; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (July 15, 2005) compiled 05/31/06_11:54:01 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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1dxy .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-d132k 1dxy .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-i126k 1dxy .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-p55ak 1dxy .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-d56ak 1dxy .....P.....A.....K.....-.....-.....-.....-.....-..... 1dxy .....P.....A.....K.....-.....-.....-.....-.....-..... 1dxy .....P.....A.....K.....-.....-.....-.....-.....-..... 1dxy .....P.....A.....K.....-.....-.....-.....-.....-..... 1dxy .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-s41ak 1dxy .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-l90ak 1dxy .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-l82ak 1dxy .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-k83ak 1fl2A .....R.....T.....K.....T.....A.....-.....-.....-..... 1fl2A .....G.....D.....C.....T.....T.....V.....P.....Yk27ta 1fl2A .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-a.... 1fl2A .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-kta.. 1fl2A 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.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-p36sr 1o4sA .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-v69sr 1o4sA .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-s172r 1o4sA .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-l171r 1o4sA .....I.....E.....D.....F.....L.....N.....S.....R..... 1o4sA .....I.....E.....D.....F.....L.....N.....S.....R..... 1o4sA .....G.....F.....V.....R.....L.....-.....-.....-s23sr 1o4sA .....F.....V.....R.....L.....S.....F.....A.....Ts19sr 1o4sA .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-k30sr 1o4sA .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-l31sr 1o4sA .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-s172r 1o4sA .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-l171r 1o4sA .....M.....T.....G.....W.....R.....V.....G.....Yl132r 1o4sA .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-k186r 1o4sA .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-t114r 1o4sA .....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-i111r 1o4sA 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