# TARGET T0322 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.230 0.193 0.291 0.105 0.067 0.028 0.030 0.012 0.033 0.012 0.001 2 S 0.276 0.097 0.360 0.095 0.062 0.037 0.015 0.012 0.015 0.027 0.002 3 D 0.549 0.067 0.141 0.139 0.032 0.025 0.021 0.007 0.013 0.005 0.001 4 D 0.456 0.065 0.142 0.231 0.018 0.038 0.020 0.005 0.021 0.002 0.001 5 L 0.396 0.112 0.210 0.172 0.015 0.051 0.010 0.004 0.028 0.001 0.001 6 T 0.407 0.166 0.203 0.126 0.030 0.029 0.010 0.003 0.020 0.005 0.001 7 D 0.170 0.087 0.311 0.134 0.030 0.115 0.066 0.006 0.074 0.004 0.002 8 A 0.536 0.051 0.223 0.106 0.015 0.021 0.022 0.009 0.010 0.006 0.002 9 Q 0.533 0.059 0.170 0.127 0.021 0.028 0.038 0.011 0.010 0.003 0.001 10 T 0.410 0.104 0.123 0.293 0.016 0.025 0.009 0.003 0.016 0.001 0.001 11 A 0.134 0.226 0.394 0.088 0.065 0.031 0.021 0.005 0.026 0.009 0.001 12 A 0.084 0.092 0.530 0.085 0.022 0.132 0.021 0.003 0.026 0.003 0.002 13 I 0.280 0.180 0.389 0.008 0.030 0.026 0.006 0.001 0.075 0.004 0.001 14 P 0.837 0.002 0.132 0.015 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 15 E 0.897 0.009 0.029 0.042 0.004 0.003 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 16 G 0.905 0.003 0.016 0.039 0.004 0.003 0.005 0.014 0.001 0.009 0.001 17 F 0.931 0.007 0.017 0.035 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.935 0.007 0.021 0.029 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.768 0.012 0.017 0.182 0.004 0.005 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 20 L 0.507 0.078 0.243 0.108 0.009 0.022 0.011 0.003 0.015 0.001 0.001 21 N 0.573 0.040 0.107 0.104 0.012 0.060 0.078 0.006 0.015 0.004 0.001 22 W 0.463 0.110 0.097 0.218 0.029 0.031 0.021 0.009 0.019 0.002 0.001 23 S 0.323 0.219 0.192 0.124 0.045 0.041 0.013 0.006 0.030 0.005 0.001 24 R 0.357 0.128 0.217 0.151 0.025 0.035 0.040 0.005 0.036 0.004 0.001 25 G 0.330 0.034 0.121 0.072 0.075 0.012 0.050 0.197 0.005 0.102 0.001 26 F 0.487 0.086 0.108 0.196 0.031 0.023 0.033 0.009 0.020 0.007 0.001 27 G 0.484 0.054 0.150 0.090 0.056 0.014 0.036 0.053 0.007 0.056 0.001 28 R 0.552 0.098 0.123 0.111 0.029 0.036 0.025 0.005 0.016 0.003 0.001 29 Q 0.474 0.117 0.184 0.145 0.018 0.025 0.015 0.003 0.015 0.002 0.001 30 I 0.237 0.150 0.182 0.327 0.022 0.035 0.012 0.002 0.030 0.001 0.002 31 G 0.040 0.031 0.155 0.003 0.159 0.001 0.027 0.033 0.011 0.540 0.001 32 P 0.131 0.012 0.607 0.028 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 33 L 0.120 0.293 0.441 0.069 0.017 0.039 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 34 F 0.052 0.593 0.196 0.017 0.058 0.028 0.003 0.001 0.050 0.001 0.001 35 E 0.066 0.234 0.605 0.011 0.009 0.057 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 36 H 0.141 0.512 0.122 0.111 0.052 0.030 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 37 R 0.087 0.327 0.341 0.025 0.108 0.055 0.018 0.003 0.030 0.007 0.001 38 E 0.143 0.256 0.360 0.155 0.023 0.030 0.004 0.001 0.024 0.001 0.002 39 G 0.020 0.082 0.163 0.002 0.263 0.002 0.008 0.009 0.028 0.422 0.001 40 P 0.180 0.005 0.535 0.101 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.006 0.152 41 G 0.018 0.025 0.030 0.055 0.103 0.005 0.177 0.554 0.002 0.030 0.001 42 Q 0.021 0.682 0.167 0.029 0.066 0.012 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 43 A 0.002 0.654 0.289 0.002 0.026 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 44 R 0.002 0.911 0.035 0.004 0.030 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 45 L 0.001 0.804 0.088 0.001 0.089 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 46 A 0.004 0.851 0.070 0.006 0.029 0.015 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 47 F 0.003 0.755 0.119 0.001 0.083 0.012 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 48 R 0.010 0.303 0.557 0.003 0.004 0.085 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 49 V 0.035 0.556 0.273 0.018 0.038 0.049 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 50 E 0.040 0.381 0.318 0.014 0.143 0.042 0.007 0.002 0.042 0.009 0.001 51 E 0.631 0.061 0.178 0.060 0.022 0.017 0.008 0.006 0.007 0.007 0.003 52 H 0.501 0.066 0.093 0.200 0.028 0.024 0.044 0.021 0.014 0.008 0.001 53 H 0.191 0.110 0.169 0.318 0.024 0.085 0.037 0.004 0.059 0.001 0.001 54 T 0.252 0.303 0.120 0.219 0.026 0.034 0.010 0.003 0.029 0.003 0.001 55 N 0.046 0.016 0.082 0.165 0.012 0.070 0.549 0.008 0.047 0.005 0.001 56 G 0.199 0.016 0.063 0.102 0.036 0.012 0.110 0.388 0.005 0.068 0.001 57 L 0.212 0.065 0.168 0.416 0.021 0.019 0.064 0.011 0.018 0.006 0.001 58 G 0.044 0.007 0.042 0.027 0.045 0.004 0.075 0.486 0.002 0.267 0.001 59 N 0.244 0.248 0.179 0.200 0.044 0.037 0.017 0.005 0.021 0.005 0.001 60 C 0.181 0.298 0.301 0.083 0.059 0.031 0.008 0.005 0.020 0.014 0.001 61 H 0.392 0.122 0.274 0.081 0.032 0.039 0.028 0.009 0.012 0.009 0.002 62 G 0.877 0.009 0.029 0.021 0.016 0.003 0.007 0.023 0.001 0.014 0.001 63 G 0.980 0.002 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 64 M 0.991 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.990 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 M 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 W 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.972 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.898 0.008 0.008 0.077 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.495 0.027 0.034 0.413 0.004 0.011 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 80 Q 0.341 0.106 0.192 0.142 0.018 0.058 0.069 0.007 0.060 0.006 0.001 81 K 0.342 0.081 0.290 0.138 0.020 0.052 0.039 0.006 0.021 0.010 0.001 82 S 0.198 0.076 0.152 0.257 0.072 0.043 0.109 0.047 0.023 0.022 0.002 83 Y 0.103 0.259 0.231 0.103 0.161 0.019 0.053 0.034 0.018 0.019 0.001 84 S 0.110 0.341 0.296 0.102 0.055 0.040 0.023 0.005 0.023 0.003 0.001 85 W 0.038 0.482 0.276 0.020 0.137 0.021 0.005 0.003 0.015 0.003 0.001 86 V 0.019 0.796 0.085 0.013 0.049 0.017 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 87 T 0.016 0.621 0.253 0.006 0.064 0.024 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 88 V 0.019 0.785 0.051 0.015 0.103 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 89 R 0.005 0.745 0.132 0.002 0.074 0.016 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 90 L 0.009 0.814 0.084 0.005 0.054 0.012 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 91 M 0.010 0.658 0.209 0.003 0.021 0.058 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 92 C 0.031 0.688 0.083 0.010 0.128 0.018 0.003 0.001 0.036 0.002 0.001 93 D 0.059 0.415 0.294 0.026 0.027 0.113 0.023 0.001 0.040 0.001 0.001 94 F 0.067 0.331 0.391 0.018 0.072 0.085 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 95 L 0.611 0.093 0.049 0.226 0.005 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 96 S 0.032 0.391 0.103 0.056 0.371 0.004 0.017 0.003 0.014 0.007 0.001 97 G 0.052 0.116 0.197 0.053 0.218 0.015 0.111 0.140 0.023 0.074 0.001 98 A 0.023 0.406 0.436 0.009 0.088 0.017 0.002 0.001 0.014 0.003 0.001 99 K 0.029 0.317 0.568 0.008 0.014 0.037 0.003 0.001 0.020 0.002 0.001 100 L 0.066 0.037 0.840 0.020 0.002 0.022 0.003 0.001 0.008 0.001 0.002 101 G 0.016 0.001 0.007 0.017 0.013 0.001 0.039 0.821 0.001 0.085 0.001 102 D 0.010 0.124 0.768 0.012 0.019 0.030 0.019 0.001 0.015 0.001 0.002 103 W 0.014 0.459 0.463 0.012 0.022 0.018 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 104 V 0.002 0.835 0.099 0.002 0.045 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 105 E 0.002 0.786 0.137 0.002 0.018 0.032 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 106 G 0.003 0.646 0.057 0.002 0.277 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 107 E 0.002 0.828 0.050 0.004 0.063 0.019 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 108 G 0.002 0.449 0.164 0.003 0.365 0.005 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 109 E 0.001 0.828 0.080 0.001 0.032 0.021 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 110 L 0.001 0.049 0.851 0.001 0.001 0.098 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 111 I 0.514 0.010 0.002 0.472 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.001 0.341 0.015 0.001 0.638 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 113 E 0.237 0.419 0.079 0.092 0.063 0.011 0.014 0.002 0.079 0.004 0.001 114 E 0.148 0.133 0.077 0.230 0.249 0.018 0.073 0.013 0.032 0.026 0.001 115 D 0.052 0.121 0.156 0.232 0.125 0.039 0.157 0.066 0.034 0.017 0.001 116 M 0.024 0.491 0.293 0.062 0.079 0.021 0.008 0.002 0.017 0.002 0.001 117 L 0.004 0.773 0.112 0.005 0.093 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 118 F 0.001 0.799 0.060 0.002 0.128 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 119 T 0.001 0.887 0.052 0.001 0.050 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 120 V 0.001 0.876 0.054 0.001 0.052 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 121 R 0.001 0.845 0.089 0.003 0.026 0.016 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 122 G 0.001 0.682 0.055 0.001 0.253 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 123 R 0.001 0.918 0.040 0.001 0.025 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 124 I 0.004 0.800 0.150 0.002 0.016 0.018 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 125 W 0.022 0.802 0.081 0.013 0.029 0.024 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 126 A 0.037 0.299 0.165 0.097 0.096 0.033 0.128 0.003 0.136 0.008 0.001 127 G 0.013 0.003 0.020 0.007 0.044 0.001 0.066 0.242 0.001 0.605 0.001 128 E 0.108 0.154 0.203 0.299 0.080 0.025 0.078 0.027 0.014 0.006 0.005 129 R 0.017 0.586 0.286 0.005 0.036 0.016 0.012 0.001 0.040 0.001 0.001 130 T 0.021 0.177 0.688 0.003 0.001 0.099 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 131 L 0.065 0.737 0.088 0.042 0.033 0.017 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 132 I 0.011 0.675 0.111 0.006 0.170 0.013 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 133 T 0.004 0.809 0.053 0.003 0.104 0.007 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 134 G 0.007 0.490 0.074 0.005 0.397 0.008 0.002 0.002 0.007 0.007 0.001 135 T 0.007 0.819 0.056 0.007 0.094 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 136 G 0.006 0.547 0.099 0.002 0.327 0.006 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 137 V 0.006 0.882 0.048 0.003 0.042 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 138 F 0.006 0.819 0.108 0.001 0.043 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 139 K 0.012 0.881 0.028 0.005 0.041 0.007 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 140 A 0.014 0.466 0.418 0.003 0.022 0.045 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 141 L 0.125 0.395 0.341 0.040 0.019 0.046 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 142 S 0.061 0.231 0.461 0.029 0.078 0.076 0.013 0.002 0.041 0.008 0.001 143 A 0.558 0.088 0.169 0.109 0.028 0.012 0.015 0.006 0.008 0.004 0.002 144 R 0.303 0.074 0.154 0.361 0.013 0.043 0.019 0.005 0.023 0.001 0.002 145 K 0.059 0.243 0.451 0.010 0.031 0.026 0.061 0.001 0.113 0.003 0.001 146 P 0.110 0.009 0.738 0.023 0.001 0.052 0.001 0.001 0.003 0.001 0.063 147 R 0.021 0.140 0.700 0.001 0.014 0.022 0.009 0.001 0.089 0.001 0.001 148 P 0.114 0.004 0.749 0.020 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 149 G 0.072 0.054 0.186 0.016 0.250 0.004 0.009 0.110 0.005 0.293 0.001 150 E 0.261 0.149 0.368 0.119 0.028 0.046 0.005 0.001 0.016 0.002 0.005 151 L 0.124 0.343 0.369 0.050 0.032 0.037 0.007 0.001 0.033 0.002 0.001 152 A 0.215 0.138 0.524 0.046 0.016 0.036 0.003 0.002 0.015 0.003 0.002 153 Y 0.228 0.166 0.396 0.050 0.053 0.042 0.018 0.009 0.022 0.014 0.001 154 K 0.381 0.105 0.245 0.107 0.034 0.042 0.032 0.020 0.023 0.009 0.002 155 E 0.361 0.227 0.239 0.060 0.049 0.025 0.010 0.003 0.023 0.003 0.001 156 E 0.311 0.140 0.329 0.117 0.017 0.043 0.011 0.003 0.023 0.003 0.003 157 A 0.253 0.136 0.381 0.058 0.075 0.027 0.015 0.011 0.020 0.023 0.001