# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.043 0.042 0.027 0.044 0.131 0.091 0.522 2 S 0.160 0.087 0.026 0.020 0.024 0.101 0.185 0.396 3 D 0.056 0.117 0.035 0.019 0.029 0.119 0.105 0.521 4 D 0.093 0.198 0.021 0.014 0.022 0.119 0.048 0.485 5 L 0.138 0.109 0.029 0.015 0.018 0.116 0.106 0.470 6 T 0.097 0.096 0.018 0.009 0.013 0.095 0.295 0.376 7 D 0.135 0.241 0.009 0.005 0.007 0.083 0.153 0.367 8 A 0.064 0.164 0.017 0.007 0.009 0.108 0.051 0.579 9 Q 0.131 0.382 0.008 0.006 0.009 0.051 0.066 0.347 10 T 0.181 0.481 0.007 0.002 0.003 0.040 0.081 0.205 11 A 0.026 0.460 0.018 0.008 0.008 0.076 0.055 0.350 12 A 0.021 0.579 0.014 0.004 0.005 0.044 0.049 0.285 13 I 0.066 0.802 0.006 0.001 0.002 0.018 0.051 0.053 14 P 0.040 0.370 0.015 0.002 0.002 0.022 0.490 0.059 15 E 0.022 0.661 0.016 0.002 0.003 0.016 0.203 0.076 16 G 0.086 0.711 0.018 0.003 0.005 0.031 0.040 0.106 17 F 0.080 0.289 0.070 0.012 0.015 0.065 0.264 0.207 18 S 0.129 0.364 0.024 0.006 0.011 0.070 0.078 0.318 19 Q 0.113 0.106 0.041 0.006 0.010 0.099 0.140 0.484 20 L 0.031 0.084 0.056 0.016 0.016 0.164 0.131 0.502 21 N 0.115 0.076 0.072 0.012 0.020 0.126 0.114 0.466 22 W 0.142 0.097 0.025 0.008 0.008 0.121 0.047 0.553 23 S 0.090 0.153 0.034 0.005 0.009 0.086 0.062 0.562 24 R 0.073 0.132 0.017 0.004 0.006 0.118 0.055 0.596 25 G 0.120 0.196 0.030 0.009 0.009 0.095 0.158 0.382 26 F 0.153 0.214 0.035 0.011 0.014 0.084 0.136 0.352 27 G 0.181 0.137 0.031 0.011 0.026 0.079 0.120 0.414 28 R 0.076 0.045 0.038 0.026 0.030 0.102 0.094 0.589 29 Q 0.029 0.047 0.032 0.021 0.036 0.132 0.051 0.652 30 I 0.048 0.054 0.030 0.013 0.026 0.133 0.036 0.660 31 G 0.121 0.115 0.041 0.037 0.042 0.132 0.055 0.456 32 P 0.073 0.167 0.039 0.019 0.045 0.088 0.093 0.475 33 L 0.058 0.111 0.056 0.045 0.091 0.101 0.149 0.390 34 F 0.058 0.058 0.094 0.138 0.149 0.076 0.142 0.285 35 E 0.058 0.023 0.043 0.080 0.115 0.081 0.062 0.540 36 H 0.076 0.013 0.051 0.101 0.127 0.100 0.068 0.464 37 R 0.011 0.004 0.032 0.071 0.156 0.124 0.055 0.546 38 E 0.051 0.003 0.015 0.021 0.039 0.090 0.031 0.748 39 G 0.482 0.019 0.008 0.052 0.045 0.067 0.056 0.272 40 P 0.027 0.011 0.010 0.011 0.041 0.095 0.012 0.793 41 G 0.022 0.016 0.034 0.069 0.375 0.093 0.031 0.359 42 Q 0.006 0.008 0.043 0.254 0.404 0.044 0.044 0.197 43 A 0.002 0.005 0.048 0.339 0.484 0.017 0.020 0.084 44 R 0.002 0.002 0.046 0.338 0.530 0.008 0.022 0.053 45 L 0.003 0.002 0.039 0.486 0.409 0.008 0.012 0.041 46 A 0.002 0.002 0.070 0.251 0.557 0.012 0.009 0.097 47 F 0.003 0.004 0.038 0.381 0.438 0.020 0.009 0.107 48 R 0.007 0.014 0.063 0.338 0.356 0.037 0.031 0.155 49 V 0.044 0.048 0.043 0.138 0.163 0.073 0.067 0.423 50 E 0.224 0.052 0.029 0.097 0.070 0.048 0.287 0.194 51 E 0.065 0.044 0.026 0.039 0.050 0.095 0.238 0.442 52 H 0.057 0.028 0.034 0.029 0.059 0.123 0.069 0.601 53 H 0.107 0.016 0.027 0.039 0.062 0.161 0.054 0.534 54 T 0.038 0.009 0.019 0.016 0.034 0.136 0.062 0.687 55 N 0.090 0.014 0.027 0.019 0.042 0.203 0.063 0.542 56 G 0.085 0.021 0.022 0.023 0.037 0.174 0.069 0.569 57 L 0.024 0.020 0.033 0.022 0.043 0.164 0.041 0.653 58 G 0.021 0.043 0.136 0.053 0.141 0.137 0.104 0.365 59 N 0.029 0.129 0.129 0.086 0.108 0.117 0.081 0.321 60 C 0.067 0.316 0.116 0.063 0.061 0.073 0.047 0.257 61 H 0.041 0.646 0.037 0.026 0.046 0.033 0.052 0.119 62 G 0.023 0.734 0.022 0.015 0.044 0.024 0.051 0.087 63 G 0.012 0.339 0.040 0.036 0.059 0.029 0.420 0.066 64 M 0.005 0.715 0.017 0.040 0.037 0.012 0.144 0.030 65 L 0.009 0.893 0.009 0.009 0.018 0.006 0.036 0.020 66 M 0.011 0.801 0.019 0.025 0.022 0.008 0.089 0.024 67 S 0.012 0.881 0.012 0.007 0.010 0.007 0.053 0.018 68 F 0.019 0.914 0.005 0.002 0.002 0.005 0.036 0.018 69 A 0.016 0.664 0.007 0.002 0.002 0.008 0.274 0.027 70 D 0.009 0.796 0.003 0.001 0.001 0.007 0.155 0.029 71 M 0.004 0.911 0.002 0.001 0.001 0.006 0.052 0.023 72 A 0.003 0.974 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.007 73 W 0.017 0.934 0.002 0.001 0.001 0.005 0.028 0.013 74 G 0.011 0.575 0.013 0.003 0.002 0.011 0.349 0.037 75 R 0.017 0.777 0.018 0.004 0.005 0.014 0.133 0.031 76 I 0.103 0.577 0.050 0.008 0.010 0.032 0.142 0.077 77 I 0.106 0.237 0.098 0.030 0.030 0.066 0.168 0.264 78 S 0.043 0.031 0.077 0.025 0.031 0.065 0.215 0.514 79 L 0.144 0.017 0.028 0.015 0.016 0.097 0.094 0.589 80 Q 0.232 0.004 0.021 0.009 0.012 0.090 0.065 0.566 81 K 0.034 0.001 0.006 0.003 0.005 0.095 0.010 0.847 82 S 0.019 0.002 0.012 0.004 0.014 0.086 0.022 0.841 83 Y 0.007 0.003 0.041 0.028 0.045 0.153 0.042 0.682 84 S 0.005 0.008 0.256 0.103 0.245 0.061 0.096 0.226 85 W 0.002 0.008 0.183 0.150 0.198 0.031 0.062 0.365 86 V 0.002 0.004 0.374 0.320 0.212 0.013 0.027 0.049 87 T 0.006 0.012 0.333 0.157 0.242 0.018 0.104 0.129 88 V 0.013 0.021 0.178 0.351 0.286 0.019 0.051 0.080 89 R 0.022 0.018 0.165 0.135 0.245 0.049 0.070 0.295 90 L 0.009 0.019 0.097 0.227 0.240 0.075 0.065 0.269 91 M 0.020 0.032 0.106 0.133 0.233 0.077 0.080 0.319 92 C 0.040 0.032 0.060 0.143 0.171 0.067 0.150 0.336 93 D 0.034 0.030 0.110 0.209 0.235 0.064 0.111 0.207 94 F 0.044 0.029 0.079 0.105 0.208 0.069 0.094 0.373 95 L 0.033 0.012 0.098 0.143 0.161 0.071 0.048 0.433 96 S 0.104 0.012 0.048 0.136 0.156 0.086 0.059 0.399 97 G 0.019 0.005 0.031 0.042 0.084 0.118 0.049 0.651 98 A 0.030 0.003 0.041 0.043 0.076 0.161 0.037 0.610 99 K 0.308 0.008 0.030 0.039 0.038 0.094 0.085 0.398 100 L 0.056 0.010 0.013 0.018 0.036 0.113 0.023 0.731 101 G 0.018 0.008 0.033 0.019 0.089 0.091 0.026 0.716 102 D 0.020 0.017 0.055 0.237 0.369 0.072 0.050 0.180 103 W 0.005 0.013 0.108 0.158 0.310 0.045 0.041 0.321 104 V 0.002 0.013 0.078 0.365 0.457 0.013 0.014 0.058 105 E 0.004 0.015 0.119 0.274 0.466 0.016 0.031 0.076 106 G 0.005 0.036 0.067 0.408 0.382 0.014 0.027 0.061 107 E 0.018 0.073 0.054 0.239 0.466 0.020 0.041 0.089 108 G 0.013 0.031 0.040 0.279 0.363 0.026 0.137 0.110 109 E 0.006 0.019 0.031 0.387 0.428 0.016 0.057 0.056 110 L 0.014 0.016 0.027 0.258 0.441 0.025 0.076 0.143 111 I 0.020 0.007 0.043 0.318 0.312 0.040 0.064 0.195 112 S 0.192 0.009 0.016 0.099 0.136 0.049 0.051 0.449 113 E 0.099 0.008 0.006 0.022 0.037 0.058 0.021 0.748 114 E 0.018 0.006 0.022 0.037 0.155 0.138 0.034 0.590 115 D 0.006 0.003 0.027 0.088 0.257 0.088 0.077 0.453 116 M 0.003 0.003 0.047 0.304 0.402 0.035 0.063 0.143 117 L 0.001 0.002 0.085 0.303 0.413 0.018 0.036 0.141 118 F 0.001 0.001 0.106 0.324 0.517 0.008 0.013 0.029 119 T 0.002 0.002 0.192 0.252 0.429 0.011 0.038 0.074 120 V 0.002 0.003 0.097 0.478 0.355 0.012 0.016 0.037 121 R 0.006 0.005 0.103 0.224 0.482 0.026 0.041 0.114 122 G 0.006 0.008 0.075 0.320 0.413 0.026 0.039 0.113 123 R 0.004 0.003 0.136 0.353 0.387 0.016 0.029 0.071 124 I 0.012 0.004 0.088 0.291 0.313 0.035 0.057 0.201 125 W 0.078 0.005 0.127 0.181 0.194 0.045 0.068 0.302 126 A 0.197 0.005 0.023 0.039 0.065 0.074 0.036 0.560 127 G 0.025 0.008 0.011 0.011 0.023 0.064 0.015 0.842 128 E 0.014 0.016 0.022 0.030 0.101 0.135 0.018 0.664 129 R 0.004 0.013 0.055 0.107 0.237 0.068 0.213 0.303 130 T 0.005 0.033 0.067 0.311 0.326 0.028 0.094 0.136 131 L 0.006 0.009 0.090 0.265 0.277 0.021 0.219 0.112 132 I 0.004 0.016 0.106 0.306 0.320 0.027 0.113 0.107 133 T 0.056 0.061 0.127 0.128 0.313 0.039 0.087 0.189 134 G 0.058 0.133 0.045 0.157 0.188 0.065 0.066 0.288 135 T 0.022 0.187 0.036 0.050 0.184 0.079 0.039 0.403 136 G 0.023 0.277 0.036 0.102 0.248 0.066 0.058 0.190 137 V 0.030 0.327 0.040 0.128 0.201 0.044 0.083 0.148 138 F 0.022 0.139 0.081 0.147 0.165 0.036 0.242 0.167 139 K 0.014 0.143 0.081 0.207 0.177 0.037 0.170 0.170 140 A 0.034 0.062 0.183 0.147 0.189 0.041 0.120 0.223 141 L 0.211 0.027 0.071 0.109 0.122 0.058 0.087 0.314 142 S 0.284 0.011 0.022 0.054 0.052 0.049 0.058 0.470 143 A 0.018 0.003 0.006 0.010 0.024 0.077 0.009 0.854 144 R 0.019 0.003 0.011 0.017 0.036 0.127 0.015 0.771 145 K 0.015 0.004 0.012 0.037 0.037 0.161 0.018 0.716 146 P 0.061 0.013 0.011 0.011 0.015 0.096 0.013 0.779 147 R 0.373 0.154 0.011 0.019 0.015 0.063 0.032 0.332 148 P 0.067 0.240 0.010 0.005 0.008 0.058 0.011 0.601 149 G 0.100 0.416 0.024 0.012 0.015 0.042 0.041 0.349 150 E 0.131 0.653 0.013 0.014 0.009 0.028 0.028 0.123 151 L 0.205 0.438 0.016 0.010 0.012 0.045 0.038 0.235 152 A 0.058 0.232 0.028 0.023 0.026 0.066 0.092 0.475 153 Y 0.132 0.299 0.006 0.011 0.019 0.039 0.105 0.389 154 K 0.216 0.161 0.011 0.014 0.015 0.054 0.143 0.386 155 E 0.039 0.110 0.013 0.041 0.054 0.087 0.064 0.592 156 E 0.040 0.038 0.011 0.014 0.033 0.087 0.049 0.728 157 A 0.046 0.038 0.019 0.043 0.041 0.143 0.076 0.594