# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 E 0.115 0.038 0.005 0.034 0.004 0.017 0.787 3 D 0.111 0.028 0.018 0.064 0.150 0.053 0.576 4 R 0.083 0.015 0.032 0.092 0.154 0.096 0.529 5 M 0.048 0.011 0.033 0.126 0.191 0.093 0.498 6 N 0.019 0.006 0.068 0.289 0.167 0.126 0.327 7 D 0.025 0.008 0.066 0.343 0.139 0.124 0.295 8 P 0.029 0.006 0.075 0.584 0.072 0.100 0.133 9 F 0.051 0.011 0.068 0.585 0.059 0.087 0.139 10 I 0.090 0.010 0.070 0.585 0.059 0.077 0.109 11 M 0.134 0.009 0.087 0.547 0.053 0.078 0.093 12 S 0.191 0.011 0.086 0.492 0.039 0.065 0.115 13 Q 0.204 0.008 0.091 0.441 0.040 0.087 0.130 14 N 0.216 0.008 0.074 0.352 0.056 0.144 0.149 15 E 0.147 0.022 0.054 0.208 0.132 0.106 0.331 16 V 0.073 0.012 0.054 0.047 0.137 0.099 0.578 17 K 0.007 0.002 0.042 0.015 0.107 0.788 0.039 18 G 0.011 0.001 0.026 0.003 0.104 0.816 0.039 19 K 0.218 0.005 0.004 0.002 0.279 0.028 0.464 20 K 0.644 0.015 0.001 0.001 0.067 0.005 0.268 21 V 0.947 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 22 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 23 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 24 V 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.056 25 G 0.775 0.005 0.002 0.001 0.029 0.006 0.183 26 H 0.533 0.014 0.007 0.003 0.106 0.022 0.315 27 F 0.191 0.030 0.011 0.010 0.178 0.024 0.555 28 P 0.047 0.011 0.079 0.077 0.252 0.175 0.359 29 H 0.024 0.020 0.123 0.111 0.145 0.304 0.273 30 L 0.010 0.010 0.222 0.437 0.067 0.113 0.141 31 E 0.005 0.004 0.126 0.661 0.033 0.073 0.098 32 S 0.006 0.001 0.108 0.697 0.028 0.082 0.079 33 L 0.006 0.004 0.081 0.741 0.018 0.103 0.047 34 L 0.009 0.009 0.048 0.735 0.036 0.092 0.072 35 E 0.011 0.003 0.089 0.641 0.039 0.153 0.064 36 P 0.018 0.002 0.094 0.522 0.072 0.225 0.067 37 I 0.020 0.008 0.139 0.287 0.083 0.342 0.121 38 C 0.058 0.012 0.042 0.068 0.172 0.365 0.283 39 D 0.135 0.003 0.022 0.024 0.286 0.153 0.378 40 L 0.598 0.010 0.015 0.016 0.071 0.023 0.267 41 S 0.841 0.004 0.004 0.009 0.014 0.005 0.123 42 I 0.913 0.002 0.003 0.009 0.010 0.003 0.059 43 L 0.922 0.004 0.002 0.008 0.006 0.002 0.055 44 E 0.840 0.007 0.004 0.010 0.012 0.003 0.124 45 W 0.638 0.012 0.005 0.016 0.052 0.008 0.269 46 S 0.278 0.012 0.004 0.007 0.173 0.020 0.505 47 P 0.072 0.012 0.007 0.006 0.269 0.046 0.588 48 E 0.026 0.018 0.025 0.010 0.199 0.084 0.638 49 E 0.010 0.008 0.081 0.016 0.226 0.255 0.404 50 G 0.009 0.003 0.082 0.017 0.247 0.268 0.373 51 D 0.023 0.042 0.060 0.022 0.268 0.100 0.485 52 Y 0.021 0.119 0.022 0.027 0.211 0.026 0.575 53 P 0.008 0.014 0.016 0.037 0.070 0.030 0.825 54 L 0.002 0.003 0.195 0.461 0.075 0.158 0.106 55 P 0.001 0.002 0.227 0.555 0.039 0.133 0.042 56 A 0.001 0.002 0.227 0.605 0.031 0.078 0.055 57 S 0.002 0.004 0.205 0.617 0.023 0.086 0.064 58 E 0.003 0.003 0.207 0.601 0.021 0.133 0.033 59 F 0.004 0.002 0.172 0.637 0.020 0.132 0.032 60 I 0.003 0.013 0.113 0.658 0.041 0.105 0.066 61 L 0.008 0.009 0.147 0.340 0.055 0.099 0.342 62 P 0.008 0.005 0.218 0.227 0.074 0.336 0.131 63 E 0.017 0.016 0.138 0.147 0.078 0.502 0.101 64 C 0.027 0.002 0.002 0.006 0.102 0.012 0.848 65 D 0.030 0.001 0.001 0.001 0.848 0.002 0.119 66 Y 0.976 0.004 0.001 0.005 0.010 0.001 0.005 67 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 69 I 0.946 0.001 0.001 0.014 0.005 0.002 0.032 70 T 0.196 0.003 0.005 0.052 0.151 0.037 0.557 71 C 0.012 0.001 0.020 0.462 0.259 0.048 0.198 72 A 0.004 0.002 0.044 0.857 0.039 0.023 0.030 73 S 0.006 0.004 0.036 0.899 0.020 0.023 0.012 74 V 0.009 0.002 0.040 0.890 0.010 0.036 0.013 75 V 0.006 0.002 0.035 0.867 0.013 0.054 0.024 76 D 0.006 0.001 0.031 0.826 0.022 0.094 0.020 77 K 0.009 0.002 0.025 0.774 0.039 0.101 0.049 78 T 0.010 0.012 0.011 0.785 0.042 0.068 0.073 79 L 0.001 0.001 0.004 0.965 0.008 0.009 0.013 80 P 0.001 0.001 0.004 0.988 0.002 0.004 0.001 81 R 0.001 0.001 0.007 0.981 0.001 0.010 0.001 82 L 0.001 0.001 0.008 0.973 0.001 0.016 0.001 83 L 0.001 0.001 0.022 0.934 0.002 0.038 0.003 84 E 0.001 0.001 0.044 0.692 0.008 0.248 0.006 85 L 0.002 0.001 0.063 0.501 0.030 0.369 0.034 86 S 0.011 0.056 0.082 0.214 0.170 0.154 0.313 87 R 0.014 0.013 0.147 0.097 0.134 0.344 0.250 88 N 0.023 0.011 0.167 0.067 0.240 0.294 0.197 89 A 0.089 0.009 0.122 0.031 0.183 0.232 0.334 90 R 0.321 0.002 0.010 0.008 0.190 0.031 0.437 91 R 0.803 0.001 0.003 0.005 0.125 0.006 0.057 92 I 0.981 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 93 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 94 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 95 V 0.780 0.009 0.001 0.002 0.017 0.003 0.189 96 G 0.146 0.002 0.003 0.001 0.179 0.017 0.651 97 P 0.020 0.004 0.023 0.003 0.405 0.281 0.264 98 G 0.023 0.042 0.048 0.008 0.358 0.241 0.279 99 T 0.023 0.018 0.061 0.025 0.441 0.085 0.347 100 P 0.037 0.017 0.066 0.056 0.222 0.157 0.446 101 L 0.063 0.075 0.072 0.114 0.152 0.149 0.375 102 A 0.051 0.053 0.068 0.170 0.106 0.042 0.510 103 P 0.048 0.011 0.187 0.299 0.064 0.111 0.280 104 V 0.037 0.007 0.234 0.361 0.062 0.145 0.154 105 L 0.047 0.008 0.211 0.391 0.075 0.149 0.120 106 F 0.038 0.012 0.198 0.347 0.067 0.204 0.136 107 E 0.055 0.011 0.200 0.172 0.148 0.226 0.187 108 H 0.020 0.005 0.076 0.071 0.294 0.439 0.094 109 G 0.042 0.009 0.017 0.012 0.126 0.638 0.156 110 L 0.118 0.002 0.001 0.001 0.041 0.005 0.831 111 Q 0.587 0.004 0.001 0.001 0.172 0.003 0.233 112 E 0.961 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 113 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 114 S 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 115 G 0.950 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.039 116 F 0.883 0.002 0.001 0.001 0.024 0.002 0.088 117 M 0.864 0.009 0.001 0.001 0.019 0.003 0.103 118 V 0.392 0.060 0.003 0.001 0.047 0.010 0.487 119 K 0.184 0.086 0.002 0.001 0.337 0.022 0.367 120 D 0.042 0.012 0.001 0.005 0.366 0.013 0.562 121 N 0.001 0.001 0.049 0.844 0.026 0.047 0.032 122 A 0.001 0.001 0.016 0.940 0.014 0.023 0.005 123 R 0.001 0.001 0.010 0.975 0.003 0.009 0.003 124 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.003 125 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.002 126 R 0.002 0.001 0.001 0.986 0.002 0.006 0.002 127 I 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.005 0.003 128 V 0.002 0.001 0.004 0.978 0.003 0.009 0.003 129 A 0.002 0.001 0.005 0.933 0.004 0.052 0.004 130 G 0.001 0.001 0.004 0.681 0.012 0.294 0.008 131 A 0.003 0.002 0.005 0.323 0.095 0.474 0.099 132 E 0.011 0.007 0.015 0.105 0.232 0.274 0.357 133 K 0.060 0.017 0.058 0.083 0.218 0.181 0.383 134 V 0.189 0.018 0.095 0.138 0.132 0.085 0.343 135 K 0.372 0.017 0.090 0.158 0.070 0.065 0.228 136 I 0.474 0.025 0.068 0.158 0.049 0.069 0.158 137 Y 0.452 0.025 0.056 0.089 0.068 0.085 0.225 138 S 0.270 0.011 0.092 0.071 0.156 0.150 0.250 139 A 0.140 0.010 0.092 0.063 0.207 0.352 0.135 140 G 0.195 0.009 0.069 0.048 0.177 0.294 0.209 141 Q 0.468 0.011 0.022 0.022 0.093 0.048 0.336 142 K 0.700 0.012 0.007 0.015 0.040 0.022 0.206 143 V 0.857 0.007 0.005 0.014 0.022 0.009 0.086 144 T 0.896 0.006 0.002 0.008 0.012 0.004 0.071 145 I 0.780 0.013 0.003 0.008 0.018 0.005 0.173 146 K 0.476 0.013 0.003 0.009 0.008 0.013 0.477 147 K 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.989