# TARGET T0322 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.634 0.198 0.093 0.050 0.019 0.005 0.001 2 S 0.688 0.189 0.076 0.033 0.011 0.003 0.001 3 D 0.749 0.171 0.055 0.020 0.005 0.001 0.001 4 D 0.599 0.253 0.096 0.037 0.011 0.003 0.001 5 L 0.324 0.212 0.204 0.165 0.074 0.018 0.001 6 T 0.545 0.254 0.124 0.056 0.018 0.004 0.001 7 D 0.569 0.256 0.110 0.047 0.014 0.003 0.001 8 A 0.560 0.222 0.120 0.067 0.024 0.006 0.001 9 Q 0.448 0.283 0.156 0.082 0.027 0.005 0.001 10 T 0.276 0.289 0.215 0.144 0.058 0.016 0.001 11 A 0.142 0.126 0.165 0.244 0.217 0.097 0.010 12 A 0.193 0.298 0.247 0.163 0.071 0.025 0.003 13 I 0.075 0.121 0.203 0.290 0.211 0.092 0.008 14 P 0.398 0.304 0.154 0.085 0.040 0.016 0.003 15 E 0.318 0.371 0.184 0.086 0.029 0.010 0.002 16 G 0.052 0.091 0.151 0.278 0.270 0.146 0.013 17 F 0.047 0.120 0.228 0.324 0.210 0.065 0.005 18 S 0.265 0.403 0.210 0.086 0.026 0.008 0.001 19 Q 0.073 0.173 0.244 0.269 0.166 0.069 0.007 20 L 0.024 0.043 0.084 0.215 0.340 0.262 0.032 21 N 0.147 0.285 0.240 0.172 0.096 0.048 0.011 22 W 0.120 0.176 0.199 0.219 0.158 0.105 0.023 23 S 0.078 0.127 0.155 0.198 0.211 0.186 0.046 24 R 0.149 0.181 0.205 0.201 0.142 0.091 0.031 25 G 0.222 0.224 0.179 0.152 0.112 0.084 0.029 26 F 0.156 0.115 0.123 0.164 0.177 0.184 0.081 27 G 0.136 0.130 0.137 0.169 0.178 0.182 0.068 28 R 0.201 0.225 0.194 0.168 0.115 0.070 0.028 29 Q 0.165 0.186 0.177 0.194 0.152 0.099 0.028 30 I 0.074 0.096 0.131 0.205 0.236 0.203 0.055 31 G 0.133 0.182 0.193 0.190 0.147 0.114 0.041 32 P 0.178 0.211 0.194 0.185 0.134 0.079 0.019 33 L 0.093 0.122 0.159 0.223 0.221 0.154 0.027 34 F 0.140 0.174 0.187 0.200 0.164 0.115 0.021 35 E 0.165 0.166 0.182 0.205 0.168 0.098 0.016 36 H 0.211 0.262 0.227 0.183 0.087 0.026 0.003 37 R 0.364 0.302 0.177 0.108 0.039 0.009 0.001 38 E 0.429 0.283 0.152 0.093 0.034 0.009 0.001 39 G 0.530 0.276 0.117 0.059 0.015 0.003 0.001 40 P 0.461 0.310 0.145 0.062 0.018 0.003 0.001 41 G 0.292 0.361 0.210 0.102 0.029 0.005 0.001 42 Q 0.043 0.195 0.336 0.277 0.122 0.027 0.001 43 A 0.006 0.020 0.046 0.135 0.344 0.411 0.039 44 R 0.005 0.060 0.216 0.335 0.241 0.123 0.020 45 L 0.002 0.007 0.018 0.071 0.251 0.512 0.139 46 A 0.006 0.063 0.178 0.323 0.259 0.149 0.022 47 F 0.003 0.017 0.052 0.167 0.334 0.364 0.063 48 R 0.015 0.130 0.281 0.289 0.176 0.093 0.016 49 V 0.012 0.035 0.087 0.239 0.359 0.239 0.031 50 E 0.166 0.315 0.256 0.156 0.072 0.028 0.006 51 E 0.306 0.310 0.195 0.119 0.050 0.018 0.004 52 H 0.307 0.256 0.178 0.132 0.080 0.039 0.007 53 H 0.188 0.175 0.183 0.212 0.154 0.075 0.011 54 T 0.222 0.187 0.162 0.165 0.138 0.099 0.026 55 N 0.231 0.187 0.150 0.160 0.136 0.103 0.034 56 G 0.222 0.202 0.167 0.166 0.125 0.086 0.033 57 L 0.137 0.145 0.142 0.155 0.167 0.171 0.082 58 G 0.083 0.119 0.133 0.171 0.182 0.199 0.112 59 N 0.035 0.053 0.097 0.161 0.204 0.255 0.195 60 C 0.014 0.018 0.022 0.045 0.110 0.334 0.457 61 H 0.011 0.022 0.043 0.085 0.140 0.279 0.420 62 G 0.012 0.023 0.027 0.040 0.082 0.241 0.575 63 G 0.005 0.008 0.014 0.036 0.115 0.234 0.588 64 M 0.002 0.007 0.015 0.039 0.087 0.248 0.602 65 L 0.003 0.009 0.025 0.050 0.062 0.186 0.665 66 M 0.002 0.006 0.011 0.022 0.054 0.201 0.704 67 S 0.002 0.006 0.013 0.043 0.132 0.290 0.515 68 F 0.002 0.005 0.015 0.042 0.097 0.287 0.552 69 A 0.004 0.008 0.013 0.022 0.049 0.243 0.662 70 D 0.004 0.015 0.023 0.071 0.177 0.333 0.377 71 M 0.005 0.014 0.052 0.162 0.270 0.290 0.209 72 A 0.005 0.009 0.023 0.052 0.098 0.331 0.482 73 W 0.002 0.005 0.012 0.031 0.075 0.271 0.604 74 G 0.004 0.009 0.017 0.042 0.117 0.356 0.456 75 R 0.005 0.011 0.036 0.108 0.202 0.340 0.297 76 I 0.004 0.008 0.015 0.037 0.105 0.405 0.425 77 I 0.006 0.009 0.014 0.042 0.139 0.432 0.359 78 S 0.009 0.031 0.064 0.150 0.269 0.357 0.120 79 L 0.014 0.056 0.121 0.257 0.317 0.196 0.040 80 Q 0.026 0.104 0.195 0.308 0.251 0.104 0.012 81 K 0.177 0.276 0.239 0.181 0.089 0.031 0.007 82 S 0.439 0.319 0.130 0.067 0.029 0.012 0.003 83 Y 0.065 0.154 0.240 0.280 0.183 0.072 0.007 84 S 0.055 0.140 0.206 0.254 0.216 0.114 0.015 85 W 0.006 0.014 0.031 0.088 0.228 0.465 0.168 86 V 0.003 0.008 0.024 0.072 0.191 0.461 0.242 87 T 0.007 0.019 0.036 0.071 0.166 0.408 0.293 88 V 0.007 0.018 0.037 0.101 0.229 0.379 0.229 89 R 0.015 0.093 0.193 0.249 0.214 0.169 0.067 90 L 0.003 0.011 0.029 0.096 0.256 0.449 0.155 91 M 0.033 0.131 0.239 0.295 0.187 0.095 0.020 92 C 0.018 0.053 0.089 0.154 0.260 0.336 0.088 93 D 0.065 0.190 0.268 0.274 0.138 0.054 0.011 94 F 0.019 0.042 0.075 0.181 0.321 0.313 0.048 95 L 0.068 0.150 0.213 0.274 0.193 0.090 0.011 96 S 0.119 0.258 0.244 0.204 0.113 0.053 0.008 97 G 0.097 0.176 0.234 0.235 0.155 0.087 0.016 98 A 0.100 0.114 0.150 0.248 0.232 0.138 0.018 99 K 0.216 0.321 0.229 0.137 0.063 0.029 0.005 100 L 0.213 0.226 0.190 0.194 0.125 0.047 0.005 101 G 0.316 0.377 0.180 0.085 0.032 0.009 0.001 102 D 0.124 0.294 0.271 0.194 0.086 0.028 0.003 103 W 0.031 0.216 0.368 0.267 0.096 0.020 0.001 104 V 0.005 0.032 0.061 0.150 0.356 0.370 0.026 105 E 0.002 0.053 0.304 0.419 0.178 0.040 0.004 106 G 0.001 0.006 0.014 0.054 0.252 0.577 0.097 107 E 0.001 0.032 0.248 0.484 0.196 0.036 0.002 108 G 0.001 0.009 0.024 0.115 0.372 0.441 0.037 109 E 0.003 0.092 0.369 0.390 0.123 0.021 0.001 110 L 0.005 0.041 0.116 0.318 0.359 0.157 0.005 111 I 0.060 0.324 0.386 0.187 0.039 0.004 0.001 112 S 0.272 0.404 0.226 0.087 0.011 0.001 0.001 113 E 0.684 0.246 0.054 0.013 0.002 0.001 0.001 114 E 0.763 0.187 0.039 0.010 0.001 0.001 0.001 115 D 0.410 0.377 0.166 0.042 0.006 0.001 0.001 116 M 0.140 0.303 0.280 0.195 0.073 0.010 0.001 117 L 0.068 0.308 0.347 0.196 0.069 0.012 0.001 118 F 0.010 0.053 0.133 0.277 0.362 0.160 0.006 119 T 0.010 0.124 0.355 0.347 0.136 0.027 0.002 120 V 0.004 0.022 0.044 0.130 0.362 0.404 0.034 121 R 0.003 0.076 0.339 0.414 0.142 0.025 0.001 122 G 0.002 0.009 0.020 0.098 0.347 0.473 0.050 123 R 0.005 0.093 0.348 0.384 0.139 0.030 0.001 124 I 0.004 0.021 0.062 0.226 0.392 0.281 0.014 125 W 0.032 0.219 0.389 0.271 0.078 0.011 0.001 126 A 0.158 0.365 0.294 0.153 0.027 0.002 0.001 127 G 0.646 0.271 0.065 0.015 0.003 0.001 0.001 128 E 0.797 0.158 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 129 R 0.443 0.366 0.147 0.037 0.006 0.001 0.001 130 T 0.161 0.290 0.255 0.194 0.084 0.016 0.001 131 L 0.036 0.162 0.290 0.283 0.169 0.056 0.004 132 I 0.027 0.078 0.125 0.230 0.340 0.188 0.013 133 T 0.021 0.140 0.318 0.319 0.157 0.041 0.004 134 G 0.012 0.029 0.049 0.144 0.360 0.360 0.046 135 T 0.026 0.151 0.326 0.302 0.140 0.048 0.007 136 G 0.008 0.027 0.048 0.132 0.265 0.436 0.084 137 V 0.007 0.054 0.223 0.356 0.234 0.113 0.013 138 F 0.005 0.016 0.041 0.128 0.293 0.445 0.073 139 K 0.045 0.143 0.233 0.274 0.196 0.099 0.011 140 A 0.043 0.117 0.207 0.296 0.237 0.097 0.005 141 L 0.103 0.200 0.284 0.269 0.120 0.023 0.001 142 S 0.419 0.360 0.142 0.061 0.015 0.002 0.001 143 A 0.603 0.247 0.100 0.040 0.009 0.001 0.001 144 R 0.713 0.206 0.057 0.019 0.004 0.001 0.001 145 K 0.571 0.271 0.110 0.039 0.008 0.001 0.001 146 P 0.516 0.254 0.140 0.068 0.019 0.003 0.001 147 R 0.483 0.278 0.148 0.068 0.020 0.003 0.001 148 P 0.493 0.262 0.139 0.075 0.025 0.005 0.001 149 G 0.256 0.233 0.224 0.185 0.083 0.018 0.001 150 E 0.396 0.334 0.171 0.074 0.021 0.004 0.001 151 L 0.147 0.168 0.234 0.265 0.144 0.040 0.003 152 A 0.334 0.280 0.196 0.121 0.051 0.017 0.002 153 Y 0.388 0.276 0.184 0.106 0.037 0.009 0.001 154 K 0.620 0.228 0.091 0.045 0.014 0.003 0.001 155 E 0.613 0.232 0.099 0.042 0.011 0.002 0.001 156 E 0.607 0.248 0.098 0.037 0.009 0.002 0.001 157 A 0.488 0.203 0.142 0.110 0.046 0.009 0.001