# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.015 0.003 0.005 0.012 0.009 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.925 2 E 0.017 0.003 0.001 0.018 0.017 0.037 0.098 0.001 0.001 0.002 0.807 3 D 0.106 0.004 0.001 0.013 0.009 0.011 0.050 0.001 0.001 0.004 0.800 4 R 0.151 0.015 0.002 0.021 0.010 0.016 0.142 0.002 0.001 0.006 0.635 5 M 0.178 0.007 0.004 0.018 0.007 0.012 0.203 0.002 0.001 0.012 0.558 6 N 0.179 0.009 0.007 0.036 0.006 0.011 0.129 0.002 0.001 0.012 0.609 7 D 0.115 0.006 0.003 0.013 0.007 0.007 0.320 0.001 0.001 0.006 0.522 8 P 0.005 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.972 9 F 0.013 0.006 0.001 0.025 0.017 0.044 0.493 0.001 0.001 0.011 0.390 10 I 0.335 0.030 0.001 0.030 0.017 0.043 0.257 0.002 0.001 0.030 0.255 11 M 0.156 0.403 0.001 0.049 0.026 0.035 0.024 0.004 0.001 0.002 0.299 12 S 0.087 0.388 0.004 0.030 0.038 0.049 0.042 0.003 0.001 0.003 0.355 13 Q 0.099 0.270 0.004 0.036 0.056 0.111 0.062 0.011 0.001 0.005 0.346 14 N 0.145 0.213 0.009 0.022 0.063 0.086 0.057 0.022 0.001 0.003 0.379 15 E 0.217 0.234 0.010 0.031 0.061 0.059 0.078 0.025 0.001 0.008 0.277 16 V 0.216 0.197 0.010 0.027 0.066 0.094 0.128 0.020 0.001 0.015 0.229 17 K 0.050 0.057 0.005 0.009 0.024 0.020 0.083 0.013 0.001 0.004 0.734 18 G 0.172 0.018 0.004 0.014 0.013 0.021 0.118 0.023 0.001 0.025 0.592 19 K 0.586 0.002 0.059 0.017 0.017 0.013 0.078 0.005 0.001 0.036 0.187 20 K 0.018 0.001 0.087 0.086 0.046 0.023 0.110 0.001 0.001 0.003 0.626 21 V 0.001 0.001 0.010 0.340 0.113 0.175 0.048 0.001 0.001 0.001 0.312 22 G 0.001 0.001 0.001 0.715 0.118 0.153 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 23 V 0.001 0.001 0.001 0.798 0.080 0.089 0.009 0.001 0.001 0.001 0.025 24 V 0.001 0.001 0.001 0.874 0.047 0.069 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 25 G 0.001 0.001 0.001 0.889 0.026 0.054 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 26 H 0.002 0.001 0.001 0.561 0.055 0.153 0.030 0.001 0.001 0.003 0.194 27 F 0.006 0.001 0.001 0.218 0.070 0.296 0.079 0.001 0.001 0.006 0.323 28 P 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.017 0.012 0.001 0.001 0.001 0.949 29 H 0.018 0.004 0.001 0.015 0.019 0.022 0.052 0.001 0.001 0.001 0.869 30 L 0.143 0.058 0.001 0.011 0.010 0.025 0.061 0.001 0.001 0.003 0.689 31 E 0.036 0.271 0.001 0.013 0.023 0.021 0.054 0.001 0.001 0.001 0.579 32 S 0.129 0.341 0.001 0.002 0.004 0.009 0.087 0.001 0.001 0.002 0.424 33 L 0.156 0.595 0.002 0.004 0.009 0.018 0.038 0.005 0.001 0.002 0.171 34 L 0.209 0.582 0.008 0.005 0.008 0.021 0.020 0.009 0.001 0.004 0.133 35 E 0.118 0.410 0.024 0.006 0.015 0.033 0.019 0.013 0.001 0.001 0.359 36 P 0.034 0.075 0.003 0.006 0.008 0.006 0.002 0.012 0.001 0.001 0.853 37 I 0.290 0.115 0.011 0.023 0.027 0.035 0.033 0.020 0.001 0.004 0.441 38 C 0.143 0.069 0.024 0.050 0.051 0.084 0.056 0.010 0.001 0.005 0.508 39 D 0.052 0.034 0.008 0.105 0.081 0.126 0.074 0.004 0.001 0.002 0.515 40 L 0.067 0.010 0.012 0.164 0.073 0.162 0.051 0.001 0.001 0.005 0.454 41 S 0.016 0.005 0.004 0.347 0.244 0.234 0.050 0.001 0.001 0.002 0.097 42 I 0.009 0.004 0.005 0.328 0.151 0.165 0.043 0.001 0.001 0.002 0.291 43 L 0.003 0.002 0.001 0.317 0.225 0.333 0.029 0.001 0.001 0.001 0.088 44 E 0.004 0.002 0.001 0.242 0.191 0.339 0.036 0.001 0.001 0.002 0.182 45 W 0.009 0.004 0.002 0.203 0.146 0.299 0.064 0.001 0.001 0.005 0.267 46 S 0.018 0.002 0.001 0.094 0.184 0.260 0.117 0.001 0.001 0.005 0.317 47 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.964 48 E 0.012 0.001 0.001 0.023 0.028 0.047 0.283 0.001 0.001 0.007 0.599 49 E 0.261 0.001 0.002 0.011 0.008 0.012 0.076 0.001 0.001 0.021 0.607 50 G 0.105 0.009 0.001 0.034 0.027 0.021 0.157 0.001 0.001 0.005 0.640 51 D 0.208 0.005 0.006 0.025 0.012 0.026 0.138 0.001 0.001 0.013 0.567 52 Y 0.086 0.007 0.006 0.132 0.048 0.088 0.107 0.001 0.001 0.003 0.524 53 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.973 54 L 0.036 0.002 0.002 0.052 0.017 0.096 0.108 0.001 0.001 0.004 0.684 55 P 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.978 56 A 0.026 0.006 0.001 0.018 0.007 0.012 0.151 0.001 0.001 0.002 0.777 57 S 0.157 0.046 0.001 0.019 0.005 0.011 0.188 0.001 0.001 0.005 0.568 58 E 0.083 0.337 0.001 0.013 0.007 0.008 0.110 0.001 0.001 0.002 0.439 59 F 0.178 0.461 0.001 0.006 0.010 0.016 0.070 0.003 0.001 0.004 0.252 60 I 0.243 0.532 0.005 0.004 0.008 0.014 0.017 0.005 0.001 0.002 0.170 61 L 0.155 0.583 0.013 0.011 0.019 0.054 0.018 0.011 0.001 0.002 0.133 62 P 0.009 0.044 0.002 0.002 0.005 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.925 63 E 0.161 0.063 0.002 0.032 0.043 0.034 0.029 0.046 0.001 0.003 0.587 64 C 0.536 0.032 0.044 0.048 0.021 0.030 0.025 0.013 0.001 0.010 0.241 65 D 0.038 0.010 0.026 0.370 0.170 0.131 0.067 0.003 0.001 0.002 0.182 66 Y 0.005 0.001 0.010 0.551 0.122 0.162 0.022 0.001 0.001 0.001 0.128 67 V 0.001 0.001 0.001 0.751 0.111 0.128 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.840 0.063 0.073 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 69 I 0.001 0.001 0.001 0.884 0.040 0.069 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 70 T 0.001 0.001 0.001 0.727 0.088 0.133 0.017 0.001 0.001 0.001 0.034 71 C 0.001 0.001 0.001 0.452 0.074 0.158 0.020 0.001 0.001 0.002 0.292 72 A 0.001 0.001 0.001 0.198 0.133 0.366 0.104 0.001 0.001 0.005 0.192 73 S 0.061 0.006 0.001 0.111 0.131 0.167 0.106 0.001 0.001 0.021 0.395 74 V 0.066 0.078 0.003 0.091 0.171 0.207 0.126 0.003 0.001 0.013 0.243 75 V 0.063 0.109 0.004 0.093 0.154 0.204 0.153 0.003 0.001 0.010 0.208 76 D 0.094 0.160 0.005 0.046 0.035 0.055 0.218 0.008 0.001 0.010 0.369 77 K 0.236 0.090 0.027 0.020 0.014 0.021 0.162 0.007 0.001 0.025 0.399 78 T 0.146 0.053 0.039 0.007 0.006 0.010 0.530 0.003 0.001 0.018 0.188 79 L 0.085 0.103 0.023 0.026 0.008 0.017 0.235 0.004 0.001 0.012 0.487 80 P 0.007 0.093 0.004 0.004 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.861 81 R 0.022 0.190 0.001 0.004 0.010 0.017 0.202 0.003 0.001 0.004 0.548 82 L 0.064 0.692 0.001 0.003 0.003 0.013 0.029 0.002 0.001 0.001 0.191 83 L 0.009 0.942 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 84 E 0.017 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 85 L 0.066 0.891 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.031 86 S 0.081 0.864 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.030 87 R 0.071 0.755 0.011 0.002 0.004 0.004 0.008 0.025 0.001 0.001 0.118 88 N 0.121 0.319 0.024 0.003 0.009 0.008 0.032 0.049 0.001 0.003 0.433 89 A 0.258 0.157 0.045 0.016 0.015 0.019 0.046 0.031 0.001 0.013 0.402 90 R 0.168 0.031 0.048 0.107 0.070 0.077 0.162 0.031 0.001 0.018 0.287 91 R 0.072 0.006 0.128 0.340 0.165 0.108 0.032 0.003 0.001 0.004 0.141 92 I 0.001 0.001 0.001 0.738 0.145 0.103 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 93 T 0.001 0.001 0.001 0.668 0.135 0.158 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 94 L 0.001 0.001 0.001 0.772 0.096 0.126 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 95 V 0.001 0.001 0.001 0.832 0.045 0.076 0.012 0.001 0.001 0.001 0.034 96 G 0.001 0.001 0.001 0.636 0.104 0.114 0.038 0.001 0.001 0.001 0.105 97 P 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.940 98 G 0.003 0.001 0.001 0.098 0.030 0.087 0.225 0.001 0.001 0.010 0.547 99 T 0.357 0.001 0.001 0.027 0.009 0.017 0.118 0.001 0.001 0.032 0.439 100 P 0.014 0.001 0.001 0.011 0.004 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.946 101 L 0.057 0.004 0.002 0.036 0.018 0.055 0.144 0.001 0.001 0.007 0.677 102 A 0.208 0.021 0.002 0.062 0.042 0.110 0.120 0.001 0.001 0.006 0.428 103 P 0.003 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.978 104 V 0.039 0.014 0.001 0.017 0.030 0.061 0.212 0.001 0.001 0.004 0.620 105 L 0.241 0.055 0.002 0.033 0.024 0.042 0.090 0.002 0.001 0.006 0.506 106 F 0.099 0.341 0.001 0.059 0.061 0.065 0.058 0.005 0.001 0.004 0.308 107 E 0.196 0.178 0.004 0.008 0.009 0.035 0.071 0.005 0.001 0.009 0.483 108 H 0.269 0.170 0.013 0.027 0.022 0.039 0.040 0.018 0.001 0.004 0.397 109 G 0.272 0.038 0.014 0.025 0.039 0.022 0.099 0.025 0.001 0.009 0.458 110 L 0.058 0.016 0.292 0.036 0.024 0.038 0.042 0.001 0.001 0.005 0.487 111 Q 0.003 0.010 0.002 0.245 0.176 0.222 0.094 0.001 0.001 0.001 0.247 112 E 0.034 0.023 0.001 0.179 0.072 0.112 0.078 0.001 0.001 0.004 0.496 113 L 0.026 0.094 0.001 0.280 0.139 0.271 0.045 0.001 0.001 0.003 0.140 114 S 0.015 0.067 0.002 0.240 0.143 0.320 0.067 0.002 0.001 0.005 0.141 115 G 0.059 0.071 0.002 0.140 0.111 0.183 0.048 0.008 0.001 0.009 0.370 116 F 0.102 0.072 0.016 0.130 0.162 0.215 0.041 0.008 0.001 0.010 0.244 117 M 0.039 0.049 0.019 0.105 0.131 0.169 0.102 0.010 0.001 0.005 0.372 118 V 0.041 0.028 0.025 0.100 0.067 0.137 0.064 0.005 0.001 0.005 0.528 119 K 0.050 0.029 0.010 0.111 0.096 0.202 0.163 0.004 0.001 0.006 0.329 120 D 0.045 0.019 0.003 0.019 0.022 0.034 0.227 0.002 0.001 0.005 0.624 121 N 0.020 0.017 0.003 0.011 0.005 0.008 0.067 0.001 0.001 0.003 0.865 122 A 0.022 0.021 0.001 0.007 0.007 0.012 0.449 0.001 0.001 0.021 0.459 123 R 0.120 0.062 0.001 0.007 0.012 0.013 0.523 0.003 0.001 0.029 0.230 124 A 0.072 0.655 0.004 0.009 0.011 0.018 0.041 0.003 0.001 0.003 0.184 125 F 0.014 0.843 0.001 0.010 0.021 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 0.060 126 R 0.038 0.686 0.001 0.007 0.024 0.065 0.019 0.014 0.001 0.002 0.144 127 I 0.086 0.752 0.005 0.014 0.024 0.029 0.002 0.020 0.001 0.001 0.067 128 V 0.049 0.773 0.006 0.020 0.029 0.034 0.004 0.016 0.001 0.001 0.069 129 A 0.030 0.387 0.011 0.054 0.090 0.155 0.018 0.028 0.001 0.001 0.227 130 G 0.101 0.189 0.013 0.042 0.045 0.091 0.054 0.032 0.001 0.003 0.431 131 A 0.206 0.099 0.048 0.044 0.022 0.040 0.054 0.014 0.001 0.006 0.467 132 E 0.053 0.034 0.026 0.044 0.034 0.050 0.125 0.005 0.001 0.007 0.624 133 K 0.052 0.016 0.017 0.034 0.030 0.045 0.095 0.002 0.001 0.008 0.702 134 V 0.077 0.038 0.007 0.058 0.061 0.112 0.089 0.001 0.001 0.006 0.549 135 K 0.054 0.042 0.003 0.052 0.067 0.092 0.084 0.002 0.001 0.004 0.601 136 I 0.071 0.060 0.003 0.036 0.069 0.112 0.064 0.002 0.001 0.004 0.579 137 Y 0.068 0.096 0.003 0.060 0.122 0.222 0.079 0.003 0.001 0.005 0.340 138 S 0.077 0.103 0.003 0.026 0.059 0.098 0.114 0.004 0.001 0.006 0.510 139 A 0.100 0.098 0.005 0.018 0.031 0.050 0.085 0.005 0.001 0.008 0.598 140 G 0.194 0.083 0.012 0.020 0.041 0.064 0.158 0.009 0.001 0.021 0.398 141 Q 0.177 0.112 0.044 0.036 0.069 0.091 0.124 0.004 0.001 0.016 0.327 142 K 0.031 0.115 0.014 0.049 0.097 0.189 0.074 0.002 0.001 0.004 0.426 143 V 0.029 0.095 0.003 0.074 0.211 0.283 0.039 0.002 0.001 0.002 0.260 144 T 0.034 0.136 0.003 0.090 0.194 0.299 0.042 0.003 0.001 0.003 0.198 145 I 0.022 0.146 0.006 0.090 0.196 0.329 0.036 0.004 0.001 0.002 0.170 146 K 0.025 0.103 0.004 0.097 0.176 0.370 0.049 0.004 0.001 0.003 0.168 147 K 0.036 0.070 0.006 0.058 0.089 0.170 0.069 0.006 0.001 0.005 0.489