# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.008 0.004 0.009 0.012 0.020 0.018 0.930 2 E 0.021 0.027 0.043 0.045 0.041 0.079 0.744 3 D 0.018 0.013 0.088 0.047 0.151 0.152 0.531 4 R 0.023 0.009 0.092 0.046 0.172 0.203 0.457 5 M 0.027 0.020 0.048 0.042 0.215 0.186 0.462 6 N 0.024 0.013 0.021 0.033 0.317 0.159 0.432 7 D 0.035 0.021 0.012 0.043 0.295 0.043 0.551 8 P 0.023 0.013 0.076 0.549 0.053 0.122 0.164 9 F 0.039 0.010 0.113 0.597 0.039 0.120 0.082 10 I 0.069 0.019 0.121 0.526 0.034 0.059 0.172 11 M 0.198 0.022 0.085 0.378 0.054 0.079 0.184 12 S 0.301 0.023 0.064 0.268 0.061 0.084 0.200 13 Q 0.218 0.007 0.090 0.369 0.093 0.085 0.139 14 N 0.274 0.009 0.082 0.343 0.082 0.094 0.115 15 E 0.236 0.018 0.072 0.316 0.076 0.147 0.136 16 V 0.301 0.038 0.058 0.173 0.075 0.137 0.218 17 K 0.018 0.003 0.014 0.025 0.038 0.868 0.033 18 G 0.008 0.001 0.004 0.001 0.055 0.887 0.046 19 K 0.118 0.004 0.001 0.001 0.211 0.025 0.641 20 K 0.865 0.002 0.001 0.001 0.028 0.003 0.101 21 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 22 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 24 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 25 G 0.681 0.002 0.002 0.001 0.057 0.010 0.248 26 H 0.216 0.009 0.006 0.001 0.243 0.034 0.491 27 F 0.116 0.011 0.023 0.020 0.341 0.029 0.460 28 P 0.057 0.013 0.094 0.097 0.253 0.151 0.336 29 H 0.045 0.038 0.134 0.265 0.142 0.153 0.222 30 L 0.012 0.003 0.184 0.690 0.018 0.036 0.055 31 E 0.014 0.002 0.195 0.704 0.016 0.037 0.031 32 S 0.010 0.001 0.225 0.654 0.016 0.070 0.024 33 L 0.044 0.014 0.207 0.450 0.041 0.186 0.058 34 L 0.081 0.022 0.089 0.311 0.116 0.273 0.108 35 E 0.111 0.003 0.035 0.064 0.444 0.077 0.266 36 P 0.123 0.011 0.061 0.052 0.135 0.276 0.343 37 I 0.239 0.035 0.038 0.008 0.066 0.159 0.456 38 C 0.315 0.012 0.007 0.002 0.151 0.035 0.476 39 D 0.775 0.003 0.002 0.001 0.020 0.010 0.190 40 L 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 41 S 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 42 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 43 L 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 44 E 0.858 0.003 0.001 0.001 0.013 0.002 0.124 45 W 0.387 0.013 0.003 0.001 0.156 0.012 0.429 46 S 0.135 0.021 0.001 0.001 0.211 0.007 0.625 47 P 0.028 0.013 0.009 0.001 0.392 0.104 0.453 48 E 0.010 0.014 0.017 0.001 0.310 0.164 0.483 49 E 0.005 0.007 0.083 0.005 0.231 0.589 0.079 50 G 0.009 0.013 0.072 0.007 0.229 0.490 0.181 51 D 0.027 0.047 0.060 0.004 0.369 0.103 0.389 52 Y 0.026 0.080 0.007 0.002 0.306 0.017 0.561 53 P 0.020 0.035 0.006 0.002 0.051 0.010 0.876 54 L 0.010 0.019 0.084 0.038 0.082 0.033 0.734 55 P 0.007 0.016 0.288 0.213 0.059 0.165 0.252 56 A 0.003 0.005 0.460 0.328 0.024 0.111 0.070 57 S 0.004 0.003 0.450 0.379 0.023 0.072 0.068 58 E 0.009 0.004 0.343 0.410 0.054 0.126 0.054 59 F 0.015 0.005 0.283 0.354 0.074 0.226 0.043 60 I 0.023 0.050 0.125 0.413 0.129 0.146 0.115 61 L 0.021 0.017 0.028 0.043 0.139 0.019 0.734 62 P 0.008 0.002 0.240 0.096 0.065 0.530 0.059 63 E 0.013 0.011 0.197 0.026 0.042 0.683 0.029 64 C 0.113 0.013 0.139 0.009 0.109 0.053 0.563 65 D 0.092 0.003 0.013 0.005 0.646 0.030 0.211 66 Y 0.806 0.002 0.042 0.016 0.031 0.047 0.056 67 V 0.935 0.004 0.005 0.023 0.003 0.002 0.030 68 Y 0.940 0.002 0.003 0.045 0.002 0.002 0.006 69 I 0.820 0.003 0.005 0.061 0.005 0.008 0.096 70 T 0.378 0.006 0.005 0.062 0.055 0.024 0.470 71 C 0.063 0.001 0.041 0.599 0.080 0.049 0.167 72 A 0.016 0.001 0.068 0.801 0.033 0.039 0.041 73 S 0.004 0.001 0.042 0.915 0.006 0.026 0.006 74 V 0.002 0.001 0.043 0.887 0.009 0.055 0.003 75 V 0.003 0.002 0.037 0.811 0.005 0.135 0.007 76 D 0.001 0.001 0.038 0.821 0.007 0.127 0.006 77 K 0.001 0.003 0.037 0.547 0.048 0.341 0.024 78 T 0.002 0.013 0.043 0.520 0.053 0.153 0.216 79 L 0.001 0.001 0.018 0.965 0.002 0.008 0.006 80 P 0.001 0.001 0.019 0.977 0.001 0.003 0.001 81 R 0.001 0.001 0.021 0.976 0.001 0.003 0.001 82 L 0.001 0.001 0.014 0.979 0.001 0.006 0.001 83 L 0.001 0.001 0.018 0.958 0.001 0.021 0.001 84 E 0.001 0.001 0.024 0.844 0.001 0.129 0.002 85 L 0.001 0.001 0.024 0.781 0.008 0.165 0.020 86 S 0.003 0.006 0.074 0.520 0.074 0.124 0.198 87 R 0.003 0.003 0.165 0.282 0.068 0.418 0.060 88 N 0.007 0.002 0.163 0.080 0.115 0.556 0.078 89 A 0.033 0.004 0.069 0.015 0.214 0.147 0.518 90 R 0.089 0.003 0.016 0.002 0.340 0.091 0.460 91 R 0.842 0.003 0.007 0.001 0.045 0.018 0.083 92 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 93 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 94 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 95 V 0.883 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.100 96 G 0.258 0.008 0.005 0.001 0.250 0.034 0.444 97 P 0.057 0.006 0.021 0.002 0.313 0.188 0.412 98 G 0.074 0.028 0.080 0.014 0.267 0.211 0.327 99 T 0.073 0.032 0.211 0.080 0.251 0.143 0.210 100 P 0.019 0.011 0.476 0.161 0.057 0.166 0.111 101 L 0.018 0.027 0.384 0.257 0.052 0.145 0.118 102 A 0.024 0.008 0.134 0.253 0.203 0.042 0.337 103 P 0.002 0.001 0.298 0.551 0.016 0.092 0.039 104 V 0.002 0.004 0.144 0.717 0.015 0.095 0.024 105 L 0.003 0.003 0.157 0.752 0.011 0.048 0.027 106 F 0.001 0.001 0.061 0.851 0.005 0.077 0.003 107 E 0.001 0.001 0.029 0.787 0.013 0.162 0.008 108 H 0.003 0.002 0.017 0.624 0.039 0.284 0.029 109 G 0.019 0.010 0.006 0.182 0.034 0.621 0.128 110 L 0.173 0.014 0.011 0.031 0.035 0.013 0.724 111 Q 0.312 0.007 0.032 0.030 0.393 0.008 0.219 112 E 0.748 0.005 0.107 0.050 0.026 0.040 0.024 113 L 0.896 0.006 0.023 0.032 0.006 0.009 0.028 114 S 0.886 0.005 0.013 0.045 0.013 0.013 0.025 115 G 0.801 0.002 0.007 0.018 0.032 0.052 0.089 116 F 0.556 0.007 0.003 0.010 0.036 0.026 0.360 117 M 0.744 0.009 0.004 0.007 0.048 0.017 0.170 118 V 0.620 0.016 0.004 0.006 0.035 0.008 0.312 119 K 0.409 0.032 0.005 0.012 0.137 0.013 0.393 120 D 0.076 0.016 0.008 0.071 0.242 0.009 0.577 121 N 0.001 0.001 0.034 0.852 0.007 0.089 0.016 122 A 0.001 0.001 0.014 0.960 0.001 0.021 0.002 123 R 0.001 0.001 0.012 0.975 0.001 0.006 0.006 124 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.002 125 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 127 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 128 V 0.003 0.002 0.007 0.962 0.002 0.023 0.002 129 A 0.002 0.001 0.012 0.873 0.005 0.104 0.004 130 G 0.003 0.001 0.016 0.619 0.015 0.323 0.023 131 A 0.006 0.005 0.038 0.375 0.085 0.216 0.274 132 E 0.013 0.006 0.083 0.167 0.150 0.319 0.263 133 K 0.061 0.013 0.117 0.131 0.208 0.249 0.221 134 V 0.156 0.015 0.088 0.142 0.174 0.069 0.357 135 K 0.314 0.018 0.069 0.118 0.099 0.063 0.319 136 I 0.432 0.030 0.069 0.110 0.058 0.063 0.237 137 Y 0.382 0.028 0.052 0.087 0.069 0.069 0.313 138 S 0.296 0.009 0.056 0.076 0.146 0.150 0.267 139 A 0.116 0.005 0.062 0.055 0.158 0.474 0.130 140 G 0.356 0.007 0.032 0.015 0.095 0.224 0.270 141 Q 0.675 0.010 0.008 0.005 0.109 0.032 0.161 142 K 0.947 0.003 0.001 0.002 0.009 0.004 0.034 143 V 0.950 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.041 144 T 0.979 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.012 145 I 0.930 0.003 0.001 0.004 0.005 0.003 0.055 146 K 0.610 0.004 0.001 0.004 0.020 0.009 0.352 147 K 0.082 0.002 0.001 0.002 0.036 0.007 0.869