# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.070 0.016 0.007 0.030 0.097 0.780 2 E 0.115 0.013 0.010 0.058 0.089 0.714 3 D 0.159 0.025 0.020 0.075 0.134 0.588 4 R 0.100 0.021 0.023 0.090 0.175 0.591 5 M 0.057 0.012 0.019 0.098 0.197 0.616 6 N 0.018 0.005 0.027 0.213 0.237 0.500 7 D 0.013 0.006 0.046 0.361 0.251 0.324 8 P 0.012 0.006 0.090 0.643 0.171 0.077 9 F 0.033 0.008 0.111 0.585 0.184 0.080 10 I 0.061 0.005 0.135 0.532 0.183 0.085 11 M 0.111 0.006 0.117 0.508 0.163 0.096 12 S 0.159 0.016 0.083 0.484 0.143 0.116 13 Q 0.213 0.016 0.074 0.419 0.148 0.130 14 N 0.309 0.018 0.048 0.260 0.166 0.200 15 E 0.225 0.031 0.039 0.201 0.218 0.286 16 V 0.075 0.021 0.016 0.064 0.732 0.092 17 K 0.030 0.006 0.012 0.018 0.859 0.074 18 G 0.023 0.003 0.006 0.002 0.880 0.087 19 K 0.204 0.019 0.002 0.001 0.631 0.143 20 K 0.641 0.009 0.001 0.001 0.055 0.294 21 V 0.972 0.004 0.001 0.001 0.003 0.021 22 G 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 23 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 24 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 25 G 0.855 0.002 0.001 0.002 0.025 0.114 26 H 0.399 0.010 0.005 0.005 0.094 0.488 27 F 0.031 0.006 0.006 0.004 0.098 0.854 28 P 0.014 0.004 0.185 0.095 0.258 0.445 29 H 0.003 0.003 0.418 0.225 0.234 0.118 30 L 0.002 0.004 0.405 0.494 0.083 0.012 31 E 0.002 0.001 0.152 0.701 0.124 0.021 32 S 0.002 0.001 0.094 0.747 0.122 0.034 33 L 0.002 0.005 0.072 0.812 0.091 0.018 34 L 0.003 0.006 0.052 0.805 0.107 0.026 35 E 0.010 0.004 0.093 0.718 0.146 0.030 36 P 0.017 0.002 0.075 0.602 0.205 0.099 37 I 0.031 0.005 0.059 0.401 0.265 0.239 38 C 0.054 0.009 0.023 0.115 0.295 0.503 39 D 0.172 0.010 0.019 0.037 0.239 0.524 40 L 0.550 0.009 0.011 0.025 0.127 0.278 41 S 0.820 0.003 0.004 0.016 0.036 0.121 42 I 0.945 0.003 0.001 0.006 0.008 0.038 43 L 0.924 0.003 0.001 0.007 0.010 0.054 44 E 0.858 0.007 0.002 0.009 0.022 0.103 45 W 0.533 0.008 0.004 0.008 0.062 0.386 46 S 0.101 0.008 0.005 0.004 0.204 0.678 47 P 0.052 0.015 0.015 0.005 0.405 0.508 48 E 0.016 0.014 0.030 0.005 0.673 0.262 49 E 0.010 0.015 0.210 0.012 0.633 0.121 50 G 0.013 0.006 0.135 0.014 0.640 0.192 51 D 0.035 0.014 0.158 0.013 0.519 0.262 52 Y 0.050 0.097 0.016 0.009 0.313 0.516 53 P 0.024 0.023 0.016 0.024 0.347 0.565 54 L 0.002 0.001 0.296 0.330 0.279 0.091 55 P 0.001 0.001 0.322 0.474 0.170 0.032 56 A 0.001 0.001 0.322 0.553 0.112 0.011 57 S 0.003 0.002 0.164 0.666 0.111 0.054 58 E 0.003 0.003 0.410 0.387 0.173 0.025 59 F 0.002 0.002 0.519 0.259 0.184 0.034 60 I 0.003 0.003 0.420 0.166 0.330 0.077 61 L 0.003 0.004 0.454 0.067 0.382 0.090 62 P 0.005 0.002 0.484 0.043 0.370 0.096 63 E 0.012 0.002 0.624 0.032 0.292 0.037 64 C 0.078 0.002 0.182 0.028 0.552 0.158 65 D 0.305 0.002 0.077 0.019 0.276 0.321 66 Y 0.971 0.002 0.001 0.002 0.008 0.017 67 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 68 Y 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 69 I 0.981 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 70 T 0.761 0.004 0.015 0.043 0.041 0.136 71 C 0.142 0.002 0.341 0.177 0.189 0.149 72 A 0.071 0.008 0.516 0.134 0.191 0.080 73 S 0.041 0.008 0.572 0.169 0.158 0.053 74 V 0.088 0.013 0.385 0.194 0.212 0.108 75 V 0.084 0.009 0.206 0.242 0.216 0.244 76 D 0.019 0.002 0.196 0.405 0.271 0.107 77 K 0.006 0.003 0.213 0.472 0.243 0.063 78 T 0.014 0.032 0.108 0.610 0.133 0.103 79 L 0.001 0.001 0.019 0.971 0.008 0.001 80 P 0.001 0.001 0.009 0.987 0.003 0.001 81 R 0.001 0.001 0.011 0.987 0.002 0.001 82 L 0.001 0.001 0.007 0.989 0.004 0.001 83 L 0.001 0.001 0.010 0.977 0.011 0.001 84 E 0.001 0.001 0.020 0.927 0.046 0.007 85 L 0.001 0.001 0.027 0.762 0.156 0.055 86 S 0.005 0.017 0.021 0.295 0.436 0.226 87 R 0.008 0.006 0.047 0.068 0.632 0.239 88 N 0.021 0.005 0.088 0.035 0.595 0.255 89 A 0.129 0.004 0.178 0.024 0.494 0.172 90 R 0.476 0.005 0.065 0.013 0.219 0.220 91 R 0.897 0.002 0.008 0.005 0.031 0.058 92 I 0.974 0.003 0.001 0.002 0.005 0.014 93 T 0.983 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 94 L 0.966 0.001 0.001 0.003 0.006 0.023 95 V 0.814 0.013 0.001 0.009 0.028 0.135 96 G 0.247 0.013 0.014 0.009 0.487 0.229 97 P 0.061 0.003 0.018 0.005 0.714 0.200 98 G 0.048 0.009 0.024 0.004 0.780 0.135 99 T 0.142 0.041 0.010 0.004 0.671 0.133 100 P 0.253 0.023 0.007 0.008 0.375 0.335 101 L 0.224 0.036 0.030 0.016 0.329 0.364 102 A 0.219 0.025 0.034 0.018 0.335 0.368 103 P 0.150 0.009 0.172 0.046 0.305 0.318 104 V 0.181 0.014 0.231 0.059 0.345 0.170 105 L 0.134 0.029 0.370 0.125 0.274 0.069 106 F 0.066 0.009 0.264 0.190 0.377 0.094 107 E 0.043 0.004 0.128 0.186 0.495 0.144 108 H 0.046 0.005 0.055 0.135 0.458 0.301 109 G 0.059 0.005 0.006 0.009 0.306 0.615 110 L 0.384 0.005 0.004 0.003 0.154 0.450 111 Q 0.859 0.005 0.002 0.001 0.037 0.095 112 E 0.957 0.006 0.001 0.001 0.011 0.024 113 L 0.941 0.002 0.003 0.002 0.022 0.032 114 S 0.915 0.001 0.003 0.002 0.033 0.046 115 G 0.908 0.002 0.003 0.002 0.040 0.046 116 F 0.903 0.005 0.003 0.002 0.036 0.052 117 M 0.888 0.006 0.003 0.002 0.039 0.062 118 V 0.765 0.013 0.007 0.003 0.079 0.133 119 K 0.458 0.044 0.004 0.005 0.135 0.354 120 D 0.094 0.015 0.003 0.020 0.195 0.673 121 N 0.001 0.001 0.018 0.951 0.023 0.007 122 A 0.001 0.001 0.008 0.979 0.011 0.002 123 R 0.001 0.001 0.007 0.987 0.005 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 125 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 127 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 128 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 129 A 0.001 0.001 0.005 0.980 0.010 0.004 130 G 0.001 0.001 0.004 0.945 0.025 0.026 131 A 0.005 0.001 0.005 0.430 0.175 0.383 132 E 0.017 0.005 0.006 0.118 0.249 0.607 133 K 0.066 0.015 0.017 0.098 0.322 0.482 134 V 0.171 0.020 0.059 0.202 0.267 0.280 135 K 0.351 0.010 0.086 0.178 0.206 0.170 136 I 0.493 0.013 0.085 0.114 0.152 0.143 137 Y 0.507 0.019 0.049 0.104 0.163 0.159 138 S 0.326 0.009 0.062 0.133 0.329 0.142 139 A 0.155 0.005 0.085 0.179 0.409 0.168 140 G 0.240 0.009 0.055 0.127 0.351 0.219 141 Q 0.463 0.022 0.038 0.107 0.195 0.176 142 K 0.606 0.011 0.019 0.073 0.091 0.201 143 V 0.808 0.005 0.010 0.047 0.035 0.096 144 T 0.791 0.006 0.007 0.037 0.036 0.123 145 I 0.682 0.011 0.004 0.029 0.041 0.233 146 K 0.338 0.016 0.003 0.027 0.050 0.565 147 K 0.003 0.001 0.001 0.002 0.015 0.979