# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.036 0.002 0.023 0.019 0.022 0.143 0.015 0.001 0.077 0.535 2 S 0.130 0.024 0.001 0.011 0.007 0.009 0.116 0.005 0.001 0.061 0.637 3 D 0.036 0.033 0.001 0.024 0.014 0.032 0.154 0.008 0.001 0.068 0.630 4 D 0.092 0.096 0.002 0.020 0.014 0.028 0.124 0.003 0.001 0.048 0.572 5 L 0.075 0.102 0.009 0.026 0.026 0.033 0.118 0.008 0.004 0.052 0.547 6 T 0.149 0.057 0.003 0.011 0.015 0.024 0.095 0.008 0.002 0.069 0.568 7 D 0.213 0.223 0.003 0.011 0.007 0.014 0.076 0.014 0.002 0.085 0.352 8 A 0.198 0.147 0.008 0.012 0.006 0.012 0.099 0.010 0.003 0.045 0.459 9 Q 0.101 0.116 0.002 0.022 0.026 0.055 0.104 0.014 0.001 0.042 0.517 10 T 0.096 0.020 0.001 0.012 0.034 0.044 0.110 0.002 0.001 0.050 0.633 11 A 0.008 0.021 0.002 0.044 0.034 0.038 0.165 0.002 0.001 0.039 0.646 12 A 0.019 0.248 0.002 0.016 0.022 0.023 0.113 0.007 0.001 0.024 0.526 13 I 0.171 0.693 0.002 0.002 0.002 0.002 0.014 0.037 0.001 0.011 0.066 14 P 0.079 0.343 0.004 0.007 0.002 0.002 0.027 0.006 0.001 0.296 0.233 15 E 0.022 0.586 0.020 0.005 0.003 0.007 0.037 0.005 0.005 0.139 0.173 16 G 0.175 0.567 0.008 0.003 0.004 0.005 0.024 0.039 0.002 0.042 0.130 17 F 0.230 0.208 0.031 0.011 0.007 0.009 0.042 0.031 0.018 0.118 0.294 18 S 0.123 0.190 0.002 0.010 0.006 0.013 0.099 0.005 0.002 0.033 0.516 19 Q 0.065 0.047 0.017 0.020 0.005 0.015 0.096 0.008 0.008 0.090 0.628 20 L 0.123 0.079 0.010 0.022 0.011 0.015 0.175 0.019 0.003 0.088 0.455 21 N 0.117 0.034 0.002 0.015 0.006 0.014 0.114 0.003 0.001 0.037 0.656 22 W 0.025 0.030 0.003 0.028 0.011 0.020 0.136 0.005 0.001 0.044 0.697 23 S 0.096 0.104 0.003 0.023 0.017 0.032 0.128 0.011 0.002 0.057 0.527 24 R 0.126 0.144 0.005 0.032 0.020 0.031 0.086 0.016 0.002 0.066 0.471 25 G 0.092 0.199 0.005 0.023 0.028 0.052 0.084 0.008 0.002 0.062 0.445 26 F 0.077 0.234 0.018 0.035 0.039 0.090 0.094 0.011 0.007 0.057 0.338 27 G 0.237 0.049 0.022 0.022 0.053 0.085 0.063 0.017 0.010 0.061 0.381 28 R 0.291 0.008 0.002 0.015 0.039 0.054 0.070 0.005 0.001 0.045 0.469 29 Q 0.027 0.002 0.001 0.017 0.023 0.052 0.094 0.002 0.001 0.018 0.763 30 I 0.017 0.006 0.002 0.019 0.011 0.021 0.095 0.001 0.001 0.013 0.812 31 G 0.020 0.003 0.001 0.011 0.158 0.120 0.129 0.017 0.001 0.041 0.500 32 P 0.021 0.012 0.001 0.039 0.067 0.108 0.110 0.003 0.001 0.040 0.598 33 L 0.015 0.016 0.003 0.077 0.108 0.174 0.084 0.002 0.001 0.052 0.468 34 F 0.038 0.012 0.002 0.081 0.153 0.187 0.084 0.005 0.001 0.084 0.353 35 E 0.020 0.011 0.001 0.106 0.059 0.169 0.096 0.004 0.001 0.048 0.486 36 H 0.036 0.003 0.001 0.102 0.106 0.156 0.066 0.001 0.001 0.061 0.467 37 R 0.004 0.002 0.002 0.059 0.095 0.134 0.123 0.001 0.002 0.039 0.540 38 E 0.017 0.001 0.003 0.014 0.034 0.052 0.092 0.002 0.003 0.019 0.763 39 G 0.655 0.004 0.001 0.005 0.014 0.012 0.049 0.021 0.001 0.070 0.169 40 P 0.040 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 0.117 0.001 0.001 0.051 0.771 41 G 0.003 0.004 0.001 0.029 0.031 0.127 0.112 0.001 0.001 0.041 0.650 42 Q 0.003 0.001 0.001 0.044 0.259 0.316 0.063 0.001 0.001 0.072 0.241 43 A 0.001 0.002 0.001 0.075 0.270 0.382 0.026 0.001 0.001 0.039 0.203 44 R 0.003 0.001 0.001 0.063 0.348 0.403 0.016 0.001 0.001 0.042 0.122 45 L 0.004 0.001 0.001 0.057 0.359 0.286 0.029 0.001 0.001 0.030 0.233 46 A 0.014 0.005 0.001 0.109 0.190 0.288 0.059 0.003 0.001 0.051 0.280 47 F 0.033 0.002 0.001 0.048 0.199 0.233 0.075 0.002 0.001 0.037 0.370 48 R 0.009 0.006 0.002 0.055 0.146 0.204 0.096 0.001 0.002 0.024 0.455 49 V 0.043 0.025 0.007 0.031 0.052 0.077 0.087 0.009 0.005 0.030 0.634 50 E 0.571 0.035 0.002 0.013 0.017 0.012 0.044 0.016 0.002 0.088 0.200 51 E 0.102 0.012 0.002 0.017 0.007 0.012 0.096 0.003 0.001 0.081 0.668 52 H 0.014 0.006 0.002 0.028 0.007 0.020 0.100 0.001 0.001 0.033 0.788 53 H 0.110 0.011 0.002 0.027 0.039 0.036 0.131 0.004 0.001 0.094 0.545 54 T 0.107 0.009 0.001 0.021 0.011 0.014 0.170 0.006 0.001 0.096 0.564 55 N 0.114 0.021 0.001 0.018 0.008 0.012 0.144 0.005 0.001 0.045 0.632 56 G 0.061 0.019 0.001 0.026 0.013 0.020 0.196 0.006 0.001 0.043 0.613 57 L 0.019 0.024 0.001 0.064 0.019 0.036 0.220 0.006 0.001 0.055 0.556 58 G 0.021 0.068 0.002 0.162 0.056 0.107 0.115 0.004 0.001 0.128 0.338 59 N 0.031 0.101 0.003 0.145 0.062 0.086 0.086 0.002 0.001 0.171 0.312 60 C 0.013 0.396 0.002 0.114 0.054 0.078 0.064 0.002 0.001 0.085 0.191 61 H 0.016 0.758 0.001 0.024 0.010 0.023 0.023 0.002 0.001 0.074 0.069 62 G 0.013 0.852 0.001 0.011 0.006 0.012 0.012 0.002 0.001 0.056 0.035 63 G 0.006 0.493 0.001 0.007 0.013 0.019 0.013 0.001 0.001 0.410 0.037 64 M 0.003 0.878 0.001 0.003 0.006 0.006 0.006 0.001 0.001 0.075 0.021 65 L 0.005 0.911 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.053 0.016 66 M 0.003 0.924 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.050 0.013 67 S 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 68 F 0.005 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.009 69 A 0.009 0.888 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.072 0.021 70 D 0.009 0.815 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.119 0.040 71 M 0.012 0.835 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.102 0.033 72 A 0.007 0.906 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.038 0.032 73 W 0.011 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.017 0.030 74 G 0.010 0.357 0.002 0.007 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.559 0.046 75 R 0.013 0.767 0.006 0.006 0.002 0.004 0.020 0.004 0.001 0.124 0.054 76 I 0.089 0.659 0.011 0.013 0.004 0.011 0.021 0.019 0.002 0.093 0.076 77 I 0.092 0.271 0.021 0.045 0.012 0.019 0.064 0.008 0.011 0.144 0.311 78 S 0.079 0.028 0.016 0.023 0.022 0.040 0.140 0.004 0.012 0.163 0.473 79 L 0.062 0.011 0.018 0.027 0.010 0.023 0.117 0.008 0.014 0.077 0.634 80 Q 0.346 0.002 0.006 0.009 0.007 0.014 0.096 0.005 0.009 0.053 0.454 81 K 0.043 0.001 0.001 0.009 0.003 0.010 0.109 0.001 0.001 0.032 0.789 82 S 0.007 0.001 0.001 0.007 0.007 0.019 0.135 0.001 0.001 0.021 0.802 83 Y 0.004 0.001 0.001 0.046 0.074 0.151 0.164 0.002 0.001 0.103 0.453 84 S 0.001 0.001 0.001 0.078 0.151 0.407 0.047 0.001 0.001 0.088 0.227 85 W 0.001 0.001 0.001 0.081 0.193 0.354 0.029 0.001 0.001 0.048 0.290 86 V 0.001 0.001 0.001 0.087 0.415 0.387 0.010 0.001 0.001 0.020 0.079 87 T 0.002 0.001 0.001 0.056 0.297 0.449 0.016 0.001 0.001 0.073 0.104 88 V 0.003 0.001 0.001 0.061 0.433 0.368 0.015 0.001 0.001 0.028 0.091 89 R 0.017 0.001 0.001 0.082 0.203 0.379 0.050 0.001 0.001 0.028 0.238 90 L 0.004 0.001 0.001 0.044 0.405 0.361 0.025 0.001 0.001 0.014 0.145 91 M 0.005 0.001 0.001 0.076 0.262 0.332 0.054 0.001 0.001 0.024 0.244 92 C 0.005 0.001 0.001 0.077 0.322 0.288 0.047 0.002 0.001 0.025 0.232 93 D 0.014 0.002 0.002 0.159 0.211 0.327 0.046 0.001 0.001 0.053 0.184 94 F 0.015 0.001 0.002 0.119 0.155 0.247 0.047 0.002 0.001 0.047 0.365 95 L 0.029 0.005 0.001 0.107 0.068 0.131 0.082 0.002 0.001 0.041 0.533 96 S 0.040 0.003 0.001 0.054 0.135 0.173 0.080 0.003 0.001 0.052 0.459 97 G 0.010 0.002 0.002 0.023 0.057 0.073 0.137 0.001 0.002 0.030 0.664 98 A 0.012 0.001 0.002 0.017 0.100 0.141 0.088 0.005 0.002 0.024 0.610 99 K 0.530 0.001 0.001 0.013 0.026 0.036 0.054 0.003 0.001 0.076 0.259 100 L 0.020 0.001 0.001 0.016 0.009 0.031 0.129 0.001 0.001 0.035 0.758 101 G 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 0.069 0.104 0.001 0.001 0.021 0.769 102 D 0.001 0.001 0.001 0.029 0.307 0.459 0.044 0.001 0.001 0.042 0.118 103 W 0.001 0.001 0.001 0.045 0.187 0.531 0.023 0.001 0.001 0.054 0.159 104 V 0.001 0.001 0.001 0.025 0.436 0.497 0.002 0.001 0.001 0.019 0.021 105 E 0.001 0.001 0.001 0.033 0.360 0.485 0.009 0.001 0.001 0.035 0.079 106 G 0.001 0.001 0.001 0.030 0.488 0.439 0.003 0.001 0.001 0.017 0.023 107 E 0.001 0.001 0.001 0.039 0.376 0.507 0.008 0.001 0.001 0.026 0.043 108 G 0.001 0.001 0.001 0.025 0.486 0.417 0.006 0.001 0.001 0.010 0.055 109 E 0.002 0.001 0.001 0.046 0.377 0.506 0.009 0.001 0.001 0.022 0.038 110 L 0.011 0.001 0.002 0.065 0.348 0.314 0.033 0.001 0.001 0.030 0.192 111 I 0.021 0.002 0.002 0.076 0.267 0.309 0.046 0.003 0.002 0.026 0.246 112 S 0.248 0.005 0.003 0.026 0.069 0.139 0.074 0.006 0.004 0.052 0.374 113 E 0.066 0.002 0.003 0.018 0.043 0.094 0.097 0.006 0.002 0.031 0.638 114 E 0.016 0.001 0.001 0.013 0.088 0.205 0.105 0.002 0.001 0.022 0.547 115 D 0.002 0.001 0.001 0.029 0.170 0.431 0.073 0.001 0.001 0.031 0.262 116 M 0.001 0.001 0.001 0.017 0.257 0.572 0.026 0.001 0.001 0.037 0.090 117 L 0.001 0.001 0.001 0.017 0.323 0.538 0.016 0.001 0.001 0.019 0.086 118 F 0.001 0.001 0.001 0.012 0.259 0.696 0.004 0.001 0.001 0.011 0.019 119 T 0.001 0.001 0.001 0.011 0.276 0.667 0.002 0.001 0.001 0.024 0.019 120 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.388 0.584 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 121 R 0.001 0.001 0.001 0.007 0.406 0.561 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 122 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.535 0.444 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 123 R 0.001 0.001 0.001 0.018 0.427 0.521 0.004 0.001 0.001 0.017 0.014 124 I 0.002 0.001 0.002 0.029 0.382 0.475 0.009 0.001 0.002 0.023 0.076 125 W 0.507 0.001 0.001 0.018 0.086 0.167 0.025 0.004 0.002 0.074 0.116 126 A 0.109 0.001 0.001 0.011 0.007 0.015 0.058 0.001 0.001 0.032 0.767 127 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.015 0.064 0.001 0.001 0.005 0.906 128 E 0.001 0.001 0.001 0.006 0.251 0.251 0.103 0.002 0.001 0.023 0.365 129 R 0.001 0.001 0.001 0.035 0.248 0.334 0.045 0.001 0.001 0.089 0.248 130 T 0.001 0.001 0.001 0.053 0.320 0.544 0.004 0.001 0.001 0.028 0.050 131 L 0.001 0.001 0.001 0.028 0.350 0.470 0.008 0.001 0.001 0.056 0.088 132 I 0.001 0.001 0.001 0.074 0.507 0.358 0.004 0.001 0.001 0.026 0.030 133 T 0.006 0.001 0.001 0.035 0.311 0.512 0.009 0.001 0.001 0.081 0.044 134 G 0.005 0.001 0.001 0.035 0.441 0.413 0.015 0.001 0.001 0.021 0.068 135 T 0.004 0.002 0.001 0.039 0.257 0.521 0.028 0.001 0.001 0.023 0.124 136 G 0.003 0.003 0.001 0.055 0.385 0.419 0.024 0.001 0.001 0.029 0.080 137 V 0.003 0.003 0.001 0.064 0.355 0.429 0.024 0.001 0.001 0.029 0.089 138 F 0.010 0.006 0.002 0.047 0.341 0.371 0.027 0.001 0.001 0.035 0.160 139 K 0.005 0.005 0.001 0.055 0.271 0.423 0.033 0.001 0.001 0.038 0.169 140 A 0.019 0.010 0.009 0.044 0.188 0.321 0.070 0.002 0.005 0.065 0.266 141 L 0.063 0.005 0.009 0.046 0.130 0.198 0.072 0.013 0.006 0.080 0.377 142 S 0.417 0.006 0.002 0.016 0.022 0.047 0.059 0.008 0.002 0.078 0.344 143 A 0.056 0.001 0.001 0.018 0.013 0.034 0.064 0.002 0.001 0.042 0.768 144 R 0.007 0.001 0.001 0.007 0.009 0.015 0.062 0.001 0.001 0.011 0.887 145 K 0.005 0.001 0.001 0.006 0.061 0.052 0.112 0.004 0.001 0.022 0.737 146 P 0.045 0.003 0.001 0.005 0.014 0.009 0.087 0.002 0.001 0.016 0.819 147 R 0.044 0.003 0.001 0.006 0.028 0.025 0.135 0.020 0.001 0.028 0.711 148 P 0.076 0.015 0.001 0.005 0.004 0.008 0.107 0.006 0.001 0.016 0.761 149 G 0.133 0.021 0.001 0.015 0.019 0.035 0.107 0.009 0.001 0.034 0.626 150 E 0.031 0.029 0.002 0.019 0.020 0.036 0.100 0.001 0.001 0.021 0.740 151 L 0.031 0.049 0.003 0.016 0.035 0.050 0.087 0.003 0.001 0.020 0.706 152 A 0.193 0.206 0.003 0.010 0.037 0.029 0.073 0.007 0.002 0.043 0.398 153 Y 0.086 0.142 0.006 0.008 0.012 0.019 0.090 0.009 0.003 0.034 0.591 154 K 0.190 0.126 0.007 0.007 0.012 0.020 0.063 0.009 0.002 0.036 0.528 155 E 0.200 0.058 0.002 0.008 0.023 0.030 0.064 0.007 0.001 0.054 0.554 156 E 0.043 0.035 0.002 0.012 0.024 0.039 0.099 0.002 0.001 0.033 0.710 157 A 0.022 0.022 0.003 0.021 0.036 0.046 0.096 0.004 0.001 0.025 0.724