# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5759 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.001 0.016 0.662 0.004 0.006 0.012 0.001 0.001 0.021 0.158 0.012 0.082 0.023 2 E 0.001 0.021 0.816 0.002 0.011 0.013 0.001 0.001 0.017 0.035 0.016 0.003 0.065 3 D 0.001 0.057 0.709 0.004 0.048 0.039 0.001 0.001 0.019 0.046 0.050 0.013 0.011 4 R 0.001 0.019 0.687 0.003 0.050 0.028 0.001 0.001 0.016 0.105 0.068 0.009 0.013 5 M 0.001 0.024 0.340 0.001 0.074 0.037 0.001 0.001 0.009 0.088 0.405 0.008 0.012 6 N 0.001 0.018 0.336 0.001 0.019 0.017 0.001 0.001 0.006 0.257 0.338 0.002 0.005 7 D 0.001 0.004 0.684 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.275 0.019 0.001 0.001 8 P 0.001 0.011 0.256 0.001 0.180 0.120 0.001 0.001 0.001 0.099 0.329 0.001 0.002 9 F 0.001 0.017 0.129 0.001 0.204 0.154 0.001 0.001 0.001 0.110 0.378 0.003 0.001 10 I 0.001 0.010 0.339 0.001 0.205 0.195 0.001 0.001 0.013 0.116 0.098 0.003 0.019 11 M 0.003 0.025 0.252 0.003 0.078 0.359 0.001 0.001 0.005 0.138 0.094 0.034 0.008 12 S 0.001 0.025 0.209 0.002 0.091 0.393 0.001 0.001 0.005 0.098 0.139 0.003 0.031 13 Q 0.001 0.013 0.177 0.002 0.136 0.448 0.001 0.001 0.006 0.098 0.098 0.009 0.011 14 N 0.001 0.011 0.077 0.004 0.163 0.536 0.001 0.001 0.001 0.046 0.134 0.009 0.017 15 E 0.001 0.009 0.091 0.005 0.141 0.565 0.001 0.001 0.001 0.038 0.125 0.006 0.016 16 V 0.001 0.009 0.287 0.001 0.123 0.307 0.001 0.001 0.009 0.093 0.148 0.009 0.012 17 K 0.001 0.004 0.087 0.003 0.027 0.058 0.001 0.001 0.002 0.053 0.763 0.002 0.001 18 G 0.001 0.002 0.119 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.004 0.158 0.695 0.002 0.001 19 K 0.001 0.004 0.607 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.098 0.248 0.020 0.005 0.004 20 K 0.005 0.005 0.235 0.008 0.001 0.001 0.019 0.084 0.545 0.051 0.004 0.009 0.034 21 V 0.006 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.039 0.640 0.278 0.004 0.001 0.010 0.005 22 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.880 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 23 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.896 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 24 V 0.007 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.064 0.759 0.148 0.002 0.001 0.002 0.004 25 G 0.004 0.004 0.263 0.003 0.004 0.002 0.015 0.104 0.469 0.110 0.008 0.010 0.005 26 H 0.001 0.014 0.390 0.004 0.012 0.010 0.004 0.012 0.195 0.331 0.017 0.001 0.010 27 F 0.001 0.013 0.573 0.001 0.038 0.029 0.001 0.001 0.044 0.278 0.020 0.002 0.001 28 P 0.001 0.005 0.275 0.001 0.220 0.132 0.001 0.001 0.005 0.216 0.142 0.001 0.003 29 H 0.001 0.018 0.246 0.001 0.284 0.143 0.001 0.001 0.003 0.122 0.178 0.003 0.001 30 L 0.001 0.003 0.086 0.001 0.557 0.264 0.001 0.001 0.001 0.024 0.061 0.001 0.003 31 E 0.001 0.001 0.044 0.001 0.469 0.350 0.001 0.001 0.001 0.025 0.108 0.001 0.001 32 S 0.001 0.001 0.074 0.001 0.471 0.275 0.001 0.001 0.001 0.032 0.141 0.001 0.002 33 L 0.002 0.027 0.155 0.001 0.228 0.328 0.001 0.001 0.021 0.073 0.129 0.003 0.031 34 L 0.001 0.050 0.226 0.018 0.115 0.289 0.001 0.002 0.012 0.160 0.104 0.014 0.007 35 E 0.001 0.004 0.285 0.009 0.216 0.154 0.001 0.001 0.002 0.201 0.111 0.005 0.012 36 P 0.001 0.005 0.175 0.004 0.176 0.219 0.001 0.002 0.004 0.158 0.239 0.004 0.013 37 I 0.002 0.022 0.277 0.005 0.097 0.168 0.002 0.006 0.047 0.141 0.198 0.012 0.023 38 C 0.004 0.018 0.561 0.017 0.015 0.023 0.002 0.004 0.066 0.153 0.082 0.040 0.015 39 D 0.011 0.021 0.539 0.025 0.011 0.009 0.006 0.005 0.076 0.098 0.063 0.030 0.107 40 L 0.031 0.010 0.299 0.012 0.007 0.003 0.028 0.024 0.203 0.034 0.013 0.173 0.162 41 S 0.057 0.012 0.143 0.021 0.010 0.006 0.053 0.038 0.336 0.020 0.006 0.130 0.169 42 I 0.095 0.011 0.053 0.021 0.022 0.006 0.089 0.079 0.337 0.011 0.014 0.069 0.193 43 L 0.108 0.009 0.072 0.232 0.022 0.007 0.071 0.081 0.233 0.019 0.016 0.057 0.073 44 E 0.065 0.010 0.142 0.006 0.017 0.006 0.014 0.018 0.171 0.049 0.011 0.392 0.098 45 W 0.026 0.027 0.247 0.012 0.014 0.005 0.006 0.004 0.045 0.092 0.034 0.009 0.481 46 S 0.001 0.028 0.693 0.002 0.017 0.004 0.001 0.001 0.008 0.147 0.038 0.053 0.010 47 P 0.001 0.007 0.135 0.005 0.066 0.012 0.001 0.001 0.001 0.169 0.590 0.001 0.013 48 E 0.001 0.004 0.154 0.005 0.049 0.006 0.001 0.001 0.001 0.254 0.515 0.011 0.002 49 E 0.001 0.006 0.137 0.001 0.072 0.009 0.001 0.001 0.003 0.217 0.538 0.002 0.014 50 G 0.001 0.009 0.229 0.002 0.019 0.009 0.003 0.001 0.006 0.382 0.327 0.008 0.004 51 D 0.001 0.073 0.493 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.008 0.348 0.030 0.006 0.026 52 Y 0.001 0.090 0.586 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.008 0.231 0.009 0.054 0.013 53 P 0.001 0.035 0.820 0.001 0.007 0.034 0.001 0.001 0.005 0.030 0.017 0.001 0.052 54 L 0.001 0.004 0.118 0.001 0.105 0.682 0.001 0.001 0.002 0.015 0.071 0.002 0.001 55 P 0.001 0.002 0.074 0.001 0.218 0.578 0.001 0.001 0.001 0.037 0.087 0.001 0.001 56 A 0.001 0.002 0.031 0.001 0.298 0.574 0.001 0.001 0.002 0.005 0.086 0.001 0.001 57 S 0.001 0.005 0.043 0.001 0.333 0.522 0.001 0.001 0.001 0.027 0.070 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.252 0.297 0.001 0.001 0.001 0.025 0.411 0.001 0.001 59 F 0.001 0.002 0.023 0.001 0.118 0.107 0.001 0.001 0.001 0.029 0.720 0.001 0.001 60 I 0.001 0.012 0.461 0.001 0.131 0.241 0.001 0.001 0.008 0.055 0.090 0.001 0.001 61 L 0.001 0.004 0.606 0.001 0.098 0.073 0.001 0.001 0.002 0.195 0.020 0.001 0.001 62 P 0.001 0.001 0.133 0.001 0.134 0.037 0.001 0.001 0.001 0.054 0.640 0.001 0.001 63 E 0.001 0.004 0.131 0.002 0.082 0.018 0.001 0.002 0.011 0.050 0.697 0.001 0.001 64 C 0.001 0.003 0.831 0.001 0.009 0.003 0.001 0.002 0.042 0.098 0.006 0.001 0.004 65 D 0.001 0.005 0.356 0.074 0.006 0.003 0.002 0.008 0.101 0.420 0.013 0.009 0.003 66 Y 0.001 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.007 0.343 0.589 0.025 0.007 0.002 0.006 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.834 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.892 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 69 I 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.024 0.778 0.182 0.001 0.001 0.002 0.002 70 T 0.001 0.002 0.054 0.003 0.001 0.001 0.019 0.433 0.458 0.017 0.003 0.002 0.005 71 C 0.003 0.006 0.303 0.013 0.019 0.043 0.013 0.110 0.304 0.139 0.030 0.004 0.014 72 A 0.006 0.009 0.181 0.039 0.067 0.170 0.009 0.039 0.076 0.314 0.075 0.009 0.007 73 S 0.004 0.013 0.113 0.003 0.129 0.391 0.015 0.054 0.083 0.084 0.094 0.003 0.015 74 V 0.007 0.022 0.024 0.001 0.082 0.582 0.030 0.103 0.043 0.017 0.077 0.002 0.010 75 V 0.015 0.021 0.033 0.001 0.027 0.601 0.032 0.071 0.030 0.045 0.109 0.010 0.006 76 D 0.006 0.012 0.147 0.011 0.041 0.289 0.004 0.003 0.021 0.290 0.159 0.005 0.013 77 K 0.001 0.012 0.069 0.001 0.023 0.323 0.001 0.001 0.002 0.330 0.237 0.002 0.002 78 T 0.001 0.024 0.175 0.001 0.012 0.636 0.001 0.001 0.001 0.051 0.096 0.001 0.004 79 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 81 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 84 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 0.835 0.001 0.001 0.001 0.003 0.122 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.030 0.758 0.001 0.001 0.001 0.018 0.171 0.001 0.001 86 S 0.001 0.005 0.240 0.001 0.052 0.478 0.001 0.001 0.001 0.086 0.138 0.001 0.001 87 R 0.001 0.003 0.193 0.001 0.208 0.297 0.001 0.001 0.001 0.046 0.251 0.001 0.001 88 N 0.001 0.003 0.238 0.002 0.206 0.137 0.001 0.001 0.002 0.090 0.320 0.002 0.001 89 A 0.001 0.003 0.441 0.002 0.076 0.035 0.001 0.008 0.071 0.192 0.168 0.001 0.003 90 R 0.001 0.004 0.154 0.009 0.005 0.003 0.003 0.070 0.586 0.130 0.026 0.005 0.004 91 R 0.001 0.001 0.022 0.005 0.001 0.001 0.004 0.316 0.622 0.019 0.002 0.002 0.005 92 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 0.816 0.164 0.003 0.001 0.001 0.001 93 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.938 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.889 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.001 0.002 0.027 0.003 0.001 0.001 0.027 0.610 0.317 0.006 0.003 0.001 0.002 96 G 0.001 0.003 0.433 0.002 0.003 0.001 0.002 0.027 0.359 0.146 0.012 0.009 0.002 97 P 0.001 0.020 0.464 0.002 0.011 0.005 0.004 0.012 0.078 0.304 0.076 0.001 0.023 98 G 0.001 0.057 0.441 0.001 0.025 0.010 0.001 0.003 0.020 0.335 0.102 0.003 0.001 99 T 0.001 0.007 0.252 0.001 0.074 0.030 0.001 0.001 0.004 0.498 0.132 0.001 0.002 100 P 0.001 0.009 0.338 0.001 0.108 0.077 0.001 0.001 0.001 0.270 0.191 0.003 0.001 101 L 0.001 0.028 0.289 0.001 0.102 0.202 0.001 0.001 0.002 0.208 0.150 0.001 0.016 102 A 0.001 0.006 0.495 0.001 0.014 0.363 0.001 0.001 0.001 0.094 0.022 0.002 0.001 103 P 0.001 0.001 0.018 0.001 0.025 0.920 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.001 0.001 104 V 0.001 0.002 0.020 0.001 0.045 0.880 0.001 0.001 0.001 0.013 0.036 0.002 0.001 105 L 0.001 0.001 0.029 0.001 0.080 0.839 0.001 0.001 0.002 0.005 0.038 0.001 0.005 106 F 0.001 0.008 0.023 0.008 0.078 0.685 0.001 0.001 0.001 0.023 0.171 0.001 0.001 107 E 0.001 0.002 0.035 0.001 0.077 0.423 0.001 0.001 0.001 0.027 0.427 0.003 0.003 108 H 0.001 0.002 0.117 0.001 0.035 0.149 0.001 0.001 0.001 0.165 0.528 0.001 0.001 109 G 0.001 0.011 0.428 0.003 0.011 0.030 0.001 0.001 0.008 0.240 0.259 0.006 0.002 110 L 0.002 0.019 0.536 0.005 0.013 0.016 0.002 0.005 0.076 0.167 0.037 0.015 0.106 111 Q 0.012 0.023 0.237 0.129 0.010 0.028 0.010 0.028 0.049 0.205 0.017 0.193 0.058 112 E 0.078 0.005 0.107 0.011 0.010 0.024 0.043 0.184 0.190 0.022 0.022 0.045 0.258 113 L 0.138 0.009 0.082 0.019 0.008 0.018 0.055 0.177 0.188 0.013 0.025 0.148 0.120 114 S 0.071 0.005 0.122 0.089 0.011 0.015 0.038 0.099 0.224 0.047 0.097 0.138 0.043 115 G 0.097 0.006 0.259 0.010 0.006 0.003 0.026 0.029 0.274 0.064 0.110 0.028 0.088 116 F 0.094 0.021 0.249 0.017 0.003 0.002 0.043 0.014 0.197 0.052 0.012 0.201 0.097 117 M 0.021 0.033 0.218 0.005 0.004 0.002 0.043 0.010 0.280 0.034 0.028 0.092 0.230 118 V 0.032 0.037 0.308 0.012 0.007 0.003 0.041 0.008 0.211 0.075 0.033 0.072 0.161 119 K 0.001 0.046 0.504 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.025 0.287 0.016 0.080 0.028 120 D 0.001 0.008 0.849 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.102 0.005 0.001 0.022 121 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 123 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.821 0.001 0.001 0.001 0.004 0.164 0.001 0.001 130 G 0.001 0.002 0.033 0.001 0.014 0.401 0.001 0.001 0.001 0.041 0.506 0.001 0.001 131 A 0.001 0.004 0.182 0.001 0.038 0.210 0.001 0.001 0.001 0.171 0.388 0.002 0.002 132 E 0.001 0.007 0.273 0.003 0.062 0.122 0.001 0.001 0.002 0.230 0.289 0.007 0.006 133 K 0.001 0.015 0.347 0.010 0.079 0.120 0.001 0.001 0.004 0.202 0.185 0.016 0.020 134 V 0.005 0.021 0.484 0.009 0.055 0.074 0.002 0.003 0.034 0.108 0.062 0.042 0.100 135 K 0.015 0.032 0.329 0.010 0.027 0.052 0.004 0.003 0.043 0.067 0.027 0.266 0.123 136 I 0.026 0.026 0.244 0.024 0.049 0.052 0.006 0.006 0.020 0.045 0.072 0.043 0.386 137 Y 0.039 0.029 0.328 0.058 0.050 0.045 0.005 0.006 0.021 0.096 0.134 0.123 0.067 138 S 0.017 0.011 0.302 0.030 0.045 0.020 0.001 0.002 0.010 0.149 0.186 0.055 0.174 139 A 0.012 0.008 0.207 0.064 0.035 0.020 0.001 0.001 0.004 0.226 0.332 0.050 0.040 140 G 0.051 0.007 0.345 0.033 0.019 0.011 0.005 0.001 0.008 0.153 0.108 0.087 0.173 141 Q 0.183 0.009 0.203 0.017 0.004 0.003 0.018 0.003 0.022 0.039 0.012 0.258 0.230 142 K 0.367 0.007 0.037 0.008 0.001 0.002 0.043 0.005 0.023 0.008 0.002 0.161 0.339 143 V 0.425 0.003 0.039 0.034 0.002 0.002 0.123 0.015 0.035 0.004 0.003 0.152 0.165 144 T 0.443 0.002 0.020 0.029 0.002 0.002 0.120 0.011 0.033 0.004 0.002 0.175 0.158 145 I 0.347 0.003 0.041 0.004 0.003 0.003 0.069 0.009 0.036 0.004 0.003 0.138 0.341 146 K 0.259 0.015 0.101 0.044 0.010 0.014 0.068 0.009 0.053 0.044 0.024 0.133 0.229 147 K 0.021 0.011 0.439 0.007 0.016 0.013 0.002 0.001 0.044 0.118 0.019 0.188 0.121