# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.424 0.176 0.003 0.003 0.018 0.013 0.034 0.021 0.002 0.053 0.253 2 E 0.077 0.055 0.003 0.004 0.008 0.024 0.075 0.004 0.002 0.031 0.717 3 D 0.053 0.038 0.006 0.015 0.009 0.026 0.056 0.003 0.001 0.026 0.767 4 R 0.165 0.023 0.001 0.007 0.026 0.017 0.062 0.002 0.001 0.049 0.648 5 M 0.014 0.010 0.001 0.006 0.017 0.013 0.092 0.001 0.001 0.020 0.827 6 N 0.008 0.019 0.001 0.006 0.006 0.007 0.081 0.003 0.001 0.008 0.861 7 D 0.256 0.188 0.001 0.009 0.030 0.020 0.112 0.042 0.001 0.063 0.279 8 P 0.159 0.137 0.004 0.025 0.007 0.013 0.101 0.005 0.001 0.067 0.481 9 F 0.051 0.175 0.003 0.043 0.037 0.084 0.102 0.006 0.001 0.046 0.451 10 I 0.132 0.088 0.003 0.040 0.056 0.072 0.101 0.006 0.001 0.088 0.412 11 M 0.044 0.126 0.006 0.057 0.056 0.075 0.122 0.007 0.002 0.052 0.452 12 S 0.094 0.147 0.003 0.019 0.067 0.129 0.073 0.016 0.001 0.032 0.420 13 Q 0.093 0.087 0.005 0.021 0.069 0.120 0.071 0.007 0.003 0.065 0.461 14 N 0.059 0.031 0.024 0.015 0.071 0.102 0.110 0.006 0.014 0.108 0.460 15 E 0.205 0.009 0.008 0.012 0.020 0.034 0.082 0.009 0.005 0.070 0.548 16 V 0.347 0.002 0.002 0.010 0.012 0.014 0.068 0.004 0.002 0.068 0.472 17 K 0.024 0.002 0.001 0.016 0.005 0.007 0.119 0.001 0.001 0.014 0.812 18 G 0.002 0.001 0.001 0.020 0.006 0.011 0.126 0.001 0.001 0.010 0.823 19 K 0.004 0.004 0.001 0.267 0.081 0.031 0.119 0.001 0.001 0.058 0.434 20 K 0.001 0.001 0.001 0.712 0.040 0.050 0.028 0.001 0.001 0.051 0.118 21 V 0.001 0.001 0.001 0.761 0.039 0.027 0.014 0.001 0.001 0.028 0.129 22 G 0.001 0.001 0.001 0.944 0.021 0.013 0.004 0.001 0.001 0.006 0.011 23 V 0.001 0.001 0.001 0.888 0.016 0.027 0.009 0.001 0.001 0.022 0.036 24 V 0.012 0.001 0.001 0.810 0.021 0.038 0.020 0.001 0.001 0.038 0.058 25 G 0.011 0.005 0.001 0.372 0.023 0.084 0.143 0.002 0.001 0.075 0.284 26 H 0.043 0.177 0.003 0.091 0.030 0.031 0.117 0.004 0.003 0.035 0.467 27 F 0.185 0.413 0.005 0.011 0.020 0.022 0.066 0.063 0.002 0.017 0.194 28 P 0.089 0.330 0.003 0.008 0.009 0.011 0.051 0.011 0.001 0.068 0.420 29 H 0.052 0.429 0.030 0.004 0.011 0.019 0.049 0.016 0.012 0.177 0.201 30 L 0.390 0.323 0.016 0.003 0.006 0.008 0.031 0.040 0.005 0.051 0.127 31 E 0.245 0.205 0.020 0.009 0.014 0.029 0.060 0.025 0.014 0.048 0.331 32 S 0.122 0.031 0.002 0.010 0.020 0.036 0.095 0.002 0.001 0.027 0.654 33 L 0.016 0.030 0.004 0.025 0.016 0.039 0.122 0.003 0.002 0.032 0.713 34 L 0.091 0.046 0.011 0.011 0.023 0.031 0.151 0.014 0.004 0.045 0.572 35 E 0.305 0.005 0.008 0.013 0.022 0.038 0.085 0.009 0.006 0.076 0.432 36 P 0.071 0.005 0.001 0.016 0.015 0.033 0.106 0.004 0.001 0.034 0.715 37 I 0.026 0.001 0.002 0.039 0.014 0.038 0.116 0.001 0.001 0.037 0.725 38 C 0.003 0.002 0.001 0.104 0.128 0.102 0.121 0.001 0.001 0.041 0.496 39 D 0.002 0.001 0.001 0.141 0.122 0.230 0.092 0.002 0.001 0.048 0.363 40 L 0.001 0.002 0.001 0.297 0.145 0.106 0.034 0.001 0.001 0.029 0.385 41 S 0.001 0.001 0.001 0.398 0.223 0.298 0.011 0.001 0.001 0.038 0.030 42 I 0.002 0.001 0.001 0.271 0.174 0.289 0.020 0.001 0.001 0.047 0.193 43 L 0.003 0.001 0.001 0.433 0.217 0.216 0.017 0.001 0.001 0.027 0.086 44 E 0.004 0.001 0.001 0.153 0.176 0.356 0.052 0.001 0.001 0.045 0.213 45 W 0.005 0.001 0.001 0.115 0.105 0.141 0.068 0.001 0.001 0.019 0.543 46 S 0.053 0.004 0.005 0.037 0.133 0.118 0.141 0.013 0.006 0.074 0.416 47 P 0.126 0.003 0.006 0.014 0.006 0.009 0.087 0.005 0.004 0.061 0.677 48 E 0.374 0.004 0.001 0.007 0.009 0.010 0.050 0.011 0.001 0.066 0.466 49 E 0.046 0.002 0.001 0.006 0.003 0.007 0.072 0.001 0.001 0.026 0.836 50 G 0.004 0.001 0.001 0.012 0.013 0.043 0.144 0.002 0.001 0.020 0.762 51 D 0.022 0.002 0.001 0.018 0.050 0.041 0.114 0.001 0.001 0.036 0.716 52 Y 0.004 0.001 0.001 0.014 0.026 0.026 0.165 0.002 0.001 0.025 0.737 53 P 0.054 0.028 0.001 0.018 0.012 0.014 0.154 0.004 0.001 0.091 0.624 54 L 0.135 0.148 0.003 0.013 0.006 0.008 0.093 0.014 0.001 0.141 0.438 55 P 0.085 0.428 0.006 0.006 0.003 0.005 0.054 0.006 0.002 0.068 0.337 56 A 0.127 0.497 0.013 0.007 0.009 0.014 0.040 0.012 0.004 0.047 0.229 57 S 0.236 0.454 0.002 0.003 0.010 0.014 0.032 0.036 0.001 0.023 0.189 58 E 0.330 0.099 0.003 0.010 0.018 0.030 0.061 0.012 0.002 0.058 0.376 59 F 0.036 0.031 0.011 0.024 0.018 0.034 0.152 0.002 0.005 0.042 0.645 60 I 0.041 0.014 0.007 0.018 0.016 0.022 0.158 0.004 0.003 0.039 0.679 61 L 0.316 0.053 0.005 0.020 0.011 0.010 0.134 0.012 0.003 0.107 0.330 62 P 0.094 0.023 0.003 0.027 0.005 0.007 0.146 0.003 0.002 0.052 0.639 63 E 0.009 0.019 0.001 0.055 0.010 0.021 0.124 0.002 0.001 0.029 0.729 64 C 0.010 0.043 0.001 0.083 0.028 0.023 0.122 0.002 0.001 0.097 0.591 65 D 0.002 0.036 0.001 0.630 0.061 0.061 0.034 0.001 0.001 0.069 0.104 66 Y 0.002 0.010 0.001 0.528 0.035 0.048 0.019 0.001 0.001 0.211 0.145 67 V 0.001 0.009 0.001 0.831 0.057 0.028 0.008 0.001 0.001 0.032 0.034 68 Y 0.005 0.025 0.001 0.731 0.031 0.045 0.023 0.001 0.001 0.048 0.089 69 I 0.005 0.012 0.001 0.505 0.064 0.081 0.019 0.001 0.001 0.252 0.060 70 T 0.018 0.207 0.003 0.234 0.030 0.073 0.068 0.004 0.002 0.151 0.209 71 C 0.159 0.284 0.008 0.078 0.048 0.055 0.069 0.021 0.003 0.094 0.181 72 A 0.065 0.108 0.005 0.067 0.089 0.120 0.079 0.008 0.003 0.201 0.254 73 S 0.060 0.142 0.010 0.038 0.035 0.049 0.137 0.006 0.006 0.128 0.390 74 V 0.173 0.091 0.028 0.035 0.025 0.038 0.105 0.035 0.015 0.094 0.359 75 V 0.398 0.104 0.003 0.015 0.010 0.018 0.078 0.023 0.002 0.063 0.285 76 D 0.134 0.028 0.003 0.012 0.006 0.014 0.120 0.001 0.002 0.082 0.598 77 K 0.006 0.048 0.004 0.023 0.005 0.015 0.152 0.002 0.001 0.054 0.689 78 T 0.054 0.693 0.002 0.004 0.005 0.005 0.038 0.008 0.001 0.024 0.167 79 L 0.037 0.888 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 0.001 0.007 0.043 80 P 0.022 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.034 81 R 0.031 0.850 0.003 0.003 0.002 0.004 0.012 0.007 0.001 0.030 0.055 82 L 0.073 0.468 0.012 0.008 0.005 0.006 0.036 0.016 0.003 0.268 0.105 83 L 0.091 0.386 0.024 0.017 0.009 0.014 0.056 0.013 0.007 0.215 0.168 84 E 0.131 0.106 0.021 0.022 0.011 0.018 0.076 0.008 0.008 0.136 0.464 85 L 0.072 0.057 0.015 0.024 0.010 0.020 0.110 0.009 0.008 0.114 0.562 86 S 0.209 0.025 0.007 0.011 0.008 0.017 0.115 0.007 0.005 0.086 0.509 87 R 0.120 0.006 0.006 0.018 0.005 0.015 0.134 0.005 0.004 0.076 0.610 88 N 0.056 0.003 0.001 0.015 0.004 0.009 0.142 0.002 0.001 0.031 0.736 89 A 0.017 0.002 0.001 0.060 0.007 0.008 0.152 0.001 0.001 0.023 0.727 90 R 0.004 0.003 0.001 0.271 0.027 0.025 0.130 0.001 0.001 0.041 0.497 91 R 0.001 0.001 0.001 0.672 0.030 0.032 0.038 0.001 0.001 0.061 0.164 92 I 0.001 0.001 0.001 0.861 0.028 0.029 0.010 0.001 0.001 0.023 0.049 93 T 0.001 0.001 0.001 0.893 0.028 0.020 0.006 0.001 0.001 0.021 0.032 94 L 0.001 0.001 0.001 0.911 0.020 0.021 0.008 0.001 0.001 0.011 0.028 95 V 0.004 0.001 0.001 0.784 0.015 0.045 0.028 0.001 0.001 0.032 0.091 96 G 0.108 0.003 0.001 0.364 0.028 0.064 0.105 0.001 0.002 0.097 0.227 97 P 0.023 0.005 0.002 0.122 0.018 0.047 0.204 0.002 0.002 0.059 0.516 98 G 0.118 0.030 0.001 0.031 0.019 0.029 0.172 0.011 0.002 0.047 0.539 99 T 0.304 0.017 0.001 0.013 0.020 0.018 0.147 0.009 0.001 0.081 0.387 100 P 0.016 0.019 0.001 0.011 0.018 0.027 0.159 0.003 0.001 0.039 0.707 101 L 0.054 0.350 0.003 0.006 0.011 0.024 0.077 0.013 0.001 0.015 0.446 102 A 0.135 0.565 0.004 0.004 0.011 0.008 0.036 0.028 0.002 0.030 0.178 103 P 0.160 0.497 0.012 0.003 0.007 0.013 0.048 0.017 0.005 0.033 0.207 104 V 0.155 0.340 0.005 0.007 0.009 0.021 0.048 0.009 0.002 0.051 0.354 105 L 0.139 0.094 0.069 0.012 0.010 0.015 0.073 0.012 0.034 0.177 0.365 106 F 0.343 0.062 0.006 0.012 0.010 0.014 0.099 0.014 0.003 0.073 0.362 107 E 0.064 0.028 0.002 0.018 0.007 0.015 0.085 0.003 0.001 0.032 0.746 108 H 0.014 0.016 0.001 0.027 0.022 0.029 0.143 0.002 0.001 0.034 0.711 109 G 0.010 0.035 0.001 0.107 0.043 0.110 0.127 0.007 0.001 0.065 0.494 110 L 0.027 0.021 0.003 0.096 0.072 0.073 0.094 0.003 0.001 0.113 0.498 111 Q 0.010 0.012 0.005 0.378 0.111 0.167 0.047 0.002 0.002 0.128 0.138 112 E 0.062 0.014 0.004 0.259 0.056 0.140 0.062 0.005 0.002 0.124 0.272 113 L 0.045 0.008 0.003 0.393 0.075 0.125 0.068 0.004 0.002 0.047 0.230 114 S 0.016 0.005 0.001 0.214 0.072 0.161 0.093 0.003 0.001 0.045 0.391 115 G 0.009 0.002 0.001 0.134 0.109 0.211 0.097 0.003 0.001 0.052 0.383 116 F 0.006 0.002 0.001 0.167 0.102 0.144 0.117 0.001 0.001 0.023 0.437 117 M 0.016 0.003 0.001 0.110 0.141 0.175 0.094 0.001 0.001 0.042 0.417 118 V 0.007 0.006 0.001 0.077 0.072 0.074 0.110 0.001 0.001 0.035 0.616 119 K 0.019 0.067 0.002 0.036 0.019 0.026 0.103 0.010 0.002 0.041 0.676 120 D 0.107 0.759 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.007 0.001 0.039 0.066 121 N 0.066 0.799 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.034 0.080 122 A 0.039 0.795 0.002 0.002 0.002 0.004 0.014 0.002 0.001 0.037 0.101 123 R 0.024 0.860 0.001 0.002 0.007 0.007 0.013 0.004 0.001 0.025 0.056 124 A 0.033 0.861 0.002 0.003 0.006 0.008 0.012 0.009 0.001 0.016 0.050 125 F 0.048 0.658 0.003 0.009 0.017 0.031 0.023 0.005 0.001 0.104 0.103 126 R 0.043 0.399 0.018 0.024 0.023 0.049 0.050 0.005 0.007 0.196 0.188 127 I 0.094 0.088 0.119 0.030 0.019 0.034 0.087 0.015 0.040 0.226 0.248 128 V 0.251 0.047 0.035 0.031 0.022 0.034 0.078 0.013 0.024 0.093 0.372 129 A 0.212 0.010 0.003 0.008 0.005 0.009 0.066 0.003 0.003 0.029 0.654 130 G 0.047 0.008 0.001 0.007 0.003 0.009 0.088 0.004 0.001 0.020 0.813 131 A 0.046 0.011 0.001 0.007 0.005 0.010 0.105 0.004 0.001 0.020 0.791 132 E 0.031 0.021 0.001 0.027 0.053 0.075 0.129 0.007 0.001 0.030 0.627 133 K 0.024 0.061 0.001 0.038 0.040 0.079 0.104 0.004 0.001 0.034 0.613 134 V 0.058 0.041 0.004 0.045 0.126 0.111 0.081 0.006 0.002 0.052 0.473 135 K 0.057 0.107 0.004 0.062 0.084 0.114 0.091 0.005 0.002 0.058 0.417 136 I 0.096 0.055 0.011 0.034 0.039 0.067 0.086 0.006 0.006 0.060 0.541 137 Y 0.152 0.119 0.007 0.038 0.037 0.045 0.070 0.012 0.003 0.051 0.466 138 S 0.148 0.034 0.004 0.011 0.032 0.054 0.090 0.007 0.002 0.041 0.576 139 A 0.029 0.043 0.002 0.030 0.059 0.101 0.087 0.006 0.001 0.033 0.608 140 G 0.029 0.028 0.003 0.035 0.063 0.096 0.101 0.003 0.001 0.118 0.523 141 Q 0.010 0.069 0.003 0.050 0.229 0.224 0.070 0.005 0.001 0.070 0.271 142 K 0.025 0.054 0.004 0.064 0.124 0.259 0.063 0.006 0.002 0.058 0.341 143 V 0.022 0.015 0.005 0.067 0.255 0.222 0.044 0.003 0.002 0.039 0.328 144 T 0.030 0.010 0.002 0.070 0.119 0.235 0.068 0.003 0.001 0.067 0.395 145 I 0.048 0.007 0.004 0.044 0.076 0.095 0.078 0.004 0.002 0.057 0.586 146 K 0.065 0.008 0.003 0.045 0.049 0.061 0.108 0.005 0.003 0.035 0.617 147 K 0.050 0.007 0.002 0.013 0.025 0.032 0.093 0.005 0.001 0.028 0.743