# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.132 0.018 0.024 0.022 0.012 0.017 0.043 0.007 0.001 0.004 0.722 2 S 0.033 0.003 0.010 0.018 0.012 0.016 0.114 0.002 0.001 0.004 0.787 3 D 0.022 0.001 0.004 0.008 0.003 0.004 0.075 0.001 0.001 0.003 0.879 4 D 0.035 0.002 0.001 0.010 0.003 0.004 0.209 0.001 0.001 0.005 0.730 5 L 0.173 0.008 0.003 0.019 0.008 0.011 0.285 0.001 0.001 0.032 0.460 6 T 0.093 0.027 0.001 0.021 0.011 0.019 0.566 0.001 0.001 0.016 0.245 7 D 0.155 0.073 0.002 0.020 0.008 0.011 0.131 0.003 0.001 0.008 0.591 8 A 0.107 0.152 0.003 0.021 0.013 0.017 0.099 0.004 0.001 0.014 0.570 9 Q 0.152 0.109 0.005 0.012 0.020 0.020 0.385 0.006 0.001 0.024 0.267 10 T 0.275 0.241 0.013 0.020 0.015 0.025 0.140 0.018 0.001 0.011 0.241 11 A 0.168 0.368 0.011 0.069 0.029 0.039 0.065 0.028 0.001 0.007 0.215 12 A 0.250 0.110 0.019 0.018 0.015 0.021 0.113 0.029 0.001 0.011 0.413 13 I 0.271 0.077 0.088 0.040 0.016 0.036 0.064 0.009 0.001 0.005 0.392 14 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.989 15 E 0.011 0.004 0.001 0.014 0.009 0.016 0.318 0.001 0.001 0.005 0.622 16 G 0.415 0.036 0.001 0.016 0.005 0.012 0.188 0.004 0.001 0.016 0.307 17 F 0.163 0.451 0.003 0.043 0.007 0.016 0.057 0.004 0.001 0.004 0.251 18 S 0.094 0.361 0.002 0.011 0.006 0.013 0.054 0.002 0.001 0.002 0.455 19 Q 0.281 0.408 0.001 0.013 0.012 0.012 0.016 0.018 0.001 0.002 0.237 20 L 0.354 0.421 0.009 0.005 0.007 0.008 0.024 0.017 0.001 0.002 0.153 21 N 0.092 0.184 0.037 0.010 0.011 0.017 0.048 0.017 0.001 0.003 0.582 22 W 0.122 0.119 0.024 0.022 0.017 0.037 0.089 0.012 0.001 0.005 0.554 23 S 0.204 0.060 0.008 0.018 0.012 0.015 0.112 0.013 0.001 0.005 0.552 24 R 0.095 0.055 0.013 0.024 0.008 0.012 0.070 0.004 0.001 0.005 0.713 25 G 0.026 0.025 0.006 0.013 0.006 0.010 0.116 0.001 0.001 0.003 0.794 26 F 0.132 0.060 0.004 0.022 0.019 0.033 0.194 0.002 0.001 0.011 0.524 27 G 0.163 0.198 0.002 0.039 0.034 0.053 0.096 0.004 0.001 0.005 0.406 28 R 0.140 0.250 0.003 0.023 0.037 0.040 0.058 0.006 0.001 0.004 0.437 29 Q 0.238 0.260 0.005 0.014 0.025 0.047 0.048 0.010 0.001 0.007 0.346 30 I 0.230 0.150 0.013 0.026 0.039 0.067 0.051 0.033 0.001 0.007 0.384 31 G 0.151 0.030 0.018 0.018 0.037 0.035 0.075 0.015 0.001 0.007 0.613 32 P 0.023 0.002 0.022 0.012 0.008 0.012 0.022 0.001 0.001 0.002 0.896 33 L 0.026 0.001 0.008 0.049 0.035 0.068 0.110 0.001 0.001 0.005 0.697 34 F 0.094 0.003 0.006 0.142 0.097 0.125 0.085 0.001 0.001 0.009 0.439 35 E 0.017 0.004 0.001 0.113 0.066 0.096 0.055 0.001 0.001 0.002 0.645 36 H 0.021 0.003 0.001 0.236 0.172 0.238 0.056 0.001 0.001 0.003 0.270 37 R 0.019 0.003 0.001 0.098 0.078 0.159 0.047 0.001 0.001 0.003 0.593 38 E 0.018 0.004 0.001 0.119 0.120 0.250 0.084 0.001 0.001 0.005 0.397 39 G 0.036 0.003 0.001 0.040 0.085 0.114 0.157 0.001 0.001 0.006 0.556 40 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.975 41 G 0.019 0.001 0.001 0.014 0.022 0.039 0.248 0.001 0.001 0.011 0.645 42 Q 0.640 0.002 0.003 0.012 0.013 0.017 0.066 0.001 0.001 0.030 0.217 43 A 0.071 0.023 0.004 0.066 0.107 0.112 0.122 0.001 0.001 0.004 0.489 44 R 0.016 0.008 0.002 0.123 0.184 0.392 0.068 0.001 0.001 0.003 0.203 45 L 0.014 0.013 0.001 0.137 0.213 0.366 0.032 0.001 0.001 0.002 0.222 46 A 0.010 0.014 0.001 0.085 0.233 0.388 0.035 0.001 0.001 0.002 0.232 47 F 0.012 0.009 0.002 0.055 0.183 0.359 0.044 0.001 0.001 0.003 0.332 48 R 0.017 0.010 0.003 0.095 0.135 0.246 0.058 0.001 0.001 0.004 0.430 49 V 0.016 0.008 0.004 0.062 0.093 0.225 0.071 0.001 0.001 0.005 0.515 50 E 0.024 0.012 0.002 0.057 0.098 0.196 0.103 0.001 0.001 0.005 0.502 51 E 0.017 0.009 0.001 0.014 0.028 0.045 0.035 0.001 0.001 0.002 0.847 52 H 0.064 0.024 0.001 0.019 0.065 0.094 0.126 0.002 0.001 0.006 0.599 53 H 0.265 0.039 0.002 0.015 0.047 0.050 0.113 0.005 0.001 0.012 0.452 54 T 0.239 0.109 0.010 0.022 0.045 0.060 0.109 0.005 0.001 0.010 0.391 55 N 0.062 0.045 0.005 0.016 0.042 0.056 0.165 0.005 0.001 0.007 0.596 56 G 0.105 0.014 0.007 0.012 0.018 0.025 0.080 0.004 0.001 0.011 0.725 57 L 0.117 0.007 0.017 0.016 0.015 0.021 0.162 0.002 0.001 0.013 0.630 58 G 0.056 0.003 0.012 0.031 0.022 0.023 0.172 0.001 0.001 0.009 0.671 59 N 0.057 0.006 0.007 0.062 0.030 0.052 0.243 0.001 0.001 0.009 0.533 60 C 0.028 0.020 0.004 0.171 0.073 0.140 0.167 0.001 0.001 0.006 0.391 61 H 0.022 0.048 0.001 0.154 0.058 0.139 0.171 0.001 0.001 0.005 0.400 62 G 0.039 0.049 0.002 0.076 0.022 0.051 0.087 0.001 0.001 0.006 0.665 63 G 0.048 0.154 0.003 0.037 0.009 0.024 0.237 0.001 0.001 0.011 0.476 64 M 0.016 0.308 0.003 0.021 0.011 0.015 0.214 0.001 0.001 0.004 0.406 65 L 0.003 0.802 0.001 0.007 0.003 0.006 0.055 0.001 0.001 0.001 0.122 66 M 0.008 0.872 0.001 0.002 0.002 0.002 0.022 0.005 0.001 0.001 0.085 67 S 0.013 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.020 68 F 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 69 A 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 70 D 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 71 M 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 73 W 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 74 G 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 75 R 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 76 I 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 77 I 0.006 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.005 78 S 0.023 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.008 79 L 0.120 0.761 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 0.038 80 Q 0.239 0.465 0.077 0.006 0.007 0.007 0.009 0.099 0.001 0.002 0.087 81 K 0.038 0.057 0.093 0.009 0.009 0.009 0.028 0.034 0.001 0.002 0.722 82 S 0.038 0.009 0.015 0.015 0.007 0.008 0.062 0.011 0.001 0.004 0.832 83 Y 0.308 0.005 0.026 0.021 0.007 0.008 0.080 0.004 0.001 0.023 0.518 84 S 0.198 0.005 0.021 0.079 0.026 0.021 0.170 0.002 0.001 0.012 0.467 85 W 0.035 0.002 0.018 0.168 0.070 0.097 0.098 0.001 0.001 0.006 0.506 86 V 0.004 0.001 0.001 0.452 0.210 0.254 0.038 0.001 0.001 0.001 0.040 87 T 0.003 0.002 0.001 0.285 0.166 0.282 0.040 0.001 0.001 0.001 0.221 88 V 0.001 0.001 0.001 0.381 0.261 0.319 0.011 0.001 0.001 0.001 0.025 89 R 0.003 0.003 0.001 0.247 0.138 0.294 0.056 0.001 0.001 0.003 0.257 90 L 0.005 0.002 0.001 0.299 0.247 0.343 0.029 0.001 0.001 0.004 0.070 91 M 0.007 0.003 0.001 0.140 0.153 0.265 0.117 0.001 0.001 0.007 0.306 92 C 0.016 0.003 0.003 0.135 0.163 0.224 0.063 0.001 0.001 0.008 0.383 93 D 0.013 0.004 0.002 0.113 0.143 0.207 0.152 0.001 0.001 0.006 0.359 94 F 0.035 0.007 0.003 0.050 0.076 0.130 0.107 0.001 0.001 0.011 0.579 95 L 0.059 0.018 0.004 0.108 0.144 0.260 0.126 0.002 0.001 0.013 0.266 96 S 0.067 0.014 0.004 0.053 0.106 0.139 0.162 0.002 0.001 0.009 0.443 97 G 0.033 0.006 0.004 0.024 0.037 0.052 0.036 0.001 0.001 0.004 0.802 98 A 0.051 0.008 0.004 0.061 0.147 0.256 0.117 0.002 0.001 0.009 0.344 99 K 0.058 0.008 0.002 0.032 0.110 0.130 0.160 0.002 0.001 0.008 0.489 100 L 0.017 0.004 0.002 0.020 0.035 0.052 0.043 0.001 0.001 0.003 0.824 101 G 0.035 0.003 0.002 0.027 0.054 0.089 0.239 0.001 0.001 0.016 0.535 102 D 0.281 0.003 0.006 0.037 0.041 0.039 0.131 0.001 0.001 0.036 0.425 103 W 0.087 0.005 0.017 0.093 0.087 0.113 0.152 0.001 0.001 0.014 0.432 104 V 0.011 0.002 0.003 0.250 0.308 0.277 0.062 0.001 0.001 0.003 0.083 105 E 0.004 0.002 0.001 0.265 0.185 0.356 0.047 0.001 0.001 0.002 0.139 106 G 0.001 0.001 0.001 0.224 0.298 0.423 0.013 0.001 0.001 0.001 0.038 107 E 0.002 0.002 0.001 0.185 0.221 0.415 0.034 0.001 0.001 0.002 0.139 108 G 0.003 0.001 0.001 0.155 0.242 0.417 0.026 0.001 0.001 0.003 0.152 109 E 0.004 0.002 0.001 0.170 0.253 0.372 0.055 0.001 0.001 0.004 0.139 110 L 0.012 0.002 0.001 0.082 0.233 0.322 0.042 0.001 0.001 0.005 0.299 111 I 0.007 0.003 0.001 0.090 0.302 0.426 0.040 0.001 0.001 0.003 0.126 112 S 0.012 0.003 0.001 0.046 0.275 0.349 0.065 0.001 0.001 0.004 0.243 113 E 0.011 0.004 0.001 0.028 0.125 0.149 0.075 0.001 0.001 0.005 0.602 114 E 0.031 0.005 0.001 0.028 0.097 0.158 0.257 0.001 0.001 0.021 0.401 115 D 0.194 0.006 0.004 0.016 0.046 0.050 0.226 0.002 0.001 0.065 0.390 116 M 0.196 0.009 0.011 0.061 0.113 0.081 0.214 0.002 0.001 0.030 0.283 117 L 0.053 0.003 0.017 0.074 0.153 0.189 0.169 0.001 0.001 0.015 0.326 118 F 0.004 0.001 0.002 0.178 0.402 0.335 0.033 0.001 0.001 0.001 0.044 119 T 0.001 0.001 0.001 0.111 0.197 0.467 0.036 0.001 0.001 0.001 0.185 120 V 0.001 0.001 0.001 0.139 0.379 0.463 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 121 R 0.001 0.001 0.001 0.202 0.205 0.370 0.033 0.001 0.001 0.001 0.188 122 G 0.001 0.001 0.001 0.223 0.290 0.376 0.014 0.001 0.001 0.001 0.094 123 R 0.001 0.001 0.001 0.207 0.272 0.372 0.029 0.001 0.001 0.002 0.117 124 I 0.002 0.001 0.001 0.118 0.232 0.374 0.033 0.001 0.001 0.003 0.236 125 W 0.004 0.001 0.001 0.124 0.307 0.379 0.058 0.001 0.001 0.003 0.124 126 A 0.004 0.001 0.001 0.019 0.053 0.086 0.072 0.001 0.001 0.003 0.761 127 G 0.013 0.001 0.001 0.014 0.027 0.048 0.159 0.001 0.001 0.014 0.723 128 E 0.372 0.002 0.004 0.013 0.016 0.024 0.145 0.001 0.001 0.085 0.339 129 R 0.158 0.005 0.016 0.027 0.057 0.039 0.209 0.001 0.001 0.019 0.468 130 T 0.015 0.003 0.005 0.080 0.165 0.201 0.138 0.001 0.001 0.004 0.388 131 L 0.007 0.004 0.001 0.123 0.222 0.470 0.041 0.001 0.001 0.002 0.129 132 I 0.003 0.006 0.001 0.134 0.312 0.436 0.030 0.001 0.001 0.001 0.078 133 T 0.003 0.011 0.001 0.061 0.250 0.454 0.039 0.001 0.001 0.001 0.180 134 G 0.006 0.016 0.001 0.159 0.258 0.459 0.028 0.001 0.001 0.003 0.068 135 T 0.013 0.028 0.002 0.109 0.149 0.362 0.087 0.002 0.001 0.010 0.239 136 G 0.015 0.018 0.004 0.151 0.282 0.386 0.036 0.002 0.001 0.009 0.096 137 V 0.017 0.035 0.010 0.132 0.249 0.411 0.041 0.002 0.001 0.005 0.099 138 F 0.005 0.030 0.003 0.147 0.348 0.393 0.015 0.001 0.001 0.001 0.057 139 K 0.004 0.029 0.001 0.147 0.307 0.429 0.016 0.001 0.001 0.001 0.066 140 A 0.010 0.040 0.002 0.130 0.244 0.435 0.025 0.002 0.001 0.002 0.110 141 L 0.010 0.038 0.003 0.179 0.232 0.407 0.041 0.003 0.001 0.002 0.085 142 S 0.019 0.025 0.003 0.095 0.156 0.255 0.127 0.005 0.001 0.005 0.311 143 A 0.023 0.010 0.005 0.041 0.032 0.055 0.077 0.002 0.001 0.005 0.752 144 R 0.116 0.010 0.004 0.034 0.028 0.047 0.245 0.008 0.001 0.022 0.487 145 K 0.448 0.007 0.014 0.013 0.009 0.012 0.103 0.003 0.001 0.013 0.378 146 P 0.019 0.002 0.008 0.012 0.004 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.931 147 R 0.022 0.001 0.002 0.028 0.021 0.035 0.093 0.001 0.001 0.001 0.797 148 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 149 G 0.012 0.001 0.001 0.042 0.023 0.056 0.118 0.001 0.001 0.001 0.747 150 E 0.073 0.001 0.001 0.018 0.006 0.013 0.043 0.001 0.001 0.003 0.843 151 L 0.071 0.010 0.001 0.079 0.018 0.038 0.102 0.001 0.001 0.003 0.678 152 A 0.072 0.009 0.001 0.046 0.015 0.035 0.087 0.001 0.001 0.004 0.729 153 Y 0.096 0.029 0.001 0.038 0.019 0.033 0.094 0.001 0.001 0.004 0.684 154 K 0.114 0.049 0.002 0.020 0.020 0.037 0.077 0.002 0.001 0.006 0.673 155 E 0.120 0.084 0.003 0.018 0.027 0.040 0.106 0.003 0.001 0.006 0.593 156 E 0.149 0.103 0.005 0.016 0.032 0.043 0.101 0.004 0.001 0.007 0.538 157 A 0.125 0.159 0.013 0.022 0.039 0.071 0.078 0.004 0.001 0.006 0.484