# TARGET T0323 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1224 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.984 2 R 0.062 0.039 0.015 0.061 0.008 0.030 0.786 3 Y 0.077 0.031 0.048 0.082 0.126 0.088 0.548 4 F 0.041 0.013 0.069 0.060 0.093 0.128 0.598 5 S 0.024 0.013 0.058 0.053 0.142 0.137 0.573 6 T 0.012 0.011 0.039 0.053 0.275 0.149 0.462 7 D 0.007 0.010 0.014 0.055 0.305 0.061 0.548 8 S 0.003 0.005 0.049 0.505 0.134 0.059 0.245 9 P 0.002 0.001 0.089 0.711 0.037 0.104 0.055 10 E 0.004 0.003 0.083 0.807 0.013 0.062 0.027 11 V 0.006 0.003 0.027 0.900 0.009 0.025 0.029 12 K 0.007 0.002 0.014 0.912 0.009 0.031 0.025 13 T 0.007 0.002 0.016 0.903 0.012 0.038 0.023 14 I 0.010 0.002 0.021 0.880 0.012 0.037 0.038 15 V 0.014 0.003 0.030 0.840 0.018 0.068 0.026 16 A 0.009 0.004 0.047 0.741 0.019 0.132 0.049 17 Q 0.004 0.002 0.032 0.717 0.034 0.154 0.058 18 D 0.004 0.002 0.021 0.602 0.096 0.077 0.199 19 S 0.001 0.001 0.036 0.806 0.020 0.114 0.023 20 R 0.002 0.001 0.030 0.881 0.010 0.064 0.013 21 L 0.001 0.001 0.005 0.969 0.004 0.010 0.010 22 F 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.004 0.004 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 24 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 25 I 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.007 0.001 26 E 0.001 0.001 0.011 0.928 0.001 0.056 0.002 27 I 0.001 0.001 0.009 0.745 0.004 0.235 0.005 28 A 0.002 0.003 0.018 0.317 0.062 0.463 0.134 29 G 0.003 0.003 0.032 0.053 0.119 0.576 0.214 30 E 0.025 0.016 0.079 0.025 0.196 0.301 0.359 31 V 0.050 0.023 0.012 0.005 0.138 0.020 0.752 32 Q 0.085 0.082 0.009 0.004 0.062 0.021 0.737 33 L 0.052 0.058 0.010 0.003 0.109 0.017 0.750 34 P 0.035 0.033 0.010 0.002 0.164 0.095 0.661 35 T 0.019 0.020 0.010 0.002 0.277 0.101 0.571 36 K 0.015 0.013 0.003 0.001 0.294 0.048 0.625 37 P 0.006 0.011 0.002 0.004 0.309 0.051 0.616 38 N 0.009 0.018 0.001 0.011 0.255 0.007 0.699 39 P 0.001 0.001 0.009 0.945 0.005 0.031 0.009 40 F 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.015 0.004 41 Q 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.002 0.005 42 S 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.002 43 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 45 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 46 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.966 0.001 0.029 0.001 49 E 0.001 0.001 0.003 0.915 0.003 0.070 0.007 50 Q 0.003 0.001 0.010 0.814 0.024 0.098 0.049 51 Q 0.004 0.001 0.008 0.844 0.031 0.065 0.047 52 L 0.011 0.003 0.006 0.800 0.045 0.055 0.080 53 S 0.019 0.003 0.004 0.783 0.033 0.027 0.130 54 I 0.007 0.001 0.002 0.959 0.009 0.007 0.015 55 K 0.005 0.001 0.002 0.977 0.005 0.007 0.004 56 A 0.004 0.001 0.002 0.979 0.002 0.008 0.005 57 A 0.002 0.001 0.001 0.986 0.001 0.005 0.005 58 S 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.002 59 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.001 60 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.007 0.002 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.001 62 G 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.001 63 R 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.014 0.002 64 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.003 65 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.001 66 Q 0.001 0.001 0.005 0.976 0.001 0.015 0.002 67 L 0.001 0.001 0.008 0.942 0.003 0.043 0.004 68 V 0.001 0.003 0.011 0.687 0.021 0.255 0.021 69 G 0.001 0.002 0.033 0.164 0.069 0.633 0.099 70 G 0.007 0.004 0.064 0.054 0.302 0.181 0.388 71 A 0.022 0.014 0.133 0.051 0.167 0.305 0.308 72 L 0.024 0.036 0.031 0.013 0.248 0.082 0.566 73 E 0.015 0.044 0.005 0.007 0.418 0.039 0.472 74 K 0.005 0.027 0.001 0.004 0.418 0.004 0.543 75 P 0.001 0.001 0.013 0.970 0.002 0.011 0.004 76 E 0.001 0.001 0.067 0.916 0.002 0.013 0.002 77 Q 0.001 0.001 0.113 0.870 0.002 0.010 0.004 78 L 0.003 0.006 0.198 0.707 0.006 0.074 0.006 79 Y 0.007 0.006 0.058 0.462 0.022 0.428 0.016 80 R 0.007 0.005 0.037 0.179 0.047 0.615 0.111 81 V 0.008 0.011 0.001 0.008 0.269 0.003 0.699 82 S 0.007 0.007 0.001 0.002 0.020 0.001 0.961 83 D 0.001 0.001 0.216 0.726 0.005 0.044 0.009 84 E 0.001 0.001 0.162 0.798 0.005 0.033 0.003 85 A 0.001 0.001 0.187 0.786 0.001 0.020 0.005 86 L 0.001 0.002 0.038 0.931 0.002 0.020 0.006 87 R 0.002 0.001 0.053 0.873 0.006 0.050 0.014 88 Q 0.002 0.001 0.066 0.781 0.016 0.122 0.012 89 A 0.002 0.002 0.032 0.557 0.023 0.361 0.024 90 G 0.005 0.005 0.020 0.157 0.114 0.586 0.113 91 V 0.011 0.014 0.030 0.193 0.113 0.113 0.527 92 S 0.006 0.009 0.029 0.413 0.097 0.103 0.344 93 K 0.001 0.001 0.016 0.835 0.052 0.053 0.043 94 R 0.001 0.002 0.017 0.876 0.021 0.038 0.045 95 K 0.001 0.001 0.006 0.975 0.002 0.007 0.009 96 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 98 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 99 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 101 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 103 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 104 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 105 H 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 106 V 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.002 107 E 0.001 0.001 0.004 0.948 0.003 0.041 0.004 108 S 0.001 0.001 0.011 0.653 0.010 0.318 0.008 109 G 0.001 0.001 0.016 0.261 0.027 0.657 0.037 110 R 0.005 0.009 0.047 0.099 0.228 0.333 0.277 111 L 0.016 0.020 0.023 0.031 0.449 0.079 0.382 112 D 0.017 0.031 0.014 0.021 0.182 0.055 0.681 113 F 0.003 0.009 0.190 0.630 0.023 0.064 0.080 114 T 0.001 0.001 0.364 0.528 0.014 0.065 0.026 115 E 0.001 0.001 0.448 0.455 0.009 0.064 0.020 116 L 0.003 0.006 0.477 0.362 0.024 0.088 0.039 117 E 0.004 0.005 0.246 0.235 0.031 0.447 0.032 118 G 0.002 0.001 0.126 0.075 0.065 0.695 0.036 119 A 0.008 0.008 0.003 0.008 0.650 0.011 0.312 120 E 0.013 0.026 0.003 0.007 0.038 0.007 0.907 121 A 0.002 0.002 0.057 0.861 0.010 0.038 0.031 122 T 0.001 0.001 0.024 0.953 0.005 0.012 0.005 123 T 0.001 0.001 0.013 0.976 0.002 0.005 0.003 124 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 125 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.003 0.001 127 K 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.008 0.001 128 L 0.001 0.001 0.019 0.941 0.001 0.036 0.002 129 T 0.001 0.001 0.036 0.817 0.005 0.137 0.003 130 A 0.001 0.001 0.037 0.591 0.008 0.357 0.007 131 I 0.005 0.005 0.035 0.113 0.300 0.096 0.447 132 K 0.003 0.003 0.153 0.088 0.091 0.565 0.098 133 G 0.006 0.007 0.111 0.060 0.128 0.598 0.091 134 I 0.031 0.047 0.047 0.080 0.395 0.102 0.298 135 G 0.025 0.010 0.013 0.160 0.238 0.040 0.515 136 Q 0.002 0.001 0.021 0.878 0.018 0.067 0.012 137 W 0.002 0.001 0.011 0.936 0.008 0.030 0.011 138 T 0.002 0.001 0.005 0.976 0.001 0.007 0.008 139 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.002 0.003 140 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 141 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 142 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 143 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 144 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 145 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 146 S 0.001 0.001 0.005 0.912 0.003 0.076 0.003 147 L 0.001 0.002 0.009 0.279 0.012 0.690 0.008 148 G 0.001 0.001 0.007 0.024 0.060 0.840 0.067 149 R 0.013 0.010 0.013 0.010 0.229 0.037 0.689 150 L 0.071 0.037 0.050 0.010 0.142 0.061 0.629 151 D 0.154 0.018 0.027 0.006 0.253 0.087 0.455 152 V 0.430 0.058 0.025 0.007 0.119 0.068 0.292 153 L 0.511 0.049 0.009 0.017 0.132 0.023 0.260 154 S 0.353 0.022 0.011 0.030 0.096 0.025 0.463 155 V 0.136 0.012 0.057 0.307 0.079 0.195 0.214 156 G 0.078 0.012 0.055 0.300 0.131 0.233 0.190 157 D 0.036 0.006 0.030 0.623 0.077 0.084 0.144 158 V 0.021 0.004 0.008 0.821 0.039 0.071 0.036 159 G 0.025 0.002 0.004 0.910 0.010 0.026 0.023 160 L 0.030 0.002 0.001 0.940 0.004 0.004 0.018 161 Q 0.026 0.001 0.001 0.961 0.004 0.003 0.006 162 R 0.019 0.001 0.001 0.971 0.002 0.004 0.003 163 G 0.012 0.001 0.001 0.974 0.001 0.005 0.006 164 A 0.027 0.001 0.005 0.945 0.005 0.007 0.010 165 K 0.049 0.001 0.014 0.903 0.007 0.016 0.010 166 W 0.033 0.001 0.020 0.884 0.006 0.042 0.012 167 L 0.029 0.007 0.022 0.779 0.014 0.125 0.024 168 Y 0.020 0.005 0.024 0.461 0.038 0.389 0.063 169 G 0.034 0.010 0.034 0.180 0.121 0.310 0.311 170 N 0.028 0.019 0.039 0.089 0.213 0.163 0.450 171 G 0.015 0.014 0.032 0.032 0.239 0.194 0.474 172 E 0.011 0.008 0.039 0.030 0.302 0.267 0.342 173 G 0.011 0.010 0.022 0.031 0.323 0.204 0.398 174 D 0.011 0.011 0.014 0.075 0.309 0.209 0.370 175 G 0.021 0.014 0.008 0.157 0.294 0.102 0.404 176 K 0.006 0.002 0.006 0.892 0.019 0.017 0.059 177 K 0.005 0.001 0.002 0.967 0.006 0.005 0.014 178 L 0.008 0.002 0.004 0.964 0.003 0.004 0.015 179 L 0.009 0.001 0.005 0.966 0.002 0.007 0.009 180 I 0.019 0.001 0.009 0.940 0.006 0.015 0.009 181 Y 0.022 0.002 0.018 0.876 0.013 0.053 0.016 182 H 0.005 0.001 0.021 0.840 0.012 0.100 0.021 183 G 0.005 0.004 0.054 0.747 0.023 0.129 0.038 184 K 0.004 0.002 0.217 0.508 0.046 0.172 0.050 185 A 0.005 0.002 0.193 0.426 0.036 0.289 0.049 186 W 0.006 0.004 0.141 0.391 0.147 0.215 0.096 187 A 0.009 0.009 0.007 0.050 0.485 0.016 0.424 188 P 0.016 0.013 0.021 0.052 0.077 0.065 0.756 189 Y 0.017 0.008 0.079 0.454 0.068 0.202 0.171 190 E 0.021 0.004 0.052 0.558 0.119 0.095 0.150 191 T 0.030 0.009 0.019 0.688 0.091 0.024 0.139 192 V 0.009 0.002 0.005 0.955 0.005 0.011 0.013 193 A 0.014 0.001 0.009 0.942 0.005 0.015 0.013 194 C 0.051 0.002 0.026 0.857 0.011 0.022 0.031 195 L 0.098 0.002 0.057 0.736 0.020 0.055 0.032 196 Y 0.211 0.005 0.031 0.608 0.019 0.092 0.034 197 L 0.232 0.006 0.028 0.591 0.020 0.080 0.043 198 W 0.239 0.003 0.017 0.569 0.021 0.056 0.094 199 K 0.274 0.011 0.015 0.519 0.028 0.072 0.081 200 A 0.231 0.015 0.014 0.439 0.050 0.120 0.132 201 A 0.147 0.005 0.013 0.186 0.104 0.289 0.254 202 G 0.121 0.006 0.008 0.067 0.162 0.121 0.515 203 T 0.253 0.054 0.012 0.086 0.079 0.049 0.467 204 F 0.290 0.024 0.027 0.109 0.068 0.042 0.440 205 A 0.172 0.012 0.091 0.147 0.070 0.112 0.396 206 E 0.111 0.016 0.128 0.161 0.125 0.156 0.304 207 E 0.072 0.017 0.105 0.169 0.129 0.158 0.351 208 Y 0.055 0.019 0.047 0.131 0.128 0.062 0.557 209 R 0.030 0.012 0.068 0.250 0.082 0.182 0.376 210 S 0.035 0.014 0.059 0.338 0.088 0.205 0.260 211 L 0.028 0.013 0.050 0.391 0.117 0.067 0.334 212 E 0.008 0.004 0.088 0.699 0.031 0.096 0.074 213 E 0.008 0.003 0.110 0.712 0.026 0.101 0.040 214 L 0.013 0.007 0.118 0.655 0.026 0.116 0.064 215 L 0.013 0.012 0.083 0.571 0.036 0.188 0.095 216 H 0.015 0.011 0.096 0.472 0.057 0.245 0.105 217 H 0.016 0.008 0.064 0.309 0.107 0.278 0.219 218 G 0.010 0.008 0.071 0.178 0.102 0.463 0.168 219 N 0.013 0.009 0.062 0.095 0.151 0.358 0.313 220 Q 0.015 0.020 0.036 0.047 0.058 0.079 0.745 221 C 0.005 0.003 0.011 0.016 0.021 0.011 0.933