# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.7373 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.260 0.395 0.182 0.064 0.035 0.029 0.005 0.002 0.026 0.001 0.001 2 E 0.386 0.258 0.212 0.041 0.038 0.026 0.010 0.002 0.021 0.005 0.001 3 D 0.367 0.146 0.227 0.097 0.047 0.060 0.021 0.005 0.026 0.002 0.003 4 R 0.407 0.235 0.119 0.136 0.032 0.024 0.012 0.003 0.031 0.001 0.001 5 M 0.324 0.173 0.254 0.132 0.032 0.032 0.024 0.004 0.015 0.008 0.001 6 N 0.229 0.095 0.103 0.259 0.037 0.062 0.138 0.028 0.038 0.009 0.001 7 D 0.060 0.253 0.351 0.014 0.037 0.050 0.044 0.001 0.189 0.001 0.001 8 P 0.500 0.019 0.392 0.029 0.001 0.029 0.002 0.001 0.002 0.001 0.024 9 F 0.444 0.216 0.148 0.087 0.044 0.026 0.012 0.006 0.014 0.003 0.001 10 I 0.319 0.397 0.130 0.049 0.043 0.029 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 11 M 0.345 0.343 0.169 0.050 0.032 0.030 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 12 S 0.344 0.217 0.230 0.097 0.034 0.044 0.008 0.003 0.020 0.002 0.001 13 Q 0.369 0.287 0.128 0.092 0.060 0.020 0.011 0.002 0.028 0.003 0.001 14 N 0.288 0.084 0.179 0.170 0.032 0.109 0.091 0.010 0.032 0.004 0.001 15 E 0.381 0.194 0.168 0.184 0.025 0.021 0.007 0.003 0.015 0.001 0.001 16 V 0.209 0.378 0.202 0.087 0.024 0.027 0.009 0.002 0.060 0.002 0.001 17 K 0.105 0.047 0.630 0.075 0.008 0.024 0.086 0.004 0.009 0.011 0.001 18 G 0.011 0.005 0.015 0.030 0.033 0.001 0.166 0.715 0.001 0.021 0.001 19 K 0.011 0.442 0.453 0.017 0.020 0.029 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 20 K 0.002 0.249 0.703 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 21 V 0.010 0.865 0.058 0.015 0.025 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 22 G 0.002 0.652 0.257 0.001 0.062 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 23 V 0.002 0.800 0.122 0.001 0.019 0.029 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 24 V 0.008 0.582 0.225 0.011 0.008 0.061 0.002 0.001 0.103 0.001 0.001 25 G 0.016 0.065 0.124 0.009 0.500 0.006 0.013 0.072 0.002 0.190 0.001 26 H 0.080 0.353 0.177 0.138 0.091 0.079 0.033 0.009 0.029 0.011 0.002 27 F 0.028 0.253 0.230 0.008 0.061 0.026 0.062 0.001 0.317 0.013 0.001 28 P 0.183 0.004 0.612 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 29 H 0.112 0.063 0.444 0.055 0.026 0.218 0.014 0.009 0.050 0.004 0.005 30 L 0.718 0.035 0.042 0.127 0.006 0.039 0.011 0.002 0.017 0.001 0.001 31 E 0.935 0.007 0.023 0.027 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 S 0.922 0.003 0.011 0.046 0.004 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 33 L 0.883 0.004 0.012 0.092 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.762 0.023 0.057 0.129 0.003 0.011 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 35 E 0.780 0.040 0.122 0.005 0.010 0.004 0.008 0.002 0.020 0.010 0.001 36 P 0.819 0.002 0.137 0.016 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 37 I 0.525 0.044 0.057 0.335 0.008 0.010 0.009 0.004 0.008 0.001 0.001 38 C 0.225 0.159 0.294 0.096 0.095 0.016 0.046 0.019 0.030 0.019 0.001 39 D 0.195 0.091 0.266 0.170 0.032 0.124 0.079 0.010 0.024 0.005 0.003 40 L 0.083 0.564 0.221 0.044 0.049 0.021 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 41 S 0.064 0.628 0.156 0.030 0.078 0.020 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 42 I 0.018 0.735 0.185 0.003 0.026 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 43 L 0.023 0.784 0.106 0.008 0.037 0.022 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 44 E 0.024 0.770 0.111 0.007 0.058 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 45 W 0.062 0.502 0.290 0.041 0.033 0.043 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 46 S 0.014 0.345 0.231 0.002 0.048 0.022 0.014 0.001 0.321 0.003 0.001 47 P 0.263 0.005 0.553 0.015 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.132 48 E 0.312 0.114 0.371 0.082 0.042 0.021 0.015 0.011 0.017 0.011 0.004 49 E 0.169 0.075 0.520 0.155 0.018 0.017 0.019 0.008 0.010 0.005 0.005 50 G 0.036 0.012 0.054 0.025 0.074 0.002 0.068 0.551 0.002 0.178 0.001 51 D 0.153 0.151 0.297 0.256 0.026 0.075 0.021 0.003 0.015 0.003 0.002 52 Y 0.008 0.436 0.301 0.005 0.040 0.034 0.015 0.001 0.160 0.001 0.001 53 P 0.031 0.006 0.847 0.005 0.001 0.076 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 54 L 0.207 0.065 0.645 0.007 0.015 0.023 0.002 0.001 0.031 0.002 0.002 55 P 0.765 0.002 0.204 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 56 A 0.671 0.012 0.053 0.213 0.010 0.006 0.008 0.018 0.006 0.004 0.001 57 S 0.578 0.040 0.260 0.067 0.017 0.016 0.008 0.004 0.006 0.004 0.001 58 E 0.817 0.013 0.074 0.077 0.005 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 F 0.561 0.052 0.066 0.243 0.028 0.014 0.014 0.010 0.011 0.002 0.001 60 I 0.433 0.158 0.205 0.123 0.010 0.043 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 61 L 0.257 0.149 0.296 0.009 0.009 0.048 0.018 0.001 0.212 0.002 0.001 62 P 0.496 0.004 0.446 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 63 E 0.411 0.014 0.034 0.462 0.008 0.009 0.020 0.035 0.004 0.001 0.001 64 C 0.030 0.115 0.744 0.009 0.042 0.039 0.005 0.002 0.013 0.001 0.001 65 D 0.655 0.001 0.003 0.339 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.003 0.751 0.007 0.003 0.234 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.004 0.934 0.021 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 68 Y 0.009 0.745 0.140 0.001 0.011 0.049 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 69 I 0.018 0.586 0.095 0.009 0.024 0.156 0.002 0.001 0.108 0.001 0.001 70 T 0.061 0.442 0.314 0.023 0.041 0.079 0.002 0.001 0.032 0.003 0.001 71 C 0.279 0.231 0.136 0.038 0.071 0.093 0.097 0.007 0.035 0.011 0.002 72 A 0.719 0.096 0.123 0.016 0.019 0.017 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 73 S 0.884 0.042 0.030 0.009 0.012 0.011 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 74 V 0.938 0.017 0.007 0.029 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 V 0.873 0.028 0.015 0.064 0.003 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 76 D 0.695 0.014 0.025 0.184 0.006 0.017 0.047 0.004 0.006 0.003 0.001 77 K 0.486 0.011 0.017 0.166 0.014 0.031 0.212 0.049 0.011 0.003 0.001 78 T 0.664 0.026 0.042 0.245 0.005 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 79 L 0.938 0.004 0.025 0.009 0.001 0.008 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 80 P 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 R 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.979 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.740 0.002 0.003 0.250 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 S 0.410 0.041 0.161 0.293 0.009 0.034 0.025 0.008 0.017 0.002 0.001 87 R 0.534 0.049 0.295 0.066 0.015 0.018 0.015 0.002 0.005 0.002 0.001 88 N 0.141 0.027 0.122 0.536 0.030 0.052 0.037 0.026 0.025 0.003 0.001 89 A 0.179 0.083 0.506 0.086 0.021 0.060 0.027 0.011 0.023 0.002 0.001 90 R 0.453 0.112 0.169 0.218 0.019 0.014 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 91 R 0.153 0.320 0.263 0.147 0.036 0.042 0.015 0.001 0.021 0.001 0.001 92 I 0.010 0.813 0.095 0.005 0.037 0.009 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 93 T 0.005 0.840 0.097 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 94 L 0.010 0.313 0.513 0.002 0.002 0.145 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 95 V 0.021 0.641 0.123 0.030 0.027 0.046 0.004 0.001 0.109 0.001 0.001 96 G 0.017 0.193 0.288 0.001 0.327 0.018 0.026 0.002 0.096 0.031 0.002 97 P 0.275 0.006 0.493 0.052 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 98 G 0.140 0.069 0.263 0.216 0.067 0.040 0.058 0.108 0.018 0.018 0.004 99 T 0.037 0.306 0.342 0.003 0.073 0.019 0.035 0.002 0.175 0.007 0.001 100 P 0.136 0.007 0.672 0.017 0.001 0.060 0.001 0.001 0.003 0.001 0.103 101 L 0.206 0.122 0.459 0.103 0.016 0.057 0.012 0.006 0.014 0.001 0.004 102 A 0.121 0.162 0.597 0.005 0.020 0.021 0.014 0.002 0.053 0.005 0.001 103 P 0.565 0.007 0.386 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 104 V 0.801 0.070 0.088 0.016 0.008 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 105 L 0.852 0.015 0.084 0.021 0.001 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 106 F 0.850 0.039 0.031 0.048 0.013 0.008 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 107 E 0.780 0.037 0.026 0.103 0.009 0.017 0.019 0.003 0.005 0.001 0.001 108 H 0.238 0.081 0.125 0.515 0.028 0.002 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 109 G 0.018 0.001 0.008 0.007 0.008 0.002 0.142 0.765 0.001 0.049 0.001 110 L 0.101 0.290 0.504 0.010 0.020 0.065 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 111 Q 0.761 0.040 0.026 0.157 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 112 E 0.086 0.720 0.056 0.010 0.108 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 113 L 0.136 0.630 0.123 0.027 0.014 0.031 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 114 S 0.051 0.523 0.091 0.060 0.240 0.007 0.004 0.002 0.020 0.002 0.001 115 G 0.036 0.180 0.138 0.054 0.422 0.017 0.044 0.056 0.011 0.041 0.001 116 F 0.010 0.656 0.147 0.010 0.150 0.008 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 117 M 0.018 0.617 0.263 0.003 0.013 0.057 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 118 V 0.020 0.235 0.591 0.002 0.002 0.129 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 119 K 0.430 0.248 0.101 0.124 0.027 0.040 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 120 D 0.036 0.183 0.191 0.017 0.338 0.094 0.024 0.001 0.105 0.009 0.001 121 N 0.946 0.002 0.004 0.037 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 A 0.980 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 R 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.959 0.002 0.003 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 G 0.709 0.007 0.021 0.210 0.011 0.002 0.015 0.019 0.002 0.004 0.001 131 A 0.534 0.019 0.082 0.270 0.021 0.009 0.026 0.021 0.008 0.011 0.001 132 E 0.465 0.057 0.195 0.139 0.067 0.009 0.021 0.020 0.003 0.024 0.001 133 K 0.395 0.090 0.133 0.175 0.087 0.023 0.048 0.021 0.009 0.017 0.001 134 V 0.185 0.375 0.262 0.073 0.055 0.021 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 135 K 0.157 0.401 0.286 0.019 0.024 0.056 0.010 0.001 0.043 0.001 0.001 136 I 0.184 0.343 0.354 0.021 0.008 0.071 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 137 Y 0.295 0.309 0.170 0.120 0.039 0.039 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 138 S 0.116 0.425 0.169 0.070 0.125 0.019 0.015 0.003 0.049 0.007 0.001 139 A 0.238 0.061 0.306 0.189 0.053 0.011 0.086 0.018 0.011 0.025 0.002 140 G 0.065 0.016 0.081 0.068 0.067 0.004 0.117 0.471 0.003 0.109 0.001 141 Q 0.064 0.366 0.416 0.065 0.052 0.022 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 142 K 0.016 0.590 0.305 0.014 0.041 0.017 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 143 V 0.004 0.774 0.166 0.003 0.022 0.013 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 144 T 0.004 0.478 0.461 0.001 0.004 0.038 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 145 I 0.013 0.672 0.215 0.004 0.010 0.051 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 146 K 0.021 0.360 0.509 0.009 0.011 0.056 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 147 K 0.095 0.322 0.331 0.029 0.133 0.018 0.018 0.015 0.016 0.023 0.001