# TARGET T0322 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.236 0.095 0.061 0.097 0.080 0.084 0.106 0.077 0.074 0.054 0.036 2 S 0.160 0.241 0.076 0.139 0.106 0.080 0.084 0.048 0.035 0.019 0.010 3 D 0.403 0.187 0.081 0.129 0.079 0.048 0.036 0.016 0.011 0.006 0.003 4 D 0.452 0.210 0.054 0.117 0.066 0.040 0.029 0.013 0.010 0.005 0.003 5 L 0.071 0.044 0.048 0.088 0.081 0.091 0.138 0.114 0.128 0.108 0.089 6 T 0.157 0.230 0.085 0.165 0.107 0.087 0.078 0.038 0.030 0.016 0.008 7 D 0.276 0.188 0.161 0.158 0.092 0.055 0.038 0.016 0.010 0.005 0.002 8 A 0.305 0.130 0.072 0.124 0.089 0.078 0.084 0.042 0.038 0.024 0.014 9 Q 0.174 0.145 0.095 0.195 0.128 0.102 0.083 0.034 0.024 0.013 0.007 10 T 0.081 0.083 0.073 0.148 0.126 0.118 0.153 0.087 0.071 0.039 0.020 11 A 0.051 0.048 0.081 0.067 0.079 0.099 0.173 0.131 0.131 0.089 0.050 12 A 0.112 0.276 0.150 0.192 0.116 0.069 0.044 0.016 0.013 0.007 0.004 13 I 0.014 0.021 0.012 0.040 0.059 0.090 0.165 0.152 0.180 0.152 0.115 14 P 0.377 0.188 0.097 0.141 0.088 0.048 0.035 0.012 0.008 0.004 0.002 15 E 0.376 0.172 0.112 0.176 0.081 0.039 0.027 0.009 0.005 0.002 0.001 16 G 0.050 0.042 0.026 0.055 0.061 0.091 0.172 0.143 0.161 0.117 0.079 17 F 0.010 0.011 0.019 0.058 0.106 0.194 0.249 0.148 0.112 0.062 0.030 18 S 0.096 0.135 0.423 0.185 0.079 0.037 0.025 0.009 0.006 0.004 0.003 19 Q 0.018 0.042 0.106 0.126 0.143 0.178 0.206 0.088 0.055 0.026 0.012 20 L 0.008 0.006 0.007 0.016 0.019 0.038 0.104 0.133 0.218 0.237 0.214 21 N 0.161 0.205 0.150 0.170 0.116 0.072 0.058 0.027 0.020 0.013 0.007 22 W 0.033 0.042 0.077 0.099 0.103 0.129 0.185 0.118 0.113 0.069 0.032 23 S 0.062 0.049 0.027 0.063 0.062 0.077 0.133 0.128 0.149 0.136 0.115 24 R 0.071 0.077 0.045 0.158 0.156 0.149 0.154 0.077 0.063 0.036 0.016 25 G 0.118 0.102 0.077 0.114 0.099 0.099 0.118 0.092 0.090 0.060 0.032 26 F 0.057 0.036 0.030 0.058 0.057 0.078 0.157 0.146 0.168 0.127 0.085 27 G 0.049 0.033 0.022 0.052 0.063 0.086 0.159 0.148 0.162 0.129 0.097 28 R 0.058 0.085 0.098 0.202 0.161 0.122 0.117 0.061 0.051 0.029 0.015 29 Q 0.059 0.063 0.085 0.100 0.101 0.117 0.158 0.106 0.102 0.067 0.042 30 I 0.034 0.030 0.020 0.048 0.047 0.062 0.129 0.141 0.188 0.172 0.129 31 G 0.295 0.191 0.063 0.106 0.083 0.070 0.078 0.043 0.036 0.022 0.012 32 P 0.278 0.185 0.067 0.160 0.105 0.072 0.062 0.030 0.022 0.012 0.006 33 L 0.057 0.028 0.015 0.041 0.057 0.083 0.144 0.132 0.170 0.152 0.121 34 F 0.092 0.170 0.086 0.205 0.134 0.095 0.092 0.049 0.040 0.022 0.014 35 E 0.109 0.072 0.049 0.092 0.097 0.110 0.156 0.111 0.098 0.069 0.039 36 H 0.063 0.070 0.060 0.135 0.123 0.124 0.160 0.093 0.083 0.054 0.035 37 R 0.090 0.088 0.063 0.150 0.132 0.113 0.127 0.074 0.070 0.052 0.041 38 E 0.098 0.076 0.044 0.145 0.132 0.137 0.159 0.083 0.064 0.039 0.022 39 G 0.397 0.217 0.084 0.129 0.068 0.040 0.031 0.014 0.010 0.006 0.005 40 P 0.248 0.246 0.074 0.195 0.110 0.059 0.038 0.014 0.008 0.004 0.002 41 G 0.310 0.163 0.047 0.154 0.118 0.082 0.067 0.028 0.019 0.008 0.004 42 Q 0.014 0.074 0.075 0.332 0.265 0.142 0.068 0.018 0.008 0.003 0.001 43 A 0.002 0.002 0.002 0.006 0.010 0.020 0.083 0.151 0.258 0.268 0.199 44 R 0.003 0.028 0.047 0.349 0.314 0.155 0.070 0.021 0.008 0.003 0.001 45 L 0.002 0.003 0.004 0.008 0.012 0.024 0.090 0.152 0.267 0.263 0.175 46 A 0.011 0.032 0.040 0.247 0.273 0.179 0.129 0.050 0.026 0.009 0.004 47 F 0.010 0.011 0.009 0.021 0.029 0.061 0.208 0.207 0.225 0.152 0.067 48 R 0.054 0.158 0.110 0.335 0.198 0.083 0.041 0.012 0.007 0.003 0.001 49 V 0.005 0.005 0.003 0.006 0.008 0.015 0.058 0.099 0.215 0.271 0.316 50 E 0.065 0.161 0.066 0.226 0.184 0.125 0.095 0.040 0.024 0.010 0.005 51 E 0.297 0.177 0.083 0.178 0.100 0.064 0.051 0.023 0.016 0.008 0.004 52 H 0.188 0.117 0.055 0.149 0.118 0.100 0.103 0.062 0.050 0.034 0.022 53 H 0.048 0.029 0.019 0.049 0.055 0.084 0.156 0.147 0.167 0.133 0.113 54 T 0.061 0.072 0.045 0.094 0.089 0.096 0.140 0.101 0.112 0.101 0.091 55 N 0.086 0.104 0.072 0.128 0.109 0.105 0.125 0.083 0.086 0.062 0.042 56 G 0.285 0.113 0.055 0.123 0.100 0.085 0.082 0.050 0.047 0.034 0.027 57 L 0.156 0.092 0.032 0.111 0.110 0.107 0.136 0.089 0.078 0.053 0.037 58 G 0.133 0.103 0.045 0.130 0.129 0.126 0.126 0.075 0.066 0.042 0.025 59 N 0.041 0.058 0.038 0.111 0.139 0.154 0.179 0.104 0.088 0.054 0.034 60 C 0.016 0.011 0.010 0.018 0.019 0.029 0.083 0.119 0.216 0.235 0.244 61 H 0.007 0.023 0.017 0.053 0.082 0.121 0.231 0.160 0.151 0.096 0.058 62 G 0.008 0.012 0.011 0.030 0.040 0.061 0.151 0.160 0.209 0.182 0.137 63 G 0.029 0.015 0.025 0.040 0.054 0.082 0.173 0.135 0.167 0.150 0.130 64 M 0.005 0.011 0.029 0.057 0.051 0.077 0.197 0.154 0.176 0.139 0.104 65 L 0.001 0.003 0.020 0.016 0.014 0.020 0.083 0.112 0.223 0.252 0.256 66 M 0.001 0.003 0.026 0.019 0.019 0.033 0.113 0.120 0.196 0.234 0.236 67 S 0.002 0.007 0.108 0.071 0.081 0.105 0.207 0.134 0.133 0.092 0.058 68 F 0.001 0.003 0.029 0.020 0.024 0.050 0.186 0.150 0.191 0.186 0.160 69 A 0.001 0.003 0.019 0.016 0.013 0.025 0.111 0.134 0.241 0.257 0.180 70 D 0.004 0.011 0.062 0.048 0.048 0.094 0.252 0.156 0.151 0.110 0.064 71 M 0.003 0.012 0.088 0.080 0.100 0.139 0.233 0.130 0.101 0.069 0.044 72 A 0.001 0.005 0.040 0.015 0.010 0.015 0.077 0.100 0.216 0.267 0.254 73 W 0.001 0.002 0.013 0.020 0.021 0.040 0.160 0.161 0.239 0.211 0.132 74 G 0.003 0.008 0.088 0.043 0.045 0.074 0.165 0.134 0.173 0.149 0.119 75 R 0.001 0.002 0.015 0.023 0.041 0.096 0.261 0.182 0.165 0.131 0.085 76 I 0.001 0.001 0.016 0.009 0.006 0.010 0.056 0.108 0.238 0.292 0.263 77 I 0.001 0.002 0.013 0.012 0.014 0.029 0.103 0.132 0.220 0.247 0.228 78 S 0.002 0.007 0.051 0.059 0.076 0.108 0.187 0.161 0.174 0.111 0.066 79 L 0.003 0.007 0.013 0.034 0.055 0.108 0.254 0.192 0.173 0.105 0.057 80 Q 0.022 0.029 0.032 0.074 0.071 0.101 0.189 0.154 0.159 0.110 0.059 81 K 0.101 0.121 0.069 0.169 0.134 0.135 0.137 0.057 0.040 0.023 0.014 82 S 0.382 0.203 0.097 0.149 0.071 0.037 0.027 0.012 0.010 0.006 0.005 83 Y 0.063 0.077 0.038 0.134 0.144 0.152 0.182 0.098 0.065 0.033 0.015 84 S 0.071 0.123 0.055 0.220 0.204 0.142 0.100 0.038 0.025 0.013 0.008 85 W 0.002 0.003 0.002 0.012 0.016 0.028 0.083 0.136 0.228 0.256 0.234 86 V 0.004 0.010 0.011 0.053 0.088 0.123 0.228 0.164 0.147 0.097 0.074 87 T 0.004 0.007 0.006 0.023 0.023 0.029 0.075 0.128 0.211 0.234 0.259 88 V 0.004 0.004 0.004 0.024 0.041 0.070 0.185 0.187 0.204 0.164 0.112 89 R 0.053 0.112 0.092 0.286 0.198 0.115 0.080 0.031 0.019 0.008 0.005 90 L 0.003 0.003 0.002 0.007 0.009 0.017 0.069 0.124 0.239 0.268 0.259 91 M 0.038 0.179 0.113 0.328 0.192 0.083 0.045 0.012 0.007 0.003 0.002 92 C 0.002 0.003 0.002 0.006 0.008 0.016 0.058 0.106 0.230 0.278 0.292 93 D 0.132 0.183 0.092 0.300 0.163 0.070 0.038 0.012 0.006 0.003 0.002 94 F 0.012 0.020 0.012 0.046 0.061 0.087 0.170 0.164 0.179 0.143 0.105 95 L 0.028 0.033 0.024 0.094 0.114 0.122 0.160 0.118 0.118 0.095 0.094 96 S 0.157 0.135 0.061 0.163 0.123 0.104 0.115 0.056 0.044 0.026 0.017 97 G 0.144 0.130 0.066 0.186 0.142 0.113 0.101 0.048 0.036 0.021 0.013 98 A 0.023 0.010 0.004 0.012 0.011 0.016 0.047 0.074 0.164 0.216 0.424 99 K 0.246 0.292 0.085 0.177 0.092 0.052 0.032 0.011 0.007 0.004 0.003 100 L 0.113 0.152 0.075 0.210 0.134 0.104 0.096 0.048 0.036 0.021 0.012 101 G 0.495 0.183 0.069 0.108 0.062 0.034 0.021 0.009 0.008 0.005 0.005 102 D 0.067 0.135 0.076 0.254 0.172 0.125 0.105 0.037 0.018 0.007 0.004 103 W 0.021 0.060 0.048 0.250 0.273 0.183 0.104 0.035 0.016 0.008 0.003 104 V 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.046 0.083 0.197 0.260 0.391 105 E 0.004 0.042 0.060 0.441 0.292 0.103 0.041 0.011 0.004 0.002 0.001 106 G 0.001 0.002 0.002 0.006 0.010 0.021 0.090 0.160 0.282 0.255 0.171 107 E 0.020 0.082 0.073 0.405 0.267 0.099 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 108 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.050 0.108 0.252 0.317 0.257 109 E 0.019 0.139 0.101 0.486 0.190 0.045 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 110 L 0.003 0.005 0.003 0.009 0.013 0.024 0.086 0.144 0.258 0.266 0.190 111 I 0.015 0.052 0.040 0.264 0.248 0.174 0.116 0.047 0.027 0.012 0.006 112 S 0.120 0.196 0.059 0.196 0.152 0.104 0.091 0.039 0.024 0.012 0.006 113 E 0.167 0.125 0.067 0.239 0.164 0.112 0.071 0.029 0.016 0.007 0.003 114 E 0.630 0.192 0.046 0.080 0.030 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 115 D 0.218 0.218 0.084 0.221 0.116 0.066 0.043 0.017 0.010 0.005 0.002 116 M 0.079 0.128 0.055 0.195 0.158 0.134 0.124 0.059 0.040 0.020 0.009 117 L 0.037 0.080 0.082 0.275 0.221 0.140 0.085 0.037 0.023 0.013 0.007 118 F 0.004 0.005 0.008 0.027 0.041 0.067 0.187 0.193 0.219 0.157 0.093 119 T 0.007 0.055 0.072 0.457 0.264 0.092 0.035 0.010 0.005 0.002 0.001 120 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.073 0.162 0.293 0.273 0.177 121 R 0.013 0.087 0.077 0.466 0.257 0.073 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 122 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.090 0.245 0.339 0.285 123 R 0.016 0.090 0.063 0.478 0.252 0.070 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 124 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.043 0.104 0.249 0.300 0.289 125 W 0.006 0.041 0.038 0.296 0.271 0.170 0.111 0.037 0.020 0.007 0.004 126 A 0.109 0.154 0.039 0.147 0.146 0.141 0.148 0.057 0.034 0.016 0.008 127 G 0.460 0.179 0.063 0.166 0.073 0.034 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 128 E 0.641 0.193 0.038 0.083 0.029 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 129 R 0.098 0.181 0.055 0.227 0.178 0.124 0.087 0.029 0.014 0.006 0.002 130 T 0.018 0.080 0.029 0.165 0.203 0.209 0.165 0.070 0.038 0.017 0.007 131 L 0.011 0.017 0.021 0.095 0.123 0.143 0.188 0.131 0.118 0.090 0.064 132 I 0.010 0.011 0.019 0.042 0.060 0.084 0.182 0.159 0.180 0.147 0.108 133 T 0.015 0.065 0.081 0.371 0.219 0.105 0.070 0.033 0.022 0.012 0.007 134 G 0.008 0.007 0.005 0.015 0.018 0.032 0.111 0.162 0.242 0.239 0.160 135 T 0.030 0.096 0.101 0.382 0.216 0.098 0.050 0.015 0.008 0.003 0.001 136 G 0.007 0.009 0.010 0.017 0.019 0.033 0.110 0.150 0.245 0.248 0.151 137 V 0.013 0.059 0.079 0.339 0.224 0.130 0.090 0.033 0.020 0.009 0.005 138 F 0.005 0.007 0.008 0.014 0.015 0.025 0.084 0.130 0.236 0.270 0.207 139 K 0.015 0.057 0.088 0.295 0.239 0.142 0.096 0.036 0.020 0.008 0.003 140 A 0.026 0.050 0.042 0.074 0.076 0.092 0.163 0.149 0.164 0.105 0.060 141 L 0.019 0.037 0.047 0.142 0.141 0.139 0.179 0.112 0.098 0.058 0.028 142 S 0.171 0.259 0.121 0.192 0.118 0.068 0.046 0.015 0.008 0.003 0.001 143 A 0.251 0.135 0.095 0.155 0.101 0.078 0.076 0.043 0.034 0.021 0.012 144 R 0.410 0.247 0.076 0.112 0.060 0.036 0.029 0.012 0.009 0.005 0.003 145 K 0.338 0.193 0.058 0.131 0.089 0.069 0.058 0.027 0.020 0.011 0.006 146 P 0.319 0.147 0.048 0.107 0.083 0.071 0.078 0.050 0.047 0.031 0.019 147 R 0.218 0.170 0.056 0.125 0.107 0.097 0.100 0.053 0.040 0.022 0.011 148 P 0.282 0.134 0.050 0.125 0.109 0.091 0.086 0.048 0.040 0.023 0.013 149 G 0.183 0.104 0.034 0.098 0.108 0.107 0.131 0.084 0.075 0.047 0.028 150 E 0.328 0.223 0.094 0.161 0.088 0.048 0.030 0.013 0.009 0.004 0.002 151 L 0.070 0.046 0.021 0.062 0.080 0.107 0.188 0.151 0.137 0.089 0.050 152 A 0.205 0.224 0.087 0.161 0.106 0.078 0.063 0.031 0.023 0.012 0.008 153 Y 0.159 0.201 0.082 0.171 0.120 0.082 0.081 0.043 0.030 0.019 0.011 154 K 0.444 0.189 0.074 0.130 0.077 0.043 0.024 0.009 0.006 0.003 0.001 155 E 0.219 0.160 0.110 0.203 0.120 0.076 0.059 0.023 0.016 0.009 0.005 156 E 0.264 0.264 0.095 0.180 0.090 0.051 0.032 0.012 0.007 0.003 0.002 157 A 0.254 0.076 0.041 0.061 0.057 0.082 0.115 0.091 0.098 0.074 0.051