# TARGET T0322 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.011 0.947 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.004 0.008 2 S 0.001 0.012 0.935 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.002 0.008 3 D 0.001 0.005 0.336 0.005 0.092 0.126 0.001 0.001 0.001 0.237 0.186 0.006 0.006 4 D 0.001 0.010 0.229 0.002 0.159 0.138 0.001 0.001 0.002 0.134 0.305 0.006 0.014 5 L 0.001 0.024 0.372 0.002 0.152 0.182 0.001 0.001 0.007 0.108 0.115 0.013 0.024 6 T 0.002 0.031 0.520 0.003 0.034 0.140 0.001 0.001 0.007 0.134 0.083 0.016 0.028 7 D 0.002 0.017 0.450 0.003 0.064 0.173 0.001 0.001 0.007 0.134 0.121 0.007 0.022 8 A 0.001 0.009 0.188 0.004 0.206 0.214 0.001 0.001 0.003 0.128 0.234 0.005 0.007 9 Q 0.002 0.009 0.188 0.002 0.213 0.239 0.001 0.001 0.003 0.137 0.181 0.011 0.014 10 T 0.004 0.023 0.270 0.003 0.193 0.233 0.001 0.001 0.011 0.049 0.162 0.004 0.048 11 A 0.003 0.031 0.405 0.001 0.035 0.129 0.002 0.001 0.012 0.172 0.133 0.062 0.014 12 A 0.002 0.018 0.607 0.001 0.019 0.120 0.001 0.001 0.006 0.098 0.082 0.004 0.043 13 I 0.001 0.005 0.394 0.001 0.043 0.394 0.001 0.001 0.001 0.107 0.042 0.008 0.004 14 P 0.001 0.003 0.088 0.001 0.139 0.609 0.001 0.001 0.001 0.030 0.127 0.001 0.004 15 E 0.001 0.003 0.045 0.001 0.197 0.577 0.001 0.001 0.001 0.036 0.135 0.002 0.003 16 G 0.001 0.006 0.078 0.001 0.174 0.623 0.001 0.001 0.001 0.024 0.085 0.002 0.006 17 F 0.001 0.005 0.109 0.001 0.190 0.570 0.001 0.001 0.001 0.035 0.079 0.002 0.007 18 S 0.001 0.005 0.055 0.001 0.170 0.525 0.001 0.001 0.001 0.035 0.199 0.003 0.005 19 Q 0.001 0.004 0.062 0.001 0.159 0.498 0.001 0.001 0.001 0.041 0.229 0.001 0.004 20 L 0.001 0.013 0.252 0.001 0.094 0.372 0.001 0.001 0.003 0.148 0.108 0.004 0.006 21 N 0.001 0.007 0.221 0.002 0.125 0.260 0.001 0.001 0.001 0.060 0.314 0.003 0.006 22 W 0.001 0.008 0.180 0.001 0.100 0.236 0.001 0.001 0.003 0.137 0.324 0.004 0.008 23 S 0.001 0.020 0.401 0.001 0.043 0.180 0.001 0.001 0.006 0.228 0.105 0.005 0.010 24 R 0.001 0.014 0.286 0.002 0.061 0.245 0.001 0.001 0.004 0.214 0.158 0.007 0.007 25 G 0.001 0.018 0.266 0.002 0.094 0.256 0.001 0.001 0.005 0.104 0.228 0.005 0.018 26 F 0.004 0.028 0.187 0.004 0.155 0.311 0.001 0.002 0.010 0.099 0.170 0.013 0.016 27 G 0.007 0.018 0.203 0.004 0.187 0.290 0.001 0.001 0.007 0.098 0.141 0.012 0.030 28 R 0.011 0.012 0.180 0.006 0.161 0.256 0.003 0.002 0.008 0.090 0.207 0.033 0.031 29 Q 0.014 0.029 0.201 0.006 0.125 0.166 0.004 0.001 0.008 0.107 0.264 0.017 0.058 30 I 0.008 0.020 0.399 0.009 0.042 0.070 0.002 0.001 0.008 0.222 0.146 0.026 0.048 31 G 0.003 0.010 0.520 0.019 0.025 0.026 0.001 0.001 0.006 0.218 0.108 0.036 0.028 32 P 0.004 0.011 0.459 0.014 0.058 0.032 0.002 0.001 0.011 0.179 0.127 0.018 0.085 33 L 0.031 0.013 0.415 0.027 0.028 0.018 0.006 0.001 0.027 0.134 0.037 0.098 0.164 34 F 0.047 0.025 0.244 0.002 0.009 0.010 0.009 0.001 0.050 0.020 0.007 0.408 0.168 35 E 0.038 0.020 0.200 0.009 0.008 0.009 0.007 0.001 0.030 0.009 0.005 0.033 0.630 36 H 0.053 0.005 0.286 0.251 0.012 0.007 0.010 0.001 0.018 0.033 0.013 0.170 0.141 37 R 0.032 0.009 0.161 0.006 0.010 0.005 0.007 0.001 0.015 0.065 0.024 0.282 0.384 38 E 0.014 0.024 0.222 0.013 0.013 0.005 0.004 0.001 0.004 0.108 0.056 0.040 0.497 39 G 0.002 0.014 0.392 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.219 0.048 0.256 0.032 40 P 0.001 0.001 0.079 0.014 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.213 0.647 0.001 0.025 41 G 0.020 0.001 0.133 0.020 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.513 0.060 0.027 42 Q 0.360 0.006 0.071 0.002 0.002 0.001 0.021 0.001 0.002 0.026 0.008 0.122 0.380 43 A 0.662 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.002 0.002 0.001 0.169 0.107 44 R 0.757 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.054 0.001 0.002 0.001 0.001 0.066 0.109 45 L 0.719 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.058 0.001 0.002 0.001 0.001 0.137 0.075 46 A 0.735 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.062 0.001 0.003 0.002 0.001 0.040 0.147 47 F 0.369 0.001 0.034 0.003 0.001 0.001 0.040 0.001 0.016 0.008 0.001 0.466 0.060 48 R 0.175 0.005 0.161 0.003 0.001 0.001 0.028 0.001 0.047 0.008 0.002 0.045 0.523 49 V 0.145 0.046 0.272 0.043 0.006 0.005 0.027 0.002 0.037 0.022 0.014 0.127 0.255 50 E 0.030 0.021 0.449 0.028 0.017 0.010 0.003 0.001 0.018 0.083 0.020 0.173 0.147 51 E 0.012 0.006 0.184 0.011 0.215 0.057 0.002 0.001 0.006 0.134 0.216 0.019 0.137 52 H 0.011 0.009 0.126 0.009 0.199 0.094 0.002 0.001 0.003 0.095 0.371 0.052 0.029 53 H 0.009 0.034 0.248 0.008 0.127 0.110 0.001 0.001 0.004 0.149 0.233 0.018 0.057 54 T 0.009 0.065 0.255 0.004 0.046 0.115 0.002 0.001 0.005 0.177 0.233 0.035 0.053 55 N 0.002 0.014 0.315 0.009 0.030 0.043 0.001 0.001 0.002 0.168 0.384 0.012 0.021 56 G 0.002 0.008 0.221 0.003 0.038 0.022 0.001 0.001 0.001 0.289 0.394 0.008 0.013 57 L 0.005 0.020 0.194 0.003 0.040 0.035 0.001 0.001 0.004 0.261 0.392 0.019 0.026 58 G 0.012 0.027 0.250 0.004 0.031 0.026 0.002 0.002 0.008 0.302 0.247 0.043 0.047 59 N 0.024 0.054 0.415 0.010 0.016 0.028 0.007 0.003 0.020 0.199 0.065 0.041 0.118 60 C 0.031 0.122 0.306 0.006 0.012 0.060 0.012 0.003 0.023 0.153 0.040 0.107 0.124 61 H 0.006 0.036 0.402 0.005 0.014 0.219 0.002 0.001 0.016 0.155 0.067 0.023 0.054 62 G 0.002 0.002 0.074 0.001 0.013 0.787 0.001 0.001 0.003 0.042 0.068 0.002 0.006 63 G 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 64 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 70 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 74 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 76 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.001 0.001 78 S 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.872 0.001 0.001 0.001 0.008 0.094 0.002 0.001 79 L 0.002 0.002 0.037 0.001 0.022 0.702 0.001 0.001 0.001 0.048 0.178 0.001 0.007 80 Q 0.002 0.011 0.305 0.002 0.031 0.276 0.001 0.001 0.003 0.162 0.190 0.006 0.012 81 K 0.001 0.005 0.209 0.005 0.032 0.065 0.001 0.001 0.001 0.156 0.516 0.003 0.007 82 S 0.001 0.003 0.274 0.008 0.029 0.012 0.001 0.001 0.001 0.168 0.492 0.004 0.008 83 Y 0.002 0.012 0.495 0.006 0.017 0.008 0.001 0.001 0.006 0.318 0.070 0.034 0.031 84 S 0.008 0.017 0.525 0.016 0.010 0.006 0.003 0.001 0.020 0.176 0.053 0.039 0.126 85 W 0.067 0.033 0.258 0.023 0.009 0.007 0.027 0.005 0.050 0.070 0.024 0.127 0.300 86 V 0.226 0.021 0.124 0.033 0.006 0.004 0.072 0.008 0.040 0.024 0.011 0.223 0.209 87 T 0.313 0.004 0.065 0.019 0.005 0.005 0.068 0.021 0.054 0.014 0.009 0.113 0.310 88 V 0.543 0.001 0.053 0.061 0.003 0.003 0.059 0.011 0.028 0.015 0.010 0.116 0.099 89 R 0.676 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.075 0.012 0.021 0.008 0.002 0.082 0.107 90 L 0.719 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.058 0.008 0.013 0.003 0.001 0.086 0.095 91 M 0.694 0.001 0.014 0.004 0.001 0.002 0.079 0.008 0.015 0.003 0.001 0.076 0.102 92 C 0.605 0.001 0.027 0.011 0.001 0.002 0.070 0.008 0.016 0.005 0.002 0.101 0.150 93 D 0.441 0.003 0.060 0.032 0.004 0.002 0.056 0.011 0.032 0.017 0.010 0.207 0.124 94 F 0.220 0.008 0.125 0.014 0.018 0.005 0.047 0.012 0.069 0.040 0.031 0.090 0.322 95 L 0.092 0.023 0.226 0.142 0.022 0.009 0.028 0.005 0.088 0.106 0.045 0.041 0.174 96 S 0.006 0.017 0.257 0.020 0.011 0.009 0.005 0.004 0.136 0.275 0.033 0.190 0.036 97 G 0.003 0.015 0.474 0.044 0.006 0.003 0.004 0.002 0.060 0.140 0.072 0.005 0.172 98 A 0.003 0.033 0.689 0.017 0.001 0.001 0.003 0.003 0.052 0.056 0.009 0.112 0.020 99 K 0.001 0.042 0.765 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.073 0.005 0.019 0.064 100 L 0.001 0.003 0.025 0.006 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.059 0.886 0.001 0.002 101 G 0.001 0.001 0.015 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.877 0.001 0.001 102 D 0.004 0.015 0.689 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.106 0.012 0.118 0.044 103 W 0.036 0.019 0.180 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.013 0.004 0.014 0.706 104 V 0.276 0.002 0.069 0.012 0.001 0.001 0.050 0.001 0.004 0.004 0.002 0.523 0.058 105 E 0.656 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.002 0.002 0.001 0.047 0.218 106 G 0.654 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.239 0.059 107 E 0.716 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 0.198 108 G 0.701 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.138 0.131 109 E 0.684 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.202 0.085 110 L 0.283 0.003 0.023 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.042 0.630 111 I 0.241 0.002 0.086 0.346 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.008 0.004 0.135 0.165 112 S 0.148 0.008 0.058 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.026 0.012 0.191 0.542 113 E 0.057 0.013 0.068 0.009 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 0.112 0.116 0.170 0.434 114 E 0.007 0.002 0.076 0.037 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.556 0.088 0.039 115 D 0.011 0.001 0.063 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.569 0.019 0.068 116 M 0.221 0.002 0.112 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.056 0.037 0.363 0.197 117 L 0.507 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 0.423 118 F 0.769 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.038 119 T 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.132 120 V 0.719 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.051 121 R 0.823 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.124 122 G 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.031 123 R 0.902 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.058 124 I 0.755 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.089 0.124 125 W 0.658 0.002 0.028 0.024 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.016 0.029 0.033 0.191 126 A 0.238 0.008 0.027 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.057 0.077 0.502 0.081 127 G 0.005 0.001 0.043 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.693 0.014 0.051 128 E 0.014 0.001 0.096 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.336 0.474 0.013 0.045 129 R 0.098 0.005 0.032 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 0.006 0.728 0.091 130 T 0.122 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.821 131 L 0.322 0.001 0.027 0.325 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.223 0.085 132 I 0.677 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.191 133 T 0.819 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.105 134 G 0.745 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.052 135 T 0.861 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.107 136 G 0.869 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.025 137 V 0.883 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.057 138 F 0.808 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 0.002 0.001 0.028 0.124 139 K 0.735 0.001 0.010 0.011 0.001 0.001 0.033 0.001 0.006 0.003 0.002 0.148 0.049 140 A 0.291 0.011 0.056 0.003 0.001 0.001 0.027 0.001 0.026 0.011 0.002 0.076 0.494 141 L 0.107 0.025 0.302 0.044 0.006 0.003 0.010 0.001 0.026 0.034 0.017 0.143 0.283 142 S 0.025 0.028 0.383 0.017 0.028 0.005 0.003 0.001 0.013 0.118 0.111 0.066 0.204 143 A 0.004 0.005 0.147 0.004 0.069 0.008 0.001 0.001 0.001 0.180 0.517 0.027 0.035 144 R 0.002 0.005 0.219 0.003 0.058 0.007 0.001 0.001 0.001 0.210 0.473 0.008 0.014 145 K 0.001 0.010 0.472 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.420 0.049 0.020 0.012 146 P 0.001 0.014 0.686 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.180 0.064 0.004 0.037 147 R 0.001 0.026 0.706 0.003 0.010 0.010 0.001 0.001 0.002 0.165 0.042 0.023 0.012 148 P 0.001 0.017 0.690 0.005 0.025 0.038 0.001 0.001 0.004 0.115 0.066 0.003 0.035 149 G 0.002 0.017 0.540 0.006 0.040 0.088 0.002 0.001 0.015 0.156 0.058 0.058 0.017 150 E 0.009 0.043 0.427 0.004 0.046 0.121 0.005 0.002 0.042 0.093 0.034 0.021 0.153 151 L 0.009 0.030 0.504 0.012 0.031 0.117 0.005 0.002 0.058 0.068 0.026 0.096 0.042 152 A 0.011 0.029 0.482 0.005 0.031 0.132 0.006 0.002 0.038 0.056 0.041 0.031 0.135 153 Y 0.017 0.018 0.405 0.009 0.062 0.183 0.005 0.002 0.015 0.091 0.092 0.055 0.048 154 K 0.012 0.017 0.385 0.006 0.088 0.171 0.003 0.001 0.005 0.129 0.114 0.019 0.052 155 E 0.006 0.011 0.352 0.003 0.073 0.192 0.001 0.001 0.003 0.137 0.164 0.031 0.027 156 E 0.003 0.014 0.616 0.001 0.028 0.122 0.001 0.001 0.001 0.045 0.134 0.006 0.029 157 A 0.001 0.002 0.956 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.002 0.003