# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.7373 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.120 0.111 0.007 0.024 0.067 0.055 0.091 0.015 0.003 0.046 0.462 2 E 0.103 0.086 0.004 0.022 0.034 0.059 0.102 0.010 0.002 0.043 0.536 3 D 0.104 0.048 0.003 0.033 0.018 0.040 0.084 0.007 0.001 0.051 0.611 4 R 0.142 0.044 0.003 0.034 0.025 0.029 0.096 0.002 0.001 0.056 0.569 5 M 0.013 0.056 0.002 0.023 0.023 0.027 0.112 0.002 0.001 0.021 0.719 6 N 0.033 0.246 0.002 0.010 0.015 0.017 0.074 0.011 0.001 0.012 0.580 7 D 0.159 0.493 0.002 0.008 0.014 0.011 0.050 0.037 0.001 0.050 0.177 8 P 0.138 0.299 0.010 0.016 0.007 0.012 0.070 0.007 0.004 0.125 0.312 9 F 0.109 0.364 0.007 0.021 0.019 0.043 0.072 0.013 0.002 0.081 0.268 10 I 0.187 0.110 0.008 0.025 0.029 0.042 0.079 0.010 0.003 0.119 0.388 11 M 0.062 0.149 0.009 0.046 0.036 0.054 0.112 0.008 0.004 0.057 0.464 12 S 0.101 0.134 0.003 0.015 0.032 0.071 0.079 0.013 0.002 0.035 0.515 13 Q 0.119 0.067 0.007 0.018 0.039 0.079 0.084 0.010 0.003 0.071 0.504 14 N 0.067 0.027 0.014 0.014 0.038 0.068 0.125 0.005 0.009 0.081 0.552 15 E 0.154 0.008 0.007 0.013 0.010 0.023 0.087 0.006 0.004 0.055 0.633 16 V 0.359 0.002 0.002 0.011 0.010 0.011 0.073 0.004 0.002 0.066 0.459 17 K 0.025 0.002 0.001 0.020 0.005 0.007 0.127 0.001 0.001 0.016 0.797 18 G 0.003 0.001 0.001 0.025 0.005 0.010 0.121 0.001 0.001 0.011 0.823 19 K 0.004 0.004 0.001 0.309 0.087 0.036 0.111 0.001 0.001 0.053 0.396 20 K 0.001 0.001 0.001 0.664 0.045 0.059 0.033 0.001 0.001 0.053 0.144 21 V 0.001 0.001 0.001 0.781 0.045 0.029 0.012 0.001 0.001 0.026 0.104 22 G 0.001 0.001 0.001 0.943 0.020 0.012 0.004 0.001 0.001 0.008 0.012 23 V 0.001 0.001 0.001 0.889 0.021 0.029 0.008 0.001 0.001 0.021 0.031 24 V 0.010 0.001 0.001 0.814 0.020 0.042 0.021 0.001 0.001 0.029 0.063 25 G 0.015 0.002 0.001 0.398 0.030 0.101 0.131 0.001 0.001 0.063 0.256 26 H 0.023 0.032 0.002 0.132 0.032 0.047 0.150 0.002 0.002 0.036 0.543 27 F 0.155 0.140 0.005 0.026 0.044 0.048 0.146 0.035 0.003 0.034 0.365 28 P 0.121 0.132 0.003 0.012 0.016 0.018 0.084 0.011 0.002 0.083 0.519 29 H 0.070 0.327 0.015 0.006 0.013 0.023 0.075 0.012 0.007 0.123 0.328 30 L 0.323 0.351 0.015 0.004 0.007 0.012 0.038 0.031 0.005 0.040 0.174 31 E 0.379 0.173 0.010 0.005 0.011 0.020 0.048 0.023 0.006 0.033 0.292 32 S 0.162 0.039 0.001 0.008 0.028 0.044 0.089 0.003 0.001 0.025 0.599 33 L 0.014 0.039 0.003 0.023 0.017 0.043 0.109 0.002 0.001 0.019 0.731 34 L 0.051 0.235 0.009 0.012 0.029 0.029 0.124 0.014 0.003 0.024 0.469 35 E 0.377 0.032 0.011 0.009 0.046 0.045 0.078 0.017 0.007 0.051 0.326 36 P 0.070 0.057 0.002 0.018 0.024 0.054 0.083 0.008 0.001 0.030 0.653 37 I 0.075 0.012 0.005 0.035 0.033 0.099 0.112 0.002 0.002 0.120 0.506 38 C 0.010 0.020 0.006 0.110 0.115 0.144 0.104 0.003 0.001 0.074 0.413 39 D 0.008 0.007 0.001 0.052 0.130 0.269 0.088 0.002 0.001 0.049 0.392 40 L 0.002 0.009 0.001 0.102 0.276 0.215 0.042 0.001 0.001 0.032 0.319 41 S 0.002 0.005 0.001 0.115 0.201 0.479 0.034 0.001 0.001 0.064 0.098 42 I 0.006 0.006 0.001 0.074 0.274 0.394 0.024 0.002 0.001 0.073 0.145 43 L 0.010 0.002 0.001 0.157 0.254 0.302 0.038 0.001 0.001 0.045 0.190 44 E 0.005 0.001 0.001 0.061 0.235 0.387 0.044 0.001 0.001 0.040 0.226 45 W 0.003 0.002 0.001 0.073 0.125 0.164 0.072 0.001 0.001 0.023 0.535 46 S 0.036 0.004 0.005 0.036 0.147 0.129 0.131 0.013 0.006 0.081 0.412 47 P 0.261 0.008 0.006 0.018 0.008 0.010 0.078 0.007 0.005 0.079 0.521 48 E 0.325 0.006 0.001 0.010 0.006 0.008 0.055 0.008 0.001 0.081 0.498 49 E 0.041 0.002 0.001 0.009 0.003 0.006 0.082 0.001 0.001 0.026 0.828 50 G 0.006 0.001 0.001 0.017 0.015 0.041 0.156 0.002 0.001 0.028 0.733 51 D 0.030 0.004 0.001 0.019 0.031 0.027 0.125 0.001 0.001 0.039 0.724 52 Y 0.007 0.002 0.001 0.015 0.023 0.028 0.207 0.003 0.001 0.038 0.678 53 P 0.079 0.044 0.001 0.015 0.007 0.009 0.160 0.004 0.001 0.108 0.572 54 L 0.152 0.225 0.004 0.010 0.004 0.006 0.090 0.015 0.001 0.122 0.371 55 P 0.096 0.390 0.006 0.005 0.002 0.004 0.057 0.006 0.002 0.071 0.362 56 A 0.111 0.493 0.011 0.006 0.007 0.012 0.045 0.012 0.003 0.055 0.243 57 S 0.238 0.490 0.001 0.002 0.006 0.009 0.029 0.035 0.001 0.022 0.166 58 E 0.342 0.111 0.004 0.008 0.013 0.022 0.059 0.014 0.002 0.063 0.362 59 F 0.040 0.038 0.010 0.019 0.016 0.031 0.155 0.002 0.005 0.044 0.640 60 I 0.056 0.018 0.006 0.015 0.014 0.019 0.160 0.005 0.003 0.047 0.658 61 L 0.255 0.048 0.006 0.024 0.011 0.010 0.155 0.012 0.004 0.109 0.367 62 P 0.090 0.023 0.003 0.028 0.006 0.009 0.154 0.003 0.002 0.048 0.634 63 E 0.010 0.019 0.001 0.071 0.011 0.025 0.126 0.002 0.001 0.031 0.704 64 C 0.008 0.036 0.001 0.087 0.028 0.025 0.118 0.002 0.001 0.097 0.599 65 D 0.002 0.028 0.001 0.648 0.065 0.064 0.031 0.001 0.001 0.067 0.092 66 Y 0.002 0.009 0.001 0.550 0.034 0.046 0.019 0.001 0.001 0.189 0.151 67 V 0.001 0.008 0.001 0.828 0.060 0.030 0.007 0.001 0.001 0.034 0.031 68 Y 0.005 0.023 0.001 0.722 0.031 0.047 0.023 0.001 0.001 0.052 0.095 69 I 0.005 0.013 0.001 0.512 0.071 0.086 0.019 0.001 0.001 0.230 0.063 70 T 0.020 0.224 0.003 0.217 0.030 0.077 0.068 0.005 0.002 0.149 0.205 71 C 0.152 0.330 0.008 0.069 0.045 0.049 0.063 0.019 0.003 0.084 0.179 72 A 0.068 0.132 0.005 0.053 0.085 0.118 0.072 0.008 0.002 0.219 0.237 73 S 0.057 0.227 0.009 0.032 0.030 0.042 0.117 0.006 0.006 0.118 0.356 74 V 0.190 0.122 0.037 0.029 0.025 0.035 0.094 0.041 0.019 0.096 0.312 75 V 0.371 0.136 0.004 0.015 0.011 0.019 0.073 0.028 0.003 0.061 0.279 76 D 0.150 0.033 0.003 0.010 0.007 0.016 0.115 0.002 0.002 0.072 0.591 77 K 0.008 0.054 0.006 0.026 0.005 0.015 0.148 0.002 0.001 0.047 0.687 78 T 0.062 0.615 0.003 0.005 0.006 0.007 0.050 0.009 0.001 0.026 0.216 79 L 0.052 0.845 0.002 0.003 0.002 0.002 0.012 0.012 0.001 0.011 0.059 80 P 0.032 0.891 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.001 0.005 0.053 81 R 0.043 0.802 0.004 0.005 0.004 0.007 0.017 0.009 0.001 0.032 0.076 82 L 0.083 0.404 0.012 0.012 0.008 0.010 0.047 0.015 0.004 0.263 0.141 83 L 0.086 0.388 0.021 0.022 0.013 0.020 0.064 0.013 0.006 0.173 0.194 84 E 0.134 0.110 0.018 0.025 0.016 0.026 0.075 0.008 0.007 0.128 0.453 85 L 0.066 0.067 0.013 0.025 0.014 0.026 0.109 0.009 0.007 0.106 0.557 86 S 0.195 0.031 0.007 0.011 0.011 0.023 0.110 0.007 0.005 0.081 0.518 87 R 0.111 0.007 0.008 0.021 0.008 0.021 0.130 0.006 0.004 0.086 0.599 88 N 0.071 0.005 0.002 0.016 0.007 0.014 0.145 0.002 0.001 0.042 0.696 89 A 0.022 0.003 0.002 0.060 0.007 0.010 0.150 0.001 0.001 0.027 0.717 90 R 0.005 0.004 0.001 0.212 0.032 0.029 0.140 0.002 0.001 0.043 0.532 91 R 0.001 0.001 0.001 0.603 0.039 0.043 0.047 0.001 0.001 0.074 0.192 92 I 0.001 0.001 0.001 0.795 0.037 0.041 0.016 0.001 0.001 0.033 0.078 93 T 0.001 0.001 0.001 0.865 0.037 0.026 0.008 0.001 0.001 0.028 0.037 94 L 0.001 0.001 0.001 0.897 0.023 0.024 0.009 0.001 0.001 0.014 0.032 95 V 0.003 0.001 0.001 0.797 0.016 0.044 0.026 0.001 0.001 0.030 0.083 96 G 0.097 0.002 0.001 0.387 0.030 0.072 0.099 0.001 0.002 0.093 0.214 97 P 0.022 0.005 0.002 0.137 0.017 0.049 0.200 0.002 0.002 0.058 0.507 98 G 0.110 0.021 0.001 0.034 0.019 0.028 0.171 0.009 0.002 0.047 0.559 99 T 0.291 0.012 0.001 0.013 0.021 0.018 0.154 0.009 0.001 0.078 0.401 100 P 0.017 0.012 0.001 0.010 0.016 0.025 0.160 0.003 0.001 0.032 0.726 101 L 0.068 0.239 0.003 0.008 0.013 0.025 0.091 0.011 0.001 0.018 0.524 102 A 0.108 0.490 0.004 0.005 0.015 0.011 0.054 0.025 0.002 0.029 0.257 103 P 0.149 0.537 0.007 0.003 0.007 0.014 0.043 0.019 0.003 0.017 0.200 104 V 0.146 0.338 0.004 0.010 0.014 0.028 0.048 0.011 0.002 0.053 0.348 105 L 0.095 0.077 0.071 0.016 0.012 0.020 0.079 0.008 0.032 0.206 0.386 106 F 0.354 0.054 0.007 0.016 0.015 0.019 0.099 0.015 0.003 0.096 0.321 107 E 0.074 0.022 0.002 0.022 0.008 0.017 0.088 0.003 0.001 0.036 0.727 108 H 0.013 0.011 0.001 0.025 0.022 0.029 0.141 0.001 0.001 0.028 0.728 109 G 0.007 0.023 0.001 0.103 0.050 0.123 0.127 0.007 0.001 0.055 0.503 110 L 0.021 0.018 0.002 0.077 0.066 0.069 0.099 0.003 0.001 0.102 0.543 111 Q 0.008 0.011 0.005 0.382 0.127 0.187 0.040 0.001 0.001 0.126 0.112 112 E 0.047 0.013 0.003 0.267 0.054 0.146 0.056 0.004 0.001 0.129 0.279 113 L 0.029 0.007 0.003 0.432 0.090 0.134 0.056 0.003 0.001 0.043 0.202 114 S 0.011 0.004 0.001 0.266 0.079 0.168 0.082 0.002 0.001 0.047 0.340 115 G 0.008 0.002 0.001 0.160 0.129 0.230 0.082 0.003 0.001 0.063 0.324 116 F 0.006 0.002 0.001 0.218 0.107 0.147 0.105 0.001 0.001 0.026 0.386 117 M 0.020 0.004 0.001 0.137 0.160 0.202 0.087 0.001 0.001 0.052 0.335 118 V 0.010 0.007 0.001 0.093 0.081 0.085 0.104 0.001 0.001 0.049 0.568 119 K 0.016 0.071 0.002 0.039 0.021 0.031 0.108 0.010 0.001 0.053 0.648 120 D 0.069 0.772 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 0.006 0.001 0.058 0.073 121 N 0.036 0.855 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.038 0.055 122 A 0.020 0.864 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.044 0.057 123 R 0.006 0.953 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.011 0.020 124 A 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.011 125 F 0.015 0.868 0.002 0.002 0.003 0.004 0.006 0.003 0.001 0.066 0.032 126 R 0.029 0.611 0.016 0.005 0.003 0.005 0.020 0.004 0.006 0.223 0.077 127 I 0.120 0.169 0.161 0.010 0.003 0.006 0.046 0.023 0.059 0.273 0.129 128 V 0.306 0.074 0.049 0.013 0.005 0.008 0.070 0.017 0.040 0.093 0.325 129 A 0.145 0.013 0.003 0.005 0.002 0.004 0.068 0.002 0.003 0.021 0.734 130 G 0.046 0.014 0.001 0.006 0.002 0.005 0.091 0.003 0.001 0.019 0.812 131 A 0.057 0.026 0.001 0.007 0.004 0.009 0.122 0.006 0.001 0.026 0.740 132 E 0.048 0.056 0.002 0.025 0.022 0.043 0.126 0.008 0.001 0.030 0.640 133 K 0.041 0.134 0.002 0.040 0.032 0.072 0.096 0.007 0.001 0.039 0.538 134 V 0.069 0.100 0.004 0.054 0.093 0.120 0.074 0.006 0.001 0.063 0.414 135 K 0.045 0.118 0.007 0.071 0.115 0.176 0.075 0.004 0.003 0.061 0.324 136 I 0.053 0.048 0.025 0.042 0.060 0.104 0.087 0.005 0.013 0.052 0.510 137 Y 0.273 0.042 0.010 0.024 0.050 0.060 0.053 0.015 0.006 0.053 0.415 138 S 0.230 0.011 0.002 0.008 0.019 0.034 0.069 0.005 0.002 0.044 0.574 139 A 0.016 0.005 0.001 0.015 0.027 0.076 0.086 0.003 0.001 0.023 0.748 140 G 0.016 0.006 0.003 0.030 0.045 0.089 0.095 0.001 0.001 0.045 0.670 141 Q 0.005 0.004 0.001 0.040 0.302 0.259 0.057 0.002 0.001 0.044 0.286 142 K 0.008 0.004 0.001 0.060 0.133 0.222 0.065 0.001 0.001 0.051 0.456 143 V 0.004 0.002 0.001 0.075 0.323 0.251 0.036 0.001 0.001 0.032 0.274 144 T 0.011 0.001 0.001 0.086 0.134 0.202 0.066 0.001 0.001 0.050 0.447 145 I 0.012 0.001 0.001 0.056 0.163 0.146 0.058 0.003 0.001 0.033 0.528 146 K 0.045 0.002 0.001 0.055 0.067 0.068 0.080 0.003 0.001 0.027 0.652 147 K 0.029 0.001 0.001 0.017 0.044 0.046 0.087 0.008 0.001 0.021 0.745