# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.616 0.203 0.103 0.058 0.017 0.004 0.001 2 E 0.560 0.244 0.106 0.059 0.023 0.006 0.001 3 D 0.459 0.197 0.125 0.113 0.077 0.026 0.003 4 R 0.440 0.239 0.147 0.102 0.052 0.017 0.003 5 M 0.662 0.206 0.077 0.037 0.012 0.005 0.001 6 N 0.432 0.234 0.144 0.108 0.055 0.022 0.006 7 D 0.505 0.225 0.124 0.081 0.045 0.018 0.003 8 P 0.342 0.253 0.176 0.122 0.070 0.031 0.006 9 F 0.275 0.151 0.141 0.174 0.148 0.095 0.016 10 I 0.256 0.225 0.185 0.169 0.105 0.051 0.008 11 M 0.208 0.180 0.164 0.179 0.154 0.096 0.019 12 S 0.115 0.116 0.133 0.189 0.230 0.170 0.047 13 Q 0.137 0.150 0.171 0.220 0.181 0.111 0.031 14 N 0.199 0.246 0.199 0.170 0.108 0.061 0.016 15 E 0.164 0.210 0.201 0.215 0.142 0.059 0.010 16 V 0.225 0.208 0.177 0.194 0.137 0.052 0.006 17 K 0.403 0.313 0.168 0.084 0.026 0.005 0.001 18 G 0.285 0.382 0.201 0.100 0.029 0.004 0.001 19 K 0.030 0.206 0.310 0.308 0.123 0.022 0.001 20 K 0.002 0.031 0.109 0.308 0.364 0.175 0.010 21 V 0.001 0.001 0.006 0.037 0.181 0.548 0.227 22 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.047 0.357 0.583 23 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.183 0.799 24 V 0.001 0.001 0.004 0.013 0.044 0.263 0.675 25 G 0.001 0.002 0.006 0.020 0.073 0.339 0.560 26 H 0.001 0.009 0.027 0.091 0.206 0.377 0.288 27 F 0.002 0.010 0.031 0.097 0.270 0.413 0.178 28 P 0.029 0.126 0.233 0.249 0.206 0.128 0.030 29 H 0.062 0.159 0.211 0.253 0.180 0.110 0.024 30 L 0.042 0.060 0.079 0.171 0.298 0.305 0.045 31 E 0.046 0.117 0.175 0.280 0.255 0.117 0.009 32 S 0.211 0.411 0.223 0.102 0.039 0.013 0.001 33 L 0.089 0.207 0.280 0.268 0.121 0.032 0.002 34 L 0.070 0.103 0.141 0.262 0.293 0.124 0.007 35 E 0.319 0.347 0.191 0.101 0.033 0.009 0.001 36 P 0.608 0.280 0.078 0.025 0.007 0.002 0.001 37 I 0.229 0.274 0.248 0.165 0.066 0.016 0.002 38 C 0.153 0.183 0.213 0.231 0.164 0.052 0.004 39 D 0.188 0.263 0.230 0.183 0.098 0.034 0.003 40 L 0.087 0.128 0.179 0.247 0.223 0.123 0.013 41 S 0.036 0.068 0.115 0.231 0.293 0.225 0.032 42 I 0.022 0.044 0.091 0.176 0.289 0.310 0.068 43 L 0.011 0.016 0.041 0.116 0.262 0.428 0.126 44 E 0.054 0.131 0.181 0.234 0.232 0.147 0.022 45 W 0.101 0.180 0.229 0.245 0.163 0.073 0.008 46 S 0.119 0.185 0.238 0.256 0.150 0.048 0.003 47 P 0.291 0.259 0.217 0.151 0.066 0.015 0.001 48 E 0.652 0.233 0.075 0.029 0.009 0.002 0.001 49 E 0.657 0.197 0.092 0.039 0.013 0.003 0.001 50 G 0.563 0.251 0.105 0.058 0.019 0.004 0.001 51 D 0.301 0.287 0.207 0.134 0.057 0.013 0.001 52 Y 0.178 0.169 0.224 0.247 0.141 0.038 0.002 53 P 0.475 0.286 0.134 0.072 0.027 0.007 0.001 54 L 0.482 0.256 0.134 0.086 0.033 0.008 0.001 55 P 0.554 0.261 0.110 0.051 0.018 0.005 0.001 56 A 0.248 0.288 0.206 0.163 0.073 0.019 0.003 57 S 0.108 0.193 0.220 0.239 0.167 0.065 0.008 58 E 0.214 0.325 0.224 0.153 0.064 0.019 0.002 59 F 0.127 0.273 0.253 0.200 0.104 0.038 0.005 60 I 0.018 0.040 0.083 0.221 0.358 0.251 0.030 61 L 0.023 0.062 0.123 0.254 0.326 0.191 0.021 62 P 0.090 0.227 0.217 0.224 0.160 0.075 0.008 63 E 0.039 0.181 0.314 0.295 0.135 0.034 0.002 64 C 0.004 0.016 0.038 0.135 0.361 0.402 0.044 65 D 0.002 0.039 0.131 0.292 0.313 0.198 0.025 66 Y 0.001 0.002 0.008 0.038 0.130 0.506 0.316 67 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.050 0.315 0.625 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.172 0.805 69 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.149 0.830 70 T 0.001 0.004 0.011 0.038 0.084 0.279 0.583 71 C 0.001 0.004 0.010 0.031 0.088 0.335 0.531 72 A 0.002 0.011 0.032 0.094 0.240 0.363 0.259 73 S 0.008 0.025 0.059 0.112 0.205 0.385 0.205 74 V 0.008 0.025 0.054 0.150 0.259 0.344 0.161 75 V 0.010 0.021 0.039 0.102 0.222 0.435 0.172 76 D 0.010 0.075 0.167 0.284 0.301 0.145 0.017 77 K 0.018 0.117 0.250 0.299 0.203 0.099 0.014 78 T 0.005 0.023 0.043 0.137 0.307 0.395 0.090 79 L 0.002 0.006 0.018 0.093 0.351 0.460 0.071 80 P 0.019 0.216 0.376 0.276 0.090 0.021 0.002 81 R 0.028 0.121 0.259 0.355 0.190 0.044 0.003 82 L 0.003 0.007 0.011 0.043 0.220 0.619 0.097 83 L 0.004 0.019 0.076 0.293 0.416 0.182 0.011 84 E 0.058 0.385 0.318 0.165 0.055 0.016 0.002 85 L 0.012 0.067 0.221 0.387 0.234 0.072 0.008 86 S 0.008 0.030 0.063 0.203 0.398 0.268 0.029 87 R 0.096 0.288 0.263 0.201 0.114 0.034 0.003 88 N 0.183 0.362 0.242 0.157 0.047 0.008 0.001 89 A 0.047 0.190 0.276 0.292 0.160 0.033 0.001 90 R 0.027 0.167 0.259 0.291 0.195 0.057 0.003 91 R 0.004 0.034 0.106 0.279 0.358 0.201 0.019 92 I 0.001 0.004 0.012 0.055 0.199 0.497 0.233 93 T 0.001 0.001 0.002 0.010 0.051 0.322 0.614 94 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.149 0.833 95 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 0.162 0.808 96 G 0.001 0.002 0.007 0.019 0.054 0.212 0.706 97 P 0.001 0.005 0.010 0.033 0.096 0.286 0.569 98 G 0.009 0.030 0.049 0.087 0.173 0.294 0.359 99 T 0.018 0.046 0.091 0.160 0.202 0.275 0.208 100 P 0.031 0.070 0.108 0.176 0.226 0.242 0.146 101 L 0.035 0.053 0.078 0.149 0.228 0.290 0.167 102 A 0.040 0.072 0.105 0.197 0.256 0.230 0.100 103 P 0.110 0.182 0.192 0.205 0.154 0.107 0.049 104 V 0.107 0.204 0.213 0.207 0.141 0.095 0.034 105 L 0.087 0.100 0.115 0.174 0.252 0.220 0.053 106 F 0.076 0.156 0.228 0.274 0.179 0.077 0.010 107 E 0.205 0.351 0.228 0.134 0.060 0.020 0.002 108 H 0.045 0.115 0.171 0.293 0.271 0.095 0.011 109 G 0.069 0.218 0.248 0.232 0.142 0.079 0.012 110 L 0.005 0.008 0.023 0.081 0.227 0.438 0.218 111 Q 0.009 0.030 0.070 0.173 0.303 0.300 0.114 112 E 0.002 0.009 0.023 0.058 0.134 0.389 0.384 113 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.044 0.254 0.687 114 S 0.001 0.003 0.008 0.024 0.067 0.292 0.606 115 G 0.004 0.008 0.019 0.051 0.124 0.372 0.422 116 F 0.002 0.005 0.010 0.032 0.112 0.419 0.420 117 M 0.009 0.043 0.098 0.214 0.261 0.280 0.094 118 V 0.009 0.035 0.075 0.166 0.333 0.310 0.072 119 K 0.050 0.183 0.261 0.258 0.156 0.077 0.014 120 D 0.049 0.185 0.234 0.278 0.178 0.067 0.010 121 N 0.041 0.132 0.231 0.278 0.229 0.082 0.007 122 A 0.260 0.444 0.200 0.074 0.019 0.004 0.001 123 R 0.062 0.217 0.343 0.239 0.107 0.028 0.004 124 A 0.006 0.013 0.028 0.110 0.364 0.436 0.043 125 F 0.014 0.085 0.223 0.345 0.244 0.083 0.006 126 R 0.119 0.384 0.278 0.148 0.051 0.018 0.002 127 I 0.038 0.081 0.143 0.250 0.287 0.178 0.023 128 V 0.012 0.016 0.038 0.123 0.300 0.422 0.088 129 A 0.101 0.237 0.260 0.217 0.120 0.051 0.014 130 G 0.196 0.226 0.209 0.181 0.117 0.058 0.013 131 A 0.110 0.144 0.153 0.199 0.197 0.158 0.038 132 E 0.146 0.198 0.194 0.201 0.154 0.087 0.020 133 K 0.217 0.238 0.188 0.171 0.113 0.060 0.012 134 V 0.165 0.186 0.179 0.201 0.169 0.086 0.015 135 K 0.211 0.212 0.183 0.182 0.133 0.068 0.011 136 I 0.164 0.209 0.213 0.210 0.137 0.059 0.008 137 Y 0.135 0.146 0.176 0.253 0.206 0.075 0.008 138 S 0.356 0.327 0.184 0.091 0.031 0.009 0.001 139 A 0.535 0.266 0.123 0.054 0.017 0.004 0.001 140 G 0.386 0.246 0.172 0.122 0.058 0.016 0.001 141 Q 0.239 0.199 0.194 0.195 0.131 0.039 0.002 142 K 0.374 0.310 0.193 0.092 0.026 0.005 0.001 143 V 0.387 0.284 0.169 0.109 0.040 0.009 0.001 144 T 0.309 0.328 0.205 0.115 0.038 0.006 0.001 145 I 0.191 0.176 0.215 0.267 0.132 0.019 0.001 146 K 0.685 0.239 0.057 0.015 0.003 0.001 0.001 147 K 0.762 0.183 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001