# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.076 0.274 0.120 0.020 0.153 0.013 0.030 0.127 0.087 0.060 0.038 2 E 0.042 0.255 0.147 0.032 0.134 0.028 0.043 0.159 0.112 0.031 0.017 3 D 0.049 0.079 0.036 0.011 0.076 0.020 0.072 0.304 0.218 0.101 0.034 4 R 0.057 0.069 0.037 0.016 0.085 0.017 0.046 0.182 0.178 0.269 0.044 5 M 0.085 0.165 0.067 0.022 0.189 0.030 0.072 0.185 0.089 0.068 0.028 6 N 0.046 0.062 0.056 0.051 0.065 0.058 0.092 0.090 0.096 0.300 0.083 7 D 0.164 0.231 0.122 0.005 0.395 0.001 0.004 0.022 0.010 0.011 0.036 8 P 0.033 0.063 0.012 0.001 0.064 0.003 0.010 0.392 0.358 0.050 0.012 9 F 0.029 0.046 0.015 0.008 0.053 0.013 0.060 0.467 0.206 0.085 0.017 10 I 0.112 0.048 0.012 0.006 0.126 0.011 0.043 0.403 0.106 0.091 0.042 11 M 0.089 0.081 0.023 0.006 0.133 0.007 0.018 0.349 0.143 0.113 0.038 12 S 0.107 0.074 0.032 0.008 0.127 0.009 0.023 0.356 0.128 0.096 0.039 13 Q 0.061 0.182 0.065 0.016 0.149 0.024 0.052 0.256 0.110 0.063 0.023 14 N 0.092 0.118 0.049 0.016 0.222 0.015 0.026 0.215 0.091 0.107 0.049 15 E 0.157 0.067 0.040 0.010 0.102 0.013 0.061 0.319 0.122 0.061 0.047 16 V 0.065 0.073 0.159 0.130 0.055 0.080 0.049 0.152 0.094 0.102 0.042 17 K 0.003 0.138 0.092 0.283 0.016 0.125 0.239 0.083 0.015 0.005 0.002 18 G 0.014 0.006 0.010 0.012 0.005 0.004 0.002 0.005 0.026 0.739 0.178 19 K 0.010 0.692 0.101 0.004 0.153 0.002 0.004 0.010 0.010 0.012 0.002 20 K 0.475 0.030 0.002 0.001 0.431 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.052 21 V 0.143 0.134 0.012 0.008 0.678 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 22 G 0.165 0.071 0.003 0.001 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 23 V 0.427 0.044 0.009 0.001 0.458 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 24 V 0.116 0.047 0.020 0.028 0.132 0.093 0.172 0.059 0.027 0.138 0.168 25 G 0.084 0.237 0.194 0.064 0.176 0.031 0.023 0.028 0.033 0.066 0.065 26 H 0.101 0.105 0.066 0.026 0.154 0.006 0.006 0.033 0.082 0.309 0.113 27 F 0.034 0.215 0.158 0.026 0.134 0.010 0.016 0.231 0.138 0.024 0.013 28 P 0.008 0.059 0.015 0.004 0.031 0.010 0.049 0.614 0.188 0.015 0.006 29 H 0.020 0.035 0.012 0.003 0.019 0.003 0.021 0.563 0.137 0.169 0.019 30 L 0.006 0.011 0.004 0.002 0.008 0.003 0.004 0.627 0.277 0.053 0.005 31 E 0.002 0.016 0.005 0.003 0.007 0.010 0.022 0.714 0.213 0.008 0.001 32 S 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.029 0.754 0.154 0.046 0.002 33 L 0.006 0.006 0.004 0.004 0.010 0.015 0.074 0.710 0.121 0.046 0.004 34 L 0.033 0.026 0.007 0.008 0.034 0.008 0.026 0.308 0.227 0.279 0.043 35 E 0.025 0.136 0.144 0.043 0.067 0.038 0.054 0.311 0.127 0.042 0.011 36 P 0.030 0.080 0.041 0.013 0.070 0.019 0.136 0.374 0.152 0.067 0.019 37 I 0.134 0.089 0.041 0.011 0.128 0.012 0.044 0.084 0.126 0.239 0.091 38 C 0.036 0.380 0.094 0.024 0.180 0.034 0.053 0.091 0.050 0.040 0.016 39 D 0.341 0.067 0.018 0.004 0.293 0.004 0.013 0.021 0.023 0.089 0.127 40 L 0.221 0.177 0.015 0.001 0.554 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.022 41 S 0.093 0.218 0.021 0.002 0.648 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.006 42 I 0.483 0.043 0.006 0.001 0.406 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.050 43 L 0.133 0.208 0.035 0.011 0.525 0.012 0.015 0.010 0.007 0.013 0.030 44 E 0.289 0.116 0.014 0.001 0.518 0.001 0.004 0.009 0.003 0.007 0.038 45 W 0.092 0.322 0.075 0.011 0.315 0.014 0.022 0.024 0.020 0.057 0.049 46 S 0.266 0.128 0.046 0.002 0.504 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.038 47 P 0.043 0.185 0.126 0.021 0.086 0.024 0.029 0.178 0.223 0.059 0.025 48 E 0.023 0.200 0.290 0.059 0.085 0.037 0.075 0.089 0.071 0.058 0.014 49 E 0.009 0.105 0.060 0.078 0.030 0.132 0.418 0.104 0.041 0.017 0.007 50 G 0.009 0.013 0.027 0.057 0.011 0.015 0.007 0.016 0.053 0.669 0.123 51 D 0.111 0.203 0.074 0.007 0.256 0.012 0.048 0.054 0.086 0.098 0.052 52 Y 0.038 0.477 0.206 0.003 0.239 0.001 0.004 0.011 0.007 0.005 0.009 53 P 0.046 0.483 0.221 0.011 0.152 0.004 0.008 0.019 0.018 0.019 0.021 54 L 0.037 0.273 0.089 0.007 0.113 0.005 0.023 0.175 0.203 0.044 0.030 55 P 0.005 0.034 0.014 0.002 0.012 0.006 0.033 0.460 0.402 0.027 0.006 56 A 0.011 0.025 0.007 0.002 0.015 0.003 0.020 0.212 0.323 0.367 0.014 57 S 0.059 0.075 0.017 0.004 0.092 0.003 0.008 0.214 0.332 0.155 0.040 58 E 0.002 0.008 0.004 0.008 0.006 0.071 0.194 0.389 0.292 0.021 0.004 59 F 0.035 0.040 0.018 0.004 0.052 0.002 0.035 0.215 0.253 0.316 0.029 60 I 0.082 0.067 0.024 0.011 0.102 0.016 0.050 0.199 0.216 0.159 0.075 61 L 0.078 0.269 0.042 0.014 0.207 0.005 0.010 0.138 0.124 0.035 0.079 62 P 0.011 0.038 0.023 0.003 0.028 0.013 0.070 0.352 0.441 0.017 0.004 63 E 0.030 0.014 0.004 0.001 0.027 0.003 0.055 0.093 0.176 0.563 0.033 64 C 0.321 0.137 0.023 0.001 0.408 0.001 0.001 0.006 0.009 0.019 0.075 65 D 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.214 0.623 0.130 0.019 0.002 0.001 66 Y 0.246 0.063 0.007 0.002 0.629 0.001 0.002 0.006 0.005 0.008 0.031 67 V 0.162 0.023 0.001 0.001 0.802 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 68 Y 0.188 0.024 0.001 0.001 0.735 0.001 0.002 0.016 0.002 0.002 0.029 69 I 0.281 0.046 0.006 0.004 0.287 0.005 0.019 0.069 0.012 0.037 0.234 70 T 0.142 0.076 0.016 0.021 0.125 0.018 0.091 0.195 0.055 0.160 0.101 71 C 0.089 0.095 0.033 0.021 0.106 0.015 0.018 0.309 0.195 0.081 0.039 72 A 0.029 0.035 0.008 0.005 0.048 0.010 0.027 0.446 0.355 0.027 0.010 73 S 0.019 0.044 0.009 0.003 0.046 0.009 0.062 0.639 0.143 0.020 0.006 74 V 0.034 0.023 0.007 0.002 0.023 0.004 0.058 0.670 0.106 0.053 0.019 75 V 0.012 0.029 0.013 0.041 0.017 0.123 0.105 0.335 0.176 0.125 0.025 76 D 0.019 0.340 0.177 0.068 0.113 0.079 0.037 0.090 0.041 0.019 0.017 77 K 0.008 0.013 0.014 0.009 0.008 0.015 0.051 0.322 0.207 0.322 0.030 78 T 0.005 0.074 0.049 0.010 0.008 0.003 0.017 0.449 0.105 0.275 0.006 79 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.863 0.125 0.005 0.001 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.031 0.001 0.001 81 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.036 0.003 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.065 0.009 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.852 0.139 0.005 0.001 84 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.866 0.088 0.009 0.001 85 L 0.002 0.004 0.004 0.003 0.003 0.010 0.092 0.542 0.209 0.129 0.003 86 S 0.049 0.068 0.026 0.007 0.061 0.005 0.021 0.395 0.240 0.100 0.029 87 R 0.005 0.034 0.020 0.015 0.010 0.067 0.171 0.385 0.250 0.039 0.004 88 N 0.054 0.039 0.014 0.005 0.067 0.004 0.054 0.106 0.140 0.431 0.086 89 A 0.190 0.122 0.016 0.002 0.255 0.003 0.013 0.049 0.113 0.159 0.079 90 R 0.111 0.169 0.019 0.012 0.348 0.024 0.069 0.074 0.062 0.080 0.030 91 R 0.253 0.075 0.007 0.004 0.620 0.003 0.007 0.004 0.003 0.006 0.016 92 I 0.170 0.074 0.004 0.001 0.738 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 93 T 0.170 0.067 0.003 0.001 0.737 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 94 L 0.364 0.051 0.007 0.001 0.483 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.078 95 V 0.185 0.107 0.059 0.055 0.195 0.021 0.047 0.022 0.021 0.153 0.136 96 G 0.012 0.169 0.400 0.240 0.048 0.057 0.016 0.023 0.014 0.014 0.007 97 P 0.087 0.168 0.067 0.021 0.176 0.015 0.048 0.164 0.124 0.081 0.047 98 G 0.040 0.139 0.090 0.055 0.075 0.050 0.053 0.130 0.165 0.166 0.035 99 T 0.022 0.153 0.170 0.062 0.086 0.047 0.062 0.191 0.133 0.056 0.018 100 P 0.047 0.144 0.085 0.013 0.092 0.015 0.074 0.313 0.133 0.057 0.026 101 L 0.031 0.134 0.074 0.014 0.053 0.011 0.044 0.197 0.202 0.198 0.041 102 A 0.048 0.201 0.067 0.012 0.120 0.007 0.013 0.375 0.121 0.012 0.023 103 P 0.012 0.051 0.011 0.004 0.036 0.013 0.026 0.612 0.209 0.020 0.007 104 V 0.007 0.034 0.014 0.004 0.012 0.004 0.025 0.737 0.114 0.045 0.004 105 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.014 0.814 0.122 0.030 0.003 106 F 0.006 0.018 0.006 0.002 0.006 0.006 0.040 0.654 0.239 0.016 0.008 107 E 0.012 0.015 0.005 0.003 0.018 0.011 0.149 0.609 0.105 0.061 0.012 108 H 0.002 0.428 0.510 0.008 0.043 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 109 G 0.127 0.023 0.027 0.022 0.026 0.005 0.006 0.039 0.013 0.241 0.471 110 L 0.259 0.042 0.004 0.004 0.211 0.008 0.010 0.149 0.139 0.066 0.107 111 Q 0.009 0.006 0.002 0.030 0.020 0.160 0.173 0.495 0.092 0.009 0.005 112 E 0.152 0.095 0.032 0.016 0.391 0.014 0.032 0.169 0.052 0.031 0.016 113 L 0.348 0.034 0.013 0.012 0.282 0.020 0.036 0.125 0.034 0.040 0.057 114 S 0.065 0.216 0.059 0.038 0.212 0.044 0.057 0.115 0.029 0.094 0.071 115 G 0.094 0.060 0.021 0.024 0.079 0.013 0.011 0.027 0.032 0.426 0.213 116 F 0.161 0.294 0.046 0.004 0.376 0.004 0.010 0.022 0.022 0.027 0.036 117 M 0.051 0.461 0.063 0.002 0.356 0.002 0.004 0.029 0.016 0.009 0.007 118 V 0.355 0.103 0.017 0.001 0.365 0.002 0.015 0.034 0.015 0.019 0.073 119 K 0.009 0.144 0.193 0.095 0.052 0.164 0.181 0.098 0.038 0.019 0.007 120 D 0.263 0.202 0.085 0.002 0.331 0.001 0.003 0.022 0.007 0.010 0.075 121 N 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.422 0.517 0.043 0.003 122 A 0.002 0.016 0.006 0.003 0.007 0.015 0.047 0.803 0.083 0.017 0.002 123 R 0.004 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.006 0.763 0.097 0.109 0.003 124 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.914 0.058 0.016 0.002 125 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.918 0.068 0.003 0.001 126 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.944 0.037 0.002 0.001 127 I 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.024 0.898 0.057 0.010 0.001 128 V 0.009 0.006 0.004 0.002 0.007 0.004 0.036 0.742 0.123 0.061 0.005 129 A 0.008 0.065 0.022 0.017 0.017 0.054 0.206 0.470 0.085 0.049 0.006 130 G 0.030 0.091 0.055 0.047 0.048 0.030 0.055 0.086 0.058 0.429 0.070 131 A 0.133 0.146 0.086 0.044 0.181 0.018 0.017 0.046 0.059 0.160 0.110 132 E 0.039 0.110 0.055 0.031 0.093 0.037 0.068 0.274 0.185 0.085 0.023 133 K 0.135 0.095 0.026 0.009 0.189 0.012 0.048 0.143 0.111 0.164 0.068 134 V 0.129 0.305 0.054 0.008 0.350 0.007 0.014 0.050 0.025 0.027 0.032 135 K 0.149 0.232 0.080 0.007 0.383 0.006 0.010 0.059 0.022 0.020 0.033 136 I 0.250 0.129 0.027 0.011 0.260 0.020 0.036 0.136 0.038 0.037 0.057 137 Y 0.140 0.140 0.052 0.050 0.190 0.035 0.041 0.120 0.063 0.102 0.066 138 S 0.063 0.168 0.144 0.076 0.116 0.053 0.059 0.182 0.064 0.055 0.021 139 A 0.063 0.138 0.074 0.057 0.115 0.044 0.107 0.206 0.093 0.075 0.030 140 G 0.132 0.141 0.066 0.049 0.162 0.034 0.030 0.069 0.056 0.174 0.088 141 Q 0.110 0.317 0.044 0.008 0.397 0.009 0.015 0.046 0.016 0.021 0.016 142 K 0.383 0.058 0.007 0.002 0.457 0.004 0.012 0.014 0.006 0.012 0.045 143 V 0.185 0.150 0.015 0.003 0.616 0.005 0.005 0.005 0.002 0.002 0.012 144 T 0.214 0.118 0.010 0.001 0.612 0.001 0.003 0.008 0.002 0.004 0.026 145 I 0.357 0.105 0.018 0.005 0.358 0.004 0.006 0.015 0.006 0.029 0.097 146 K 0.083 0.282 0.109 0.048 0.230 0.041 0.052 0.050 0.025 0.044 0.036 147 K 0.130 0.249 0.116 0.025 0.244 0.016 0.030 0.061 0.035 0.041 0.053