# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5759 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.274 0.069 0.004 0.009 0.037 0.020 0.073 0.034 0.002 0.092 0.387 2 E 0.115 0.030 0.002 0.009 0.008 0.017 0.091 0.006 0.001 0.037 0.685 3 D 0.057 0.015 0.002 0.027 0.011 0.031 0.078 0.003 0.001 0.036 0.739 4 R 0.073 0.015 0.001 0.018 0.024 0.024 0.088 0.001 0.001 0.042 0.714 5 M 0.006 0.008 0.001 0.013 0.021 0.023 0.123 0.002 0.001 0.019 0.784 6 N 0.063 0.088 0.001 0.010 0.014 0.012 0.103 0.010 0.001 0.019 0.678 7 D 0.316 0.181 0.002 0.009 0.011 0.010 0.091 0.035 0.001 0.071 0.272 8 P 0.162 0.116 0.004 0.018 0.006 0.012 0.112 0.005 0.002 0.069 0.494 9 F 0.086 0.159 0.004 0.032 0.022 0.059 0.107 0.007 0.001 0.053 0.469 10 I 0.132 0.076 0.004 0.025 0.034 0.043 0.103 0.006 0.002 0.083 0.493 11 M 0.065 0.126 0.006 0.033 0.041 0.058 0.122 0.009 0.002 0.059 0.479 12 S 0.120 0.175 0.002 0.010 0.031 0.063 0.077 0.015 0.001 0.033 0.473 13 Q 0.119 0.101 0.006 0.017 0.037 0.075 0.085 0.009 0.003 0.076 0.473 14 N 0.076 0.033 0.018 0.012 0.044 0.070 0.121 0.006 0.010 0.109 0.500 15 E 0.170 0.008 0.006 0.012 0.014 0.025 0.090 0.007 0.004 0.066 0.599 16 V 0.371 0.002 0.002 0.010 0.011 0.013 0.074 0.004 0.002 0.071 0.440 17 K 0.027 0.002 0.001 0.015 0.004 0.006 0.127 0.001 0.001 0.015 0.803 18 G 0.002 0.001 0.001 0.019 0.006 0.011 0.135 0.002 0.001 0.010 0.815 19 K 0.004 0.004 0.001 0.288 0.069 0.029 0.117 0.001 0.001 0.056 0.432 20 K 0.001 0.001 0.001 0.720 0.041 0.051 0.027 0.001 0.001 0.050 0.110 21 V 0.001 0.001 0.001 0.772 0.039 0.025 0.013 0.001 0.001 0.027 0.122 22 G 0.001 0.001 0.001 0.948 0.020 0.012 0.003 0.001 0.001 0.006 0.010 23 V 0.001 0.001 0.001 0.896 0.015 0.025 0.008 0.001 0.001 0.020 0.034 24 V 0.011 0.001 0.001 0.821 0.019 0.036 0.020 0.001 0.001 0.035 0.056 25 G 0.010 0.004 0.001 0.377 0.021 0.082 0.143 0.002 0.001 0.074 0.285 26 H 0.046 0.177 0.002 0.093 0.028 0.030 0.119 0.004 0.003 0.034 0.464 27 F 0.183 0.386 0.006 0.012 0.022 0.024 0.074 0.062 0.003 0.019 0.210 28 P 0.087 0.321 0.003 0.009 0.010 0.012 0.054 0.011 0.001 0.065 0.428 29 H 0.060 0.410 0.028 0.005 0.012 0.021 0.052 0.017 0.011 0.176 0.209 30 L 0.397 0.295 0.016 0.004 0.007 0.009 0.034 0.039 0.005 0.056 0.137 31 E 0.237 0.191 0.018 0.010 0.016 0.035 0.066 0.023 0.012 0.051 0.343 32 S 0.110 0.029 0.002 0.011 0.022 0.039 0.096 0.002 0.001 0.029 0.659 33 L 0.015 0.026 0.004 0.026 0.019 0.044 0.126 0.003 0.002 0.033 0.702 34 L 0.089 0.045 0.010 0.011 0.025 0.034 0.149 0.014 0.004 0.046 0.572 35 E 0.325 0.004 0.008 0.013 0.022 0.038 0.083 0.009 0.007 0.077 0.413 36 P 0.074 0.004 0.001 0.015 0.015 0.032 0.106 0.005 0.001 0.035 0.713 37 I 0.026 0.001 0.002 0.036 0.013 0.037 0.115 0.001 0.001 0.035 0.733 38 C 0.003 0.002 0.001 0.102 0.126 0.100 0.122 0.001 0.001 0.041 0.501 39 D 0.001 0.001 0.001 0.136 0.122 0.231 0.093 0.002 0.001 0.049 0.365 40 L 0.001 0.002 0.001 0.299 0.139 0.102 0.035 0.001 0.001 0.031 0.390 41 S 0.001 0.001 0.001 0.406 0.220 0.295 0.010 0.001 0.001 0.039 0.029 42 I 0.002 0.001 0.001 0.277 0.169 0.287 0.021 0.001 0.001 0.048 0.195 43 L 0.002 0.001 0.001 0.439 0.217 0.216 0.016 0.001 0.001 0.026 0.082 44 E 0.003 0.001 0.001 0.149 0.172 0.369 0.050 0.001 0.001 0.046 0.210 45 W 0.005 0.001 0.001 0.117 0.106 0.142 0.069 0.001 0.001 0.020 0.539 46 S 0.049 0.004 0.005 0.035 0.123 0.115 0.141 0.013 0.007 0.075 0.433 47 P 0.141 0.003 0.006 0.012 0.006 0.008 0.082 0.005 0.005 0.063 0.669 48 E 0.363 0.003 0.001 0.006 0.008 0.010 0.048 0.011 0.001 0.068 0.482 49 E 0.042 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.066 0.001 0.001 0.023 0.852 50 G 0.004 0.001 0.001 0.010 0.015 0.045 0.140 0.002 0.001 0.020 0.763 51 D 0.018 0.001 0.001 0.014 0.049 0.039 0.110 0.001 0.001 0.032 0.736 52 Y 0.004 0.001 0.001 0.012 0.029 0.029 0.157 0.002 0.001 0.021 0.746 53 P 0.053 0.021 0.001 0.019 0.014 0.016 0.154 0.003 0.001 0.083 0.635 54 L 0.125 0.112 0.003 0.015 0.007 0.010 0.101 0.014 0.001 0.133 0.481 55 P 0.088 0.382 0.005 0.008 0.003 0.006 0.060 0.006 0.002 0.066 0.372 56 A 0.135 0.460 0.013 0.008 0.010 0.017 0.044 0.012 0.004 0.048 0.248 57 S 0.238 0.437 0.001 0.003 0.011 0.016 0.035 0.036 0.001 0.024 0.197 58 E 0.329 0.094 0.003 0.011 0.019 0.032 0.062 0.011 0.002 0.056 0.383 59 F 0.034 0.030 0.011 0.026 0.020 0.037 0.152 0.002 0.005 0.041 0.644 60 I 0.038 0.014 0.006 0.019 0.018 0.023 0.155 0.004 0.003 0.038 0.683 61 L 0.327 0.053 0.005 0.020 0.011 0.010 0.130 0.012 0.003 0.106 0.323 62 P 0.095 0.023 0.003 0.027 0.005 0.007 0.145 0.003 0.002 0.052 0.640 63 E 0.009 0.019 0.001 0.055 0.010 0.021 0.124 0.002 0.001 0.029 0.730 64 C 0.010 0.043 0.001 0.083 0.029 0.023 0.122 0.002 0.001 0.097 0.589 65 D 0.002 0.036 0.001 0.626 0.063 0.062 0.035 0.001 0.001 0.069 0.105 66 Y 0.002 0.010 0.001 0.531 0.035 0.048 0.019 0.001 0.001 0.210 0.144 67 V 0.001 0.009 0.001 0.832 0.056 0.028 0.008 0.001 0.001 0.031 0.034 68 Y 0.005 0.023 0.001 0.736 0.030 0.045 0.023 0.001 0.001 0.047 0.088 69 I 0.005 0.012 0.001 0.514 0.063 0.082 0.019 0.001 0.001 0.243 0.061 70 T 0.018 0.196 0.003 0.241 0.031 0.074 0.069 0.004 0.002 0.151 0.211 71 C 0.161 0.269 0.007 0.082 0.049 0.057 0.071 0.020 0.003 0.097 0.184 72 A 0.065 0.102 0.005 0.070 0.091 0.124 0.082 0.008 0.003 0.196 0.256 73 S 0.059 0.134 0.009 0.039 0.036 0.051 0.140 0.005 0.006 0.126 0.394 74 V 0.170 0.086 0.027 0.037 0.026 0.039 0.108 0.034 0.015 0.094 0.365 75 V 0.394 0.101 0.003 0.015 0.010 0.019 0.080 0.023 0.002 0.063 0.288 76 D 0.137 0.028 0.003 0.012 0.007 0.014 0.120 0.001 0.002 0.081 0.595 77 K 0.007 0.046 0.004 0.024 0.005 0.016 0.153 0.002 0.001 0.053 0.689 78 T 0.055 0.687 0.002 0.004 0.005 0.005 0.039 0.008 0.001 0.024 0.170 79 L 0.037 0.886 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.010 0.001 0.007 0.044 80 P 0.022 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.035 81 R 0.031 0.850 0.003 0.003 0.002 0.005 0.013 0.007 0.001 0.030 0.055 82 L 0.071 0.468 0.012 0.008 0.005 0.006 0.036 0.016 0.003 0.271 0.105 83 L 0.088 0.392 0.024 0.017 0.010 0.014 0.055 0.013 0.007 0.215 0.165 84 E 0.131 0.108 0.021 0.022 0.011 0.019 0.075 0.008 0.008 0.140 0.456 85 L 0.073 0.058 0.015 0.025 0.010 0.020 0.109 0.009 0.008 0.116 0.557 86 S 0.211 0.026 0.007 0.011 0.008 0.017 0.115 0.007 0.005 0.087 0.505 87 R 0.118 0.006 0.006 0.019 0.006 0.015 0.135 0.005 0.004 0.076 0.610 88 N 0.055 0.003 0.001 0.015 0.004 0.009 0.143 0.002 0.001 0.031 0.736 89 A 0.017 0.002 0.001 0.061 0.007 0.008 0.153 0.001 0.001 0.023 0.726 90 R 0.004 0.003 0.001 0.277 0.027 0.025 0.129 0.001 0.001 0.040 0.493 91 R 0.001 0.001 0.001 0.679 0.030 0.032 0.037 0.001 0.001 0.061 0.159 92 I 0.001 0.001 0.001 0.864 0.027 0.028 0.010 0.001 0.001 0.023 0.048 93 T 0.001 0.001 0.001 0.896 0.027 0.020 0.006 0.001 0.001 0.020 0.031 94 L 0.001 0.001 0.001 0.912 0.020 0.021 0.008 0.001 0.001 0.011 0.027 95 V 0.004 0.001 0.001 0.784 0.015 0.045 0.029 0.001 0.001 0.032 0.091 96 G 0.109 0.003 0.001 0.362 0.028 0.063 0.106 0.001 0.002 0.097 0.227 97 P 0.023 0.005 0.002 0.120 0.018 0.047 0.205 0.002 0.002 0.058 0.517 98 G 0.118 0.031 0.001 0.031 0.019 0.029 0.172 0.012 0.001 0.047 0.539 99 T 0.306 0.017 0.001 0.013 0.020 0.018 0.147 0.009 0.001 0.081 0.386 100 P 0.016 0.019 0.001 0.011 0.018 0.027 0.159 0.003 0.001 0.039 0.706 101 L 0.054 0.351 0.003 0.006 0.012 0.024 0.077 0.013 0.001 0.015 0.444 102 A 0.134 0.563 0.004 0.004 0.011 0.008 0.037 0.029 0.002 0.030 0.180 103 P 0.159 0.495 0.012 0.003 0.007 0.013 0.048 0.017 0.005 0.033 0.208 104 V 0.158 0.334 0.005 0.007 0.009 0.021 0.048 0.009 0.002 0.052 0.355 105 L 0.139 0.093 0.068 0.012 0.010 0.015 0.073 0.012 0.033 0.176 0.369 106 F 0.340 0.062 0.006 0.012 0.010 0.014 0.099 0.014 0.003 0.073 0.366 107 E 0.064 0.028 0.002 0.018 0.007 0.015 0.085 0.003 0.001 0.032 0.746 108 H 0.014 0.016 0.001 0.027 0.022 0.029 0.142 0.002 0.001 0.034 0.712 109 G 0.010 0.036 0.001 0.107 0.042 0.108 0.128 0.007 0.001 0.064 0.496 110 L 0.027 0.022 0.003 0.096 0.071 0.071 0.094 0.003 0.001 0.113 0.499 111 Q 0.010 0.012 0.005 0.383 0.110 0.165 0.047 0.002 0.002 0.126 0.138 112 E 0.061 0.014 0.004 0.263 0.056 0.139 0.062 0.005 0.002 0.124 0.272 113 L 0.043 0.008 0.003 0.401 0.075 0.124 0.067 0.004 0.002 0.046 0.227 114 S 0.016 0.005 0.001 0.217 0.072 0.161 0.093 0.003 0.001 0.045 0.388 115 G 0.010 0.002 0.001 0.135 0.108 0.209 0.097 0.003 0.001 0.052 0.384 116 F 0.007 0.002 0.001 0.167 0.101 0.146 0.118 0.001 0.001 0.023 0.434 117 M 0.016 0.003 0.001 0.110 0.139 0.175 0.095 0.001 0.001 0.043 0.418 118 V 0.007 0.006 0.001 0.078 0.074 0.076 0.110 0.001 0.001 0.035 0.610 119 K 0.020 0.068 0.002 0.036 0.020 0.027 0.103 0.010 0.002 0.041 0.673 120 D 0.109 0.760 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.007 0.001 0.038 0.066 121 N 0.065 0.802 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.033 0.080 122 A 0.038 0.801 0.002 0.002 0.002 0.004 0.014 0.002 0.001 0.035 0.099 123 R 0.023 0.865 0.001 0.002 0.006 0.007 0.013 0.004 0.001 0.024 0.054 124 A 0.032 0.868 0.002 0.003 0.006 0.007 0.011 0.009 0.001 0.015 0.048 125 F 0.048 0.664 0.003 0.009 0.016 0.029 0.022 0.005 0.001 0.104 0.100 126 R 0.042 0.400 0.018 0.023 0.022 0.047 0.049 0.005 0.007 0.204 0.183 127 I 0.098 0.090 0.116 0.030 0.019 0.034 0.086 0.016 0.038 0.230 0.244 128 V 0.240 0.047 0.035 0.032 0.022 0.035 0.079 0.013 0.025 0.096 0.376 129 A 0.204 0.009 0.003 0.008 0.005 0.009 0.067 0.002 0.003 0.028 0.662 130 G 0.046 0.007 0.001 0.007 0.003 0.009 0.089 0.004 0.001 0.021 0.812 131 A 0.048 0.010 0.001 0.007 0.005 0.010 0.105 0.004 0.001 0.022 0.789 132 E 0.032 0.018 0.001 0.026 0.047 0.070 0.128 0.006 0.001 0.031 0.640 133 K 0.023 0.049 0.001 0.037 0.040 0.083 0.106 0.004 0.001 0.036 0.621 134 V 0.055 0.032 0.004 0.044 0.126 0.119 0.080 0.005 0.001 0.054 0.480 135 K 0.052 0.069 0.004 0.060 0.097 0.138 0.089 0.005 0.002 0.058 0.426 136 I 0.075 0.034 0.010 0.033 0.042 0.074 0.090 0.005 0.006 0.055 0.576 137 Y 0.173 0.047 0.007 0.032 0.040 0.050 0.072 0.012 0.004 0.052 0.511 138 S 0.149 0.011 0.002 0.009 0.027 0.043 0.089 0.005 0.002 0.041 0.622 139 A 0.019 0.013 0.001 0.023 0.047 0.089 0.095 0.004 0.001 0.026 0.682 140 G 0.019 0.013 0.002 0.036 0.056 0.095 0.108 0.002 0.001 0.084 0.584 141 Q 0.004 0.027 0.001 0.049 0.295 0.271 0.059 0.003 0.001 0.053 0.237 142 K 0.013 0.022 0.002 0.063 0.154 0.294 0.058 0.003 0.001 0.049 0.343 143 V 0.007 0.011 0.003 0.080 0.340 0.276 0.031 0.002 0.001 0.033 0.217 144 T 0.024 0.008 0.002 0.082 0.150 0.282 0.057 0.003 0.001 0.081 0.312 145 I 0.037 0.005 0.002 0.063 0.163 0.161 0.063 0.004 0.001 0.064 0.436 146 K 0.036 0.007 0.002 0.064 0.078 0.110 0.097 0.003 0.002 0.031 0.569 147 K 0.040 0.006 0.002 0.021 0.062 0.071 0.093 0.006 0.001 0.030 0.668