 0.323 0.005 0.548 124 V 0.054 0.453 0.006 0.002 0.005 0.110 0.004 0.367 125 I 0.011 0.836 0.004 0.001 0.006 0.011 0.001 0.130 126 E 0.004 0.910 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.072 127 K 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 128 L 0.033 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 129 T 0.036 0.904 0.009 0.006 0.005 0.002 0.013 0.025 130 A 0.108 0.599 0.031 0.007 0.009 0.008 0.057 0.182 131 I 0.142 0.473 0.144 0.020 0.020 0.015 0.033 0.153 132 K 0.002 0.049 0.014 0.004 0.003 0.008 0.003 0.917 133 G 0.034 0.038 0.055 0.011 0.015 0.059 0.020 0.767 134 I 0.218 0.055 0.137 0.016 0.008 0.057 0.018 0.492 135 G 0.048 0.062 0.141 0.022 0.021 0.126 0.011 0.569 136 Q 0.010 0.026 0.041 0.008 0.012 0.039 0.001 0.862 137 W 0.009 0.103 0.038 0.018 0.021 0.137 0.002 0.671 138 T 0.048 0.235 0.022 0.012 0.024 0.237 0.007 0.414 139 A 0.012 0.859 0.012 0.008 0.011 0.015 0.002 0.082 140 E 0.006 0.855 0.006 0.004 0.007 0.038 0.003 0.082 141 M 0.035 0.878 0.003 0.003 0.005 0.032 0.005 0.040 142 F 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 143 M 0.002 0.985 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 144 M 0.005 0.984 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 145 F 0.050 0.906 0.003 0.005 0.005 0.001 0.022 0.009 146 S 0.135 0.752 0.020 0.010 0.009 0.004 0.045 0.025 147 L 0.134 0.562 0.086 0.027 0.024 0.010 0.067 0.090 148 G 0.338 0.112 0.056 0.033 0.030 0.034 0.137 0.260 149 R 0.144 0.054 0.355 0.028 0.041 0.065 0.033 0.280 150 L 0.003 0.011 0.047 0.011 0.012 0.030 0.002 0.883 151 D 0.037 0.016 0.200 0.067 0.079 0.148 0.022 0.431 152 V 0.166 0.010 0.226 0.026 0.032 0.077 0.017 0.445 153 L 0.017 0.007 0.790 0.055 0.033 0.021 0.004 0.072 154 S 0.007 0.005 0.198 0.035 0.057 0.101 0.004 0.592 155 V 0.012 0.011 0.439 0.046 0.107 0.053 0.003 0.331 156 G 0.006 0.019 0.182 0.036 0.052 0.205 0.004 0.497 157 D 0.070 0.021 0.065 0.017 0.037 0.261 0.014 0.515 158 V 0.081 0.123 0.176 0.039 0.039 0.109 0.008 0.425 159 G 0.060 0.091 0.032 0.032 0.044 0.326 0.014 0.400 160 L 0.100 0.244 0.079 0.037 0.063 0.121 0.011 0.343 161 Q 0.013 0.726 0.022 0.028 0.042 0.033 0.003 0.134 162 R 0.024 0.604 0.016 0.018 0.034 0.058 0.007 0.240 163 G 0.018 0.879 0.005 0.007 0.012 0.012 0.004 0.063 164 A 0.009 0.938 0.004 0.004 0.009 0.004 0.003 0.028 165 K 0.009 0.948 0.002 0.003 0.004 0.003 0.004 0.026 166 W 0.036 0.904 0.004 0.003 0.004 0.003 0.014 0.032 167 L 0.076 0.844 0.007 0.006 0.006 0.004 0.024 0.033 168 Y 0.093 0.679 0.034 0.023 0.020 0.011 0.046 0.095 169 G 0.158 0.291 0.055 0.031 0.032 0.035 0.060 0.339 170 N 0.217 0.162 0.093 0.034 0.040 0.052 0.041 0.360 171 G 0.079 0.059 0.042 0.024 0.024 0.057 0.020 0.695 172 E 0.057 0.025 0.060 0.017 0.023 0.129 0.014 0.674 173 G 0.058 0.019 0.025 0.013 0.016 0.098 0.010 0.760 174 D 0.031 0.008 0.011 0.004 0.006 0.071 0.004 0.865 175 G 0.036 0.013 0.010 0.005 0.008 0.221 0.006 0.701 176 K 0.068 0.016 0.012 0.003 0.011 0.131 0.004 0.754 177 K 0.015 0.045 0.006 0.003 0.007 0.212 0.002 0.709 178 L 0.042 0.195 0.003 0.004 0.008 0.321 0.003 0.424 179 L 0.028 0.793 0.002 0.003 0.006 0.021 0.002 0.143 180 I 0.005 0.926 0.002 0.002 0.007 0.007 0.001 0.050 181 Y 0.002 0.973 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 182 H 0.010 0.964 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.017 183 G 0.020 0.954 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.014 184 K 0.023 0.925 0.004 0.003 0.004 0.004 0.008 0.028 185 A 0.079 0.794 0.005 0.004 0.003 0.006 0.033 0.076 186 W 0.128 0.648 0.028 0.005 0.005 0.006 0.074 0.107 187 A 0.180 0.359 0.045 0.040 0.024 0.032 0.030 0.290 188 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 189 Y 0.010 0.026 0.017 0.020 0.056 0.115 0.004 0.752 190 E 0.206 0.065 0.018 0.008 0.008 0.151 0.013 0.531 191 T 0.153 0.219 0.010 0.012 0.012 0.102 0.009 0.483 192 V 0.150 0.415 0.034 0.015 0.025 0.065 0.005 0.291 193 A 0.036 0.632 0.020 0.026 0.033 0.072 0.006 0.175 194 C 0.042 0.754 0.010 0.023 0.031 0.031 0.013 0.096 195 L 0.052 0.845 0.012 0.018 0.024 0.010 0.008 0.031 196 Y 0.043 0.796 0.015 0.033 0.037 0.015 0.012 0.049 197 L 0.049 0.697 0.027 0.053 0.066 0.015 0.016 0.077 198 W 0.056 0.613 0.033 0.071 0.083 0.019 0.018 0.106 199 K 0.073 0.434 0.035 0.069 0.077 0.031 0.033 0.249 200 A 0.071 0.385 0.056 0.067 0.083 0.036 0.022 0.280 201 A 0.047 0.164 0.038 0.055 0.066 0.057 0.021 0.552 202 G 0.053 0.058 0.025 0.021 0.028 0.045 0.017 0.752 203 T 0.161 0.109 0.060 0.046 0.047 0.110 0.018 0.450 204 F 0.040 0.051 0.021 0.016 0.023 0.068 0.007 0.773 205 A 0.049 0.128 0.055 0.037 0.078 0.073 0.008 0.572 206 E 0.067 0.102 0.041 0.027 0.047 0.233 0.013 0.471 207 E 0.189 0.105 0.015 0.009 0.018 0.200 0.018 0.445 208 Y 0.208 0.318 0.033 0.014 0.024 0.065 0.015 0.324 209 R 0.067 0.241 0.034 0.016 0.019 0.120 0.015 0.489 210 S 0.063 0.105 0.014 0.007 0.015 0.154 0.015 0.627 211 L 0.137 0.194 0.017 0.007 0.028 0.038 0.010 0.569 212 E 0.022 0.143 0.009 0.004 0.010 0.168 0.006 0.637 213 E 0.040 0.267 0.006 0.004 0.008 0.288 0.009 0.377 214 L 0.051 0.875 0.003 0.003 0.005 0.009 0.003 0.051 215 L 0.054 0.848 0.004 0.005 0.007 0.011 0.011 0.058 216 H 0.122 0.757 0.020 0.009 0.008 0.016 0.023 0.047 217 H 0.240 0.607 0.014 0.009 0.013 0.013 0.045 0.059 218 G 0.492 0.228 0.026 0.017 0.014 0.012 0.086 0.126 219 N 0.210 0.145 0.214 0.030 0.029 0.084 0.053 0.236 220 Q 0.112 0.090 0.111 0.041 0.070 0.113 0.023 0.441 221 C 0.063 0.087 0.092 0.068 0.118 0.098 0.011 0.463