# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.041 0.020 0.045 0.056 0.087 0.169 0.162 0.154 0.125 0.098 2 S 0.308 0.211 0.077 0.167 0.112 0.059 0.033 0.017 0.010 0.004 0.002 3 D 0.237 0.097 0.090 0.125 0.096 0.087 0.095 0.058 0.056 0.037 0.022 4 D 0.177 0.226 0.074 0.183 0.128 0.085 0.065 0.032 0.017 0.008 0.004 5 L 0.027 0.036 0.020 0.050 0.056 0.089 0.181 0.165 0.170 0.123 0.084 6 T 0.196 0.138 0.132 0.192 0.140 0.088 0.059 0.027 0.016 0.008 0.004 7 D 0.249 0.140 0.176 0.207 0.106 0.060 0.035 0.015 0.008 0.003 0.001 8 A 0.029 0.038 0.038 0.061 0.069 0.094 0.183 0.154 0.145 0.112 0.075 9 Q 0.038 0.078 0.055 0.104 0.105 0.133 0.191 0.126 0.092 0.051 0.027 10 T 0.077 0.078 0.235 0.226 0.166 0.103 0.064 0.023 0.015 0.009 0.003 11 A 0.205 0.087 0.273 0.185 0.099 0.069 0.050 0.017 0.008 0.004 0.001 12 A 0.037 0.051 0.054 0.105 0.086 0.103 0.200 0.150 0.109 0.069 0.036 13 I 0.007 0.011 0.011 0.013 0.025 0.061 0.175 0.222 0.197 0.161 0.117 14 P 0.143 0.172 0.261 0.232 0.117 0.047 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 15 E 0.273 0.131 0.193 0.142 0.103 0.077 0.044 0.019 0.012 0.005 0.002 16 G 0.135 0.119 0.041 0.118 0.107 0.102 0.139 0.100 0.075 0.040 0.023 17 F 0.019 0.018 0.010 0.030 0.041 0.085 0.201 0.175 0.178 0.132 0.112 18 S 0.101 0.123 0.266 0.233 0.130 0.067 0.039 0.018 0.012 0.007 0.004 19 Q 0.046 0.058 0.132 0.186 0.147 0.135 0.146 0.069 0.042 0.027 0.013 20 L 0.013 0.010 0.015 0.025 0.033 0.054 0.142 0.157 0.208 0.193 0.152 21 N 0.072 0.076 0.078 0.140 0.111 0.111 0.146 0.098 0.080 0.052 0.035 22 W 0.045 0.091 0.117 0.158 0.134 0.118 0.126 0.078 0.060 0.045 0.028 23 S 0.101 0.095 0.064 0.111 0.113 0.122 0.143 0.095 0.076 0.049 0.031 24 R 0.231 0.126 0.054 0.154 0.119 0.099 0.090 0.050 0.041 0.023 0.013 25 G 0.224 0.142 0.079 0.140 0.118 0.094 0.079 0.050 0.039 0.022 0.011 26 F 0.026 0.031 0.019 0.058 0.067 0.088 0.165 0.148 0.150 0.129 0.117 27 G 0.054 0.050 0.048 0.086 0.093 0.108 0.156 0.119 0.124 0.092 0.070 28 R 0.078 0.081 0.129 0.212 0.138 0.101 0.102 0.052 0.046 0.036 0.026 29 Q 0.047 0.061 0.050 0.102 0.102 0.116 0.176 0.117 0.100 0.078 0.052 30 I 0.037 0.045 0.020 0.065 0.067 0.084 0.154 0.151 0.152 0.127 0.097 31 G 0.155 0.122 0.062 0.131 0.119 0.109 0.106 0.072 0.060 0.038 0.024 32 P 0.223 0.165 0.094 0.180 0.133 0.083 0.053 0.029 0.022 0.012 0.006 33 L 0.057 0.045 0.025 0.068 0.081 0.099 0.170 0.128 0.136 0.109 0.083 34 F 0.065 0.064 0.035 0.114 0.105 0.105 0.164 0.113 0.103 0.076 0.056 35 E 0.073 0.064 0.097 0.156 0.126 0.109 0.136 0.076 0.072 0.055 0.036 36 H 0.085 0.071 0.118 0.161 0.123 0.106 0.136 0.066 0.058 0.046 0.031 37 R 0.097 0.095 0.058 0.145 0.116 0.108 0.159 0.092 0.065 0.042 0.023 38 E 0.121 0.104 0.051 0.099 0.090 0.090 0.135 0.111 0.085 0.066 0.049 39 G 0.320 0.291 0.058 0.130 0.086 0.050 0.031 0.018 0.009 0.004 0.002 40 P 0.487 0.180 0.054 0.102 0.079 0.045 0.023 0.014 0.010 0.005 0.002 41 G 0.364 0.157 0.038 0.096 0.100 0.082 0.069 0.041 0.032 0.015 0.008 42 Q 0.141 0.154 0.056 0.215 0.174 0.110 0.070 0.042 0.024 0.010 0.004 43 A 0.004 0.004 0.006 0.009 0.015 0.033 0.099 0.165 0.221 0.239 0.205 44 R 0.026 0.076 0.095 0.265 0.214 0.138 0.093 0.051 0.023 0.012 0.007 45 L 0.002 0.005 0.018 0.016 0.018 0.031 0.087 0.120 0.220 0.280 0.204 46 A 0.029 0.049 0.046 0.157 0.209 0.182 0.157 0.084 0.048 0.028 0.013 47 F 0.040 0.030 0.048 0.068 0.057 0.084 0.159 0.132 0.170 0.139 0.075 48 R 0.077 0.132 0.077 0.244 0.183 0.122 0.090 0.043 0.019 0.010 0.004 49 V 0.007 0.009 0.007 0.010 0.014 0.032 0.108 0.165 0.222 0.233 0.193 50 E 0.147 0.183 0.076 0.210 0.159 0.096 0.064 0.031 0.018 0.010 0.007 51 E 0.284 0.151 0.129 0.166 0.106 0.068 0.045 0.020 0.017 0.010 0.004 52 H 0.213 0.113 0.065 0.150 0.124 0.100 0.102 0.051 0.041 0.026 0.015 53 H 0.056 0.058 0.023 0.078 0.074 0.100 0.193 0.142 0.124 0.089 0.063 54 T 0.056 0.068 0.060 0.097 0.091 0.098 0.129 0.126 0.109 0.095 0.071 55 N 0.114 0.137 0.112 0.169 0.133 0.112 0.087 0.056 0.039 0.024 0.017 56 G 0.119 0.111 0.053 0.118 0.117 0.112 0.110 0.085 0.083 0.057 0.036 57 L 0.068 0.053 0.016 0.081 0.091 0.108 0.148 0.117 0.129 0.101 0.086 58 G 0.077 0.066 0.036 0.105 0.099 0.105 0.133 0.097 0.121 0.090 0.070 59 N 0.021 0.037 0.031 0.118 0.112 0.115 0.164 0.116 0.107 0.097 0.080 60 C 0.006 0.009 0.011 0.027 0.030 0.047 0.112 0.127 0.184 0.222 0.226 61 H 0.006 0.016 0.014 0.056 0.079 0.100 0.171 0.153 0.152 0.139 0.114 62 G 0.004 0.011 0.012 0.047 0.065 0.095 0.162 0.139 0.179 0.155 0.130 63 G 0.005 0.005 0.007 0.034 0.048 0.074 0.160 0.145 0.199 0.172 0.151 64 M 0.001 0.003 0.004 0.030 0.057 0.073 0.203 0.207 0.171 0.144 0.106 65 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.024 0.067 0.199 0.300 0.398 66 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.014 0.053 0.115 0.255 0.273 0.278 67 S 0.003 0.008 0.054 0.099 0.150 0.153 0.219 0.148 0.089 0.049 0.027 68 F 0.001 0.001 0.005 0.012 0.023 0.047 0.154 0.184 0.218 0.194 0.161 69 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.011 0.052 0.101 0.238 0.287 0.301 70 D 0.011 0.019 0.052 0.110 0.133 0.157 0.224 0.113 0.087 0.059 0.034 71 M 0.006 0.017 0.046 0.115 0.137 0.182 0.244 0.116 0.067 0.042 0.026 72 A 0.001 0.002 0.004 0.006 0.008 0.016 0.071 0.106 0.213 0.275 0.298 73 W 0.003 0.007 0.008 0.028 0.045 0.078 0.184 0.184 0.179 0.157 0.126 74 G 0.005 0.011 0.036 0.059 0.074 0.102 0.165 0.128 0.166 0.135 0.118 75 R 0.003 0.007 0.011 0.053 0.095 0.138 0.271 0.166 0.119 0.079 0.058 76 I 0.001 0.001 0.003 0.007 0.009 0.012 0.050 0.096 0.217 0.296 0.309 77 I 0.001 0.001 0.005 0.009 0.015 0.024 0.089 0.130 0.227 0.246 0.252 78 S 0.009 0.015 0.071 0.071 0.090 0.097 0.165 0.131 0.147 0.115 0.089 79 L 0.009 0.021 0.043 0.080 0.097 0.132 0.238 0.135 0.115 0.076 0.053 80 Q 0.043 0.050 0.049 0.081 0.075 0.089 0.177 0.136 0.128 0.101 0.072 81 K 0.103 0.107 0.044 0.137 0.114 0.116 0.162 0.090 0.060 0.040 0.026 82 S 0.300 0.199 0.092 0.150 0.102 0.067 0.043 0.022 0.015 0.007 0.004 83 Y 0.106 0.084 0.041 0.117 0.131 0.135 0.154 0.082 0.070 0.048 0.031 84 S 0.101 0.104 0.052 0.155 0.152 0.138 0.127 0.071 0.057 0.029 0.014 85 W 0.006 0.007 0.013 0.038 0.048 0.072 0.163 0.155 0.170 0.171 0.160 86 V 0.004 0.012 0.014 0.048 0.070 0.093 0.201 0.216 0.142 0.113 0.087 87 T 0.001 0.003 0.011 0.022 0.022 0.023 0.061 0.099 0.183 0.254 0.322 88 V 0.004 0.005 0.011 0.017 0.032 0.045 0.116 0.156 0.218 0.237 0.160 89 R 0.025 0.055 0.044 0.211 0.249 0.160 0.101 0.076 0.047 0.023 0.009 90 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.022 0.076 0.144 0.252 0.273 0.220 91 M 0.048 0.134 0.032 0.234 0.212 0.127 0.083 0.073 0.033 0.016 0.008 92 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.047 0.111 0.230 0.298 0.293 93 D 0.109 0.174 0.072 0.288 0.193 0.089 0.042 0.018 0.009 0.004 0.003 94 F 0.006 0.011 0.008 0.029 0.027 0.041 0.132 0.110 0.201 0.237 0.197 95 L 0.049 0.048 0.029 0.094 0.103 0.096 0.150 0.111 0.109 0.112 0.100 96 S 0.076 0.094 0.050 0.179 0.121 0.123 0.162 0.078 0.062 0.037 0.020 97 G 0.172 0.142 0.116 0.173 0.137 0.092 0.062 0.046 0.032 0.020 0.009 98 A 0.027 0.016 0.007 0.019 0.029 0.057 0.140 0.159 0.203 0.176 0.166 99 K 0.191 0.223 0.083 0.189 0.121 0.073 0.052 0.030 0.021 0.011 0.008 100 L 0.024 0.042 0.025 0.074 0.077 0.093 0.171 0.131 0.129 0.127 0.107 101 G 0.159 0.131 0.060 0.165 0.145 0.114 0.090 0.052 0.042 0.025 0.019 102 D 0.063 0.063 0.031 0.131 0.112 0.116 0.167 0.104 0.102 0.071 0.039 103 W 0.026 0.043 0.030 0.149 0.159 0.134 0.152 0.109 0.084 0.067 0.048 104 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 0.059 0.112 0.246 0.299 0.256 105 E 0.015 0.042 0.047 0.215 0.243 0.166 0.121 0.081 0.037 0.021 0.012 106 G 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.011 0.039 0.091 0.217 0.325 0.305 107 E 0.020 0.048 0.024 0.148 0.206 0.174 0.154 0.120 0.061 0.029 0.017 108 G 0.003 0.002 0.004 0.005 0.008 0.017 0.058 0.099 0.246 0.290 0.267 109 E 0.069 0.097 0.056 0.250 0.226 0.141 0.097 0.035 0.017 0.008 0.004 110 L 0.015 0.016 0.020 0.035 0.030 0.043 0.130 0.125 0.209 0.213 0.163 111 I 0.067 0.072 0.050 0.117 0.117 0.118 0.180 0.105 0.075 0.056 0.043 112 S 0.176 0.198 0.115 0.185 0.108 0.079 0.072 0.033 0.021 0.010 0.005 113 E 0.235 0.160 0.119 0.153 0.114 0.082 0.067 0.032 0.021 0.012 0.007 114 E 0.353 0.189 0.060 0.133 0.092 0.067 0.058 0.025 0.015 0.006 0.003 115 D 0.293 0.140 0.113 0.151 0.101 0.072 0.058 0.029 0.023 0.013 0.006 116 M 0.080 0.092 0.085 0.138 0.130 0.135 0.162 0.081 0.050 0.030 0.016 117 L 0.053 0.082 0.121 0.181 0.147 0.123 0.116 0.077 0.052 0.032 0.018 118 F 0.009 0.012 0.019 0.029 0.043 0.081 0.171 0.190 0.176 0.162 0.109 119 T 0.051 0.106 0.098 0.266 0.199 0.124 0.072 0.043 0.023 0.012 0.006 120 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.020 0.068 0.109 0.219 0.306 0.258 121 R 0.025 0.055 0.029 0.184 0.220 0.169 0.132 0.091 0.051 0.028 0.016 122 G 0.002 0.002 0.004 0.007 0.010 0.023 0.077 0.117 0.250 0.284 0.225 123 R 0.029 0.040 0.044 0.209 0.216 0.151 0.150 0.078 0.042 0.025 0.017 124 I 0.002 0.002 0.005 0.005 0.005 0.008 0.040 0.065 0.210 0.312 0.348 125 W 0.034 0.063 0.043 0.121 0.142 0.130 0.191 0.120 0.068 0.049 0.040 126 A 0.104 0.167 0.072 0.139 0.096 0.088 0.121 0.086 0.061 0.039 0.026 127 G 0.402 0.246 0.049 0.119 0.092 0.048 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 128 E 0.661 0.158 0.024 0.058 0.043 0.026 0.014 0.007 0.006 0.002 0.001 129 R 0.306 0.111 0.042 0.137 0.130 0.102 0.078 0.037 0.032 0.015 0.009 130 T 0.020 0.032 0.031 0.084 0.105 0.133 0.241 0.146 0.101 0.065 0.042 131 L 0.004 0.011 0.051 0.068 0.060 0.066 0.131 0.151 0.148 0.160 0.151 132 I 0.002 0.003 0.018 0.014 0.024 0.050 0.123 0.187 0.202 0.213 0.163 133 T 0.016 0.049 0.081 0.178 0.187 0.154 0.120 0.095 0.063 0.037 0.021 134 G 0.003 0.004 0.005 0.010 0.017 0.039 0.104 0.132 0.236 0.247 0.204 135 T 0.065 0.081 0.034 0.179 0.171 0.135 0.125 0.086 0.064 0.038 0.022 136 G 0.007 0.009 0.009 0.023 0.030 0.054 0.137 0.147 0.207 0.209 0.169 137 V 0.023 0.047 0.032 0.128 0.132 0.129 0.163 0.123 0.097 0.069 0.056 138 F 0.006 0.006 0.009 0.019 0.025 0.041 0.115 0.125 0.216 0.233 0.206 139 K 0.043 0.054 0.067 0.178 0.159 0.125 0.154 0.081 0.062 0.045 0.031 140 A 0.020 0.027 0.035 0.073 0.064 0.075 0.167 0.133 0.159 0.143 0.104 141 L 0.026 0.032 0.025 0.061 0.076 0.094 0.187 0.153 0.141 0.118 0.088 142 S 0.163 0.162 0.102 0.193 0.125 0.082 0.079 0.040 0.028 0.017 0.009 143 A 0.220 0.131 0.087 0.168 0.135 0.093 0.081 0.037 0.025 0.015 0.007 144 R 0.380 0.144 0.070 0.117 0.090 0.064 0.063 0.031 0.023 0.012 0.006 145 K 0.272 0.145 0.066 0.150 0.107 0.082 0.087 0.042 0.027 0.014 0.008 146 P 0.238 0.169 0.106 0.128 0.103 0.079 0.077 0.046 0.028 0.016 0.010 147 R 0.263 0.214 0.085 0.144 0.098 0.068 0.058 0.037 0.018 0.009 0.005 148 P 0.394 0.214 0.062 0.099 0.083 0.060 0.037 0.026 0.015 0.006 0.003 149 G 0.496 0.202 0.054 0.092 0.066 0.041 0.022 0.013 0.009 0.003 0.002 150 E 0.347 0.175 0.057 0.142 0.108 0.073 0.049 0.024 0.016 0.006 0.003 151 L 0.139 0.097 0.069 0.123 0.106 0.107 0.133 0.089 0.072 0.041 0.024 152 A 0.084 0.111 0.138 0.201 0.132 0.110 0.109 0.054 0.034 0.018 0.009 153 Y 0.048 0.065 0.164 0.148 0.116 0.123 0.148 0.076 0.056 0.037 0.019 154 K 0.090 0.109 0.202 0.209 0.133 0.102 0.090 0.034 0.019 0.010 0.004 155 E 0.126 0.115 0.165 0.182 0.120 0.106 0.103 0.043 0.024 0.012 0.004 156 E 0.188 0.127 0.166 0.147 0.105 0.092 0.088 0.044 0.025 0.013 0.005 157 A 0.210 0.149 0.172 0.152 0.106 0.084 0.067 0.032 0.017 0.008 0.003