# TARGET T0322 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.011 0.963 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.003 0.005 2 S 0.001 0.009 0.964 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.005 3 D 0.001 0.012 0.565 0.003 0.027 0.058 0.001 0.001 0.003 0.172 0.151 0.004 0.005 4 D 0.001 0.011 0.551 0.001 0.043 0.089 0.001 0.001 0.003 0.157 0.136 0.003 0.006 5 L 0.001 0.004 0.333 0.001 0.115 0.385 0.001 0.001 0.002 0.087 0.064 0.004 0.006 6 T 0.001 0.007 0.181 0.001 0.063 0.603 0.001 0.001 0.002 0.056 0.072 0.004 0.010 7 D 0.003 0.009 0.102 0.001 0.066 0.691 0.001 0.001 0.003 0.042 0.070 0.005 0.008 8 A 0.002 0.006 0.068 0.001 0.040 0.783 0.001 0.001 0.002 0.021 0.069 0.003 0.006 9 Q 0.001 0.003 0.182 0.001 0.043 0.692 0.001 0.001 0.001 0.033 0.031 0.004 0.008 10 T 0.002 0.006 0.055 0.001 0.152 0.689 0.001 0.001 0.001 0.013 0.066 0.002 0.012 11 A 0.001 0.002 0.048 0.001 0.128 0.587 0.001 0.001 0.001 0.037 0.189 0.004 0.003 12 A 0.001 0.002 0.037 0.001 0.161 0.494 0.001 0.001 0.001 0.022 0.279 0.001 0.002 13 I 0.001 0.008 0.389 0.001 0.042 0.244 0.001 0.001 0.003 0.238 0.065 0.006 0.004 14 P 0.001 0.005 0.299 0.001 0.185 0.213 0.001 0.001 0.001 0.050 0.242 0.001 0.005 15 E 0.001 0.004 0.074 0.001 0.205 0.214 0.001 0.001 0.001 0.090 0.408 0.001 0.002 16 G 0.001 0.009 0.091 0.001 0.211 0.190 0.001 0.001 0.002 0.071 0.421 0.001 0.003 17 F 0.001 0.018 0.424 0.002 0.106 0.171 0.001 0.001 0.004 0.189 0.072 0.005 0.010 18 S 0.001 0.008 0.140 0.002 0.291 0.276 0.001 0.001 0.002 0.061 0.212 0.003 0.005 19 Q 0.001 0.006 0.070 0.001 0.330 0.288 0.001 0.001 0.004 0.067 0.221 0.003 0.008 20 L 0.001 0.016 0.093 0.002 0.216 0.380 0.001 0.001 0.007 0.075 0.197 0.004 0.008 21 N 0.001 0.017 0.173 0.003 0.108 0.283 0.001 0.001 0.006 0.067 0.320 0.009 0.010 22 W 0.003 0.015 0.259 0.002 0.063 0.243 0.001 0.001 0.005 0.118 0.266 0.008 0.016 23 S 0.001 0.016 0.411 0.002 0.043 0.179 0.001 0.001 0.007 0.192 0.125 0.008 0.013 24 R 0.001 0.009 0.191 0.002 0.070 0.239 0.001 0.001 0.003 0.257 0.213 0.008 0.007 25 G 0.002 0.015 0.207 0.002 0.094 0.239 0.001 0.001 0.004 0.126 0.287 0.006 0.017 26 F 0.005 0.029 0.214 0.004 0.135 0.335 0.001 0.002 0.012 0.081 0.141 0.015 0.026 27 G 0.007 0.015 0.220 0.008 0.203 0.281 0.001 0.001 0.007 0.097 0.116 0.016 0.028 28 R 0.012 0.009 0.165 0.007 0.184 0.266 0.003 0.002 0.012 0.095 0.171 0.033 0.041 29 Q 0.016 0.031 0.167 0.006 0.170 0.201 0.006 0.002 0.012 0.085 0.226 0.020 0.058 30 I 0.009 0.024 0.354 0.008 0.056 0.113 0.003 0.001 0.012 0.202 0.123 0.035 0.059 31 G 0.003 0.010 0.406 0.034 0.051 0.058 0.001 0.001 0.006 0.194 0.175 0.031 0.030 32 P 0.004 0.006 0.336 0.017 0.084 0.055 0.001 0.001 0.010 0.207 0.205 0.018 0.056 33 L 0.025 0.010 0.469 0.023 0.031 0.023 0.005 0.001 0.023 0.125 0.040 0.059 0.165 34 F 0.039 0.025 0.248 0.002 0.008 0.010 0.008 0.001 0.051 0.020 0.007 0.448 0.132 35 E 0.042 0.019 0.175 0.008 0.008 0.010 0.008 0.001 0.033 0.010 0.005 0.034 0.646 36 H 0.055 0.005 0.267 0.220 0.014 0.010 0.011 0.001 0.024 0.035 0.013 0.209 0.137 37 R 0.032 0.009 0.160 0.006 0.012 0.007 0.008 0.001 0.018 0.065 0.026 0.240 0.417 38 E 0.015 0.025 0.232 0.014 0.013 0.006 0.005 0.001 0.006 0.119 0.062 0.046 0.457 39 G 0.002 0.014 0.386 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.236 0.053 0.235 0.035 40 P 0.001 0.001 0.082 0.015 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.213 0.643 0.001 0.023 41 G 0.018 0.001 0.135 0.020 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.511 0.060 0.026 42 Q 0.331 0.006 0.081 0.002 0.002 0.001 0.023 0.001 0.003 0.029 0.009 0.117 0.397 43 A 0.646 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.002 0.003 0.001 0.184 0.103 44 R 0.741 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.059 0.001 0.002 0.001 0.001 0.065 0.120 45 L 0.685 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.060 0.001 0.002 0.001 0.001 0.160 0.080 46 A 0.700 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.061 0.001 0.004 0.002 0.001 0.042 0.176 47 F 0.321 0.001 0.038 0.004 0.001 0.001 0.038 0.001 0.017 0.009 0.001 0.509 0.062 48 R 0.143 0.006 0.170 0.003 0.001 0.001 0.026 0.001 0.049 0.008 0.002 0.041 0.548 49 V 0.122 0.048 0.297 0.048 0.006 0.005 0.025 0.002 0.038 0.022 0.012 0.132 0.245 50 E 0.026 0.021 0.471 0.024 0.014 0.009 0.003 0.001 0.018 0.077 0.018 0.173 0.147 51 E 0.011 0.006 0.182 0.011 0.221 0.058 0.002 0.001 0.006 0.126 0.222 0.017 0.137 52 H 0.010 0.008 0.121 0.008 0.197 0.090 0.002 0.001 0.003 0.097 0.382 0.055 0.026 53 H 0.008 0.032 0.251 0.008 0.130 0.098 0.001 0.001 0.004 0.156 0.235 0.016 0.060 54 T 0.008 0.068 0.278 0.005 0.041 0.097 0.002 0.001 0.005 0.199 0.206 0.037 0.053 55 N 0.002 0.014 0.355 0.009 0.028 0.037 0.001 0.001 0.002 0.172 0.346 0.012 0.022 56 G 0.002 0.007 0.214 0.003 0.041 0.022 0.001 0.001 0.001 0.284 0.405 0.007 0.013 57 L 0.006 0.020 0.184 0.003 0.041 0.034 0.001 0.001 0.004 0.257 0.404 0.020 0.026 58 G 0.013 0.027 0.249 0.004 0.031 0.027 0.002 0.002 0.008 0.300 0.242 0.046 0.050 59 N 0.026 0.054 0.416 0.009 0.015 0.027 0.007 0.003 0.019 0.192 0.063 0.041 0.128 60 C 0.034 0.122 0.295 0.006 0.011 0.059 0.011 0.003 0.021 0.152 0.038 0.121 0.128 61 H 0.006 0.036 0.396 0.005 0.014 0.226 0.002 0.001 0.014 0.151 0.070 0.023 0.056 62 G 0.002 0.002 0.074 0.001 0.012 0.784 0.001 0.001 0.002 0.042 0.071 0.002 0.006 63 G 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 64 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 70 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 74 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 76 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 78 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.901 0.001 0.001 0.001 0.006 0.073 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.024 0.001 0.019 0.762 0.001 0.001 0.001 0.033 0.154 0.001 0.004 80 Q 0.002 0.008 0.169 0.001 0.038 0.409 0.001 0.001 0.002 0.114 0.241 0.005 0.011 81 K 0.001 0.009 0.204 0.004 0.037 0.121 0.001 0.001 0.002 0.159 0.448 0.005 0.010 82 S 0.001 0.005 0.310 0.008 0.032 0.024 0.001 0.001 0.001 0.204 0.399 0.005 0.011 83 Y 0.001 0.009 0.458 0.007 0.022 0.012 0.001 0.001 0.004 0.350 0.088 0.023 0.024 84 S 0.005 0.013 0.529 0.018 0.015 0.008 0.002 0.001 0.010 0.202 0.077 0.027 0.093 85 W 0.047 0.030 0.326 0.021 0.012 0.008 0.016 0.003 0.035 0.085 0.031 0.118 0.268 86 V 0.204 0.025 0.145 0.026 0.006 0.004 0.055 0.006 0.037 0.029 0.012 0.236 0.215 87 T 0.296 0.005 0.067 0.013 0.005 0.005 0.058 0.015 0.044 0.014 0.009 0.114 0.356 88 V 0.516 0.001 0.058 0.084 0.003 0.003 0.053 0.008 0.022 0.016 0.010 0.130 0.098 89 R 0.684 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.068 0.008 0.016 0.007 0.001 0.087 0.112 90 L 0.735 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.054 0.006 0.010 0.002 0.001 0.084 0.094 91 M 0.714 0.001 0.013 0.004 0.001 0.002 0.075 0.006 0.012 0.002 0.001 0.073 0.097 92 C 0.620 0.001 0.024 0.011 0.001 0.002 0.067 0.007 0.014 0.005 0.002 0.095 0.150 93 D 0.457 0.003 0.056 0.031 0.004 0.002 0.053 0.011 0.028 0.016 0.010 0.210 0.118 94 F 0.228 0.008 0.120 0.014 0.019 0.006 0.045 0.010 0.062 0.040 0.032 0.085 0.331 95 L 0.097 0.023 0.218 0.148 0.024 0.010 0.026 0.004 0.075 0.107 0.049 0.046 0.174 96 S 0.007 0.017 0.257 0.022 0.013 0.009 0.005 0.003 0.102 0.284 0.039 0.199 0.041 97 G 0.004 0.014 0.468 0.043 0.008 0.003 0.004 0.002 0.042 0.139 0.081 0.006 0.187 98 A 0.003 0.032 0.696 0.015 0.002 0.001 0.003 0.002 0.036 0.060 0.010 0.115 0.024 99 K 0.001 0.039 0.755 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.072 0.006 0.021 0.079 100 L 0.001 0.005 0.047 0.011 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.085 0.813 0.002 0.005 101 G 0.001 0.001 0.029 0.082 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.803 0.001 0.001 102 D 0.006 0.012 0.647 0.010 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.134 0.023 0.098 0.060 103 W 0.054 0.017 0.172 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.006 0.017 0.006 0.022 0.679 104 V 0.336 0.002 0.049 0.008 0.001 0.001 0.046 0.001 0.004 0.003 0.002 0.483 0.066 105 E 0.689 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.002 0.002 0.001 0.043 0.201 106 G 0.666 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.239 0.055 107 E 0.711 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 0.206 108 G 0.702 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.136 0.130 109 E 0.681 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.209 0.081 110 L 0.276 0.003 0.023 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.038 0.640 111 I 0.232 0.002 0.074 0.408 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.007 0.003 0.122 0.140 112 S 0.168 0.007 0.048 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.024 0.011 0.208 0.517 113 E 0.064 0.012 0.061 0.009 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.097 0.086 0.173 0.479 114 E 0.009 0.002 0.084 0.052 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.494 0.108 0.049 115 D 0.014 0.001 0.061 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.560 0.023 0.082 116 M 0.230 0.002 0.104 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.057 0.038 0.353 0.202 117 L 0.523 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 0.405 118 F 0.768 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.039 119 T 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.138 120 V 0.719 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.056 121 R 0.821 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.123 122 G 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.033 123 R 0.899 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.059 124 I 0.750 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.089 0.129 125 W 0.646 0.002 0.031 0.025 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.016 0.028 0.033 0.200 126 A 0.242 0.007 0.026 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.054 0.075 0.504 0.081 127 G 0.005 0.001 0.040 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.709 0.014 0.046 128 E 0.012 0.001 0.093 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.320 0.502 0.012 0.040 129 R 0.109 0.006 0.034 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 0.007 0.710 0.096 130 T 0.139 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.805 131 L 0.342 0.001 0.024 0.329 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.081 132 I 0.700 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.175 133 T 0.827 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.103 134 G 0.747 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.050 135 T 0.862 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.107 136 G 0.875 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.025 137 V 0.888 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.056 138 F 0.818 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 0.119 139 K 0.756 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 0.032 0.001 0.005 0.003 0.002 0.132 0.048 140 A 0.324 0.010 0.050 0.003 0.001 0.001 0.027 0.001 0.023 0.011 0.002 0.087 0.460 141 L 0.118 0.028 0.284 0.041 0.005 0.002 0.010 0.001 0.028 0.035 0.017 0.133 0.298 142 S 0.025 0.035 0.412 0.013 0.021 0.004 0.003 0.001 0.012 0.113 0.103 0.064 0.196 143 A 0.003 0.006 0.128 0.003 0.055 0.007 0.001 0.001 0.001 0.161 0.590 0.019 0.027 144 R 0.001 0.004 0.206 0.002 0.045 0.004 0.001 0.001 0.001 0.196 0.525 0.006 0.009 145 K 0.001 0.008 0.455 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.472 0.036 0.012 0.007 146 P 0.001 0.015 0.652 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.221 0.076 0.002 0.023 147 R 0.001 0.030 0.688 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.217 0.038 0.007 0.004 148 P 0.001 0.012 0.734 0.001 0.011 0.034 0.001 0.001 0.001 0.140 0.061 0.001 0.005 149 G 0.001 0.010 0.628 0.001 0.030 0.135 0.001 0.001 0.002 0.087 0.097 0.004 0.005 150 E 0.002 0.026 0.388 0.002 0.049 0.346 0.001 0.001 0.005 0.093 0.055 0.011 0.021 151 L 0.005 0.013 0.343 0.002 0.059 0.454 0.001 0.001 0.008 0.044 0.028 0.017 0.025 152 A 0.018 0.011 0.181 0.002 0.049 0.555 0.006 0.001 0.011 0.041 0.032 0.045 0.048 153 Y 0.039 0.012 0.182 0.004 0.056 0.515 0.005 0.001 0.004 0.038 0.036 0.039 0.068 154 K 0.027 0.011 0.214 0.006 0.058 0.482 0.005 0.001 0.004 0.041 0.064 0.029 0.059 155 E 0.009 0.005 0.187 0.003 0.045 0.438 0.002 0.001 0.001 0.073 0.190 0.023 0.025 156 E 0.002 0.004 0.361 0.001 0.023 0.355 0.001 0.001 0.001 0.048 0.188 0.004 0.013 157 A 0.001 0.002 0.918 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.021 0.011 0.002 0.003