# TARGET T0322 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.330 0.192 0.021 0.192 0.011 0.020 0.060 0.029 0.038 0.031 2 S 0.145 0.248 0.089 0.012 0.301 0.009 0.019 0.063 0.028 0.034 0.052 3 D 0.031 0.121 0.049 0.009 0.082 0.015 0.029 0.270 0.275 0.097 0.023 4 D 0.113 0.100 0.051 0.005 0.139 0.006 0.024 0.206 0.107 0.178 0.071 5 L 0.031 0.092 0.024 0.003 0.066 0.002 0.009 0.454 0.204 0.104 0.012 6 T 0.010 0.053 0.020 0.004 0.029 0.007 0.023 0.656 0.151 0.039 0.006 7 D 0.013 0.028 0.012 0.003 0.030 0.004 0.021 0.705 0.129 0.043 0.011 8 A 0.015 0.028 0.015 0.003 0.022 0.004 0.012 0.711 0.135 0.048 0.008 9 Q 0.009 0.028 0.014 0.004 0.020 0.003 0.009 0.672 0.174 0.060 0.007 10 T 0.006 0.029 0.012 0.005 0.017 0.011 0.041 0.630 0.214 0.032 0.004 11 A 0.006 0.028 0.012 0.005 0.017 0.006 0.086 0.612 0.140 0.076 0.010 12 A 0.025 0.048 0.024 0.005 0.047 0.017 0.126 0.274 0.181 0.231 0.023 13 I 0.062 0.360 0.219 0.011 0.127 0.003 0.010 0.103 0.045 0.026 0.033 14 P 0.009 0.204 0.098 0.017 0.047 0.018 0.040 0.352 0.190 0.020 0.005 15 E 0.009 0.083 0.041 0.012 0.028 0.028 0.141 0.383 0.206 0.059 0.010 16 G 0.025 0.023 0.013 0.009 0.017 0.008 0.026 0.140 0.127 0.533 0.079 17 F 0.087 0.128 0.036 0.009 0.150 0.008 0.018 0.251 0.158 0.102 0.053 18 S 0.019 0.053 0.024 0.015 0.042 0.042 0.111 0.439 0.213 0.029 0.012 19 Q 0.055 0.055 0.022 0.007 0.088 0.006 0.047 0.386 0.186 0.121 0.027 20 L 0.064 0.205 0.063 0.015 0.167 0.025 0.059 0.209 0.090 0.067 0.037 21 N 0.131 0.086 0.031 0.011 0.167 0.008 0.025 0.149 0.063 0.171 0.159 22 W 0.075 0.112 0.031 0.006 0.100 0.009 0.027 0.230 0.208 0.155 0.047 23 S 0.047 0.149 0.088 0.025 0.103 0.021 0.053 0.228 0.117 0.139 0.030 24 R 0.025 0.209 0.158 0.049 0.078 0.032 0.083 0.235 0.086 0.032 0.013 25 G 0.033 0.049 0.057 0.065 0.033 0.028 0.040 0.323 0.103 0.196 0.072 26 F 0.029 0.070 0.020 0.013 0.048 0.018 0.033 0.341 0.246 0.157 0.024 27 G 0.031 0.060 0.032 0.027 0.066 0.022 0.021 0.416 0.223 0.074 0.026 28 R 0.029 0.067 0.030 0.010 0.048 0.017 0.092 0.457 0.195 0.045 0.011 29 Q 0.055 0.035 0.020 0.011 0.055 0.028 0.201 0.311 0.087 0.166 0.031 30 I 0.083 0.249 0.115 0.053 0.122 0.020 0.035 0.073 0.060 0.136 0.055 31 G 0.009 0.050 0.154 0.428 0.015 0.155 0.022 0.047 0.032 0.071 0.018 32 P 0.078 0.192 0.082 0.032 0.160 0.012 0.033 0.125 0.094 0.151 0.040 33 L 0.213 0.137 0.037 0.007 0.223 0.012 0.030 0.082 0.079 0.089 0.090 34 F 0.062 0.375 0.104 0.010 0.323 0.007 0.013 0.043 0.030 0.020 0.012 35 E 0.472 0.042 0.010 0.003 0.292 0.005 0.020 0.032 0.022 0.023 0.080 36 H 0.126 0.185 0.052 0.024 0.306 0.050 0.059 0.068 0.045 0.048 0.037 37 R 0.302 0.117 0.039 0.005 0.389 0.005 0.011 0.033 0.015 0.036 0.048 38 E 0.175 0.158 0.080 0.133 0.147 0.052 0.048 0.055 0.030 0.061 0.060 39 G 0.006 0.026 0.229 0.625 0.012 0.081 0.005 0.006 0.003 0.004 0.003 40 P 0.004 0.017 0.014 0.165 0.007 0.230 0.419 0.111 0.022 0.008 0.003 41 G 0.017 0.042 0.043 0.120 0.020 0.036 0.016 0.027 0.044 0.557 0.077 42 Q 0.150 0.190 0.048 0.026 0.423 0.039 0.023 0.018 0.020 0.042 0.023 43 A 0.271 0.069 0.005 0.001 0.632 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 44 R 0.305 0.075 0.007 0.006 0.554 0.008 0.007 0.002 0.001 0.003 0.032 45 L 0.294 0.064 0.004 0.001 0.607 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 46 A 0.386 0.046 0.006 0.003 0.443 0.004 0.006 0.003 0.002 0.015 0.084 47 F 0.112 0.329 0.053 0.003 0.470 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.021 48 R 0.253 0.208 0.031 0.001 0.424 0.001 0.003 0.005 0.002 0.011 0.061 49 V 0.168 0.298 0.063 0.023 0.249 0.016 0.019 0.025 0.033 0.035 0.072 50 E 0.010 0.380 0.429 0.056 0.062 0.009 0.004 0.020 0.022 0.007 0.003 51 E 0.014 0.036 0.019 0.013 0.024 0.033 0.128 0.428 0.282 0.017 0.007 52 H 0.027 0.048 0.021 0.021 0.036 0.022 0.094 0.189 0.183 0.299 0.060 53 H 0.142 0.091 0.022 0.010 0.154 0.015 0.058 0.093 0.106 0.225 0.086 54 T 0.072 0.132 0.066 0.041 0.131 0.055 0.072 0.128 0.125 0.120 0.058 55 N 0.055 0.129 0.180 0.124 0.085 0.045 0.058 0.055 0.076 0.141 0.051 56 G 0.045 0.082 0.123 0.114 0.059 0.046 0.047 0.128 0.102 0.206 0.048 57 L 0.034 0.153 0.068 0.056 0.069 0.041 0.094 0.167 0.162 0.121 0.034 58 G 0.018 0.063 0.087 0.234 0.030 0.123 0.055 0.103 0.101 0.146 0.040 59 N 0.076 0.109 0.057 0.033 0.115 0.026 0.069 0.190 0.141 0.144 0.042 60 C 0.083 0.113 0.075 0.018 0.107 0.044 0.062 0.214 0.126 0.101 0.059 61 H 0.031 0.107 0.084 0.079 0.047 0.039 0.084 0.311 0.108 0.088 0.022 62 G 0.009 0.052 0.100 0.078 0.015 0.028 0.015 0.360 0.180 0.150 0.013 63 G 0.002 0.007 0.007 0.006 0.005 0.006 0.008 0.800 0.150 0.007 0.002 64 M 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.885 0.090 0.004 0.001 65 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.925 0.060 0.004 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.928 0.062 0.002 0.001 67 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.936 0.042 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.912 0.066 0.015 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.880 0.110 0.003 0.001 70 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.919 0.061 0.002 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.944 0.044 0.003 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.920 0.065 0.011 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.047 0.001 0.001 74 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.018 0.001 0.001 76 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.045 0.004 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.837 0.147 0.007 0.001 78 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.801 0.120 0.027 0.001 79 L 0.008 0.020 0.009 0.003 0.014 0.009 0.108 0.563 0.175 0.084 0.008 80 Q 0.064 0.060 0.026 0.015 0.067 0.018 0.069 0.276 0.189 0.174 0.042 81 K 0.024 0.169 0.068 0.036 0.066 0.053 0.125 0.249 0.146 0.050 0.014 82 S 0.053 0.062 0.047 0.027 0.061 0.020 0.051 0.102 0.143 0.346 0.088 83 Y 0.092 0.253 0.086 0.017 0.217 0.013 0.031 0.064 0.068 0.108 0.050 84 S 0.177 0.156 0.046 0.013 0.368 0.013 0.039 0.051 0.040 0.047 0.051 85 W 0.216 0.163 0.022 0.003 0.551 0.004 0.006 0.006 0.004 0.006 0.020 86 V 0.176 0.173 0.014 0.002 0.611 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.013 87 T 0.431 0.040 0.004 0.004 0.466 0.005 0.005 0.003 0.001 0.003 0.039 88 V 0.133 0.146 0.011 0.012 0.647 0.016 0.011 0.007 0.002 0.004 0.011 89 R 0.363 0.040 0.002 0.001 0.536 0.002 0.003 0.003 0.001 0.004 0.045 90 L 0.220 0.119 0.012 0.003 0.601 0.003 0.002 0.004 0.001 0.006 0.028 91 M 0.379 0.039 0.002 0.001 0.463 0.001 0.004 0.005 0.003 0.016 0.086 92 C 0.228 0.202 0.026 0.006 0.441 0.005 0.004 0.009 0.009 0.015 0.055 93 D 0.291 0.067 0.013 0.006 0.337 0.011 0.034 0.036 0.025 0.074 0.107 94 F 0.171 0.223 0.055 0.007 0.382 0.004 0.007 0.035 0.034 0.044 0.038 95 L 0.123 0.097 0.048 0.034 0.191 0.040 0.058 0.130 0.145 0.081 0.052 96 S 0.026 0.170 0.181 0.090 0.085 0.078 0.170 0.122 0.043 0.021 0.016 97 G 0.070 0.058 0.046 0.025 0.076 0.019 0.015 0.041 0.067 0.453 0.131 98 A 0.089 0.486 0.133 0.011 0.211 0.006 0.009 0.013 0.008 0.012 0.021 99 K 0.019 0.206 0.644 0.043 0.057 0.008 0.002 0.004 0.003 0.007 0.009 100 L 0.003 0.012 0.007 0.055 0.006 0.116 0.595 0.157 0.044 0.004 0.003 101 G 0.012 0.012 0.015 0.030 0.008 0.014 0.005 0.018 0.090 0.675 0.122 102 D 0.041 0.454 0.057 0.004 0.273 0.002 0.008 0.035 0.050 0.068 0.007 103 W 0.344 0.062 0.007 0.001 0.542 0.001 0.004 0.004 0.004 0.008 0.023 104 V 0.175 0.159 0.013 0.007 0.618 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.012 105 E 0.449 0.033 0.007 0.004 0.420 0.002 0.002 0.002 0.001 0.012 0.068 106 G 0.130 0.295 0.093 0.030 0.384 0.027 0.006 0.005 0.001 0.005 0.024 107 E 0.431 0.037 0.005 0.003 0.204 0.001 0.005 0.001 0.002 0.055 0.256 108 G 0.127 0.346 0.074 0.004 0.423 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 109 E 0.058 0.340 0.021 0.001 0.572 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 110 L 0.722 0.009 0.002 0.001 0.174 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.086 111 I 0.039 0.123 0.058 0.144 0.156 0.302 0.119 0.021 0.013 0.011 0.013 112 S 0.320 0.159 0.091 0.007 0.341 0.001 0.002 0.004 0.004 0.015 0.054 113 E 0.069 0.072 0.036 0.250 0.072 0.169 0.050 0.104 0.084 0.053 0.041 114 E 0.017 0.058 0.049 0.333 0.038 0.170 0.130 0.079 0.068 0.044 0.015 115 D 0.143 0.086 0.024 0.014 0.176 0.010 0.021 0.023 0.046 0.304 0.153 116 M 0.193 0.206 0.020 0.002 0.493 0.002 0.007 0.009 0.011 0.030 0.026 117 L 0.395 0.049 0.007 0.004 0.467 0.010 0.015 0.002 0.002 0.006 0.043 118 F 0.130 0.153 0.009 0.002 0.698 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 119 T 0.384 0.026 0.002 0.001 0.556 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 120 V 0.319 0.067 0.006 0.002 0.582 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 121 R 0.467 0.021 0.003 0.002 0.401 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.096 122 G 0.226 0.114 0.015 0.002 0.625 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 123 R 0.299 0.045 0.003 0.001 0.627 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 124 I 0.381 0.079 0.005 0.001 0.500 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 125 W 0.373 0.072 0.038 0.038 0.364 0.012 0.006 0.003 0.003 0.017 0.074 126 A 0.004 0.002 0.010 0.688 0.002 0.248 0.021 0.009 0.007 0.006 0.002 127 G 0.001 0.011 0.032 0.847 0.001 0.062 0.021 0.017 0.005 0.003 0.001 128 E 0.012 0.011 0.011 0.033 0.009 0.012 0.009 0.020 0.053 0.769 0.062 129 R 0.009 0.628 0.157 0.002 0.186 0.002 0.005 0.006 0.004 0.002 0.001 130 T 0.410 0.066 0.004 0.001 0.486 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 131 L 0.313 0.074 0.018 0.016 0.482 0.024 0.020 0.004 0.003 0.006 0.040 132 I 0.237 0.122 0.020 0.013 0.534 0.017 0.008 0.007 0.002 0.007 0.033 133 T 0.345 0.094 0.019 0.011 0.383 0.006 0.008 0.009 0.004 0.031 0.091 134 G 0.224 0.170 0.051 0.018 0.451 0.012 0.004 0.006 0.003 0.015 0.046 135 T 0.248 0.077 0.019 0.020 0.339 0.018 0.050 0.028 0.026 0.075 0.100 136 G 0.192 0.266 0.083 0.014 0.393 0.006 0.002 0.003 0.002 0.008 0.030 137 V 0.230 0.099 0.011 0.005 0.584 0.004 0.009 0.009 0.006 0.013 0.030 138 F 0.384 0.076 0.012 0.002 0.481 0.004 0.005 0.003 0.002 0.004 0.026 139 K 0.119 0.227 0.021 0.002 0.597 0.002 0.004 0.004 0.002 0.004 0.018 140 A 0.401 0.093 0.019 0.001 0.410 0.001 0.004 0.005 0.002 0.011 0.052 141 L 0.064 0.422 0.117 0.034 0.212 0.026 0.029 0.029 0.017 0.021 0.028 142 S 0.067 0.383 0.193 0.013 0.279 0.004 0.006 0.022 0.013 0.008 0.012 143 A 0.015 0.041 0.016 0.006 0.037 0.014 0.044 0.472 0.310 0.037 0.008 144 R 0.032 0.108 0.081 0.042 0.071 0.027 0.111 0.171 0.134 0.192 0.032 145 K 0.061 0.351 0.273 0.034 0.144 0.012 0.026 0.040 0.012 0.026 0.021 146 P 0.028 0.432 0.329 0.014 0.139 0.007 0.011 0.013 0.005 0.011 0.011 147 R 0.023 0.314 0.500 0.022 0.105 0.011 0.008 0.008 0.002 0.002 0.005 148 P 0.013 0.094 0.114 0.073 0.031 0.108 0.349 0.149 0.041 0.017 0.012 149 G 0.011 0.094 0.231 0.184 0.027 0.057 0.010 0.056 0.056 0.236 0.037 150 E 0.077 0.274 0.070 0.011 0.238 0.013 0.027 0.143 0.062 0.055 0.032 151 L 0.068 0.250 0.106 0.013 0.181 0.010 0.015 0.197 0.056 0.068 0.035 152 A 0.069 0.114 0.036 0.011 0.117 0.012 0.024 0.447 0.095 0.051 0.024 153 Y 0.044 0.063 0.023 0.009 0.062 0.008 0.017 0.541 0.125 0.086 0.022 154 K 0.029 0.045 0.014 0.005 0.045 0.007 0.022 0.626 0.147 0.044 0.017 155 E 0.019 0.052 0.020 0.006 0.042 0.010 0.042 0.623 0.139 0.037 0.009 156 E 0.045 0.060 0.024 0.007 0.067 0.010 0.050 0.484 0.144 0.086 0.023 157 A 0.048 0.118 0.045 0.011 0.089 0.017 0.049 0.395 0.128 0.079 0.021