# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.7373 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.070 0.039 0.026 0.049 0.063 0.090 0.156 0.144 0.154 0.121 0.087 2 E 0.239 0.170 0.093 0.196 0.129 0.074 0.051 0.022 0.015 0.007 0.004 3 D 0.088 0.074 0.098 0.143 0.105 0.101 0.144 0.080 0.077 0.056 0.032 4 R 0.074 0.090 0.089 0.146 0.124 0.115 0.151 0.082 0.056 0.043 0.031 5 M 0.091 0.128 0.078 0.155 0.114 0.113 0.134 0.083 0.056 0.033 0.017 6 N 0.212 0.160 0.115 0.158 0.123 0.090 0.061 0.038 0.024 0.013 0.006 7 D 0.259 0.135 0.070 0.123 0.108 0.099 0.086 0.051 0.039 0.020 0.010 8 P 0.180 0.142 0.065 0.157 0.138 0.106 0.086 0.055 0.041 0.020 0.010 9 F 0.026 0.022 0.024 0.043 0.054 0.082 0.158 0.145 0.176 0.147 0.123 10 I 0.056 0.080 0.097 0.179 0.146 0.127 0.132 0.076 0.053 0.033 0.022 11 M 0.015 0.029 0.054 0.096 0.088 0.099 0.178 0.130 0.122 0.110 0.080 12 S 0.043 0.047 0.056 0.096 0.091 0.098 0.161 0.129 0.119 0.096 0.065 13 Q 0.104 0.077 0.070 0.159 0.141 0.123 0.135 0.073 0.062 0.036 0.018 14 N 0.196 0.109 0.144 0.154 0.107 0.086 0.087 0.041 0.039 0.025 0.013 15 E 0.120 0.123 0.067 0.169 0.134 0.114 0.137 0.064 0.038 0.022 0.011 16 V 0.128 0.095 0.059 0.074 0.072 0.089 0.145 0.126 0.095 0.070 0.047 17 K 0.211 0.271 0.086 0.186 0.110 0.062 0.038 0.020 0.009 0.004 0.003 18 G 0.341 0.196 0.085 0.115 0.100 0.071 0.040 0.023 0.017 0.008 0.003 19 K 0.162 0.094 0.038 0.146 0.141 0.127 0.120 0.060 0.056 0.034 0.024 20 K 0.047 0.065 0.036 0.167 0.188 0.175 0.160 0.077 0.051 0.023 0.011 21 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.012 0.022 0.078 0.125 0.198 0.266 0.287 22 G 0.001 0.002 0.007 0.013 0.026 0.044 0.115 0.194 0.203 0.196 0.200 23 V 0.001 0.001 0.006 0.008 0.012 0.018 0.057 0.122 0.225 0.271 0.281 24 V 0.001 0.001 0.006 0.008 0.017 0.030 0.084 0.134 0.229 0.237 0.253 25 G 0.004 0.006 0.013 0.031 0.045 0.066 0.149 0.160 0.220 0.169 0.138 26 H 0.004 0.014 0.014 0.046 0.057 0.079 0.181 0.162 0.177 0.144 0.121 27 F 0.007 0.009 0.007 0.024 0.035 0.062 0.174 0.170 0.191 0.171 0.152 28 P 0.192 0.106 0.083 0.167 0.119 0.091 0.096 0.054 0.044 0.028 0.018 29 H 0.138 0.153 0.076 0.189 0.152 0.114 0.095 0.041 0.025 0.012 0.006 30 L 0.031 0.030 0.017 0.037 0.044 0.063 0.157 0.148 0.182 0.157 0.134 31 E 0.146 0.098 0.065 0.161 0.150 0.121 0.128 0.057 0.040 0.022 0.013 32 S 0.226 0.138 0.277 0.183 0.088 0.044 0.024 0.009 0.006 0.003 0.001 33 L 0.043 0.050 0.064 0.103 0.105 0.131 0.216 0.118 0.080 0.055 0.035 34 L 0.053 0.057 0.044 0.069 0.075 0.106 0.199 0.149 0.122 0.078 0.047 35 E 0.143 0.134 0.226 0.212 0.125 0.075 0.045 0.019 0.012 0.006 0.003 36 P 0.186 0.118 0.203 0.152 0.113 0.094 0.071 0.031 0.018 0.009 0.004 37 I 0.133 0.094 0.070 0.127 0.105 0.106 0.139 0.093 0.070 0.041 0.023 38 C 0.043 0.047 0.035 0.064 0.076 0.117 0.194 0.145 0.125 0.088 0.065 39 D 0.083 0.161 0.173 0.213 0.134 0.092 0.065 0.035 0.024 0.013 0.007 40 L 0.034 0.038 0.054 0.114 0.120 0.148 0.195 0.106 0.085 0.064 0.041 41 S 0.081 0.066 0.060 0.126 0.117 0.115 0.149 0.109 0.090 0.057 0.030 42 I 0.015 0.024 0.028 0.095 0.095 0.104 0.184 0.148 0.135 0.103 0.068 43 L 0.009 0.009 0.027 0.026 0.033 0.046 0.111 0.129 0.207 0.225 0.179 44 E 0.033 0.051 0.102 0.201 0.182 0.136 0.141 0.063 0.045 0.030 0.016 45 W 0.030 0.039 0.081 0.098 0.088 0.105 0.188 0.115 0.108 0.092 0.056 46 S 0.108 0.115 0.061 0.161 0.128 0.109 0.144 0.085 0.046 0.028 0.015 47 P 0.200 0.135 0.050 0.094 0.090 0.089 0.111 0.093 0.067 0.044 0.026 48 E 0.471 0.233 0.055 0.107 0.067 0.032 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 49 E 0.457 0.178 0.041 0.095 0.085 0.054 0.037 0.023 0.017 0.008 0.005 50 G 0.385 0.150 0.038 0.101 0.095 0.072 0.065 0.039 0.031 0.016 0.009 51 D 0.330 0.172 0.072 0.158 0.100 0.061 0.044 0.029 0.019 0.010 0.006 52 Y 0.045 0.044 0.023 0.050 0.070 0.110 0.164 0.165 0.140 0.105 0.084 53 P 0.156 0.248 0.086 0.179 0.106 0.075 0.056 0.041 0.028 0.014 0.010 54 L 0.088 0.068 0.031 0.100 0.106 0.119 0.159 0.107 0.093 0.073 0.055 55 P 0.471 0.216 0.067 0.123 0.062 0.029 0.015 0.008 0.006 0.003 0.001 56 A 0.102 0.129 0.032 0.145 0.129 0.122 0.135 0.083 0.066 0.037 0.019 57 S 0.056 0.054 0.030 0.077 0.091 0.112 0.161 0.122 0.129 0.097 0.072 58 E 0.126 0.083 0.122 0.243 0.155 0.104 0.087 0.033 0.025 0.014 0.006 59 F 0.043 0.049 0.145 0.181 0.148 0.132 0.142 0.070 0.045 0.031 0.015 60 I 0.003 0.007 0.012 0.017 0.021 0.037 0.128 0.168 0.209 0.216 0.182 61 L 0.016 0.023 0.031 0.058 0.081 0.115 0.188 0.183 0.132 0.102 0.071 62 P 0.132 0.127 0.225 0.175 0.119 0.082 0.053 0.035 0.027 0.016 0.008 63 E 0.117 0.153 0.068 0.188 0.187 0.137 0.080 0.040 0.020 0.008 0.003 64 C 0.003 0.003 0.001 0.006 0.010 0.025 0.084 0.116 0.224 0.255 0.273 65 D 0.036 0.074 0.044 0.227 0.207 0.163 0.132 0.056 0.035 0.017 0.010 66 Y 0.002 0.005 0.019 0.058 0.071 0.099 0.201 0.150 0.146 0.143 0.106 67 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.016 0.029 0.104 0.150 0.208 0.234 0.248 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.015 0.068 0.143 0.240 0.266 0.254 69 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.014 0.055 0.125 0.228 0.271 0.295 70 T 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.025 0.088 0.172 0.255 0.221 0.220 71 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.055 0.132 0.259 0.264 0.271 72 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.022 0.088 0.160 0.250 0.225 0.238 73 S 0.001 0.001 0.004 0.008 0.017 0.031 0.121 0.179 0.226 0.205 0.208 74 V 0.001 0.001 0.005 0.009 0.016 0.025 0.086 0.143 0.225 0.230 0.259 75 V 0.001 0.002 0.005 0.011 0.022 0.045 0.148 0.168 0.228 0.188 0.181 76 D 0.040 0.038 0.065 0.132 0.134 0.133 0.181 0.097 0.085 0.056 0.040 77 K 0.107 0.088 0.071 0.200 0.133 0.131 0.149 0.059 0.034 0.018 0.010 78 T 0.013 0.043 0.017 0.043 0.052 0.070 0.160 0.167 0.178 0.149 0.108 79 L 0.010 0.019 0.008 0.042 0.059 0.116 0.243 0.175 0.141 0.098 0.087 80 P 0.271 0.120 0.214 0.198 0.114 0.049 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 81 R 0.028 0.039 0.046 0.194 0.200 0.186 0.199 0.071 0.024 0.011 0.004 82 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.027 0.076 0.243 0.318 0.322 83 L 0.001 0.001 0.007 0.012 0.039 0.100 0.250 0.213 0.179 0.128 0.070 84 E 0.014 0.031 0.695 0.152 0.066 0.026 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 85 L 0.001 0.004 0.018 0.043 0.063 0.150 0.385 0.183 0.087 0.046 0.021 86 S 0.002 0.002 0.006 0.003 0.003 0.008 0.052 0.109 0.244 0.299 0.272 87 R 0.055 0.084 0.209 0.230 0.183 0.127 0.080 0.020 0.008 0.004 0.001 88 N 0.075 0.124 0.479 0.155 0.083 0.049 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 89 A 0.022 0.022 0.025 0.047 0.062 0.118 0.274 0.162 0.133 0.080 0.055 90 R 0.103 0.085 0.080 0.139 0.117 0.139 0.162 0.074 0.057 0.029 0.015 91 R 0.018 0.033 0.172 0.198 0.156 0.132 0.137 0.061 0.044 0.031 0.016 92 I 0.001 0.003 0.018 0.028 0.043 0.080 0.224 0.171 0.151 0.149 0.130 93 T 0.001 0.002 0.009 0.013 0.017 0.027 0.086 0.144 0.228 0.254 0.219 94 L 0.001 0.002 0.013 0.017 0.030 0.048 0.118 0.169 0.197 0.214 0.192 95 V 0.002 0.004 0.012 0.021 0.035 0.052 0.113 0.154 0.211 0.201 0.195 96 G 0.004 0.007 0.008 0.028 0.044 0.068 0.141 0.161 0.204 0.178 0.156 97 P 0.009 0.013 0.010 0.037 0.048 0.061 0.128 0.138 0.192 0.189 0.173 98 G 0.015 0.023 0.012 0.059 0.076 0.094 0.165 0.147 0.161 0.133 0.115 99 T 0.010 0.010 0.007 0.026 0.034 0.049 0.114 0.131 0.198 0.209 0.211 100 P 0.047 0.054 0.030 0.109 0.116 0.114 0.157 0.120 0.106 0.080 0.066 101 L 0.016 0.030 0.016 0.058 0.062 0.069 0.138 0.136 0.162 0.161 0.152 102 A 0.037 0.038 0.016 0.065 0.084 0.097 0.160 0.141 0.152 0.116 0.093 103 P 0.135 0.080 0.061 0.146 0.122 0.095 0.109 0.067 0.080 0.060 0.045 104 V 0.106 0.102 0.050 0.204 0.165 0.122 0.131 0.055 0.035 0.019 0.010 105 L 0.026 0.024 0.020 0.041 0.040 0.047 0.118 0.130 0.172 0.196 0.184 106 F 0.045 0.071 0.029 0.089 0.106 0.127 0.187 0.135 0.098 0.067 0.047 107 E 0.228 0.210 0.149 0.179 0.118 0.059 0.025 0.015 0.010 0.005 0.002 108 H 0.081 0.043 0.021 0.061 0.090 0.133 0.182 0.143 0.111 0.080 0.055 109 G 0.215 0.249 0.046 0.165 0.128 0.074 0.047 0.036 0.024 0.010 0.005 110 L 0.002 0.002 0.002 0.006 0.010 0.023 0.075 0.104 0.202 0.257 0.317 111 Q 0.047 0.082 0.087 0.207 0.195 0.139 0.109 0.054 0.038 0.024 0.019 112 E 0.005 0.012 0.022 0.086 0.084 0.101 0.204 0.142 0.141 0.126 0.078 113 L 0.002 0.003 0.005 0.012 0.018 0.029 0.083 0.128 0.191 0.253 0.278 114 S 0.003 0.007 0.007 0.025 0.035 0.055 0.142 0.191 0.225 0.181 0.128 115 G 0.012 0.020 0.045 0.087 0.106 0.101 0.132 0.131 0.143 0.124 0.098 116 F 0.009 0.009 0.013 0.023 0.037 0.061 0.144 0.150 0.213 0.187 0.153 117 M 0.046 0.072 0.039 0.177 0.169 0.129 0.149 0.098 0.067 0.035 0.018 118 V 0.010 0.006 0.009 0.013 0.016 0.032 0.100 0.122 0.210 0.238 0.243 119 K 0.189 0.207 0.092 0.235 0.128 0.073 0.047 0.017 0.008 0.003 0.002 120 D 0.040 0.117 0.052 0.095 0.091 0.106 0.169 0.121 0.099 0.071 0.039 121 N 0.126 0.136 0.040 0.152 0.144 0.141 0.130 0.064 0.037 0.018 0.012 122 A 0.533 0.130 0.093 0.113 0.063 0.036 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 123 R 0.053 0.067 0.072 0.229 0.207 0.157 0.131 0.051 0.020 0.009 0.004 124 A 0.001 0.001 0.005 0.005 0.006 0.012 0.057 0.099 0.240 0.287 0.288 125 F 0.001 0.003 0.026 0.036 0.077 0.148 0.268 0.162 0.130 0.099 0.050 126 R 0.006 0.017 0.466 0.187 0.113 0.084 0.068 0.030 0.015 0.010 0.004 127 I 0.001 0.002 0.014 0.031 0.048 0.100 0.300 0.222 0.139 0.096 0.049 128 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.030 0.079 0.230 0.324 0.327 129 A 0.032 0.046 0.176 0.181 0.180 0.143 0.135 0.050 0.030 0.018 0.009 130 G 0.041 0.106 0.239 0.190 0.143 0.110 0.088 0.044 0.023 0.011 0.004 131 A 0.037 0.025 0.016 0.033 0.045 0.086 0.202 0.184 0.170 0.113 0.089 132 E 0.332 0.211 0.062 0.137 0.083 0.062 0.053 0.028 0.018 0.009 0.005 133 K 0.157 0.166 0.130 0.193 0.140 0.089 0.062 0.029 0.020 0.010 0.004 134 V 0.057 0.034 0.036 0.067 0.084 0.113 0.200 0.127 0.121 0.088 0.072 135 K 0.162 0.111 0.119 0.215 0.132 0.095 0.086 0.037 0.026 0.012 0.005 136 I 0.025 0.041 0.117 0.130 0.095 0.100 0.166 0.103 0.091 0.079 0.052 137 Y 0.014 0.028 0.041 0.056 0.067 0.105 0.225 0.161 0.131 0.100 0.072 138 S 0.109 0.123 0.169 0.205 0.138 0.096 0.079 0.037 0.024 0.014 0.006 139 A 0.255 0.145 0.155 0.170 0.105 0.074 0.051 0.025 0.012 0.006 0.002 140 G 0.212 0.141 0.084 0.126 0.114 0.097 0.094 0.059 0.043 0.020 0.010 141 Q 0.069 0.066 0.037 0.076 0.077 0.108 0.190 0.133 0.118 0.077 0.048 142 K 0.122 0.136 0.192 0.232 0.165 0.082 0.041 0.015 0.009 0.005 0.002 143 V 0.060 0.043 0.123 0.112 0.092 0.119 0.190 0.100 0.075 0.057 0.029 144 T 0.081 0.127 0.104 0.230 0.155 0.108 0.095 0.056 0.025 0.013 0.005 145 I 0.006 0.005 0.007 0.007 0.014 0.039 0.116 0.185 0.237 0.223 0.161 146 K 0.162 0.234 0.157 0.242 0.120 0.050 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 147 K 0.147 0.111 0.103 0.147 0.112 0.109 0.120 0.059 0.048 0.031 0.014