# TARGET T0322 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.165 0.070 0.029 0.120 0.014 0.018 0.090 0.154 0.207 0.063 2 S 0.118 0.196 0.043 0.007 0.312 0.003 0.010 0.106 0.101 0.070 0.034 3 D 0.028 0.020 0.010 0.018 0.038 0.075 0.172 0.284 0.245 0.091 0.019 4 D 0.093 0.166 0.067 0.016 0.181 0.005 0.015 0.127 0.105 0.157 0.067 5 L 0.097 0.097 0.034 0.014 0.105 0.008 0.012 0.122 0.176 0.261 0.074 6 T 0.017 0.279 0.157 0.036 0.088 0.035 0.078 0.177 0.103 0.023 0.006 7 D 0.107 0.133 0.056 0.012 0.131 0.011 0.036 0.132 0.091 0.206 0.085 8 A 0.082 0.166 0.098 0.025 0.131 0.023 0.022 0.074 0.057 0.236 0.086 9 Q 0.031 0.297 0.153 0.035 0.091 0.023 0.030 0.230 0.065 0.030 0.017 10 T 0.018 0.048 0.029 0.011 0.028 0.005 0.006 0.462 0.215 0.157 0.020 11 A 0.010 0.024 0.009 0.004 0.023 0.007 0.015 0.779 0.110 0.016 0.005 12 A 0.008 0.012 0.005 0.002 0.010 0.002 0.007 0.830 0.087 0.027 0.008 13 I 0.003 0.012 0.006 0.003 0.007 0.002 0.005 0.850 0.082 0.028 0.003 14 P 0.005 0.018 0.004 0.002 0.010 0.002 0.004 0.865 0.077 0.011 0.002 15 E 0.002 0.005 0.003 0.002 0.006 0.003 0.009 0.861 0.097 0.012 0.002 16 G 0.003 0.005 0.003 0.002 0.005 0.003 0.015 0.870 0.079 0.013 0.002 17 F 0.009 0.008 0.003 0.003 0.011 0.004 0.022 0.778 0.113 0.042 0.007 18 S 0.006 0.021 0.010 0.005 0.016 0.008 0.028 0.671 0.176 0.052 0.006 19 Q 0.014 0.030 0.011 0.008 0.026 0.010 0.047 0.594 0.186 0.062 0.011 20 L 0.012 0.069 0.026 0.013 0.042 0.023 0.104 0.440 0.166 0.094 0.012 21 N 0.062 0.044 0.018 0.013 0.069 0.015 0.069 0.211 0.140 0.289 0.070 22 W 0.067 0.169 0.097 0.042 0.126 0.025 0.042 0.150 0.107 0.129 0.046 23 S 0.026 0.161 0.092 0.041 0.085 0.038 0.084 0.292 0.109 0.058 0.015 24 R 0.045 0.134 0.096 0.037 0.074 0.029 0.038 0.164 0.118 0.222 0.044 25 G 0.058 0.144 0.117 0.027 0.163 0.013 0.031 0.246 0.108 0.063 0.030 26 F 0.021 0.061 0.025 0.005 0.039 0.005 0.017 0.468 0.268 0.075 0.013 27 G 0.016 0.015 0.005 0.002 0.033 0.004 0.015 0.559 0.264 0.078 0.008 28 R 0.019 0.026 0.010 0.005 0.028 0.009 0.042 0.594 0.210 0.046 0.011 29 Q 0.039 0.022 0.011 0.007 0.049 0.012 0.095 0.462 0.182 0.100 0.021 30 I 0.057 0.075 0.031 0.031 0.095 0.042 0.105 0.315 0.090 0.132 0.025 31 G 0.021 0.302 0.210 0.085 0.106 0.050 0.055 0.062 0.032 0.066 0.009 32 P 0.117 0.039 0.050 0.063 0.062 0.013 0.019 0.041 0.032 0.354 0.211 33 L 0.234 0.253 0.033 0.003 0.400 0.002 0.003 0.008 0.005 0.012 0.047 34 F 0.042 0.441 0.054 0.008 0.416 0.010 0.009 0.010 0.003 0.004 0.004 35 E 0.635 0.011 0.001 0.001 0.313 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.033 36 H 0.097 0.138 0.022 0.069 0.269 0.236 0.074 0.044 0.013 0.013 0.024 37 R 0.203 0.171 0.023 0.001 0.498 0.001 0.002 0.009 0.004 0.023 0.065 38 E 0.302 0.115 0.057 0.021 0.193 0.028 0.033 0.049 0.035 0.059 0.109 39 G 0.017 0.130 0.384 0.299 0.050 0.056 0.025 0.020 0.007 0.005 0.005 40 P 0.020 0.106 0.063 0.165 0.032 0.140 0.287 0.087 0.056 0.033 0.012 41 G 0.037 0.055 0.077 0.074 0.045 0.016 0.018 0.024 0.040 0.475 0.139 42 Q 0.136 0.293 0.024 0.002 0.501 0.003 0.004 0.003 0.004 0.011 0.019 43 A 0.312 0.056 0.005 0.002 0.602 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 44 R 0.353 0.056 0.005 0.003 0.532 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.034 45 L 0.234 0.137 0.011 0.003 0.581 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.023 46 A 0.448 0.036 0.006 0.002 0.349 0.002 0.003 0.004 0.003 0.018 0.129 47 F 0.110 0.349 0.115 0.017 0.375 0.005 0.003 0.002 0.002 0.005 0.018 48 R 0.144 0.319 0.074 0.001 0.437 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.017 49 V 0.280 0.176 0.066 0.016 0.262 0.020 0.018 0.022 0.014 0.031 0.096 50 E 0.023 0.364 0.362 0.089 0.091 0.018 0.009 0.017 0.013 0.007 0.007 51 E 0.044 0.053 0.044 0.032 0.060 0.025 0.052 0.324 0.305 0.043 0.018 52 H 0.022 0.050 0.034 0.032 0.039 0.036 0.127 0.322 0.192 0.126 0.021 53 H 0.047 0.064 0.028 0.025 0.091 0.034 0.082 0.214 0.090 0.270 0.055 54 T 0.070 0.158 0.046 0.051 0.159 0.055 0.078 0.154 0.072 0.119 0.037 55 N 0.105 0.117 0.238 0.122 0.096 0.037 0.034 0.069 0.040 0.065 0.078 56 G 0.030 0.055 0.074 0.061 0.040 0.060 0.095 0.289 0.186 0.082 0.029 57 L 0.026 0.307 0.153 0.103 0.066 0.032 0.054 0.072 0.061 0.103 0.024 58 G 0.025 0.054 0.081 0.132 0.037 0.043 0.026 0.065 0.064 0.356 0.117 59 N 0.107 0.151 0.044 0.012 0.169 0.024 0.046 0.180 0.122 0.100 0.045 60 C 0.185 0.081 0.039 0.018 0.161 0.026 0.047 0.184 0.087 0.094 0.077 61 H 0.023 0.115 0.084 0.045 0.056 0.038 0.067 0.355 0.127 0.075 0.014 62 G 0.010 0.027 0.033 0.048 0.013 0.015 0.018 0.536 0.207 0.080 0.012 63 G 0.002 0.009 0.012 0.006 0.007 0.003 0.012 0.768 0.155 0.021 0.003 64 M 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.888 0.091 0.003 0.001 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.919 0.073 0.002 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.919 0.073 0.001 0.001 67 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.934 0.058 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.912 0.078 0.005 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.872 0.119 0.003 0.001 70 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.905 0.070 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.901 0.067 0.006 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.903 0.080 0.005 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.923 0.066 0.003 0.001 74 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.928 0.056 0.003 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.916 0.061 0.002 0.001 76 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.896 0.067 0.005 0.001 77 I 0.005 0.007 0.001 0.001 0.012 0.003 0.024 0.800 0.126 0.018 0.002 78 S 0.015 0.027 0.007 0.004 0.029 0.013 0.078 0.627 0.130 0.065 0.007 79 L 0.028 0.055 0.023 0.013 0.044 0.028 0.193 0.440 0.112 0.051 0.013 80 Q 0.031 0.035 0.036 0.058 0.030 0.117 0.245 0.235 0.100 0.088 0.025 81 K 0.022 0.216 0.102 0.128 0.072 0.107 0.156 0.103 0.049 0.034 0.011 82 S 0.042 0.035 0.030 0.084 0.040 0.076 0.043 0.054 0.094 0.400 0.102 83 Y 0.080 0.313 0.131 0.032 0.236 0.016 0.027 0.034 0.047 0.057 0.027 84 S 0.206 0.125 0.042 0.020 0.296 0.022 0.043 0.043 0.045 0.070 0.088 85 W 0.229 0.160 0.034 0.009 0.472 0.004 0.006 0.007 0.007 0.028 0.044 86 V 0.245 0.131 0.008 0.001 0.587 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.014 87 T 0.429 0.037 0.004 0.001 0.492 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 88 V 0.171 0.194 0.020 0.024 0.524 0.036 0.010 0.004 0.001 0.003 0.013 89 R 0.584 0.009 0.001 0.001 0.278 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.123 90 L 0.157 0.240 0.014 0.024 0.510 0.024 0.004 0.002 0.001 0.003 0.021 91 M 0.396 0.025 0.003 0.001 0.477 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.088 92 C 0.484 0.052 0.007 0.008 0.369 0.004 0.002 0.003 0.003 0.006 0.063 93 D 0.184 0.156 0.042 0.034 0.418 0.036 0.037 0.023 0.011 0.025 0.033 94 F 0.303 0.114 0.036 0.007 0.420 0.002 0.003 0.012 0.009 0.025 0.069 95 L 0.270 0.097 0.031 0.049 0.246 0.030 0.025 0.031 0.037 0.087 0.096 96 S 0.030 0.349 0.304 0.056 0.157 0.027 0.030 0.018 0.011 0.012 0.008 97 G 0.176 0.292 0.109 0.007 0.255 0.004 0.007 0.014 0.025 0.051 0.061 98 A 0.155 0.335 0.122 0.013 0.272 0.009 0.012 0.015 0.011 0.018 0.037 99 K 0.015 0.214 0.565 0.112 0.053 0.019 0.005 0.005 0.002 0.005 0.005 100 L 0.006 0.019 0.012 0.079 0.011 0.173 0.455 0.172 0.062 0.008 0.003 101 G 0.009 0.004 0.011 0.065 0.004 0.023 0.021 0.029 0.073 0.668 0.093 102 D 0.021 0.572 0.165 0.013 0.179 0.005 0.012 0.007 0.006 0.015 0.004 103 W 0.282 0.099 0.011 0.001 0.576 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.022 104 V 0.243 0.076 0.005 0.003 0.600 0.006 0.013 0.007 0.003 0.004 0.041 105 E 0.317 0.046 0.004 0.001 0.533 0.007 0.007 0.005 0.002 0.013 0.065 106 G 0.213 0.149 0.026 0.006 0.555 0.004 0.003 0.004 0.003 0.010 0.026 107 E 0.467 0.016 0.004 0.008 0.198 0.006 0.008 0.004 0.005 0.056 0.228 108 G 0.135 0.304 0.089 0.049 0.362 0.006 0.002 0.002 0.001 0.010 0.039 109 E 0.046 0.458 0.064 0.001 0.422 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 110 L 0.645 0.012 0.001 0.001 0.316 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 111 I 0.107 0.139 0.016 0.059 0.294 0.269 0.065 0.022 0.004 0.006 0.018 112 S 0.321 0.159 0.088 0.019 0.300 0.012 0.008 0.016 0.004 0.010 0.065 113 E 0.047 0.036 0.053 0.184 0.038 0.189 0.118 0.133 0.097 0.061 0.044 114 E 0.017 0.197 0.137 0.334 0.040 0.085 0.058 0.028 0.031 0.053 0.018 115 D 0.090 0.097 0.063 0.116 0.103 0.059 0.061 0.037 0.064 0.201 0.108 116 M 0.229 0.189 0.029 0.008 0.417 0.008 0.017 0.012 0.016 0.023 0.052 117 L 0.393 0.050 0.007 0.005 0.439 0.005 0.003 0.001 0.003 0.012 0.080 118 F 0.195 0.149 0.019 0.006 0.605 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.012 119 T 0.595 0.012 0.001 0.001 0.349 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 120 V 0.160 0.127 0.007 0.016 0.653 0.016 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 121 R 0.627 0.004 0.001 0.001 0.289 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.075 122 G 0.147 0.187 0.012 0.005 0.634 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 123 R 0.264 0.068 0.006 0.001 0.641 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 124 I 0.488 0.037 0.003 0.001 0.417 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 125 W 0.128 0.178 0.029 0.055 0.412 0.073 0.033 0.019 0.006 0.025 0.043 126 A 0.130 0.161 0.286 0.183 0.090 0.057 0.020 0.026 0.011 0.011 0.025 127 G 0.007 0.010 0.033 0.094 0.007 0.078 0.058 0.295 0.295 0.111 0.013 128 E 0.012 0.513 0.210 0.102 0.054 0.017 0.026 0.027 0.016 0.018 0.005 129 R 0.045 0.048 0.035 0.047 0.047 0.014 0.012 0.031 0.033 0.437 0.251 130 T 0.084 0.410 0.076 0.008 0.328 0.011 0.017 0.030 0.010 0.014 0.013 131 L 0.402 0.075 0.008 0.002 0.460 0.002 0.003 0.012 0.003 0.003 0.029 132 I 0.307 0.122 0.018 0.011 0.446 0.016 0.010 0.027 0.005 0.005 0.034 133 T 0.341 0.108 0.031 0.009 0.397 0.013 0.011 0.027 0.008 0.007 0.046 134 G 0.252 0.120 0.074 0.026 0.334 0.017 0.018 0.048 0.022 0.032 0.056 135 T 0.099 0.221 0.101 0.100 0.203 0.049 0.045 0.050 0.028 0.066 0.039 136 G 0.134 0.168 0.084 0.064 0.199 0.027 0.020 0.041 0.026 0.129 0.108 137 V 0.182 0.171 0.038 0.027 0.337 0.027 0.028 0.056 0.023 0.054 0.058 138 F 0.324 0.081 0.008 0.006 0.475 0.006 0.009 0.022 0.008 0.016 0.043 139 K 0.240 0.109 0.012 0.007 0.564 0.006 0.007 0.016 0.006 0.008 0.025 140 A 0.249 0.114 0.018 0.002 0.557 0.002 0.003 0.011 0.003 0.007 0.034 141 L 0.265 0.143 0.046 0.008 0.401 0.009 0.013 0.025 0.007 0.018 0.065 142 S 0.106 0.230 0.204 0.081 0.189 0.029 0.020 0.048 0.020 0.033 0.039 143 A 0.032 0.168 0.125 0.136 0.071 0.087 0.102 0.139 0.064 0.056 0.020 144 R 0.065 0.177 0.213 0.044 0.112 0.010 0.015 0.044 0.058 0.202 0.060 145 K 0.032 0.427 0.342 0.015 0.125 0.003 0.007 0.021 0.010 0.010 0.008 146 P 0.050 0.424 0.275 0.013 0.136 0.008 0.018 0.041 0.010 0.010 0.015 147 R 0.021 0.318 0.409 0.062 0.062 0.031 0.017 0.042 0.014 0.013 0.011 148 P 0.041 0.122 0.067 0.043 0.082 0.085 0.101 0.307 0.097 0.035 0.020 149 G 0.039 0.049 0.058 0.030 0.033 0.014 0.016 0.146 0.111 0.410 0.094 150 E 0.079 0.204 0.063 0.021 0.154 0.018 0.030 0.238 0.079 0.082 0.032 151 L 0.073 0.116 0.034 0.017 0.103 0.020 0.034 0.370 0.113 0.075 0.044 152 A 0.055 0.102 0.046 0.024 0.065 0.016 0.041 0.374 0.120 0.125 0.031 153 Y 0.057 0.087 0.033 0.014 0.070 0.011 0.015 0.427 0.168 0.083 0.035 154 K 0.041 0.085 0.036 0.015 0.073 0.015 0.028 0.507 0.162 0.022 0.016 155 E 0.041 0.043 0.054 0.030 0.066 0.034 0.053 0.487 0.120 0.050 0.022 156 E 0.062 0.068 0.047 0.027 0.094 0.023 0.031 0.370 0.131 0.109 0.039 157 A 0.054 0.105 0.056 0.028 0.104 0.017 0.018 0.313 0.163 0.112 0.030