# TARGET T0323 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1224 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.071 0.106 0.195 0.262 0.234 0.052 2 R 0.098 0.152 0.184 0.214 0.191 0.130 0.031 3 Y 0.121 0.169 0.192 0.205 0.180 0.113 0.020 4 F 0.096 0.102 0.153 0.234 0.255 0.143 0.018 5 S 0.291 0.254 0.193 0.140 0.081 0.034 0.006 6 T 0.245 0.258 0.205 0.161 0.090 0.034 0.006 7 D 0.214 0.232 0.214 0.189 0.107 0.040 0.003 8 S 0.315 0.302 0.211 0.117 0.042 0.011 0.001 9 P 0.710 0.201 0.056 0.023 0.008 0.002 0.001 10 E 0.322 0.224 0.194 0.155 0.081 0.022 0.002 11 V 0.124 0.147 0.222 0.286 0.167 0.052 0.002 12 K 0.416 0.364 0.154 0.051 0.012 0.002 0.001 13 T 0.283 0.311 0.232 0.123 0.042 0.008 0.001 14 I 0.097 0.125 0.181 0.282 0.227 0.084 0.005 15 V 0.129 0.194 0.226 0.228 0.151 0.067 0.006 16 A 0.222 0.305 0.224 0.149 0.069 0.027 0.004 17 Q 0.094 0.171 0.215 0.243 0.189 0.080 0.007 18 D 0.177 0.265 0.235 0.179 0.097 0.042 0.005 19 S 0.352 0.392 0.168 0.061 0.020 0.006 0.001 20 R 0.047 0.135 0.246 0.289 0.199 0.078 0.007 21 L 0.024 0.033 0.064 0.196 0.347 0.299 0.037 22 F 0.090 0.236 0.301 0.238 0.101 0.031 0.003 23 Q 0.087 0.215 0.284 0.251 0.122 0.038 0.003 24 F 0.019 0.022 0.044 0.144 0.360 0.368 0.043 25 I 0.021 0.057 0.149 0.296 0.312 0.152 0.012 26 E 0.185 0.381 0.246 0.123 0.048 0.015 0.002 27 I 0.098 0.216 0.264 0.241 0.135 0.042 0.004 28 A 0.073 0.137 0.220 0.267 0.208 0.087 0.008 29 G 0.251 0.290 0.221 0.141 0.070 0.024 0.004 30 E 0.284 0.308 0.215 0.124 0.051 0.016 0.002 31 V 0.060 0.081 0.135 0.256 0.301 0.155 0.012 32 Q 0.125 0.274 0.275 0.195 0.093 0.034 0.004 33 L 0.058 0.092 0.160 0.282 0.290 0.109 0.008 34 P 0.301 0.301 0.212 0.123 0.050 0.013 0.001 35 T 0.327 0.281 0.188 0.134 0.055 0.014 0.001 36 K 0.451 0.271 0.158 0.085 0.028 0.006 0.001 37 P 0.370 0.301 0.185 0.100 0.036 0.007 0.001 38 N 0.191 0.281 0.252 0.167 0.078 0.027 0.004 39 P 0.056 0.144 0.213 0.244 0.207 0.118 0.019 40 F 0.013 0.023 0.054 0.145 0.309 0.368 0.088 41 Q 0.019 0.094 0.225 0.299 0.226 0.115 0.022 42 S 0.015 0.036 0.081 0.149 0.244 0.345 0.131 43 L 0.007 0.011 0.023 0.062 0.179 0.421 0.297 44 V 0.008 0.011 0.019 0.045 0.105 0.347 0.464 45 S 0.026 0.054 0.105 0.207 0.210 0.221 0.176 46 S 0.025 0.048 0.090 0.157 0.178 0.278 0.223 47 I 0.032 0.030 0.036 0.066 0.108 0.322 0.406 48 V 0.044 0.054 0.063 0.116 0.162 0.339 0.223 49 E 0.063 0.135 0.161 0.217 0.185 0.167 0.073 50 Q 0.037 0.072 0.108 0.212 0.261 0.255 0.055 51 Q 0.018 0.064 0.106 0.171 0.256 0.316 0.069 52 L 0.024 0.070 0.128 0.219 0.271 0.238 0.049 53 S 0.033 0.128 0.201 0.238 0.222 0.145 0.034 54 I 0.024 0.066 0.128 0.267 0.317 0.173 0.025 55 K 0.090 0.303 0.283 0.195 0.086 0.036 0.007 56 A 0.011 0.053 0.141 0.263 0.309 0.196 0.027 57 A 0.005 0.007 0.013 0.072 0.287 0.492 0.124 58 S 0.014 0.127 0.284 0.370 0.164 0.040 0.002 59 A 0.026 0.190 0.365 0.293 0.108 0.017 0.001 60 I 0.002 0.008 0.020 0.070 0.285 0.553 0.063 61 Y 0.002 0.012 0.052 0.227 0.427 0.260 0.021 62 G 0.041 0.336 0.359 0.185 0.061 0.016 0.001 63 R 0.006 0.059 0.282 0.454 0.176 0.021 0.001 64 V 0.002 0.003 0.008 0.061 0.308 0.549 0.068 65 E 0.017 0.136 0.305 0.345 0.165 0.030 0.001 66 Q 0.165 0.497 0.220 0.082 0.028 0.007 0.001 67 L 0.034 0.114 0.250 0.362 0.190 0.047 0.004 68 V 0.028 0.078 0.189 0.341 0.263 0.093 0.007 69 G 0.281 0.337 0.203 0.107 0.051 0.019 0.003 70 G 0.140 0.237 0.246 0.208 0.124 0.039 0.005 71 A 0.065 0.152 0.191 0.223 0.210 0.135 0.024 72 L 0.027 0.063 0.132 0.274 0.299 0.182 0.023 73 E 0.100 0.258 0.269 0.198 0.115 0.051 0.009 74 K 0.048 0.189 0.281 0.272 0.153 0.049 0.006 75 P 0.012 0.016 0.040 0.184 0.409 0.313 0.027 76 E 0.109 0.318 0.330 0.176 0.055 0.011 0.001 77 Q 0.043 0.194 0.327 0.283 0.117 0.034 0.002 78 L 0.006 0.014 0.035 0.135 0.367 0.404 0.039 79 Y 0.010 0.056 0.171 0.341 0.310 0.106 0.007 80 R 0.129 0.396 0.269 0.136 0.050 0.018 0.002 81 V 0.014 0.070 0.204 0.362 0.265 0.082 0.004 82 S 0.315 0.349 0.195 0.091 0.039 0.010 0.001 83 D 0.246 0.335 0.254 0.132 0.030 0.003 0.001 84 E 0.638 0.276 0.067 0.015 0.003 0.001 0.001 85 A 0.212 0.401 0.264 0.100 0.020 0.003 0.001 86 L 0.048 0.072 0.142 0.343 0.306 0.086 0.003 87 R 0.184 0.339 0.280 0.148 0.041 0.007 0.001 88 Q 0.297 0.299 0.184 0.129 0.061 0.026 0.004 89 A 0.124 0.190 0.224 0.235 0.154 0.065 0.008 90 G 0.164 0.177 0.190 0.197 0.165 0.091 0.015 91 V 0.104 0.080 0.094 0.151 0.205 0.272 0.094 92 S 0.068 0.123 0.144 0.219 0.231 0.183 0.032 93 K 0.066 0.215 0.290 0.222 0.130 0.064 0.013 94 R 0.025 0.070 0.145 0.271 0.295 0.160 0.034 95 K 0.010 0.026 0.046 0.079 0.203 0.434 0.202 96 I 0.004 0.024 0.060 0.224 0.352 0.304 0.031 97 E 0.004 0.106 0.369 0.346 0.145 0.028 0.002 98 Y 0.001 0.001 0.013 0.131 0.480 0.357 0.018 99 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.639 0.317 100 R 0.001 0.017 0.143 0.438 0.309 0.090 0.002 101 H 0.001 0.033 0.279 0.477 0.196 0.013 0.001 102 V 0.001 0.001 0.003 0.016 0.132 0.702 0.146 103 C 0.001 0.001 0.004 0.073 0.428 0.463 0.031 104 E 0.007 0.250 0.460 0.213 0.060 0.010 0.001 105 H 0.002 0.046 0.237 0.507 0.189 0.019 0.001 106 V 0.001 0.002 0.008 0.085 0.404 0.463 0.038 107 E 0.012 0.188 0.419 0.292 0.081 0.007 0.001 108 S 0.360 0.483 0.123 0.028 0.006 0.001 0.001 109 G 0.105 0.298 0.345 0.195 0.047 0.008 0.001 110 R 0.106 0.217 0.280 0.271 0.107 0.019 0.001 111 L 0.175 0.213 0.207 0.213 0.148 0.041 0.003 112 D 0.316 0.295 0.200 0.117 0.053 0.018 0.001 113 F 0.086 0.159 0.244 0.298 0.162 0.049 0.002 114 T 0.549 0.266 0.107 0.053 0.020 0.005 0.001 115 E 0.185 0.262 0.282 0.182 0.073 0.015 0.001 116 L 0.115 0.079 0.135 0.303 0.289 0.078 0.002 117 E 0.349 0.399 0.186 0.056 0.009 0.001 0.001 118 G 0.537 0.325 0.104 0.028 0.005 0.001 0.001 119 A 0.144 0.187 0.250 0.268 0.129 0.020 0.001 120 E 0.504 0.328 0.112 0.042 0.011 0.002 0.001 121 A 0.312 0.289 0.221 0.130 0.041 0.006 0.001 122 T 0.684 0.218 0.064 0.022 0.009 0.003 0.001 123 T 0.325 0.409 0.185 0.063 0.015 0.002 0.001 124 V 0.015 0.044 0.119 0.349 0.348 0.119 0.006 125 I 0.030 0.138 0.272 0.330 0.181 0.047 0.003 126 E 0.138 0.487 0.271 0.086 0.016 0.002 0.001 127 K 0.048 0.211 0.337 0.297 0.092 0.014 0.001 128 L 0.003 0.007 0.039 0.241 0.526 0.179 0.005 129 T 0.091 0.379 0.370 0.135 0.023 0.003 0.001 130 A 0.236 0.489 0.205 0.061 0.008 0.001 0.001 131 I 0.007 0.025 0.085 0.259 0.401 0.214 0.007 132 K 0.061 0.223 0.286 0.246 0.132 0.047 0.006 133 G 0.062 0.129 0.169 0.229 0.225 0.160 0.025 134 I 0.015 0.040 0.076 0.151 0.254 0.342 0.122 135 G 0.024 0.072 0.131 0.228 0.253 0.198 0.094 136 Q 0.110 0.270 0.213 0.179 0.118 0.078 0.033 137 W 0.016 0.049 0.107 0.212 0.332 0.216 0.068 138 T 0.004 0.029 0.072 0.132 0.179 0.317 0.267 139 A 0.002 0.004 0.012 0.052 0.189 0.432 0.310 140 E 0.002 0.011 0.046 0.154 0.255 0.318 0.214 141 M 0.001 0.004 0.008 0.023 0.076 0.329 0.558 142 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.224 0.739 143 M 0.001 0.002 0.005 0.020 0.063 0.227 0.683 144 M 0.001 0.004 0.011 0.028 0.076 0.297 0.583 145 F 0.001 0.004 0.014 0.053 0.153 0.377 0.398 146 S 0.001 0.003 0.008 0.034 0.135 0.451 0.368 147 L 0.003 0.010 0.025 0.096 0.270 0.433 0.163 148 G 0.020 0.108 0.168 0.219 0.234 0.196 0.053 149 R 0.020 0.107 0.198 0.278 0.216 0.137 0.043 150 L 0.010 0.043 0.093 0.191 0.280 0.287 0.095 151 D 0.031 0.062 0.106 0.187 0.261 0.245 0.108 152 V 0.008 0.009 0.019 0.049 0.136 0.405 0.373 153 L 0.011 0.013 0.014 0.027 0.085 0.331 0.519 154 S 0.007 0.012 0.021 0.047 0.101 0.277 0.535 155 V 0.003 0.006 0.012 0.032 0.092 0.258 0.596 156 G 0.003 0.009 0.020 0.048 0.105 0.296 0.519 157 D 0.003 0.010 0.021 0.058 0.146 0.335 0.427 158 V 0.005 0.017 0.039 0.093 0.185 0.335 0.327 159 G 0.005 0.013 0.021 0.044 0.112 0.356 0.450 160 L 0.001 0.002 0.003 0.011 0.046 0.233 0.703 161 Q 0.001 0.011 0.043 0.157 0.292 0.322 0.173 162 R 0.002 0.010 0.044 0.141 0.303 0.345 0.154 163 G 0.001 0.004 0.008 0.016 0.059 0.391 0.521 164 A 0.001 0.001 0.003 0.015 0.085 0.355 0.541 165 K 0.001 0.013 0.064 0.189 0.283 0.295 0.156 166 W 0.001 0.003 0.023 0.127 0.326 0.394 0.127 167 L 0.001 0.004 0.006 0.020 0.102 0.522 0.344 168 Y 0.003 0.022 0.069 0.202 0.365 0.276 0.064 169 G 0.040 0.125 0.204 0.243 0.219 0.140 0.029 170 N 0.039 0.126 0.215 0.295 0.224 0.094 0.008 171 G 0.208 0.264 0.232 0.192 0.082 0.021 0.001 172 E 0.389 0.277 0.163 0.108 0.049 0.012 0.001 173 G 0.575 0.240 0.108 0.053 0.019 0.005 0.001 174 D 0.416 0.294 0.157 0.088 0.034 0.010 0.001 175 G 0.251 0.323 0.216 0.138 0.058 0.013 0.001 176 K 0.062 0.202 0.307 0.266 0.130 0.031 0.003 177 K 0.363 0.321 0.174 0.088 0.039 0.014 0.003 178 L 0.051 0.256 0.335 0.221 0.100 0.032 0.004 179 L 0.003 0.006 0.021 0.133 0.408 0.384 0.045 180 I 0.015 0.105 0.245 0.350 0.199 0.078 0.009 181 Y 0.076 0.391 0.316 0.150 0.048 0.016 0.002 182 H 0.009 0.039 0.145 0.324 0.325 0.146 0.012 183 G 0.007 0.007 0.019 0.083 0.314 0.502 0.069 184 K 0.074 0.225 0.316 0.257 0.098 0.027 0.002 185 A 0.189 0.392 0.246 0.123 0.038 0.011 0.001 186 W 0.016 0.045 0.092 0.203 0.308 0.284 0.052 187 A 0.045 0.086 0.143 0.231 0.247 0.192 0.056 188 P 0.227 0.321 0.195 0.126 0.073 0.043 0.016 189 Y 0.094 0.140 0.195 0.223 0.192 0.114 0.042 190 E 0.092 0.159 0.161 0.177 0.167 0.172 0.072 191 T 0.082 0.145 0.174 0.180 0.183 0.160 0.077 192 V 0.056 0.070 0.104 0.182 0.228 0.239 0.121 193 A 0.059 0.050 0.060 0.112 0.181 0.317 0.221 194 C 0.046 0.068 0.088 0.136 0.168 0.278 0.217 195 L 0.054 0.059 0.091 0.138 0.196 0.253 0.209 196 Y 0.043 0.059 0.083 0.141 0.216 0.287 0.170 197 L 0.040 0.044 0.066 0.125 0.215 0.327 0.181 198 W 0.086 0.096 0.105 0.167 0.247 0.240 0.058 199 K 0.081 0.181 0.254 0.270 0.158 0.049 0.007 200 A 0.166 0.200 0.214 0.217 0.143 0.054 0.007 201 A 0.299 0.297 0.188 0.125 0.065 0.023 0.004 202 G 0.274 0.231 0.195 0.169 0.096 0.030 0.004 203 T 0.360 0.345 0.184 0.080 0.024 0.006 0.001 204 F 0.304 0.258 0.206 0.150 0.065 0.016 0.001 205 A 0.374 0.261 0.172 0.121 0.058 0.014 0.001 206 E 0.631 0.238 0.090 0.031 0.009 0.001 0.001 207 E 0.438 0.315 0.161 0.067 0.016 0.003 0.001 208 Y 0.223 0.247 0.243 0.200 0.073 0.013 0.001 209 R 0.387 0.302 0.172 0.093 0.036 0.009 0.001 210 S 0.610 0.265 0.081 0.033 0.010 0.002 0.001 211 L 0.148 0.216 0.276 0.243 0.099 0.017 0.001 212 E 0.615 0.268 0.081 0.027 0.008 0.002 0.001 213 E 0.190 0.336 0.289 0.139 0.038 0.008 0.001 214 L 0.103 0.104 0.144 0.272 0.273 0.098 0.006 215 L 0.325 0.272 0.191 0.126 0.061 0.022 0.004 216 H 0.274 0.206 0.161 0.167 0.113 0.069 0.010 217 H 0.237 0.138 0.133 0.172 0.160 0.127 0.034 218 G 0.360 0.206 0.161 0.142 0.087 0.036 0.008 219 N 0.414 0.298 0.152 0.078 0.034 0.019 0.005 220 Q 0.338 0.222 0.167 0.137 0.093 0.038 0.005 221 C 0.218 0.160 0.184 0.194 0.155 0.073 0.015