# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.7373 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.023 0.032 0.384 0.056 0.030 0.091 0.016 0.013 0.077 0.038 0.022 0.102 0.116 2 E 0.019 0.023 0.344 0.016 0.032 0.087 0.011 0.011 0.114 0.053 0.031 0.157 0.103 3 D 0.009 0.028 0.354 0.020 0.058 0.088 0.005 0.004 0.044 0.079 0.067 0.023 0.222 4 R 0.004 0.027 0.456 0.029 0.040 0.077 0.002 0.003 0.021 0.101 0.150 0.053 0.037 5 M 0.004 0.020 0.422 0.002 0.028 0.049 0.001 0.001 0.006 0.126 0.275 0.022 0.043 6 N 0.001 0.010 0.334 0.001 0.013 0.037 0.001 0.001 0.001 0.336 0.251 0.006 0.010 7 D 0.001 0.003 0.507 0.001 0.008 0.025 0.001 0.001 0.001 0.385 0.069 0.001 0.002 8 P 0.001 0.008 0.228 0.001 0.069 0.376 0.001 0.001 0.001 0.081 0.229 0.002 0.005 9 F 0.004 0.013 0.123 0.003 0.100 0.539 0.001 0.001 0.002 0.042 0.131 0.013 0.027 10 I 0.013 0.005 0.098 0.008 0.118 0.584 0.004 0.002 0.008 0.032 0.057 0.044 0.027 11 M 0.054 0.018 0.057 0.007 0.074 0.568 0.012 0.005 0.007 0.025 0.054 0.035 0.086 12 S 0.056 0.012 0.103 0.010 0.049 0.340 0.004 0.008 0.022 0.044 0.095 0.130 0.126 13 Q 0.032 0.013 0.131 0.021 0.082 0.391 0.003 0.004 0.008 0.092 0.106 0.029 0.089 14 N 0.032 0.015 0.139 0.017 0.078 0.281 0.002 0.003 0.005 0.100 0.135 0.108 0.085 15 E 0.013 0.018 0.198 0.013 0.088 0.299 0.001 0.002 0.007 0.079 0.158 0.023 0.102 16 V 0.003 0.014 0.413 0.003 0.070 0.140 0.001 0.001 0.010 0.095 0.178 0.042 0.029 17 K 0.001 0.002 0.047 0.002 0.014 0.022 0.001 0.001 0.001 0.049 0.856 0.003 0.002 18 G 0.001 0.002 0.099 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.003 0.139 0.739 0.002 0.001 19 K 0.002 0.006 0.552 0.006 0.004 0.002 0.003 0.008 0.073 0.298 0.024 0.014 0.009 20 K 0.009 0.005 0.258 0.010 0.001 0.001 0.025 0.115 0.439 0.067 0.006 0.011 0.054 21 V 0.007 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 0.046 0.703 0.200 0.005 0.001 0.011 0.005 22 G 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.052 0.885 0.052 0.001 0.001 0.001 0.002 23 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.928 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 24 V 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 0.839 0.107 0.001 0.001 0.002 0.002 25 G 0.003 0.003 0.255 0.006 0.004 0.002 0.012 0.233 0.395 0.067 0.010 0.006 0.005 26 H 0.001 0.010 0.407 0.003 0.019 0.019 0.003 0.018 0.125 0.362 0.028 0.001 0.004 27 F 0.001 0.010 0.594 0.001 0.019 0.047 0.001 0.002 0.038 0.269 0.017 0.001 0.001 28 P 0.001 0.005 0.255 0.004 0.090 0.335 0.001 0.002 0.014 0.222 0.071 0.001 0.002 29 H 0.001 0.021 0.243 0.002 0.118 0.397 0.001 0.007 0.016 0.093 0.090 0.008 0.003 30 L 0.002 0.005 0.120 0.001 0.153 0.597 0.001 0.001 0.010 0.021 0.065 0.002 0.021 31 E 0.003 0.013 0.109 0.010 0.142 0.592 0.001 0.001 0.003 0.046 0.067 0.009 0.004 32 S 0.001 0.002 0.065 0.001 0.143 0.591 0.001 0.001 0.004 0.039 0.139 0.005 0.009 33 L 0.002 0.005 0.095 0.002 0.118 0.459 0.001 0.001 0.002 0.091 0.215 0.003 0.007 34 L 0.002 0.016 0.241 0.001 0.118 0.356 0.001 0.001 0.007 0.110 0.135 0.005 0.008 35 E 0.001 0.009 0.224 0.002 0.342 0.190 0.001 0.001 0.001 0.113 0.106 0.004 0.008 36 P 0.001 0.005 0.156 0.006 0.325 0.183 0.001 0.001 0.001 0.083 0.232 0.003 0.005 37 I 0.003 0.012 0.270 0.002 0.216 0.178 0.001 0.005 0.024 0.076 0.191 0.005 0.019 38 C 0.005 0.016 0.483 0.018 0.054 0.049 0.002 0.003 0.048 0.204 0.079 0.021 0.018 39 D 0.012 0.012 0.413 0.065 0.034 0.020 0.003 0.004 0.043 0.147 0.171 0.049 0.026 40 L 0.040 0.004 0.311 0.008 0.011 0.006 0.018 0.050 0.245 0.069 0.030 0.054 0.156 41 S 0.069 0.008 0.106 0.024 0.004 0.004 0.076 0.096 0.412 0.025 0.004 0.084 0.089 42 I 0.067 0.005 0.020 0.007 0.002 0.001 0.110 0.249 0.386 0.004 0.002 0.056 0.089 43 L 0.093 0.004 0.037 0.124 0.004 0.002 0.132 0.246 0.226 0.006 0.006 0.046 0.075 44 E 0.049 0.005 0.106 0.020 0.008 0.003 0.041 0.111 0.326 0.027 0.007 0.228 0.069 45 W 0.040 0.015 0.218 0.010 0.009 0.003 0.018 0.018 0.177 0.073 0.015 0.025 0.379 46 S 0.002 0.030 0.642 0.006 0.012 0.005 0.001 0.002 0.046 0.166 0.020 0.048 0.018 47 P 0.001 0.017 0.511 0.008 0.045 0.010 0.001 0.001 0.008 0.240 0.133 0.002 0.024 48 E 0.001 0.009 0.349 0.007 0.053 0.008 0.001 0.001 0.002 0.332 0.226 0.009 0.003 49 E 0.001 0.007 0.136 0.001 0.080 0.010 0.001 0.001 0.003 0.189 0.563 0.002 0.009 50 G 0.001 0.009 0.225 0.002 0.033 0.009 0.001 0.001 0.004 0.376 0.330 0.007 0.003 51 D 0.001 0.030 0.464 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.006 0.404 0.058 0.003 0.015 52 Y 0.001 0.054 0.524 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.003 0.364 0.018 0.021 0.005 53 P 0.001 0.025 0.871 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.041 0.013 0.001 0.022 54 L 0.001 0.003 0.115 0.001 0.080 0.700 0.001 0.001 0.001 0.020 0.080 0.001 0.001 55 P 0.001 0.002 0.075 0.001 0.158 0.634 0.001 0.001 0.001 0.040 0.091 0.001 0.001 56 A 0.001 0.002 0.025 0.001 0.277 0.599 0.001 0.001 0.001 0.004 0.089 0.001 0.001 57 S 0.001 0.006 0.029 0.001 0.295 0.575 0.001 0.001 0.001 0.025 0.070 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.241 0.367 0.001 0.001 0.001 0.022 0.353 0.001 0.001 59 F 0.001 0.002 0.025 0.001 0.131 0.150 0.001 0.001 0.001 0.034 0.656 0.001 0.001 60 I 0.001 0.013 0.414 0.001 0.126 0.278 0.001 0.001 0.007 0.056 0.103 0.001 0.002 61 L 0.001 0.004 0.598 0.001 0.084 0.068 0.001 0.001 0.003 0.223 0.018 0.001 0.001 62 P 0.001 0.001 0.177 0.001 0.106 0.034 0.001 0.001 0.001 0.056 0.625 0.001 0.001 63 E 0.001 0.004 0.129 0.002 0.066 0.015 0.001 0.002 0.011 0.056 0.711 0.002 0.001 64 C 0.001 0.003 0.828 0.001 0.008 0.003 0.001 0.002 0.044 0.097 0.006 0.002 0.005 65 D 0.002 0.005 0.340 0.068 0.005 0.003 0.003 0.010 0.145 0.389 0.011 0.013 0.007 66 Y 0.001 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.010 0.314 0.617 0.020 0.005 0.003 0.009 67 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 0.807 0.171 0.001 0.001 0.001 0.002 68 Y 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.841 0.115 0.001 0.001 0.002 0.001 69 I 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.038 0.686 0.243 0.001 0.001 0.005 0.004 70 T 0.002 0.003 0.080 0.003 0.001 0.002 0.027 0.356 0.482 0.026 0.004 0.003 0.011 71 C 0.004 0.008 0.303 0.012 0.022 0.091 0.015 0.090 0.258 0.139 0.034 0.006 0.018 72 A 0.008 0.007 0.146 0.051 0.066 0.281 0.008 0.032 0.055 0.255 0.074 0.009 0.008 73 S 0.005 0.008 0.079 0.003 0.113 0.514 0.014 0.042 0.056 0.062 0.084 0.004 0.015 74 V 0.009 0.015 0.015 0.001 0.067 0.674 0.027 0.073 0.025 0.011 0.072 0.002 0.011 75 V 0.015 0.014 0.020 0.001 0.025 0.691 0.026 0.052 0.016 0.028 0.101 0.008 0.004 76 D 0.007 0.010 0.118 0.008 0.042 0.393 0.004 0.004 0.017 0.231 0.151 0.005 0.011 77 K 0.001 0.011 0.065 0.001 0.025 0.397 0.001 0.001 0.002 0.284 0.212 0.002 0.002 78 T 0.001 0.019 0.147 0.001 0.013 0.684 0.001 0.001 0.001 0.044 0.088 0.001 0.003 79 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 81 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.907 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 84 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.052 0.798 0.001 0.001 0.001 0.004 0.142 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.025 0.001 0.040 0.719 0.001 0.001 0.001 0.020 0.195 0.001 0.001 86 S 0.001 0.005 0.284 0.001 0.051 0.433 0.001 0.001 0.001 0.091 0.134 0.001 0.001 87 R 0.001 0.003 0.194 0.001 0.195 0.281 0.001 0.001 0.001 0.057 0.268 0.001 0.001 88 N 0.001 0.003 0.254 0.001 0.191 0.126 0.001 0.001 0.001 0.100 0.320 0.002 0.001 89 A 0.001 0.004 0.486 0.002 0.089 0.040 0.001 0.007 0.069 0.158 0.138 0.001 0.006 90 R 0.001 0.006 0.178 0.015 0.007 0.005 0.004 0.073 0.526 0.149 0.024 0.008 0.005 91 R 0.001 0.001 0.026 0.007 0.001 0.001 0.004 0.337 0.588 0.022 0.003 0.003 0.007 92 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 0.819 0.161 0.003 0.001 0.001 0.001 93 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.928 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.873 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.001 0.002 0.022 0.002 0.001 0.001 0.029 0.661 0.271 0.005 0.003 0.001 0.002 96 G 0.002 0.004 0.422 0.003 0.003 0.001 0.003 0.046 0.381 0.110 0.012 0.012 0.002 97 P 0.001 0.021 0.465 0.003 0.009 0.004 0.004 0.015 0.090 0.275 0.084 0.001 0.029 98 G 0.001 0.045 0.447 0.003 0.017 0.006 0.001 0.003 0.018 0.346 0.109 0.003 0.002 99 T 0.001 0.005 0.276 0.001 0.027 0.011 0.001 0.001 0.003 0.590 0.082 0.001 0.002 100 P 0.001 0.012 0.475 0.002 0.054 0.035 0.001 0.001 0.002 0.277 0.136 0.004 0.003 101 L 0.001 0.046 0.387 0.001 0.062 0.117 0.001 0.001 0.003 0.235 0.122 0.002 0.025 102 A 0.001 0.007 0.738 0.001 0.007 0.113 0.001 0.001 0.002 0.111 0.014 0.004 0.002 103 P 0.001 0.001 0.060 0.001 0.044 0.825 0.001 0.001 0.001 0.021 0.043 0.001 0.003 104 V 0.001 0.006 0.048 0.001 0.058 0.788 0.001 0.001 0.002 0.034 0.048 0.010 0.002 105 L 0.001 0.002 0.061 0.001 0.110 0.741 0.001 0.001 0.004 0.011 0.048 0.002 0.020 106 F 0.003 0.022 0.056 0.008 0.089 0.595 0.002 0.001 0.001 0.045 0.167 0.007 0.004 107 E 0.001 0.003 0.034 0.001 0.075 0.403 0.001 0.001 0.001 0.041 0.430 0.004 0.008 108 H 0.001 0.002 0.083 0.003 0.039 0.149 0.001 0.001 0.001 0.172 0.548 0.001 0.001 109 G 0.001 0.007 0.476 0.002 0.013 0.028 0.001 0.001 0.005 0.221 0.238 0.004 0.005 110 L 0.004 0.023 0.495 0.007 0.024 0.031 0.002 0.002 0.032 0.200 0.052 0.027 0.101 111 Q 0.019 0.025 0.229 0.070 0.018 0.037 0.010 0.021 0.038 0.154 0.038 0.241 0.102 112 E 0.150 0.009 0.133 0.017 0.018 0.034 0.040 0.086 0.111 0.030 0.032 0.046 0.295 113 L 0.266 0.007 0.085 0.039 0.009 0.020 0.050 0.070 0.112 0.017 0.024 0.174 0.128 114 S 0.192 0.005 0.146 0.090 0.011 0.014 0.042 0.044 0.113 0.046 0.061 0.162 0.074 115 G 0.255 0.005 0.168 0.009 0.005 0.004 0.047 0.023 0.157 0.036 0.050 0.061 0.181 116 F 0.276 0.012 0.140 0.018 0.003 0.002 0.069 0.013 0.095 0.025 0.009 0.224 0.114 117 M 0.079 0.024 0.127 0.006 0.005 0.003 0.082 0.014 0.213 0.032 0.022 0.131 0.263 118 V 0.071 0.022 0.216 0.012 0.006 0.003 0.063 0.010 0.199 0.052 0.023 0.098 0.225 119 K 0.003 0.035 0.486 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.023 0.260 0.018 0.113 0.046 120 D 0.001 0.010 0.784 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.003 0.148 0.006 0.001 0.031 121 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 123 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.001 0.001 130 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.501 0.001 0.001 0.001 0.007 0.479 0.001 0.001 131 A 0.001 0.003 0.152 0.001 0.046 0.374 0.001 0.001 0.001 0.107 0.317 0.001 0.001 132 E 0.001 0.009 0.250 0.003 0.116 0.167 0.001 0.001 0.003 0.167 0.280 0.002 0.002 133 K 0.001 0.012 0.297 0.009 0.100 0.077 0.001 0.001 0.007 0.215 0.246 0.023 0.011 134 V 0.004 0.013 0.446 0.007 0.072 0.040 0.003 0.006 0.061 0.104 0.044 0.014 0.187 135 K 0.012 0.026 0.172 0.010 0.018 0.029 0.006 0.006 0.099 0.055 0.014 0.489 0.063 136 I 0.019 0.023 0.211 0.020 0.044 0.038 0.007 0.010 0.048 0.038 0.038 0.027 0.478 137 Y 0.034 0.036 0.362 0.069 0.058 0.041 0.007 0.009 0.046 0.070 0.073 0.110 0.084 138 S 0.019 0.018 0.334 0.014 0.042 0.020 0.001 0.002 0.017 0.103 0.143 0.101 0.186 139 A 0.004 0.003 0.059 0.036 0.020 0.012 0.001 0.001 0.002 0.095 0.731 0.017 0.020 140 G 0.022 0.004 0.196 0.036 0.014 0.006 0.002 0.001 0.004 0.224 0.392 0.059 0.042 141 Q 0.117 0.008 0.375 0.007 0.005 0.003 0.009 0.001 0.014 0.038 0.017 0.156 0.248 142 K 0.303 0.009 0.053 0.010 0.001 0.001 0.030 0.003 0.014 0.011 0.003 0.245 0.316 143 V 0.327 0.004 0.049 0.048 0.002 0.002 0.071 0.006 0.024 0.006 0.002 0.208 0.250 144 T 0.291 0.002 0.025 0.029 0.002 0.002 0.079 0.004 0.025 0.004 0.002 0.271 0.265 145 I 0.222 0.003 0.058 0.020 0.003 0.003 0.046 0.004 0.022 0.005 0.004 0.178 0.432 146 K 0.134 0.008 0.112 0.052 0.006 0.009 0.028 0.004 0.032 0.034 0.021 0.252 0.308 147 K 0.023 0.009 0.334 0.018 0.013 0.011 0.003 0.001 0.029 0.125 0.026 0.190 0.219