# TARGET T0322 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.006 0.005 0.008 0.125 0.846 2 S 0.025 0.018 0.016 0.027 0.163 0.752 3 D 0.016 0.021 0.020 0.044 0.206 0.693 4 D 0.012 0.015 0.030 0.097 0.263 0.584 5 L 0.007 0.005 0.096 0.655 0.104 0.132 6 T 0.013 0.003 0.096 0.699 0.095 0.095 7 D 0.006 0.003 0.069 0.827 0.065 0.031 8 A 0.008 0.005 0.060 0.834 0.056 0.036 9 Q 0.010 0.006 0.085 0.814 0.052 0.032 10 T 0.009 0.002 0.200 0.663 0.085 0.042 11 A 0.011 0.005 0.132 0.665 0.098 0.090 12 A 0.011 0.011 0.077 0.610 0.115 0.176 13 I 0.009 0.014 0.023 0.142 0.292 0.520 14 P 0.003 0.003 0.116 0.224 0.391 0.262 15 E 0.005 0.004 0.222 0.230 0.422 0.117 16 G 0.007 0.009 0.222 0.343 0.342 0.077 17 F 0.009 0.009 0.216 0.410 0.251 0.105 18 S 0.012 0.007 0.205 0.443 0.206 0.127 19 Q 0.018 0.008 0.283 0.395 0.201 0.095 20 L 0.029 0.015 0.194 0.426 0.201 0.135 21 N 0.032 0.012 0.105 0.354 0.259 0.237 22 W 0.024 0.011 0.060 0.402 0.240 0.263 23 S 0.029 0.017 0.037 0.383 0.233 0.301 24 R 0.026 0.011 0.039 0.274 0.336 0.314 25 G 0.018 0.013 0.075 0.382 0.267 0.244 26 F 0.028 0.018 0.119 0.471 0.213 0.150 27 G 0.036 0.013 0.157 0.420 0.234 0.140 28 R 0.052 0.010 0.195 0.363 0.246 0.135 29 Q 0.088 0.030 0.085 0.314 0.290 0.193 30 I 0.073 0.024 0.046 0.269 0.328 0.260 31 G 0.044 0.006 0.016 0.025 0.414 0.496 32 P 0.063 0.005 0.028 0.026 0.428 0.450 33 L 0.228 0.012 0.028 0.020 0.288 0.424 34 F 0.475 0.012 0.016 0.017 0.176 0.303 35 E 0.684 0.008 0.008 0.018 0.095 0.188 36 H 0.804 0.011 0.003 0.015 0.046 0.120 37 R 0.838 0.009 0.002 0.006 0.061 0.083 38 E 0.676 0.030 0.003 0.004 0.106 0.181 39 G 0.260 0.015 0.008 0.002 0.672 0.044 40 P 0.077 0.003 0.011 0.001 0.871 0.036 41 G 0.049 0.001 0.013 0.001 0.885 0.051 42 Q 0.820 0.011 0.003 0.001 0.142 0.024 43 A 0.968 0.003 0.001 0.001 0.006 0.023 44 R 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 45 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 46 A 0.961 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 47 F 0.915 0.001 0.001 0.001 0.015 0.068 48 R 0.769 0.004 0.001 0.001 0.051 0.174 49 V 0.553 0.018 0.004 0.003 0.106 0.317 50 E 0.310 0.021 0.018 0.004 0.302 0.347 51 E 0.127 0.018 0.241 0.017 0.434 0.163 52 H 0.085 0.012 0.273 0.024 0.468 0.137 53 H 0.079 0.025 0.192 0.023 0.513 0.167 54 T 0.082 0.064 0.036 0.027 0.423 0.368 55 N 0.048 0.039 0.020 0.028 0.499 0.366 56 G 0.024 0.042 0.022 0.031 0.630 0.251 57 L 0.022 0.029 0.024 0.017 0.666 0.242 58 G 0.049 0.025 0.043 0.021 0.613 0.248 59 N 0.081 0.071 0.043 0.056 0.524 0.225 60 C 0.073 0.125 0.034 0.133 0.388 0.248 61 H 0.089 0.077 0.035 0.248 0.260 0.291 62 G 0.018 0.005 0.025 0.721 0.123 0.108 63 G 0.003 0.002 0.016 0.932 0.026 0.022 64 M 0.003 0.001 0.018 0.961 0.009 0.007 65 L 0.002 0.001 0.021 0.967 0.006 0.003 66 M 0.001 0.001 0.009 0.984 0.005 0.001 67 S 0.001 0.001 0.011 0.985 0.003 0.001 68 F 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 70 D 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 74 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 76 I 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 77 I 0.001 0.001 0.009 0.981 0.005 0.004 78 S 0.002 0.001 0.012 0.961 0.011 0.013 79 L 0.005 0.002 0.013 0.886 0.028 0.065 80 Q 0.011 0.009 0.024 0.612 0.137 0.208 81 K 0.012 0.006 0.036 0.324 0.275 0.347 82 S 0.018 0.008 0.031 0.078 0.399 0.466 83 Y 0.054 0.007 0.015 0.012 0.411 0.501 84 S 0.203 0.007 0.007 0.005 0.186 0.592 85 W 0.748 0.011 0.005 0.004 0.063 0.169 86 V 0.896 0.005 0.002 0.001 0.028 0.068 87 T 0.967 0.002 0.001 0.001 0.008 0.022 88 V 0.963 0.001 0.001 0.002 0.007 0.026 89 R 0.944 0.001 0.002 0.004 0.015 0.034 90 L 0.901 0.002 0.002 0.006 0.022 0.066 91 M 0.824 0.002 0.002 0.007 0.055 0.110 92 C 0.881 0.003 0.001 0.006 0.035 0.074 93 D 0.896 0.002 0.002 0.006 0.028 0.066 94 F 0.883 0.008 0.004 0.008 0.034 0.064 95 L 0.660 0.014 0.009 0.011 0.125 0.180 96 S 0.404 0.011 0.013 0.009 0.205 0.358 97 G 0.281 0.007 0.013 0.005 0.193 0.501 98 A 0.330 0.070 0.010 0.003 0.100 0.488 99 K 0.220 0.028 0.017 0.003 0.656 0.076 100 L 0.147 0.015 0.011 0.004 0.756 0.067 101 G 0.032 0.001 0.008 0.001 0.909 0.049 102 D 0.478 0.011 0.004 0.001 0.462 0.045 103 W 0.939 0.006 0.001 0.001 0.011 0.043 104 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 105 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 106 G 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 107 E 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 108 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 109 E 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 110 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 111 I 0.965 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 112 S 0.879 0.004 0.001 0.001 0.074 0.041 113 E 0.471 0.006 0.007 0.003 0.414 0.099 114 E 0.198 0.005 0.032 0.002 0.657 0.106 115 D 0.423 0.006 0.028 0.001 0.463 0.078 116 M 0.726 0.007 0.008 0.001 0.120 0.139 117 L 0.932 0.002 0.002 0.001 0.020 0.044 118 F 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 119 T 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 120 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 121 R 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 122 G 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 123 R 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 124 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 W 0.968 0.002 0.001 0.001 0.025 0.005 126 A 0.340 0.004 0.001 0.001 0.651 0.004 127 G 0.010 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 128 E 0.013 0.001 0.001 0.001 0.979 0.006 129 R 0.759 0.021 0.001 0.001 0.192 0.027 130 T 0.982 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 131 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 132 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 133 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 134 G 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 135 T 0.972 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 136 G 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 137 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 138 F 0.989 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 139 K 0.968 0.001 0.001 0.004 0.008 0.019 140 A 0.869 0.002 0.001 0.006 0.027 0.094 141 L 0.567 0.021 0.004 0.013 0.091 0.303 142 S 0.263 0.023 0.016 0.016 0.397 0.284 143 A 0.060 0.011 0.053 0.035 0.585 0.256 144 R 0.026 0.008 0.046 0.028 0.595 0.297 145 K 0.033 0.017 0.018 0.009 0.469 0.455 146 P 0.014 0.013 0.006 0.006 0.160 0.801 147 R 0.009 0.016 0.004 0.005 0.124 0.842 148 P 0.006 0.009 0.003 0.005 0.119 0.857 149 G 0.008 0.009 0.007 0.018 0.119 0.840 150 E 0.028 0.011 0.035 0.132 0.193 0.601 151 L 0.050 0.015 0.043 0.288 0.198 0.405 152 A 0.057 0.012 0.043 0.412 0.175 0.301 153 Y 0.079 0.012 0.068 0.476 0.152 0.212 154 K 0.074 0.008 0.107 0.456 0.179 0.177 155 E 0.071 0.009 0.092 0.451 0.163 0.213 156 E 0.066 0.012 0.042 0.366 0.139 0.374 157 A 0.036 0.007 0.011 0.133 0.112 0.700