# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5759 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.025 0.010 0.010 0.019 0.144 0.791 2 E 0.048 0.021 0.042 0.041 0.212 0.636 3 D 0.047 0.028 0.075 0.048 0.292 0.511 4 R 0.045 0.042 0.071 0.047 0.434 0.361 5 M 0.048 0.037 0.040 0.055 0.423 0.397 6 N 0.033 0.016 0.021 0.044 0.414 0.472 7 D 0.018 0.007 0.043 0.095 0.463 0.374 8 P 0.029 0.008 0.141 0.298 0.337 0.187 9 F 0.059 0.015 0.192 0.357 0.259 0.117 10 I 0.109 0.023 0.114 0.381 0.232 0.142 11 M 0.189 0.022 0.063 0.287 0.225 0.214 12 S 0.185 0.022 0.082 0.320 0.189 0.200 13 Q 0.126 0.013 0.124 0.377 0.189 0.170 14 N 0.140 0.010 0.217 0.277 0.205 0.152 15 E 0.120 0.022 0.251 0.248 0.232 0.127 16 V 0.097 0.030 0.098 0.097 0.647 0.030 17 K 0.047 0.006 0.039 0.030 0.828 0.050 18 G 0.021 0.002 0.014 0.005 0.874 0.084 19 K 0.281 0.010 0.005 0.001 0.569 0.134 20 K 0.830 0.006 0.001 0.001 0.035 0.128 21 V 0.987 0.003 0.001 0.001 0.003 0.008 22 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 23 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 24 V 0.940 0.002 0.001 0.001 0.015 0.042 25 G 0.618 0.006 0.003 0.003 0.103 0.268 26 H 0.266 0.009 0.010 0.008 0.221 0.486 27 F 0.088 0.012 0.030 0.017 0.366 0.487 28 P 0.053 0.017 0.055 0.072 0.426 0.377 29 H 0.032 0.028 0.143 0.177 0.367 0.252 30 L 0.011 0.006 0.281 0.453 0.190 0.060 31 E 0.009 0.002 0.380 0.441 0.133 0.034 32 S 0.013 0.002 0.420 0.383 0.145 0.036 33 L 0.054 0.014 0.231 0.363 0.226 0.111 34 L 0.081 0.022 0.076 0.281 0.255 0.284 35 E 0.103 0.015 0.045 0.119 0.284 0.433 36 P 0.084 0.010 0.057 0.074 0.337 0.438 37 I 0.073 0.012 0.269 0.051 0.404 0.190 38 C 0.161 0.006 0.134 0.017 0.461 0.220 39 D 0.393 0.005 0.039 0.010 0.308 0.246 40 L 0.833 0.004 0.002 0.002 0.044 0.116 41 S 0.956 0.002 0.001 0.001 0.009 0.032 42 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 43 L 0.966 0.002 0.001 0.001 0.005 0.026 44 E 0.899 0.003 0.001 0.001 0.017 0.079 45 W 0.559 0.024 0.002 0.002 0.055 0.359 46 S 0.132 0.020 0.004 0.001 0.372 0.472 47 P 0.017 0.007 0.068 0.005 0.745 0.158 48 E 0.006 0.004 0.076 0.004 0.848 0.061 49 E 0.005 0.004 0.087 0.004 0.861 0.038 50 G 0.010 0.005 0.025 0.003 0.677 0.280 51 D 0.066 0.137 0.025 0.012 0.330 0.429 52 Y 0.073 0.085 0.012 0.014 0.217 0.599 53 P 0.053 0.035 0.010 0.024 0.208 0.669 54 L 0.014 0.006 0.149 0.186 0.310 0.335 55 P 0.008 0.005 0.250 0.294 0.297 0.147 56 A 0.003 0.004 0.467 0.354 0.142 0.030 57 S 0.008 0.013 0.390 0.297 0.207 0.084 58 E 0.010 0.005 0.308 0.312 0.270 0.095 59 F 0.018 0.010 0.191 0.360 0.267 0.155 60 I 0.031 0.034 0.093 0.374 0.238 0.229 61 L 0.022 0.028 0.047 0.146 0.517 0.241 62 P 0.004 0.001 0.220 0.151 0.492 0.131 63 E 0.017 0.004 0.265 0.109 0.480 0.125 64 C 0.168 0.033 0.067 0.039 0.561 0.131 65 D 0.215 0.006 0.015 0.046 0.246 0.472 66 Y 0.876 0.008 0.005 0.042 0.027 0.042 67 V 0.973 0.002 0.001 0.016 0.004 0.004 68 Y 0.957 0.001 0.002 0.030 0.004 0.006 69 I 0.764 0.004 0.007 0.153 0.021 0.051 70 T 0.221 0.004 0.031 0.243 0.076 0.424 71 C 0.052 0.002 0.116 0.701 0.049 0.080 72 A 0.037 0.002 0.216 0.622 0.081 0.042 73 S 0.016 0.002 0.071 0.878 0.025 0.008 74 V 0.010 0.003 0.028 0.915 0.028 0.016 75 V 0.004 0.003 0.032 0.902 0.036 0.023 76 D 0.004 0.002 0.057 0.716 0.172 0.049 77 K 0.002 0.002 0.026 0.811 0.101 0.057 78 T 0.001 0.002 0.007 0.850 0.033 0.107 79 L 0.001 0.001 0.008 0.965 0.014 0.011 80 P 0.001 0.001 0.012 0.961 0.016 0.010 81 R 0.001 0.001 0.013 0.967 0.013 0.006 82 L 0.001 0.001 0.014 0.976 0.007 0.002 83 L 0.001 0.001 0.013 0.974 0.008 0.004 84 E 0.001 0.001 0.021 0.942 0.020 0.016 85 L 0.002 0.002 0.037 0.831 0.065 0.063 86 S 0.007 0.007 0.061 0.512 0.261 0.152 87 R 0.004 0.003 0.155 0.252 0.440 0.146 88 N 0.007 0.001 0.156 0.076 0.502 0.258 89 A 0.055 0.008 0.140 0.046 0.512 0.239 90 R 0.240 0.006 0.020 0.016 0.284 0.434 91 R 0.790 0.003 0.004 0.006 0.057 0.140 92 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 93 T 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 94 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 95 V 0.799 0.005 0.001 0.004 0.027 0.164 96 G 0.215 0.009 0.003 0.005 0.201 0.567 97 P 0.055 0.013 0.006 0.022 0.390 0.514 98 G 0.018 0.026 0.017 0.060 0.474 0.404 99 T 0.016 0.015 0.022 0.056 0.495 0.396 100 P 0.013 0.019 0.077 0.292 0.291 0.307 101 L 0.015 0.048 0.081 0.420 0.153 0.282 102 A 0.014 0.018 0.056 0.508 0.114 0.290 103 P 0.007 0.002 0.111 0.708 0.096 0.076 104 V 0.007 0.005 0.117 0.777 0.071 0.023 105 L 0.004 0.004 0.068 0.849 0.067 0.008 106 F 0.003 0.001 0.043 0.900 0.041 0.013 107 E 0.001 0.001 0.032 0.919 0.031 0.017 108 H 0.001 0.001 0.018 0.868 0.036 0.075 109 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.976 110 L 0.070 0.016 0.019 0.223 0.110 0.563 111 Q 0.309 0.011 0.028 0.081 0.169 0.401 112 E 0.661 0.014 0.042 0.093 0.079 0.112 113 L 0.844 0.007 0.018 0.045 0.038 0.048 114 S 0.840 0.003 0.019 0.047 0.038 0.053 115 G 0.701 0.002 0.008 0.062 0.050 0.177 116 F 0.786 0.005 0.007 0.024 0.040 0.139 117 M 0.849 0.007 0.004 0.016 0.044 0.081 118 V 0.763 0.011 0.004 0.008 0.087 0.127 119 K 0.352 0.025 0.003 0.020 0.201 0.400 120 D 0.042 0.006 0.002 0.023 0.172 0.755 121 N 0.001 0.001 0.039 0.928 0.020 0.011 122 A 0.001 0.001 0.056 0.924 0.014 0.004 123 R 0.002 0.001 0.031 0.957 0.009 0.002 124 A 0.005 0.001 0.004 0.980 0.007 0.004 125 F 0.013 0.001 0.004 0.968 0.010 0.004 126 R 0.021 0.001 0.004 0.960 0.012 0.003 127 I 0.028 0.001 0.003 0.957 0.008 0.003 128 V 0.021 0.002 0.004 0.955 0.014 0.004 129 A 0.042 0.003 0.010 0.864 0.055 0.026 130 G 0.032 0.004 0.017 0.459 0.199 0.289 131 A 0.037 0.011 0.031 0.131 0.397 0.392 132 E 0.119 0.014 0.032 0.055 0.381 0.399 133 K 0.343 0.014 0.040 0.061 0.277 0.265 134 V 0.552 0.017 0.032 0.048 0.167 0.184 135 K 0.747 0.014 0.019 0.028 0.073 0.118 136 I 0.738 0.020 0.026 0.027 0.073 0.116 137 Y 0.617 0.023 0.031 0.022 0.158 0.149 138 S 0.372 0.012 0.036 0.016 0.342 0.222 139 A 0.180 0.005 0.056 0.029 0.529 0.200 140 G 0.282 0.006 0.019 0.006 0.421 0.267 141 Q 0.711 0.008 0.005 0.003 0.118 0.155 142 K 0.891 0.004 0.001 0.003 0.028 0.074 143 V 0.959 0.002 0.001 0.002 0.011 0.026 144 T 0.974 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 145 I 0.927 0.002 0.001 0.004 0.009 0.058 146 K 0.644 0.006 0.001 0.007 0.039 0.303 147 K 0.182 0.003 0.001 0.005 0.075 0.733