# TARGET T0322 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.025 0.022 0.026 0.164 0.667 2 S 0.081 0.019 0.029 0.033 0.234 0.604 3 D 0.071 0.027 0.032 0.054 0.302 0.514 4 D 0.051 0.030 0.033 0.084 0.373 0.430 5 L 0.034 0.022 0.048 0.094 0.511 0.291 6 T 0.021 0.011 0.038 0.104 0.528 0.297 7 D 0.019 0.013 0.027 0.101 0.506 0.334 8 A 0.012 0.015 0.025 0.193 0.324 0.431 9 Q 0.009 0.011 0.019 0.190 0.195 0.576 10 T 0.002 0.002 0.044 0.796 0.081 0.075 11 A 0.001 0.001 0.023 0.892 0.054 0.028 12 A 0.001 0.001 0.018 0.924 0.037 0.019 13 I 0.002 0.001 0.010 0.927 0.031 0.029 14 P 0.002 0.001 0.008 0.929 0.031 0.029 15 E 0.004 0.001 0.010 0.913 0.041 0.031 16 G 0.006 0.001 0.013 0.895 0.048 0.036 17 F 0.006 0.002 0.021 0.871 0.055 0.045 18 S 0.006 0.002 0.044 0.781 0.093 0.074 19 Q 0.006 0.001 0.053 0.749 0.116 0.075 20 L 0.011 0.003 0.042 0.632 0.151 0.161 21 N 0.016 0.011 0.036 0.322 0.230 0.387 22 W 0.020 0.016 0.036 0.192 0.381 0.355 23 S 0.013 0.007 0.032 0.128 0.417 0.404 24 R 0.005 0.004 0.034 0.118 0.413 0.428 25 G 0.008 0.006 0.050 0.136 0.450 0.349 26 F 0.008 0.005 0.132 0.450 0.284 0.120 27 G 0.007 0.007 0.196 0.575 0.178 0.037 28 R 0.009 0.003 0.312 0.462 0.188 0.025 29 Q 0.011 0.003 0.243 0.478 0.210 0.055 30 I 0.023 0.015 0.150 0.387 0.317 0.108 31 G 0.037 0.016 0.065 0.171 0.392 0.320 32 P 0.054 0.003 0.009 0.008 0.269 0.656 33 L 0.334 0.006 0.004 0.003 0.163 0.491 34 F 0.785 0.005 0.002 0.002 0.045 0.161 35 E 0.950 0.005 0.001 0.001 0.009 0.035 36 H 0.947 0.002 0.001 0.001 0.011 0.037 37 R 0.881 0.005 0.003 0.002 0.026 0.084 38 E 0.615 0.014 0.005 0.003 0.117 0.246 39 G 0.167 0.021 0.005 0.002 0.718 0.086 40 P 0.043 0.003 0.011 0.002 0.881 0.061 41 G 0.078 0.007 0.006 0.001 0.848 0.060 42 Q 0.652 0.014 0.002 0.001 0.258 0.074 43 A 0.931 0.003 0.001 0.001 0.010 0.056 44 R 0.985 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 45 L 0.985 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 46 A 0.955 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 47 F 0.918 0.001 0.001 0.001 0.009 0.072 48 R 0.815 0.010 0.001 0.001 0.022 0.153 49 V 0.373 0.023 0.001 0.002 0.067 0.534 50 E 0.137 0.014 0.004 0.005 0.189 0.651 51 E 0.071 0.026 0.211 0.024 0.417 0.252 52 H 0.039 0.004 0.339 0.028 0.457 0.133 53 H 0.055 0.018 0.308 0.040 0.475 0.104 54 T 0.098 0.109 0.071 0.066 0.370 0.286 55 N 0.032 0.069 0.014 0.036 0.728 0.121 56 G 0.007 0.003 0.047 0.050 0.842 0.050 57 L 0.011 0.003 0.034 0.032 0.873 0.048 58 G 0.071 0.017 0.033 0.031 0.777 0.070 59 N 0.436 0.066 0.014 0.053 0.190 0.241 60 C 0.638 0.078 0.006 0.031 0.064 0.182 61 H 0.330 0.023 0.025 0.178 0.170 0.273 62 G 0.045 0.006 0.057 0.377 0.207 0.308 63 G 0.025 0.006 0.081 0.543 0.131 0.214 64 M 0.006 0.003 0.085 0.828 0.038 0.041 65 L 0.006 0.003 0.064 0.885 0.020 0.022 66 M 0.005 0.001 0.038 0.923 0.021 0.012 67 S 0.003 0.001 0.053 0.851 0.039 0.053 68 F 0.001 0.001 0.071 0.900 0.019 0.009 69 A 0.001 0.001 0.057 0.894 0.033 0.014 70 D 0.001 0.002 0.047 0.895 0.030 0.026 71 M 0.001 0.001 0.019 0.962 0.010 0.009 72 A 0.001 0.001 0.015 0.964 0.009 0.011 73 W 0.001 0.001 0.015 0.976 0.005 0.002 74 G 0.001 0.001 0.012 0.970 0.013 0.004 75 R 0.003 0.001 0.015 0.956 0.019 0.007 76 I 0.005 0.002 0.014 0.949 0.021 0.009 77 I 0.009 0.002 0.019 0.918 0.034 0.018 78 S 0.038 0.008 0.039 0.796 0.079 0.040 79 L 0.059 0.008 0.068 0.576 0.191 0.099 80 Q 0.085 0.017 0.043 0.226 0.491 0.137 81 K 0.036 0.005 0.027 0.075 0.709 0.148 82 S 0.036 0.003 0.015 0.015 0.764 0.167 83 Y 0.206 0.008 0.007 0.004 0.586 0.190 84 S 0.568 0.012 0.004 0.001 0.187 0.228 85 W 0.909 0.003 0.001 0.001 0.025 0.062 86 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 87 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 88 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 89 R 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 90 L 0.952 0.001 0.001 0.001 0.014 0.032 91 M 0.953 0.002 0.001 0.001 0.016 0.028 92 C 0.960 0.004 0.001 0.001 0.014 0.020 93 D 0.930 0.002 0.002 0.001 0.031 0.034 94 F 0.941 0.001 0.003 0.001 0.025 0.029 95 L 0.891 0.008 0.002 0.001 0.038 0.060 96 S 0.851 0.009 0.002 0.002 0.047 0.089 97 G 0.749 0.012 0.003 0.002 0.065 0.171 98 A 0.434 0.041 0.002 0.002 0.123 0.398 99 K 0.224 0.019 0.004 0.002 0.659 0.092 100 L 0.075 0.009 0.006 0.001 0.848 0.061 101 G 0.048 0.001 0.002 0.001 0.892 0.056 102 D 0.527 0.015 0.001 0.001 0.394 0.062 103 W 0.916 0.008 0.001 0.001 0.015 0.060 104 V 0.977 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 105 E 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 106 G 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 107 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 108 G 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 109 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 110 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 111 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 112 S 0.888 0.004 0.002 0.001 0.087 0.018 113 E 0.456 0.005 0.008 0.006 0.471 0.054 114 E 0.091 0.002 0.010 0.005 0.843 0.050 115 D 0.189 0.005 0.012 0.004 0.709 0.082 116 M 0.772 0.011 0.002 0.001 0.107 0.108 117 L 0.939 0.003 0.001 0.001 0.019 0.038 118 F 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 119 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 120 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 121 R 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 122 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 123 R 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 124 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 125 W 0.981 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 126 A 0.785 0.007 0.003 0.001 0.177 0.027 127 G 0.077 0.002 0.028 0.006 0.863 0.023 128 E 0.020 0.001 0.044 0.011 0.911 0.012 129 R 0.089 0.004 0.034 0.017 0.825 0.031 130 T 0.643 0.006 0.004 0.011 0.144 0.191 131 L 0.962 0.006 0.001 0.002 0.008 0.021 132 I 0.985 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 133 T 0.981 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 134 G 0.944 0.002 0.004 0.005 0.027 0.018 135 T 0.759 0.002 0.009 0.013 0.133 0.084 136 G 0.648 0.003 0.004 0.007 0.178 0.159 137 V 0.826 0.006 0.003 0.005 0.068 0.092 138 F 0.922 0.007 0.002 0.006 0.024 0.040 139 K 0.948 0.004 0.001 0.008 0.014 0.025 140 A 0.910 0.004 0.003 0.018 0.029 0.037 141 L 0.792 0.009 0.006 0.038 0.071 0.084 142 S 0.496 0.011 0.013 0.063 0.206 0.211 143 A 0.128 0.006 0.013 0.037 0.343 0.472 144 R 0.060 0.009 0.006 0.013 0.279 0.633 145 K 0.066 0.020 0.003 0.008 0.154 0.749 146 P 0.066 0.031 0.006 0.021 0.151 0.726 147 R 0.032 0.011 0.011 0.049 0.206 0.691 148 P 0.020 0.007 0.046 0.189 0.311 0.427 149 G 0.008 0.003 0.028 0.208 0.293 0.460 150 E 0.007 0.002 0.029 0.527 0.194 0.241 151 L 0.006 0.005 0.020 0.745 0.112 0.111 152 A 0.004 0.004 0.014 0.828 0.079 0.071 153 Y 0.004 0.002 0.016 0.904 0.044 0.031 154 K 0.005 0.002 0.031 0.818 0.074 0.069 155 E 0.005 0.004 0.039 0.778 0.075 0.099 156 E 0.005 0.004 0.028 0.680 0.063 0.220 157 A 0.002 0.002 0.015 0.319 0.075 0.586