# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.138 0.207 0.102 0.038 0.250 0.028 0.033 0.059 0.046 0.048 0.053 2 E 0.135 0.226 0.113 0.019 0.307 0.015 0.019 0.052 0.034 0.032 0.048 3 D 0.161 0.147 0.068 0.016 0.222 0.017 0.028 0.099 0.087 0.086 0.069 4 R 0.080 0.187 0.105 0.049 0.139 0.043 0.062 0.137 0.085 0.077 0.037 5 M 0.057 0.203 0.138 0.070 0.124 0.039 0.039 0.120 0.072 0.102 0.035 6 N 0.049 0.170 0.090 0.060 0.094 0.039 0.046 0.150 0.113 0.146 0.043 7 D 0.077 0.143 0.108 0.038 0.131 0.017 0.022 0.181 0.101 0.118 0.065 8 P 0.047 0.107 0.039 0.010 0.077 0.012 0.028 0.342 0.197 0.108 0.033 9 F 0.081 0.066 0.019 0.006 0.127 0.005 0.015 0.378 0.189 0.083 0.030 10 I 0.039 0.049 0.012 0.009 0.062 0.016 0.051 0.503 0.179 0.060 0.018 11 M 0.050 0.052 0.015 0.008 0.092 0.016 0.070 0.491 0.137 0.054 0.015 12 S 0.130 0.034 0.012 0.012 0.104 0.016 0.037 0.271 0.156 0.169 0.059 13 Q 0.073 0.214 0.057 0.028 0.175 0.025 0.036 0.191 0.118 0.057 0.026 14 N 0.104 0.130 0.034 0.010 0.169 0.011 0.032 0.184 0.137 0.138 0.051 15 E 0.132 0.109 0.043 0.021 0.141 0.026 0.070 0.161 0.124 0.111 0.062 16 V 0.056 0.174 0.260 0.163 0.112 0.041 0.015 0.058 0.041 0.051 0.029 17 K 0.009 0.038 0.018 0.063 0.020 0.117 0.310 0.253 0.148 0.020 0.005 18 G 0.027 0.012 0.014 0.034 0.016 0.013 0.015 0.025 0.089 0.633 0.119 19 K 0.029 0.510 0.170 0.028 0.192 0.011 0.014 0.010 0.012 0.015 0.007 20 K 0.339 0.055 0.006 0.003 0.514 0.001 0.003 0.005 0.004 0.009 0.062 21 V 0.208 0.080 0.004 0.003 0.665 0.002 0.005 0.006 0.002 0.004 0.023 22 G 0.166 0.056 0.004 0.001 0.740 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.018 23 V 0.373 0.052 0.008 0.001 0.501 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.057 24 V 0.191 0.045 0.014 0.030 0.148 0.041 0.051 0.034 0.059 0.206 0.182 25 G 0.037 0.289 0.188 0.089 0.143 0.036 0.051 0.043 0.045 0.050 0.029 26 H 0.148 0.105 0.059 0.021 0.184 0.011 0.016 0.033 0.049 0.208 0.164 27 F 0.050 0.241 0.290 0.072 0.128 0.018 0.015 0.052 0.058 0.049 0.027 28 P 0.006 0.115 0.094 0.060 0.024 0.102 0.106 0.344 0.125 0.018 0.005 29 H 0.050 0.081 0.046 0.015 0.060 0.009 0.037 0.352 0.136 0.163 0.051 30 L 0.021 0.035 0.027 0.008 0.022 0.007 0.010 0.488 0.206 0.153 0.023 31 E 0.006 0.037 0.013 0.004 0.015 0.005 0.013 0.726 0.160 0.018 0.004 32 S 0.004 0.012 0.005 0.004 0.008 0.005 0.028 0.798 0.114 0.017 0.003 33 L 0.005 0.008 0.006 0.003 0.007 0.006 0.032 0.771 0.107 0.052 0.004 34 L 0.021 0.019 0.006 0.002 0.026 0.002 0.008 0.661 0.164 0.070 0.018 35 E 0.008 0.037 0.013 0.007 0.016 0.014 0.041 0.648 0.188 0.024 0.005 36 P 0.011 0.030 0.015 0.009 0.029 0.018 0.129 0.567 0.115 0.069 0.007 37 I 0.044 0.091 0.077 0.034 0.086 0.037 0.103 0.240 0.092 0.163 0.034 38 C 0.101 0.182 0.078 0.033 0.151 0.025 0.029 0.121 0.060 0.151 0.070 39 D 0.114 0.117 0.033 0.023 0.210 0.024 0.037 0.164 0.074 0.153 0.051 40 L 0.263 0.096 0.012 0.007 0.392 0.008 0.018 0.065 0.026 0.048 0.065 41 S 0.158 0.216 0.029 0.011 0.488 0.013 0.012 0.032 0.009 0.012 0.021 42 I 0.353 0.079 0.008 0.001 0.498 0.002 0.003 0.017 0.004 0.005 0.029 43 L 0.360 0.066 0.011 0.011 0.403 0.012 0.008 0.026 0.012 0.015 0.076 44 E 0.147 0.177 0.053 0.027 0.371 0.015 0.020 0.077 0.037 0.034 0.043 45 W 0.135 0.158 0.060 0.013 0.297 0.011 0.028 0.080 0.058 0.106 0.054 46 S 0.135 0.233 0.114 0.033 0.299 0.012 0.021 0.037 0.025 0.047 0.045 47 P 0.066 0.285 0.205 0.050 0.163 0.020 0.034 0.072 0.046 0.034 0.025 48 E 0.045 0.236 0.226 0.051 0.118 0.032 0.065 0.114 0.063 0.032 0.019 49 E 0.035 0.176 0.053 0.037 0.105 0.094 0.177 0.126 0.104 0.071 0.022 50 G 0.045 0.060 0.067 0.052 0.077 0.040 0.036 0.056 0.088 0.347 0.133 51 D 0.115 0.166 0.100 0.018 0.157 0.014 0.022 0.044 0.065 0.219 0.080 52 Y 0.040 0.385 0.302 0.018 0.144 0.005 0.008 0.022 0.015 0.036 0.024 53 P 0.015 0.612 0.238 0.008 0.071 0.002 0.002 0.021 0.012 0.011 0.007 54 L 0.004 0.009 0.004 0.002 0.014 0.003 0.008 0.556 0.385 0.013 0.002 55 P 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.012 0.760 0.198 0.018 0.002 56 A 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.015 0.590 0.189 0.186 0.004 57 S 0.008 0.012 0.003 0.001 0.013 0.001 0.006 0.683 0.239 0.030 0.004 58 E 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.045 0.658 0.264 0.015 0.002 59 F 0.005 0.009 0.004 0.002 0.009 0.004 0.117 0.647 0.150 0.049 0.004 60 I 0.033 0.055 0.017 0.005 0.033 0.005 0.042 0.351 0.182 0.246 0.030 61 L 0.046 0.073 0.017 0.009 0.107 0.011 0.016 0.291 0.344 0.060 0.025 62 P 0.005 0.038 0.043 0.017 0.021 0.013 0.034 0.490 0.321 0.016 0.002 63 E 0.013 0.004 0.003 0.001 0.011 0.005 0.091 0.196 0.275 0.382 0.018 64 C 0.305 0.124 0.003 0.001 0.427 0.001 0.001 0.011 0.015 0.025 0.088 65 D 0.004 0.003 0.001 0.010 0.013 0.098 0.380 0.415 0.059 0.016 0.002 66 Y 0.220 0.038 0.003 0.002 0.659 0.001 0.002 0.031 0.008 0.022 0.015 67 V 0.150 0.023 0.001 0.001 0.801 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.005 68 Y 0.196 0.024 0.001 0.001 0.695 0.001 0.003 0.022 0.002 0.007 0.049 69 I 0.238 0.035 0.005 0.004 0.316 0.009 0.037 0.074 0.013 0.042 0.226 70 T 0.166 0.067 0.039 0.034 0.153 0.034 0.032 0.097 0.040 0.183 0.155 71 C 0.027 0.082 0.042 0.023 0.071 0.010 0.014 0.365 0.244 0.093 0.030 72 A 0.006 0.031 0.009 0.008 0.019 0.012 0.032 0.570 0.286 0.023 0.003 73 S 0.002 0.009 0.008 0.009 0.006 0.022 0.113 0.684 0.121 0.021 0.004 74 V 0.018 0.006 0.003 0.002 0.010 0.006 0.027 0.692 0.122 0.083 0.030 75 V 0.009 0.030 0.015 0.012 0.012 0.014 0.018 0.547 0.219 0.107 0.015 76 D 0.008 0.119 0.031 0.007 0.042 0.010 0.054 0.574 0.117 0.033 0.005 77 K 0.006 0.040 0.019 0.011 0.021 0.016 0.103 0.508 0.148 0.117 0.011 78 T 0.010 0.060 0.030 0.004 0.015 0.005 0.049 0.667 0.099 0.055 0.008 79 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.840 0.130 0.019 0.003 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.905 0.085 0.001 0.001 81 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.934 0.054 0.002 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.850 0.134 0.013 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.747 0.234 0.011 0.001 84 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.819 0.155 0.002 0.001 85 L 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.043 0.452 0.209 0.274 0.005 86 S 0.115 0.168 0.016 0.002 0.218 0.003 0.011 0.153 0.131 0.139 0.044 87 R 0.011 0.032 0.020 0.025 0.023 0.044 0.065 0.436 0.251 0.083 0.009 88 N 0.039 0.086 0.076 0.023 0.079 0.009 0.027 0.132 0.094 0.386 0.050 89 A 0.192 0.063 0.010 0.004 0.215 0.004 0.017 0.117 0.116 0.147 0.116 90 R 0.027 0.147 0.040 0.016 0.116 0.052 0.148 0.323 0.101 0.023 0.006 91 R 0.295 0.039 0.004 0.005 0.424 0.003 0.006 0.048 0.016 0.065 0.096 92 I 0.194 0.052 0.003 0.006 0.622 0.013 0.033 0.050 0.006 0.007 0.014 93 T 0.096 0.101 0.008 0.001 0.764 0.001 0.003 0.010 0.003 0.004 0.010 94 L 0.430 0.023 0.004 0.001 0.417 0.002 0.003 0.009 0.002 0.006 0.102 95 V 0.105 0.037 0.011 0.038 0.115 0.032 0.059 0.066 0.063 0.371 0.103 96 G 0.015 0.268 0.376 0.132 0.075 0.019 0.028 0.034 0.022 0.024 0.006 97 P 0.099 0.195 0.119 0.024 0.245 0.017 0.026 0.073 0.056 0.082 0.063 98 G 0.086 0.129 0.090 0.037 0.143 0.018 0.034 0.092 0.136 0.161 0.074 99 T 0.016 0.205 0.210 0.078 0.058 0.069 0.138 0.125 0.068 0.027 0.004 100 P 0.082 0.288 0.112 0.010 0.197 0.007 0.026 0.141 0.057 0.045 0.033 101 L 0.109 0.090 0.037 0.019 0.095 0.044 0.031 0.102 0.129 0.247 0.096 102 A 0.030 0.351 0.273 0.028 0.139 0.007 0.016 0.080 0.037 0.027 0.012 103 P 0.052 0.073 0.040 0.013 0.060 0.015 0.038 0.418 0.205 0.058 0.027 104 V 0.016 0.057 0.023 0.007 0.055 0.010 0.039 0.556 0.200 0.030 0.007 105 L 0.034 0.011 0.005 0.009 0.038 0.017 0.057 0.521 0.195 0.089 0.023 106 F 0.018 0.053 0.032 0.027 0.041 0.033 0.131 0.439 0.184 0.035 0.006 107 E 0.030 0.026 0.016 0.033 0.025 0.062 0.213 0.254 0.145 0.169 0.027 108 H 0.014 0.539 0.270 0.022 0.108 0.005 0.006 0.007 0.009 0.015 0.006 109 G 0.108 0.036 0.049 0.091 0.052 0.027 0.025 0.022 0.038 0.254 0.296 110 L 0.239 0.249 0.019 0.003 0.403 0.002 0.004 0.009 0.012 0.015 0.046 111 Q 0.116 0.062 0.017 0.059 0.233 0.126 0.170 0.071 0.043 0.054 0.048 112 E 0.363 0.078 0.014 0.004 0.439 0.003 0.006 0.019 0.014 0.022 0.039 113 L 0.346 0.082 0.017 0.020 0.361 0.030 0.019 0.014 0.008 0.025 0.077 114 S 0.098 0.217 0.092 0.057 0.297 0.019 0.011 0.014 0.016 0.085 0.093 115 G 0.144 0.178 0.086 0.025 0.277 0.009 0.018 0.019 0.029 0.115 0.100 116 F 0.146 0.290 0.030 0.003 0.454 0.004 0.008 0.015 0.018 0.013 0.019 117 M 0.107 0.282 0.054 0.004 0.463 0.003 0.007 0.015 0.013 0.018 0.035 118 V 0.270 0.131 0.033 0.002 0.415 0.002 0.008 0.048 0.022 0.020 0.048 119 K 0.015 0.205 0.089 0.034 0.084 0.173 0.159 0.136 0.040 0.044 0.020 120 D 0.309 0.122 0.041 0.001 0.478 0.001 0.001 0.006 0.002 0.005 0.036 121 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.565 0.397 0.026 0.001 122 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.914 0.064 0.004 0.001 123 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.906 0.067 0.022 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.054 0.004 0.001 125 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.913 0.081 0.002 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.940 0.049 0.001 0.001 127 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.946 0.035 0.006 0.001 128 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.864 0.107 0.012 0.001 129 A 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.005 0.045 0.800 0.128 0.012 0.001 130 G 0.003 0.150 0.124 0.021 0.020 0.024 0.174 0.408 0.048 0.027 0.002 131 A 0.033 0.120 0.098 0.032 0.042 0.016 0.024 0.078 0.050 0.423 0.085 132 E 0.079 0.196 0.090 0.054 0.104 0.038 0.052 0.124 0.060 0.118 0.085 133 K 0.062 0.141 0.074 0.069 0.143 0.049 0.024 0.141 0.071 0.170 0.056 134 V 0.167 0.179 0.047 0.015 0.287 0.013 0.020 0.113 0.074 0.041 0.043 135 K 0.109 0.160 0.060 0.014 0.242 0.015 0.026 0.192 0.103 0.044 0.037 136 I 0.143 0.075 0.030 0.010 0.201 0.014 0.057 0.270 0.087 0.062 0.051 137 Y 0.113 0.083 0.045 0.030 0.139 0.046 0.086 0.213 0.084 0.121 0.040 138 S 0.048 0.157 0.154 0.133 0.113 0.063 0.056 0.134 0.058 0.065 0.020 139 A 0.031 0.103 0.087 0.088 0.064 0.058 0.108 0.235 0.117 0.088 0.022 140 G 0.070 0.068 0.037 0.028 0.078 0.028 0.062 0.133 0.104 0.301 0.091 141 Q 0.153 0.240 0.041 0.013 0.344 0.010 0.017 0.051 0.033 0.059 0.040 142 K 0.312 0.081 0.016 0.012 0.349 0.011 0.019 0.044 0.023 0.050 0.083 143 V 0.165 0.240 0.033 0.006 0.499 0.004 0.004 0.013 0.005 0.009 0.021 144 T 0.290 0.129 0.019 0.002 0.506 0.002 0.003 0.010 0.003 0.005 0.032 145 I 0.246 0.187 0.056 0.012 0.379 0.010 0.008 0.024 0.009 0.013 0.055 146 K 0.110 0.259 0.109 0.041 0.226 0.038 0.045 0.077 0.033 0.025 0.038 147 K 0.120 0.184 0.119 0.035 0.179 0.025 0.033 0.098 0.059 0.083 0.064