# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.013 0.097 0.032 0.053 0.148 0.014 0.574 2 S 0.112 0.014 0.084 0.025 0.044 0.212 0.015 0.494 3 D 0.095 0.017 0.102 0.023 0.032 0.126 0.014 0.592 4 D 0.060 0.005 0.021 0.005 0.013 0.619 0.007 0.270 5 L 0.143 0.016 0.054 0.011 0.025 0.281 0.007 0.462 6 T 0.035 0.026 0.019 0.008 0.020 0.617 0.004 0.271 7 D 0.062 0.048 0.018 0.008 0.021 0.264 0.008 0.571 8 A 0.141 0.180 0.021 0.011 0.031 0.195 0.008 0.413 9 Q 0.092 0.102 0.009 0.008 0.021 0.487 0.015 0.267 10 T 0.221 0.192 0.009 0.006 0.015 0.099 0.018 0.440 11 A 0.169 0.362 0.013 0.007 0.015 0.091 0.015 0.328 12 A 0.176 0.279 0.013 0.009 0.014 0.139 0.045 0.325 13 I 0.284 0.282 0.025 0.016 0.024 0.047 0.018 0.304 14 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 15 E 0.011 0.080 0.013 0.016 0.044 0.120 0.004 0.712 16 G 0.102 0.472 0.012 0.010 0.014 0.059 0.010 0.320 17 F 0.120 0.674 0.011 0.008 0.024 0.023 0.007 0.131 18 S 0.099 0.704 0.010 0.010 0.016 0.025 0.009 0.126 19 Q 0.141 0.671 0.015 0.008 0.011 0.017 0.019 0.119 20 L 0.209 0.621 0.023 0.012 0.012 0.015 0.037 0.071 21 N 0.277 0.396 0.033 0.020 0.021 0.030 0.064 0.159 22 W 0.191 0.232 0.169 0.033 0.047 0.036 0.033 0.259 23 S 0.082 0.133 0.061 0.023 0.039 0.136 0.024 0.501 24 R 0.099 0.096 0.080 0.014 0.027 0.094 0.028 0.563 25 G 0.107 0.106 0.036 0.010 0.014 0.190 0.023 0.514 26 F 0.144 0.054 0.044 0.011 0.016 0.160 0.024 0.547 27 G 0.176 0.101 0.042 0.021 0.030 0.129 0.019 0.483 28 R 0.203 0.128 0.082 0.041 0.065 0.173 0.023 0.284 29 Q 0.223 0.110 0.041 0.041 0.063 0.110 0.029 0.382 30 I 0.171 0.135 0.095 0.050 0.108 0.064 0.023 0.355 31 G 0.059 0.065 0.059 0.114 0.122 0.081 0.015 0.485 32 P 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.984 33 L 0.056 0.037 0.054 0.108 0.225 0.102 0.011 0.408 34 F 0.175 0.050 0.049 0.110 0.165 0.118 0.013 0.321 35 E 0.039 0.061 0.034 0.106 0.156 0.059 0.006 0.539 36 H 0.080 0.108 0.046 0.175 0.232 0.073 0.009 0.279 37 R 0.181 0.085 0.022 0.131 0.164 0.069 0.025 0.322 38 E 0.102 0.065 0.042 0.149 0.228 0.038 0.059 0.316 39 G 0.112 0.018 0.023 0.105 0.155 0.101 0.026 0.460 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 G 0.026 0.006 0.025 0.202 0.174 0.115 0.030 0.421 42 Q 0.750 0.001 0.012 0.022 0.058 0.075 0.004 0.079 43 A 0.021 0.001 0.032 0.394 0.245 0.034 0.001 0.272 44 R 0.014 0.001 0.027 0.353 0.568 0.017 0.001 0.021 45 L 0.004 0.001 0.033 0.444 0.487 0.008 0.001 0.024 46 A 0.001 0.001 0.014 0.266 0.702 0.005 0.001 0.013 47 F 0.001 0.001 0.017 0.438 0.525 0.004 0.001 0.014 48 R 0.003 0.001 0.029 0.291 0.492 0.014 0.001 0.168 49 V 0.005 0.002 0.039 0.216 0.542 0.026 0.001 0.170 50 E 0.008 0.006 0.025 0.134 0.496 0.087 0.002 0.243 51 E 0.016 0.013 0.014 0.034 0.126 0.072 0.005 0.720 52 H 0.068 0.066 0.014 0.026 0.037 0.129 0.016 0.643 53 H 0.540 0.063 0.017 0.018 0.017 0.066 0.046 0.233 54 T 0.247 0.171 0.163 0.059 0.046 0.067 0.046 0.200 55 N 0.119 0.107 0.141 0.057 0.093 0.080 0.039 0.363 56 G 0.086 0.077 0.172 0.028 0.046 0.117 0.020 0.454 57 L 0.047 0.060 0.081 0.018 0.034 0.236 0.011 0.514 58 G 0.104 0.086 0.107 0.029 0.033 0.162 0.025 0.454 59 N 0.144 0.063 0.088 0.017 0.021 0.189 0.020 0.458 60 C 0.059 0.116 0.184 0.034 0.040 0.146 0.013 0.410 61 H 0.029 0.129 0.044 0.024 0.041 0.174 0.008 0.551 62 G 0.044 0.151 0.041 0.016 0.033 0.140 0.012 0.564 63 G 0.050 0.262 0.033 0.013 0.016 0.169 0.007 0.450 64 M 0.034 0.593 0.027 0.018 0.020 0.099 0.008 0.201 65 L 0.016 0.791 0.019 0.011 0.023 0.035 0.004 0.100 66 M 0.005 0.951 0.006 0.006 0.009 0.006 0.001 0.018 67 S 0.002 0.978 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.011 68 F 0.012 0.955 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.018 69 A 0.008 0.969 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.014 70 D 0.016 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 71 M 0.009 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 72 A 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 73 W 0.017 0.939 0.005 0.001 0.001 0.005 0.006 0.026 74 G 0.007 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 75 R 0.002 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 76 I 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 77 I 0.008 0.978 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 78 S 0.027 0.947 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.011 79 L 0.168 0.686 0.018 0.006 0.005 0.003 0.066 0.048 80 Q 0.239 0.474 0.038 0.015 0.015 0.017 0.082 0.119 81 K 0.126 0.207 0.073 0.035 0.030 0.067 0.084 0.378 82 S 0.115 0.082 0.072 0.030 0.028 0.079 0.078 0.515 83 Y 0.151 0.024 0.136 0.034 0.032 0.098 0.033 0.491 84 S 0.037 0.007 0.158 0.078 0.059 0.120 0.012 0.529 85 W 0.014 0.003 0.122 0.085 0.109 0.060 0.004 0.604 86 V 0.014 0.002 0.303 0.291 0.290 0.028 0.002 0.071 87 T 0.005 0.001 0.132 0.179 0.228 0.034 0.001 0.421 88 V 0.002 0.001 0.248 0.302 0.381 0.011 0.001 0.054 89 R 0.004 0.002 0.171 0.206 0.335 0.052 0.002 0.227 90 L 0.012 0.003 0.186 0.217 0.397 0.071 0.004 0.108 91 M 0.029 0.008 0.155 0.224 0.348 0.084 0.004 0.148 92 C 0.020 0.008 0.127 0.175 0.335 0.060 0.006 0.271 93 D 0.016 0.016 0.123 0.295 0.301 0.050 0.006 0.193 94 F 0.038 0.017 0.069 0.119 0.295 0.069 0.013 0.380 95 L 0.065 0.044 0.116 0.152 0.335 0.095 0.010 0.183 96 S 0.051 0.043 0.069 0.172 0.234 0.135 0.018 0.279 97 G 0.019 0.010 0.007 0.012 0.020 0.019 0.005 0.908 98 A 0.185 0.029 0.092 0.085 0.120 0.103 0.035 0.351 99 K 0.106 0.018 0.033 0.064 0.060 0.236 0.029 0.454 100 L 0.047 0.024 0.051 0.063 0.120 0.061 0.019 0.616 101 G 0.047 0.023 0.081 0.145 0.166 0.103 0.045 0.390 102 D 0.211 0.003 0.040 0.062 0.058 0.139 0.036 0.452 103 W 0.017 0.001 0.037 0.063 0.055 0.063 0.005 0.759 104 V 0.041 0.001 0.034 0.341 0.543 0.030 0.002 0.009 105 E 0.018 0.001 0.029 0.331 0.494 0.024 0.001 0.103 106 G 0.001 0.001 0.019 0.557 0.417 0.002 0.001 0.004 107 E 0.001 0.001 0.014 0.293 0.638 0.009 0.001 0.044 108 G 0.001 0.001 0.009 0.435 0.547 0.002 0.001 0.007 109 E 0.001 0.001 0.009 0.264 0.701 0.007 0.001 0.017 110 L 0.001 0.001 0.008 0.336 0.620 0.007 0.001 0.028 111 I 0.002 0.001 0.017 0.295 0.652 0.009 0.001 0.024 112 S 0.002 0.001 0.010 0.391 0.515 0.017 0.001 0.063 113 E 0.011 0.002 0.018 0.154 0.488 0.041 0.005 0.281 114 E 0.029 0.003 0.012 0.091 0.183 0.229 0.019 0.432 115 D 0.126 0.007 0.012 0.089 0.062 0.179 0.067 0.458 116 M 0.338 0.005 0.029 0.093 0.149 0.240 0.023 0.122 117 L 0.071 0.003 0.029 0.263 0.382 0.101 0.006 0.144 118 F 0.010 0.001 0.027 0.473 0.450 0.012 0.002 0.025 119 T 0.004 0.001 0.025 0.331 0.441 0.016 0.001 0.180 120 V 0.001 0.001 0.031 0.444 0.510 0.004 0.001 0.010 121 R 0.001 0.001 0.017 0.279 0.606 0.012 0.001 0.084 122 G 0.001 0.001 0.022 0.339 0.610 0.006 0.001 0.023 123 R 0.002 0.001 0.057 0.374 0.518 0.011 0.001 0.038 124 I 0.001 0.001 0.028 0.329 0.520 0.014 0.001 0.107 125 W 0.003 0.001 0.057 0.273 0.604 0.017 0.001 0.046 126 A 0.008 0.004 0.032 0.263 0.437 0.045 0.004 0.207 127 G 0.033 0.004 0.029 0.071 0.198 0.110 0.016 0.538 128 E 0.125 0.004 0.016 0.027 0.047 0.298 0.024 0.459 129 R 0.093 0.011 0.029 0.043 0.031 0.159 0.035 0.597 130 T 0.118 0.011 0.067 0.077 0.106 0.219 0.016 0.386 131 L 0.038 0.015 0.117 0.140 0.265 0.113 0.005 0.307 132 I 0.023 0.032 0.109 0.225 0.436 0.056 0.004 0.115 133 T 0.020 0.057 0.116 0.252 0.374 0.049 0.005 0.125 134 G 0.023 0.077 0.069 0.224 0.315 0.041 0.010 0.241 135 T 0.039 0.052 0.068 0.126 0.230 0.079 0.014 0.392 136 G 0.049 0.049 0.030 0.108 0.124 0.109 0.021 0.510 137 V 0.110 0.066 0.046 0.077 0.151 0.155 0.015 0.380 138 F 0.051 0.130 0.035 0.163 0.243 0.104 0.010 0.264 139 K 0.041 0.190 0.034 0.161 0.236 0.066 0.006 0.266 140 A 0.016 0.369 0.031 0.166 0.187 0.030 0.005 0.195 141 L 0.031 0.438 0.035 0.139 0.204 0.026 0.011 0.116 142 S 0.045 0.415 0.025 0.125 0.145 0.030 0.018 0.196 143 A 0.103 0.197 0.027 0.043 0.095 0.052 0.039 0.444 144 R 0.267 0.115 0.015 0.018 0.022 0.069 0.093 0.400 145 K 0.347 0.048 0.026 0.024 0.017 0.048 0.049 0.441 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 147 R 0.023 0.005 0.038 0.039 0.082 0.207 0.004 0.602 148 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 149 G 0.011 0.005 0.010 0.010 0.028 0.158 0.002 0.777 150 E 0.361 0.006 0.006 0.002 0.004 0.082 0.003 0.536 151 L 0.041 0.028 0.006 0.004 0.007 0.037 0.001 0.877 152 A 0.058 0.140 0.007 0.015 0.025 0.367 0.004 0.384 153 Y 0.176 0.407 0.008 0.007 0.014 0.072 0.007 0.309 154 K 0.051 0.788 0.004 0.007 0.018 0.025 0.003 0.104 155 E 0.023 0.839 0.005 0.008 0.010 0.019 0.007 0.088 156 E 0.046 0.874 0.004 0.005 0.007 0.009 0.010 0.045 157 A 0.068 0.843 0.006 0.007 0.014 0.005 0.010 0.046