# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.646 0.207 0.086 0.043 0.015 0.003 0.001 2 E 0.703 0.194 0.065 0.027 0.009 0.002 0.001 3 D 0.638 0.220 0.087 0.041 0.012 0.003 0.001 4 R 0.466 0.267 0.142 0.086 0.033 0.007 0.001 5 M 0.516 0.238 0.136 0.075 0.028 0.007 0.001 6 N 0.461 0.281 0.151 0.074 0.027 0.006 0.001 7 D 0.271 0.260 0.228 0.155 0.066 0.018 0.002 8 P 0.225 0.225 0.205 0.181 0.114 0.045 0.005 9 F 0.109 0.110 0.174 0.251 0.225 0.117 0.014 10 I 0.133 0.193 0.209 0.220 0.150 0.082 0.013 11 M 0.075 0.079 0.108 0.193 0.267 0.234 0.043 12 S 0.079 0.087 0.128 0.211 0.267 0.200 0.027 13 Q 0.098 0.205 0.258 0.232 0.141 0.060 0.008 14 N 0.157 0.291 0.229 0.168 0.098 0.048 0.008 15 E 0.077 0.212 0.268 0.249 0.147 0.045 0.003 16 V 0.110 0.201 0.265 0.260 0.136 0.027 0.001 17 K 0.526 0.292 0.111 0.053 0.016 0.002 0.001 18 G 0.385 0.348 0.172 0.073 0.019 0.003 0.001 19 K 0.038 0.241 0.334 0.269 0.098 0.019 0.001 20 K 0.001 0.011 0.067 0.277 0.442 0.191 0.011 21 V 0.001 0.001 0.002 0.013 0.116 0.639 0.229 22 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.388 0.575 23 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.163 0.822 24 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.170 0.810 25 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.069 0.378 0.539 26 H 0.001 0.002 0.010 0.046 0.181 0.476 0.285 27 F 0.002 0.017 0.059 0.177 0.321 0.349 0.075 28 P 0.029 0.116 0.188 0.248 0.237 0.156 0.027 29 H 0.026 0.083 0.166 0.255 0.269 0.177 0.022 30 L 0.018 0.031 0.075 0.222 0.377 0.255 0.022 31 E 0.225 0.396 0.242 0.102 0.028 0.007 0.001 32 S 0.176 0.373 0.269 0.137 0.036 0.008 0.001 33 L 0.030 0.051 0.095 0.271 0.366 0.176 0.010 34 L 0.065 0.202 0.323 0.274 0.112 0.022 0.001 35 E 0.396 0.392 0.146 0.049 0.014 0.003 0.001 36 P 0.178 0.314 0.275 0.162 0.057 0.012 0.001 37 I 0.061 0.195 0.257 0.266 0.158 0.058 0.005 38 C 0.014 0.047 0.126 0.283 0.341 0.174 0.015 39 D 0.047 0.213 0.334 0.254 0.110 0.037 0.005 40 L 0.001 0.004 0.017 0.076 0.266 0.541 0.095 41 S 0.002 0.013 0.051 0.157 0.339 0.384 0.056 42 I 0.001 0.003 0.012 0.043 0.192 0.562 0.186 43 L 0.002 0.007 0.018 0.071 0.247 0.480 0.175 44 E 0.004 0.036 0.089 0.184 0.296 0.329 0.061 45 W 0.013 0.085 0.215 0.353 0.251 0.078 0.006 46 S 0.122 0.347 0.290 0.172 0.059 0.010 0.001 47 P 0.382 0.316 0.189 0.085 0.025 0.003 0.001 48 E 0.714 0.215 0.055 0.013 0.002 0.001 0.001 49 E 0.649 0.234 0.089 0.024 0.004 0.001 0.001 50 G 0.490 0.270 0.144 0.073 0.019 0.003 0.001 51 D 0.379 0.290 0.171 0.101 0.046 0.012 0.001 52 Y 0.058 0.111 0.198 0.295 0.247 0.085 0.007 53 P 0.144 0.261 0.255 0.198 0.102 0.036 0.004 54 L 0.143 0.241 0.272 0.225 0.098 0.020 0.001 55 P 0.483 0.340 0.124 0.038 0.012 0.003 0.001 56 A 0.137 0.278 0.279 0.205 0.082 0.018 0.001 57 S 0.042 0.054 0.101 0.285 0.356 0.153 0.009 58 E 0.115 0.332 0.310 0.174 0.055 0.014 0.001 59 F 0.035 0.173 0.311 0.296 0.142 0.040 0.003 60 I 0.003 0.009 0.025 0.103 0.308 0.474 0.077 61 L 0.005 0.031 0.106 0.291 0.386 0.163 0.018 62 P 0.058 0.289 0.278 0.193 0.112 0.060 0.010 63 E 0.013 0.136 0.303 0.338 0.159 0.046 0.005 64 C 0.001 0.003 0.018 0.110 0.391 0.419 0.058 65 D 0.002 0.028 0.108 0.292 0.369 0.171 0.030 66 Y 0.001 0.001 0.004 0.022 0.123 0.540 0.311 67 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.249 0.729 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.122 0.862 69 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.096 0.890 70 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.201 0.764 71 C 0.001 0.001 0.002 0.012 0.053 0.268 0.664 72 A 0.001 0.007 0.017 0.049 0.111 0.372 0.443 73 S 0.006 0.023 0.051 0.103 0.188 0.355 0.274 74 V 0.003 0.014 0.040 0.111 0.219 0.425 0.187 75 V 0.006 0.018 0.032 0.093 0.229 0.438 0.183 76 D 0.048 0.171 0.220 0.275 0.179 0.096 0.011 77 K 0.056 0.301 0.352 0.194 0.073 0.021 0.002 78 T 0.004 0.017 0.055 0.193 0.373 0.328 0.030 79 L 0.006 0.037 0.106 0.272 0.369 0.193 0.016 80 P 0.108 0.411 0.291 0.134 0.043 0.011 0.001 81 R 0.012 0.115 0.378 0.359 0.117 0.018 0.001 82 L 0.001 0.005 0.013 0.066 0.319 0.547 0.048 83 L 0.005 0.044 0.155 0.391 0.317 0.084 0.003 84 E 0.061 0.524 0.289 0.098 0.022 0.005 0.001 85 L 0.004 0.027 0.154 0.459 0.296 0.058 0.002 86 S 0.003 0.008 0.027 0.172 0.445 0.320 0.024 87 R 0.110 0.414 0.293 0.139 0.039 0.005 0.001 88 N 0.184 0.464 0.228 0.093 0.024 0.005 0.001 89 A 0.016 0.121 0.278 0.325 0.193 0.061 0.005 90 R 0.021 0.177 0.308 0.302 0.143 0.044 0.005 91 R 0.011 0.056 0.125 0.260 0.348 0.176 0.024 92 I 0.001 0.002 0.008 0.044 0.213 0.528 0.203 93 T 0.001 0.002 0.003 0.010 0.050 0.366 0.568 94 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.137 0.837 95 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.142 0.826 96 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.041 0.196 0.751 97 P 0.001 0.002 0.004 0.011 0.042 0.258 0.683 98 G 0.002 0.006 0.011 0.032 0.100 0.303 0.546 99 T 0.003 0.008 0.020 0.057 0.139 0.323 0.451 100 P 0.006 0.016 0.031 0.071 0.154 0.326 0.396 101 L 0.007 0.013 0.022 0.059 0.144 0.399 0.357 102 A 0.011 0.034 0.066 0.128 0.212 0.312 0.237 103 P 0.031 0.076 0.126 0.183 0.224 0.238 0.121 104 V 0.046 0.133 0.182 0.222 0.203 0.157 0.057 105 L 0.019 0.029 0.056 0.146 0.299 0.335 0.117 106 F 0.109 0.206 0.236 0.218 0.133 0.075 0.022 107 E 0.300 0.319 0.184 0.112 0.052 0.024 0.008 108 H 0.086 0.170 0.230 0.247 0.172 0.078 0.016 109 G 0.068 0.123 0.191 0.243 0.221 0.129 0.025 110 L 0.023 0.026 0.041 0.106 0.233 0.401 0.170 111 Q 0.054 0.121 0.174 0.238 0.223 0.148 0.043 112 E 0.029 0.053 0.109 0.184 0.229 0.259 0.137 113 L 0.011 0.019 0.028 0.057 0.128 0.363 0.395 114 S 0.008 0.023 0.045 0.093 0.170 0.343 0.318 115 G 0.007 0.038 0.086 0.166 0.233 0.282 0.188 116 F 0.003 0.010 0.022 0.064 0.201 0.473 0.228 117 M 0.004 0.039 0.128 0.271 0.308 0.218 0.031 118 V 0.002 0.009 0.027 0.113 0.347 0.450 0.051 119 K 0.023 0.157 0.296 0.299 0.163 0.055 0.006 120 D 0.052 0.219 0.278 0.261 0.142 0.044 0.004 121 N 0.142 0.315 0.297 0.178 0.056 0.011 0.001 122 A 0.429 0.338 0.147 0.061 0.020 0.005 0.001 123 R 0.077 0.265 0.377 0.202 0.066 0.012 0.001 124 A 0.010 0.019 0.042 0.160 0.395 0.348 0.025 125 F 0.009 0.047 0.137 0.328 0.327 0.138 0.014 126 R 0.058 0.286 0.294 0.208 0.097 0.051 0.006 127 I 0.013 0.039 0.127 0.305 0.330 0.169 0.017 128 V 0.018 0.026 0.051 0.139 0.302 0.375 0.088 129 A 0.086 0.195 0.219 0.238 0.167 0.081 0.014 130 G 0.136 0.239 0.223 0.197 0.131 0.063 0.010 131 A 0.118 0.199 0.243 0.226 0.145 0.061 0.008 132 E 0.307 0.282 0.204 0.133 0.055 0.017 0.002 133 K 0.336 0.290 0.168 0.112 0.062 0.027 0.005 134 V 0.154 0.176 0.216 0.230 0.156 0.060 0.007 135 K 0.170 0.276 0.237 0.180 0.091 0.039 0.007 136 I 0.060 0.068 0.106 0.205 0.283 0.232 0.046 137 Y 0.108 0.151 0.215 0.253 0.181 0.081 0.011 138 S 0.359 0.344 0.168 0.082 0.031 0.013 0.003 139 A 0.171 0.199 0.222 0.218 0.126 0.054 0.009 140 G 0.092 0.088 0.110 0.183 0.246 0.236 0.046 141 Q 0.124 0.173 0.209 0.229 0.160 0.090 0.017 142 K 0.139 0.253 0.249 0.197 0.106 0.049 0.007 143 V 0.089 0.097 0.138 0.211 0.257 0.181 0.027 144 T 0.095 0.198 0.239 0.239 0.154 0.069 0.006 145 I 0.129 0.113 0.155 0.231 0.244 0.119 0.010 146 K 0.403 0.281 0.178 0.098 0.032 0.007 0.001 147 K 0.607 0.244 0.095 0.039 0.011 0.003 0.001