# TARGET T0322 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.205 0.189 0.237 0.108 0.089 0.039 0.053 0.016 0.051 0.012 0.001 2 S 0.457 0.102 0.212 0.114 0.037 0.029 0.012 0.008 0.011 0.016 0.003 3 D 0.423 0.103 0.104 0.220 0.035 0.049 0.025 0.005 0.030 0.005 0.001 4 D 0.206 0.070 0.189 0.152 0.031 0.160 0.080 0.006 0.099 0.005 0.002 5 L 0.629 0.027 0.080 0.206 0.004 0.031 0.010 0.003 0.008 0.001 0.002 6 T 0.603 0.060 0.144 0.116 0.023 0.018 0.015 0.007 0.007 0.006 0.001 7 D 0.456 0.028 0.098 0.292 0.012 0.042 0.039 0.010 0.018 0.002 0.002 8 A 0.313 0.091 0.273 0.204 0.029 0.032 0.028 0.010 0.016 0.004 0.001 9 Q 0.372 0.066 0.385 0.072 0.028 0.027 0.018 0.006 0.015 0.009 0.001 10 T 0.770 0.014 0.063 0.114 0.008 0.006 0.007 0.010 0.002 0.004 0.001 11 A 0.803 0.029 0.068 0.063 0.012 0.005 0.007 0.003 0.005 0.004 0.001 12 A 0.749 0.013 0.099 0.106 0.003 0.017 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 13 I 0.640 0.089 0.122 0.022 0.011 0.014 0.014 0.001 0.082 0.003 0.001 14 P 0.699 0.004 0.260 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 15 E 0.913 0.007 0.033 0.033 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 16 G 0.864 0.008 0.015 0.043 0.017 0.002 0.007 0.030 0.001 0.011 0.001 17 F 0.915 0.014 0.015 0.043 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 18 S 0.903 0.026 0.020 0.034 0.006 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 19 Q 0.781 0.035 0.035 0.119 0.010 0.009 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 20 L 0.586 0.047 0.059 0.261 0.014 0.008 0.015 0.003 0.007 0.001 0.001 21 N 0.240 0.048 0.068 0.220 0.017 0.110 0.223 0.014 0.055 0.003 0.001 22 W 0.287 0.182 0.287 0.111 0.029 0.045 0.014 0.003 0.038 0.004 0.001 23 S 0.534 0.056 0.249 0.077 0.014 0.032 0.012 0.007 0.006 0.012 0.002 24 R 0.425 0.044 0.141 0.273 0.018 0.017 0.053 0.009 0.016 0.003 0.001 25 G 0.260 0.016 0.143 0.037 0.076 0.005 0.038 0.254 0.003 0.166 0.001 26 F 0.643 0.032 0.118 0.146 0.021 0.008 0.010 0.007 0.004 0.010 0.001 27 G 0.631 0.024 0.070 0.102 0.026 0.009 0.045 0.061 0.004 0.027 0.001 28 R 0.559 0.123 0.107 0.144 0.033 0.015 0.008 0.002 0.009 0.001 0.001 29 Q 0.399 0.152 0.189 0.120 0.026 0.048 0.036 0.003 0.024 0.002 0.001 30 I 0.336 0.177 0.210 0.212 0.014 0.026 0.005 0.001 0.016 0.001 0.002 31 G 0.156 0.073 0.240 0.004 0.184 0.002 0.020 0.020 0.028 0.271 0.001 32 P 0.238 0.008 0.489 0.025 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 33 L 0.197 0.233 0.460 0.049 0.013 0.032 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 34 F 0.092 0.598 0.172 0.025 0.042 0.025 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 35 E 0.164 0.232 0.534 0.009 0.007 0.039 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 36 H 0.250 0.363 0.109 0.141 0.062 0.036 0.008 0.002 0.027 0.001 0.001 37 R 0.152 0.432 0.174 0.058 0.111 0.033 0.018 0.004 0.014 0.003 0.001 38 E 0.096 0.338 0.252 0.182 0.080 0.017 0.007 0.002 0.021 0.002 0.001 39 G 0.026 0.209 0.266 0.001 0.233 0.005 0.013 0.004 0.150 0.093 0.001 40 P 0.136 0.004 0.531 0.039 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.270 41 G 0.017 0.039 0.046 0.046 0.293 0.003 0.072 0.410 0.002 0.071 0.001 42 Q 0.012 0.670 0.170 0.024 0.094 0.014 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 43 A 0.002 0.734 0.202 0.003 0.042 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 44 R 0.003 0.901 0.039 0.005 0.041 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 45 L 0.001 0.839 0.056 0.001 0.095 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 46 A 0.001 0.876 0.046 0.002 0.046 0.010 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 47 F 0.001 0.787 0.124 0.001 0.066 0.007 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 48 R 0.004 0.571 0.328 0.001 0.011 0.052 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 49 V 0.027 0.463 0.416 0.006 0.016 0.049 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 50 E 0.073 0.444 0.250 0.014 0.092 0.037 0.011 0.001 0.070 0.007 0.001 51 E 0.383 0.089 0.385 0.031 0.037 0.031 0.008 0.003 0.005 0.005 0.023 52 H 0.234 0.248 0.120 0.228 0.071 0.033 0.024 0.011 0.029 0.002 0.001 53 H 0.065 0.245 0.236 0.091 0.090 0.092 0.083 0.008 0.084 0.005 0.001 54 T 0.136 0.432 0.124 0.164 0.038 0.049 0.010 0.002 0.041 0.003 0.001 55 N 0.050 0.052 0.163 0.152 0.057 0.121 0.276 0.011 0.095 0.021 0.001 56 G 0.250 0.021 0.064 0.137 0.049 0.011 0.062 0.260 0.003 0.139 0.004 57 L 0.196 0.058 0.124 0.460 0.018 0.020 0.089 0.010 0.022 0.004 0.001 58 G 0.037 0.006 0.037 0.019 0.058 0.002 0.050 0.504 0.001 0.285 0.001 59 N 0.331 0.175 0.182 0.162 0.045 0.050 0.020 0.007 0.017 0.009 0.002 60 C 0.257 0.209 0.203 0.168 0.053 0.041 0.019 0.010 0.022 0.018 0.001 61 H 0.384 0.153 0.164 0.107 0.081 0.032 0.036 0.010 0.021 0.011 0.001 62 G 0.668 0.018 0.059 0.068 0.037 0.007 0.023 0.059 0.003 0.058 0.001 63 G 0.921 0.007 0.016 0.022 0.008 0.003 0.004 0.008 0.001 0.009 0.001 64 M 0.983 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.990 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 M 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 W 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.976 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.883 0.010 0.010 0.082 0.003 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 79 L 0.446 0.067 0.052 0.392 0.013 0.009 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 80 Q 0.457 0.082 0.122 0.198 0.021 0.038 0.046 0.007 0.023 0.005 0.001 81 K 0.277 0.143 0.115 0.249 0.083 0.025 0.065 0.009 0.020 0.013 0.001 82 S 0.146 0.094 0.104 0.289 0.101 0.043 0.142 0.039 0.027 0.013 0.002 83 Y 0.055 0.394 0.264 0.044 0.136 0.022 0.036 0.007 0.037 0.005 0.001 84 S 0.154 0.221 0.428 0.092 0.036 0.037 0.010 0.004 0.010 0.004 0.004 85 W 0.013 0.620 0.124 0.009 0.219 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 86 V 0.004 0.885 0.042 0.003 0.051 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 87 T 0.004 0.797 0.139 0.001 0.034 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 88 V 0.009 0.849 0.034 0.004 0.073 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 89 R 0.007 0.722 0.162 0.002 0.034 0.040 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 90 L 0.026 0.721 0.138 0.011 0.062 0.020 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 91 M 0.032 0.630 0.167 0.012 0.076 0.045 0.012 0.002 0.022 0.002 0.001 92 C 0.057 0.720 0.087 0.011 0.073 0.020 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 93 D 0.300 0.264 0.206 0.087 0.026 0.071 0.012 0.001 0.030 0.001 0.001 94 F 0.171 0.337 0.179 0.075 0.103 0.058 0.028 0.004 0.039 0.002 0.002 95 L 0.213 0.359 0.235 0.115 0.022 0.029 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 96 S 0.093 0.263 0.230 0.071 0.233 0.010 0.035 0.011 0.026 0.028 0.001 97 G 0.099 0.057 0.291 0.104 0.106 0.022 0.075 0.160 0.009 0.074 0.003 98 A 0.042 0.277 0.526 0.025 0.084 0.018 0.005 0.003 0.014 0.006 0.001 99 K 0.033 0.271 0.605 0.009 0.023 0.032 0.005 0.001 0.016 0.002 0.002 100 L 0.106 0.083 0.732 0.036 0.003 0.023 0.003 0.001 0.010 0.001 0.002 101 G 0.030 0.002 0.019 0.010 0.030 0.001 0.033 0.600 0.001 0.275 0.001 102 D 0.065 0.125 0.596 0.048 0.047 0.066 0.023 0.002 0.020 0.003 0.005 103 W 0.060 0.460 0.391 0.027 0.026 0.022 0.002 0.001 0.008 0.001 0.003 104 V 0.014 0.700 0.173 0.016 0.053 0.026 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 105 E 0.007 0.804 0.105 0.006 0.050 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 106 G 0.005 0.709 0.054 0.003 0.214 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 107 E 0.004 0.817 0.092 0.006 0.026 0.033 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 108 G 0.004 0.484 0.127 0.002 0.368 0.004 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 109 E 0.002 0.807 0.106 0.001 0.029 0.022 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 110 L 0.001 0.064 0.860 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 111 I 0.376 0.014 0.003 0.603 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.001 0.417 0.021 0.001 0.559 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 E 0.296 0.341 0.037 0.201 0.036 0.014 0.010 0.002 0.060 0.002 0.001 114 E 0.127 0.198 0.066 0.158 0.310 0.006 0.059 0.018 0.022 0.036 0.001 115 D 0.048 0.100 0.098 0.331 0.089 0.038 0.231 0.029 0.029 0.008 0.001 116 M 0.019 0.591 0.250 0.031 0.075 0.016 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 117 L 0.010 0.733 0.181 0.011 0.038 0.017 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 118 F 0.003 0.689 0.068 0.009 0.221 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 119 T 0.001 0.845 0.046 0.001 0.103 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 120 V 0.001 0.885 0.029 0.001 0.077 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 121 R 0.001 0.893 0.047 0.003 0.044 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 122 G 0.001 0.813 0.029 0.001 0.152 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 123 R 0.001 0.896 0.079 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 124 I 0.002 0.718 0.227 0.001 0.007 0.031 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 125 W 0.058 0.693 0.102 0.043 0.023 0.042 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 126 A 0.032 0.263 0.319 0.079 0.156 0.031 0.073 0.004 0.036 0.008 0.001 127 G 0.062 0.026 0.049 0.033 0.108 0.003 0.118 0.322 0.004 0.276 0.001 128 E 0.211 0.185 0.189 0.245 0.054 0.021 0.056 0.010 0.013 0.012 0.001 129 R 0.101 0.155 0.209 0.116 0.117 0.016 0.166 0.076 0.011 0.033 0.001 130 T 0.055 0.514 0.321 0.016 0.038 0.029 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 131 L 0.073 0.399 0.464 0.004 0.006 0.041 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 132 I 0.171 0.621 0.086 0.038 0.035 0.028 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 133 T 0.060 0.648 0.108 0.017 0.140 0.012 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 134 G 0.125 0.387 0.092 0.030 0.278 0.020 0.024 0.014 0.016 0.013 0.001 135 T 0.135 0.478 0.130 0.093 0.128 0.011 0.006 0.002 0.013 0.004 0.001 136 G 0.131 0.193 0.112 0.035 0.397 0.004 0.026 0.061 0.004 0.035 0.001 137 V 0.092 0.600 0.131 0.029 0.121 0.016 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 138 F 0.080 0.669 0.184 0.007 0.034 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 139 K 0.204 0.640 0.038 0.035 0.055 0.009 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 140 A 0.072 0.566 0.286 0.004 0.028 0.027 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 141 L 0.241 0.436 0.174 0.061 0.015 0.033 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 142 S 0.218 0.386 0.220 0.044 0.066 0.016 0.009 0.002 0.032 0.005 0.001 143 A 0.343 0.104 0.265 0.148 0.053 0.013 0.039 0.012 0.006 0.018 0.001 144 R 0.112 0.122 0.198 0.286 0.056 0.041 0.122 0.033 0.022 0.009 0.001 145 K 0.033 0.343 0.451 0.006 0.013 0.028 0.018 0.001 0.108 0.001 0.001 146 P 0.021 0.006 0.945 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 147 R 0.060 0.063 0.828 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.025 0.005 0.002 148 P 0.339 0.001 0.608 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 149 G 0.204 0.003 0.032 0.024 0.023 0.001 0.016 0.622 0.001 0.075 0.001 150 E 0.754 0.025 0.160 0.033 0.005 0.014 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 151 L 0.771 0.045 0.136 0.026 0.003 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 152 A 0.822 0.032 0.053 0.064 0.014 0.005 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 153 Y 0.762 0.041 0.058 0.079 0.025 0.010 0.011 0.007 0.007 0.002 0.001 154 K 0.814 0.058 0.053 0.044 0.006 0.015 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 155 E 0.764 0.076 0.080 0.042 0.010 0.011 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 156 E 0.539 0.039 0.113 0.253 0.008 0.021 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 157 A 0.456 0.071 0.272 0.065 0.041 0.018 0.025 0.017 0.016 0.019 0.001