# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.218 0.054 0.002 0.051 0.014 0.017 0.154 0.013 0.002 0.087 0.388 2 S 0.126 0.031 0.003 0.039 0.006 0.010 0.158 0.006 0.001 0.117 0.504 3 D 0.033 0.023 0.002 0.043 0.006 0.018 0.184 0.003 0.001 0.095 0.592 4 D 0.149 0.064 0.003 0.047 0.013 0.028 0.161 0.006 0.002 0.110 0.415 5 L 0.191 0.047 0.005 0.034 0.010 0.015 0.147 0.009 0.002 0.120 0.420 6 T 0.129 0.022 0.001 0.018 0.009 0.018 0.156 0.005 0.001 0.072 0.569 7 D 0.054 0.035 0.001 0.015 0.008 0.021 0.178 0.004 0.001 0.054 0.629 8 A 0.084 0.072 0.004 0.013 0.008 0.013 0.166 0.005 0.002 0.051 0.584 9 Q 0.103 0.165 0.002 0.010 0.010 0.018 0.139 0.034 0.001 0.066 0.452 10 T 0.292 0.148 0.001 0.006 0.004 0.007 0.077 0.005 0.001 0.089 0.368 11 A 0.052 0.191 0.006 0.017 0.007 0.014 0.121 0.004 0.001 0.111 0.476 12 A 0.028 0.356 0.003 0.008 0.007 0.011 0.087 0.006 0.001 0.068 0.425 13 I 0.088 0.719 0.003 0.003 0.002 0.002 0.021 0.018 0.001 0.039 0.105 14 P 0.063 0.279 0.003 0.005 0.003 0.003 0.038 0.007 0.001 0.402 0.196 15 E 0.023 0.644 0.011 0.003 0.002 0.006 0.033 0.008 0.003 0.093 0.173 16 G 0.127 0.615 0.007 0.003 0.002 0.004 0.025 0.024 0.002 0.044 0.147 17 F 0.097 0.281 0.032 0.013 0.004 0.007 0.055 0.026 0.016 0.191 0.277 18 S 0.161 0.289 0.002 0.009 0.004 0.009 0.091 0.012 0.001 0.060 0.360 19 Q 0.079 0.107 0.017 0.030 0.006 0.015 0.097 0.012 0.007 0.118 0.512 20 L 0.059 0.059 0.011 0.036 0.011 0.018 0.210 0.008 0.005 0.070 0.514 21 N 0.088 0.048 0.004 0.028 0.008 0.020 0.148 0.006 0.003 0.060 0.587 22 W 0.139 0.049 0.004 0.022 0.008 0.012 0.131 0.008 0.002 0.078 0.547 23 S 0.110 0.046 0.004 0.021 0.006 0.013 0.150 0.006 0.003 0.058 0.583 24 R 0.071 0.069 0.003 0.016 0.006 0.013 0.100 0.008 0.001 0.042 0.671 25 G 0.206 0.181 0.005 0.012 0.009 0.013 0.081 0.010 0.002 0.074 0.407 26 F 0.139 0.170 0.009 0.020 0.015 0.026 0.096 0.013 0.003 0.070 0.438 27 G 0.154 0.083 0.008 0.018 0.019 0.039 0.088 0.010 0.003 0.056 0.522 28 R 0.209 0.018 0.004 0.022 0.045 0.055 0.106 0.006 0.002 0.056 0.476 29 Q 0.058 0.014 0.002 0.037 0.032 0.066 0.137 0.004 0.001 0.033 0.617 30 I 0.033 0.017 0.002 0.037 0.027 0.051 0.142 0.003 0.001 0.030 0.656 31 G 0.024 0.014 0.001 0.056 0.125 0.142 0.145 0.009 0.001 0.048 0.435 32 P 0.013 0.019 0.001 0.088 0.104 0.211 0.104 0.003 0.001 0.048 0.408 33 L 0.008 0.018 0.003 0.130 0.157 0.240 0.069 0.002 0.001 0.058 0.314 34 F 0.027 0.013 0.003 0.134 0.192 0.243 0.063 0.004 0.001 0.090 0.231 35 E 0.024 0.015 0.001 0.131 0.103 0.230 0.076 0.004 0.001 0.072 0.342 36 H 0.058 0.007 0.001 0.109 0.096 0.166 0.076 0.001 0.001 0.071 0.413 37 R 0.010 0.003 0.005 0.063 0.093 0.157 0.127 0.001 0.003 0.053 0.486 38 E 0.029 0.002 0.003 0.016 0.041 0.061 0.099 0.003 0.003 0.025 0.717 39 G 0.438 0.004 0.001 0.008 0.033 0.035 0.084 0.022 0.001 0.090 0.285 40 P 0.032 0.002 0.002 0.011 0.006 0.021 0.135 0.001 0.001 0.058 0.732 41 G 0.003 0.002 0.001 0.026 0.051 0.214 0.108 0.001 0.001 0.050 0.543 42 Q 0.002 0.001 0.001 0.037 0.255 0.340 0.059 0.001 0.001 0.064 0.241 43 A 0.001 0.001 0.001 0.059 0.278 0.472 0.021 0.001 0.001 0.042 0.126 44 R 0.001 0.001 0.001 0.062 0.331 0.457 0.012 0.001 0.001 0.052 0.084 45 L 0.001 0.001 0.001 0.063 0.428 0.377 0.012 0.001 0.001 0.031 0.086 46 A 0.003 0.002 0.001 0.093 0.303 0.418 0.024 0.001 0.001 0.038 0.117 47 F 0.005 0.001 0.001 0.059 0.361 0.349 0.035 0.001 0.001 0.025 0.165 48 R 0.010 0.004 0.002 0.091 0.235 0.299 0.070 0.001 0.002 0.036 0.251 49 V 0.065 0.024 0.005 0.062 0.077 0.104 0.097 0.010 0.005 0.051 0.501 50 E 0.459 0.044 0.003 0.027 0.023 0.024 0.060 0.017 0.003 0.104 0.236 51 E 0.111 0.018 0.005 0.033 0.011 0.019 0.110 0.004 0.002 0.100 0.587 52 H 0.026 0.010 0.003 0.042 0.018 0.042 0.131 0.002 0.001 0.059 0.666 53 H 0.150 0.015 0.003 0.041 0.039 0.042 0.131 0.005 0.002 0.107 0.465 54 T 0.130 0.016 0.002 0.035 0.013 0.022 0.183 0.007 0.002 0.093 0.497 55 N 0.115 0.039 0.001 0.022 0.009 0.017 0.143 0.005 0.001 0.043 0.604 56 G 0.056 0.031 0.001 0.032 0.016 0.027 0.183 0.007 0.001 0.049 0.598 57 L 0.022 0.047 0.001 0.077 0.024 0.044 0.195 0.007 0.001 0.072 0.510 58 G 0.026 0.098 0.003 0.155 0.058 0.105 0.101 0.004 0.001 0.156 0.293 59 N 0.033 0.098 0.004 0.142 0.069 0.094 0.082 0.002 0.001 0.192 0.282 60 C 0.015 0.312 0.003 0.136 0.061 0.090 0.070 0.002 0.001 0.103 0.209 61 H 0.024 0.611 0.003 0.044 0.018 0.042 0.038 0.003 0.001 0.115 0.102 62 G 0.020 0.754 0.002 0.022 0.014 0.028 0.022 0.003 0.001 0.073 0.061 63 G 0.012 0.502 0.002 0.013 0.030 0.048 0.024 0.002 0.001 0.292 0.074 64 M 0.008 0.814 0.002 0.007 0.015 0.017 0.015 0.002 0.001 0.065 0.053 65 L 0.017 0.798 0.003 0.007 0.013 0.014 0.011 0.003 0.001 0.085 0.048 66 M 0.009 0.859 0.004 0.005 0.006 0.007 0.008 0.002 0.001 0.060 0.040 67 S 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.009 0.019 68 F 0.008 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.011 0.016 69 A 0.011 0.840 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.100 0.035 70 D 0.008 0.830 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.116 0.032 71 M 0.011 0.865 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.084 0.026 72 A 0.004 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.018 73 W 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.018 74 G 0.008 0.484 0.002 0.006 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.446 0.036 75 R 0.010 0.839 0.004 0.004 0.002 0.003 0.013 0.003 0.001 0.084 0.038 76 I 0.070 0.746 0.009 0.009 0.003 0.008 0.015 0.015 0.002 0.065 0.059 77 I 0.082 0.369 0.026 0.033 0.009 0.012 0.053 0.009 0.013 0.158 0.236 78 S 0.108 0.034 0.027 0.019 0.015 0.024 0.129 0.006 0.021 0.192 0.425 79 L 0.139 0.021 0.016 0.020 0.006 0.015 0.107 0.013 0.012 0.097 0.554 80 Q 0.247 0.002 0.005 0.008 0.005 0.010 0.112 0.003 0.007 0.058 0.542 81 K 0.019 0.001 0.001 0.012 0.004 0.014 0.125 0.001 0.001 0.029 0.793 82 S 0.010 0.002 0.001 0.010 0.009 0.025 0.151 0.002 0.001 0.031 0.760 83 Y 0.005 0.002 0.001 0.049 0.087 0.145 0.162 0.002 0.001 0.116 0.430 84 S 0.001 0.006 0.001 0.091 0.119 0.370 0.053 0.001 0.001 0.116 0.244 85 W 0.002 0.006 0.001 0.082 0.198 0.349 0.027 0.001 0.001 0.059 0.275 86 V 0.001 0.006 0.001 0.103 0.393 0.363 0.012 0.001 0.001 0.027 0.093 87 T 0.004 0.004 0.001 0.060 0.329 0.407 0.015 0.001 0.001 0.089 0.088 88 V 0.009 0.003 0.001 0.090 0.397 0.326 0.020 0.002 0.001 0.056 0.097 89 R 0.031 0.007 0.001 0.089 0.230 0.364 0.053 0.002 0.001 0.047 0.175 90 L 0.009 0.004 0.001 0.074 0.351 0.334 0.039 0.001 0.001 0.021 0.164 91 M 0.009 0.008 0.001 0.103 0.244 0.341 0.058 0.003 0.001 0.033 0.198 92 C 0.016 0.010 0.003 0.125 0.253 0.220 0.069 0.004 0.001 0.051 0.248 93 D 0.018 0.011 0.004 0.189 0.175 0.287 0.063 0.002 0.002 0.070 0.181 94 F 0.033 0.006 0.004 0.128 0.115 0.227 0.068 0.003 0.002 0.074 0.339 95 L 0.043 0.014 0.002 0.118 0.076 0.159 0.090 0.003 0.001 0.056 0.437 96 S 0.055 0.013 0.002 0.063 0.107 0.208 0.086 0.003 0.001 0.079 0.382 97 G 0.027 0.006 0.006 0.027 0.052 0.086 0.140 0.002 0.005 0.051 0.597 98 A 0.028 0.001 0.003 0.016 0.091 0.132 0.099 0.006 0.002 0.038 0.585 99 K 0.335 0.001 0.001 0.013 0.030 0.049 0.083 0.004 0.001 0.083 0.401 100 L 0.015 0.001 0.001 0.016 0.012 0.044 0.136 0.001 0.001 0.039 0.735 101 G 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 0.095 0.107 0.001 0.001 0.028 0.724 102 D 0.001 0.001 0.001 0.024 0.299 0.479 0.040 0.001 0.001 0.045 0.113 103 W 0.001 0.001 0.001 0.045 0.191 0.531 0.022 0.001 0.001 0.056 0.154 104 V 0.001 0.001 0.001 0.026 0.433 0.498 0.002 0.001 0.001 0.020 0.021 105 E 0.001 0.001 0.001 0.035 0.371 0.469 0.009 0.001 0.001 0.033 0.083 106 G 0.001 0.001 0.001 0.028 0.519 0.409 0.003 0.001 0.001 0.014 0.026 107 E 0.002 0.001 0.001 0.041 0.385 0.483 0.010 0.001 0.001 0.025 0.053 108 G 0.001 0.001 0.001 0.026 0.469 0.411 0.010 0.001 0.001 0.011 0.071 109 E 0.003 0.001 0.001 0.050 0.375 0.480 0.013 0.001 0.001 0.023 0.054 110 L 0.017 0.002 0.003 0.073 0.321 0.276 0.042 0.001 0.002 0.029 0.235 111 I 0.026 0.007 0.003 0.082 0.265 0.274 0.050 0.003 0.002 0.027 0.263 112 S 0.193 0.012 0.004 0.033 0.079 0.160 0.084 0.008 0.004 0.061 0.363 113 E 0.102 0.010 0.005 0.025 0.057 0.117 0.098 0.010 0.003 0.040 0.535 114 E 0.030 0.002 0.002 0.021 0.105 0.228 0.105 0.002 0.001 0.026 0.477 115 D 0.003 0.001 0.001 0.029 0.178 0.476 0.066 0.001 0.001 0.035 0.211 116 M 0.001 0.001 0.001 0.028 0.258 0.498 0.038 0.001 0.001 0.057 0.121 117 L 0.001 0.001 0.001 0.028 0.330 0.480 0.023 0.001 0.001 0.020 0.119 118 F 0.001 0.001 0.001 0.015 0.258 0.681 0.005 0.001 0.001 0.014 0.027 119 T 0.001 0.001 0.001 0.018 0.297 0.600 0.006 0.001 0.001 0.033 0.046 120 V 0.001 0.001 0.001 0.015 0.419 0.534 0.002 0.001 0.001 0.017 0.013 121 R 0.001 0.001 0.001 0.014 0.388 0.544 0.004 0.001 0.001 0.022 0.028 122 G 0.001 0.001 0.001 0.023 0.526 0.415 0.002 0.001 0.001 0.008 0.026 123 R 0.001 0.001 0.001 0.047 0.413 0.464 0.009 0.001 0.001 0.030 0.036 124 I 0.003 0.001 0.001 0.072 0.378 0.373 0.021 0.001 0.001 0.032 0.118 125 W 0.141 0.003 0.002 0.089 0.162 0.246 0.051 0.004 0.004 0.075 0.223 126 A 0.233 0.005 0.003 0.036 0.017 0.038 0.088 0.004 0.003 0.080 0.493 127 G 0.022 0.006 0.002 0.014 0.009 0.018 0.074 0.002 0.001 0.024 0.829 128 E 0.013 0.021 0.001 0.025 0.066 0.088 0.130 0.006 0.001 0.025 0.625 129 R 0.004 0.010 0.001 0.039 0.115 0.136 0.076 0.001 0.001 0.294 0.323 130 T 0.003 0.052 0.002 0.065 0.228 0.232 0.033 0.003 0.001 0.196 0.186 131 L 0.014 0.023 0.004 0.056 0.149 0.158 0.030 0.002 0.001 0.283 0.280 132 I 0.006 0.074 0.013 0.103 0.176 0.177 0.037 0.002 0.004 0.153 0.255 133 T 0.092 0.096 0.005 0.040 0.082 0.139 0.053 0.008 0.003 0.150 0.331 134 G 0.097 0.092 0.010 0.045 0.086 0.107 0.055 0.024 0.007 0.147 0.331 135 T 0.079 0.126 0.003 0.023 0.053 0.080 0.108 0.007 0.003 0.042 0.477 136 G 0.054 0.148 0.009 0.038 0.061 0.094 0.093 0.009 0.004 0.043 0.447 137 V 0.052 0.174 0.007 0.036 0.082 0.079 0.103 0.014 0.003 0.042 0.409 138 F 0.108 0.157 0.008 0.042 0.063 0.101 0.074 0.014 0.003 0.096 0.334 139 K 0.062 0.206 0.010 0.049 0.082 0.136 0.079 0.007 0.004 0.063 0.301 140 A 0.054 0.062 0.052 0.046 0.059 0.143 0.102 0.008 0.021 0.045 0.408 141 L 0.206 0.023 0.015 0.037 0.072 0.107 0.056 0.024 0.006 0.066 0.389 142 S 0.229 0.007 0.001 0.017 0.020 0.046 0.072 0.007 0.001 0.056 0.546 143 A 0.014 0.002 0.001 0.026 0.019 0.065 0.080 0.002 0.001 0.019 0.772 144 R 0.005 0.001 0.001 0.012 0.022 0.027 0.063 0.001 0.001 0.010 0.860 145 K 0.001 0.001 0.001 0.006 0.135 0.070 0.134 0.002 0.001 0.016 0.635 146 P 0.044 0.019 0.001 0.007 0.008 0.006 0.083 0.003 0.001 0.018 0.809 147 R 0.485 0.180 0.001 0.004 0.004 0.003 0.036 0.022 0.001 0.078 0.185 148 P 0.051 0.482 0.001 0.003 0.001 0.001 0.041 0.002 0.001 0.024 0.394 149 G 0.007 0.905 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.072 150 E 0.014 0.956 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 151 L 0.011 0.937 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.008 0.032 152 A 0.017 0.826 0.020 0.002 0.004 0.004 0.012 0.006 0.007 0.051 0.052 153 Y 0.145 0.639 0.017 0.002 0.003 0.003 0.022 0.025 0.008 0.060 0.075 154 K 0.211 0.268 0.037 0.006 0.005 0.009 0.044 0.023 0.026 0.087 0.284 155 E 0.122 0.142 0.008 0.012 0.005 0.016 0.061 0.004 0.004 0.042 0.584 156 E 0.030 0.075 0.007 0.012 0.008 0.027 0.067 0.003 0.003 0.046 0.723 157 A 0.054 0.039 0.007 0.009 0.016 0.022 0.092 0.006 0.002 0.048 0.703