# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5759 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.093 0.064 0.023 0.069 0.084 0.107 0.164 0.141 0.116 0.083 0.057 2 E 0.394 0.187 0.069 0.133 0.091 0.052 0.032 0.018 0.014 0.006 0.004 3 D 0.213 0.114 0.075 0.159 0.113 0.089 0.099 0.049 0.045 0.028 0.017 4 R 0.159 0.138 0.078 0.153 0.121 0.092 0.104 0.060 0.043 0.030 0.021 5 M 0.062 0.083 0.035 0.098 0.090 0.106 0.176 0.131 0.100 0.070 0.049 6 N 0.267 0.232 0.108 0.164 0.107 0.058 0.030 0.018 0.010 0.005 0.002 7 D 0.293 0.125 0.064 0.114 0.104 0.093 0.077 0.052 0.043 0.024 0.013 8 P 0.322 0.192 0.057 0.140 0.116 0.074 0.045 0.026 0.018 0.007 0.003 9 F 0.038 0.030 0.021 0.051 0.061 0.088 0.162 0.144 0.171 0.132 0.101 10 I 0.070 0.086 0.084 0.150 0.135 0.124 0.132 0.087 0.062 0.041 0.030 11 M 0.024 0.048 0.071 0.132 0.109 0.113 0.166 0.114 0.095 0.075 0.054 12 S 0.046 0.053 0.056 0.101 0.094 0.100 0.152 0.124 0.113 0.095 0.066 13 Q 0.102 0.068 0.053 0.139 0.134 0.124 0.144 0.083 0.078 0.048 0.027 14 N 0.212 0.113 0.130 0.167 0.109 0.082 0.080 0.036 0.035 0.022 0.012 15 E 0.097 0.103 0.060 0.162 0.134 0.118 0.151 0.078 0.049 0.031 0.016 16 V 0.083 0.067 0.041 0.056 0.060 0.083 0.154 0.155 0.127 0.100 0.074 17 K 0.188 0.274 0.083 0.197 0.116 0.065 0.039 0.021 0.010 0.005 0.003 18 G 0.324 0.194 0.083 0.119 0.106 0.075 0.042 0.025 0.019 0.009 0.004 19 K 0.182 0.100 0.034 0.148 0.143 0.124 0.112 0.055 0.052 0.030 0.020 20 K 0.045 0.058 0.028 0.152 0.182 0.178 0.174 0.085 0.059 0.027 0.013 21 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.012 0.022 0.078 0.125 0.197 0.263 0.290 22 G 0.001 0.001 0.006 0.010 0.021 0.036 0.104 0.188 0.209 0.208 0.215 23 V 0.001 0.001 0.006 0.007 0.012 0.017 0.055 0.122 0.221 0.270 0.290 24 V 0.001 0.001 0.007 0.008 0.016 0.027 0.076 0.132 0.227 0.243 0.263 25 G 0.003 0.006 0.010 0.028 0.047 0.071 0.153 0.167 0.218 0.162 0.133 26 H 0.004 0.014 0.012 0.041 0.050 0.075 0.173 0.158 0.188 0.156 0.130 27 F 0.017 0.016 0.011 0.048 0.067 0.102 0.210 0.160 0.152 0.121 0.095 28 P 0.185 0.110 0.081 0.167 0.108 0.089 0.102 0.058 0.049 0.031 0.021 29 H 0.036 0.098 0.034 0.129 0.130 0.127 0.173 0.113 0.080 0.049 0.031 30 L 0.009 0.009 0.006 0.017 0.028 0.051 0.144 0.155 0.206 0.190 0.186 31 E 0.283 0.123 0.140 0.216 0.124 0.056 0.034 0.012 0.008 0.004 0.002 32 S 0.125 0.105 0.151 0.248 0.159 0.100 0.070 0.025 0.012 0.005 0.001 33 L 0.004 0.005 0.010 0.010 0.012 0.023 0.097 0.125 0.218 0.245 0.250 34 L 0.034 0.062 0.051 0.134 0.158 0.172 0.220 0.092 0.044 0.023 0.010 35 E 0.113 0.096 0.548 0.141 0.059 0.025 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 36 P 0.122 0.091 0.107 0.159 0.142 0.152 0.150 0.048 0.018 0.007 0.003 37 I 0.158 0.096 0.065 0.095 0.074 0.079 0.126 0.116 0.099 0.061 0.032 38 C 0.025 0.033 0.032 0.056 0.080 0.125 0.207 0.165 0.122 0.091 0.064 39 D 0.097 0.213 0.237 0.221 0.133 0.062 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 40 L 0.005 0.004 0.008 0.018 0.030 0.067 0.161 0.152 0.193 0.195 0.168 41 S 0.067 0.083 0.048 0.183 0.179 0.135 0.134 0.086 0.048 0.024 0.012 42 I 0.001 0.002 0.005 0.013 0.014 0.022 0.078 0.116 0.216 0.272 0.260 43 L 0.008 0.009 0.031 0.032 0.048 0.061 0.126 0.146 0.184 0.188 0.167 44 E 0.022 0.040 0.082 0.170 0.143 0.120 0.158 0.093 0.083 0.057 0.032 45 W 0.022 0.032 0.042 0.072 0.085 0.111 0.201 0.136 0.122 0.104 0.075 46 S 0.164 0.142 0.046 0.150 0.113 0.093 0.124 0.077 0.049 0.028 0.015 47 P 0.296 0.161 0.049 0.115 0.094 0.073 0.076 0.054 0.039 0.026 0.016 48 E 0.488 0.229 0.043 0.095 0.066 0.035 0.021 0.012 0.007 0.003 0.002 49 E 0.407 0.208 0.036 0.107 0.090 0.054 0.040 0.026 0.018 0.009 0.005 50 G 0.358 0.137 0.034 0.094 0.099 0.083 0.075 0.048 0.039 0.021 0.012 51 D 0.440 0.188 0.077 0.143 0.077 0.036 0.018 0.011 0.007 0.003 0.001 52 Y 0.035 0.034 0.016 0.043 0.067 0.112 0.180 0.173 0.145 0.110 0.086 53 P 0.119 0.218 0.066 0.158 0.104 0.083 0.077 0.070 0.052 0.030 0.024 54 L 0.071 0.062 0.032 0.104 0.113 0.129 0.162 0.111 0.093 0.071 0.052 55 P 0.441 0.208 0.089 0.133 0.065 0.030 0.015 0.008 0.006 0.003 0.001 56 A 0.082 0.112 0.026 0.141 0.133 0.130 0.149 0.094 0.072 0.040 0.021 57 S 0.036 0.032 0.017 0.045 0.059 0.086 0.151 0.141 0.177 0.144 0.114 58 E 0.131 0.092 0.127 0.261 0.159 0.097 0.073 0.027 0.019 0.010 0.005 59 F 0.044 0.054 0.154 0.188 0.148 0.130 0.135 0.065 0.041 0.028 0.014 60 I 0.003 0.007 0.011 0.017 0.020 0.035 0.124 0.165 0.211 0.218 0.189 61 L 0.023 0.030 0.032 0.069 0.093 0.128 0.195 0.171 0.116 0.085 0.058 62 P 0.147 0.138 0.242 0.180 0.115 0.072 0.042 0.026 0.020 0.011 0.005 63 E 0.111 0.139 0.064 0.185 0.189 0.145 0.089 0.043 0.022 0.009 0.004 64 C 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 0.023 0.081 0.115 0.225 0.259 0.278 65 D 0.025 0.059 0.041 0.215 0.207 0.171 0.147 0.065 0.039 0.020 0.012 66 Y 0.001 0.004 0.016 0.044 0.056 0.082 0.182 0.150 0.162 0.168 0.136 67 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.028 0.104 0.155 0.211 0.233 0.242 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.061 0.137 0.241 0.272 0.264 69 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.012 0.049 0.118 0.228 0.273 0.310 70 T 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.024 0.090 0.177 0.258 0.220 0.212 71 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.063 0.141 0.259 0.253 0.263 72 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.016 0.076 0.147 0.253 0.237 0.259 73 S 0.001 0.001 0.004 0.009 0.018 0.031 0.124 0.186 0.223 0.202 0.203 74 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.019 0.072 0.129 0.226 0.243 0.288 75 V 0.001 0.002 0.005 0.010 0.020 0.043 0.148 0.177 0.231 0.185 0.178 76 D 0.035 0.035 0.065 0.128 0.132 0.133 0.184 0.102 0.089 0.057 0.040 77 K 0.120 0.094 0.077 0.206 0.136 0.131 0.135 0.052 0.028 0.014 0.007 78 T 0.012 0.041 0.015 0.040 0.050 0.068 0.161 0.171 0.183 0.151 0.108 79 L 0.009 0.017 0.007 0.037 0.054 0.113 0.244 0.180 0.147 0.101 0.092 80 P 0.247 0.116 0.230 0.207 0.118 0.050 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 81 R 0.024 0.036 0.049 0.204 0.208 0.189 0.193 0.066 0.020 0.009 0.003 82 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.021 0.064 0.234 0.327 0.345 83 L 0.001 0.001 0.006 0.011 0.038 0.102 0.259 0.217 0.178 0.123 0.065 84 E 0.010 0.023 0.720 0.140 0.063 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 85 L 0.001 0.004 0.017 0.040 0.061 0.153 0.396 0.185 0.083 0.042 0.019 86 S 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.006 0.041 0.095 0.241 0.314 0.292 87 R 0.041 0.071 0.193 0.222 0.194 0.142 0.097 0.024 0.009 0.005 0.002 88 N 0.069 0.120 0.507 0.152 0.078 0.044 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 89 A 0.022 0.022 0.026 0.049 0.065 0.127 0.284 0.159 0.124 0.073 0.049 90 R 0.109 0.088 0.078 0.137 0.114 0.137 0.162 0.074 0.058 0.030 0.015 91 R 0.017 0.029 0.151 0.187 0.150 0.134 0.152 0.070 0.052 0.038 0.020 92 I 0.001 0.003 0.018 0.028 0.043 0.078 0.221 0.176 0.150 0.149 0.131 93 T 0.001 0.002 0.009 0.013 0.016 0.024 0.077 0.138 0.226 0.258 0.235 94 L 0.001 0.002 0.012 0.014 0.026 0.044 0.108 0.160 0.202 0.225 0.206 95 V 0.003 0.007 0.016 0.034 0.054 0.074 0.138 0.160 0.193 0.167 0.153 96 G 0.004 0.007 0.007 0.026 0.039 0.064 0.137 0.155 0.208 0.187 0.165 97 P 0.010 0.014 0.009 0.037 0.049 0.063 0.130 0.143 0.190 0.185 0.168 98 G 0.012 0.020 0.011 0.055 0.069 0.086 0.158 0.148 0.167 0.144 0.129 99 T 0.007 0.008 0.006 0.023 0.032 0.045 0.107 0.130 0.200 0.217 0.226 100 P 0.039 0.042 0.028 0.095 0.105 0.107 0.157 0.125 0.123 0.096 0.083 101 L 0.015 0.032 0.018 0.069 0.073 0.078 0.148 0.136 0.153 0.146 0.131 102 A 0.019 0.021 0.011 0.044 0.062 0.081 0.159 0.153 0.178 0.148 0.123 103 P 0.121 0.067 0.057 0.129 0.110 0.091 0.117 0.079 0.095 0.075 0.058 104 V 0.100 0.111 0.054 0.228 0.176 0.120 0.116 0.048 0.027 0.014 0.007 105 L 0.015 0.014 0.012 0.022 0.024 0.032 0.094 0.121 0.188 0.234 0.243 106 F 0.062 0.097 0.031 0.117 0.131 0.136 0.174 0.109 0.070 0.043 0.029 107 E 0.269 0.208 0.160 0.166 0.104 0.049 0.019 0.011 0.008 0.004 0.001 108 H 0.093 0.047 0.022 0.069 0.100 0.144 0.191 0.138 0.092 0.062 0.041 109 G 0.185 0.236 0.049 0.159 0.128 0.079 0.057 0.049 0.036 0.015 0.008 110 L 0.002 0.002 0.002 0.006 0.011 0.027 0.086 0.116 0.210 0.251 0.287 111 Q 0.060 0.087 0.135 0.232 0.196 0.123 0.082 0.036 0.025 0.014 0.010 112 E 0.005 0.012 0.023 0.088 0.083 0.104 0.231 0.149 0.128 0.112 0.066 113 L 0.002 0.004 0.007 0.013 0.018 0.025 0.076 0.129 0.187 0.257 0.282 114 S 0.006 0.009 0.009 0.025 0.036 0.060 0.147 0.197 0.224 0.172 0.115 115 G 0.061 0.091 0.131 0.205 0.202 0.123 0.072 0.048 0.036 0.021 0.011 116 F 0.017 0.013 0.013 0.029 0.043 0.076 0.173 0.150 0.197 0.165 0.125 117 M 0.108 0.118 0.043 0.196 0.159 0.107 0.113 0.072 0.048 0.024 0.012 118 V 0.016 0.010 0.012 0.017 0.021 0.040 0.121 0.141 0.204 0.216 0.202 119 K 0.177 0.239 0.114 0.235 0.121 0.062 0.032 0.011 0.005 0.002 0.001 120 D 0.046 0.117 0.049 0.091 0.088 0.103 0.167 0.122 0.103 0.074 0.040 121 N 0.200 0.181 0.044 0.170 0.143 0.111 0.078 0.037 0.020 0.009 0.005 122 A 0.533 0.130 0.083 0.109 0.065 0.041 0.020 0.009 0.007 0.002 0.001 123 R 0.047 0.067 0.061 0.220 0.214 0.162 0.135 0.057 0.022 0.010 0.004 124 A 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.010 0.049 0.085 0.220 0.292 0.331 125 F 0.002 0.004 0.037 0.043 0.083 0.137 0.244 0.165 0.130 0.103 0.053 126 R 0.004 0.015 0.341 0.174 0.132 0.114 0.104 0.053 0.031 0.021 0.009 127 I 0.001 0.002 0.011 0.018 0.029 0.066 0.220 0.200 0.189 0.160 0.105 128 V 0.002 0.002 0.006 0.007 0.009 0.017 0.075 0.133 0.243 0.274 0.230 129 A 0.032 0.042 0.114 0.127 0.129 0.131 0.173 0.093 0.073 0.051 0.034 130 G 0.079 0.138 0.156 0.193 0.151 0.112 0.089 0.043 0.023 0.011 0.005 131 A 0.098 0.055 0.025 0.057 0.064 0.091 0.167 0.144 0.136 0.094 0.070 132 E 0.315 0.230 0.049 0.132 0.088 0.064 0.055 0.030 0.021 0.010 0.006 133 K 0.202 0.175 0.082 0.176 0.133 0.090 0.068 0.033 0.024 0.012 0.006 134 V 0.117 0.054 0.047 0.090 0.102 0.114 0.161 0.102 0.095 0.068 0.050 135 K 0.164 0.128 0.109 0.228 0.137 0.092 0.077 0.032 0.020 0.009 0.004 136 I 0.019 0.029 0.068 0.077 0.065 0.078 0.160 0.128 0.141 0.137 0.098 137 Y 0.021 0.034 0.046 0.069 0.090 0.129 0.224 0.148 0.109 0.078 0.053 138 S 0.132 0.150 0.229 0.217 0.116 0.067 0.045 0.020 0.013 0.007 0.003 139 A 0.174 0.133 0.106 0.169 0.128 0.110 0.092 0.048 0.023 0.012 0.004 140 G 0.173 0.120 0.065 0.102 0.099 0.099 0.113 0.086 0.079 0.042 0.024 141 Q 0.073 0.081 0.058 0.126 0.117 0.136 0.171 0.089 0.076 0.047 0.027 142 K 0.076 0.094 0.169 0.233 0.183 0.115 0.070 0.029 0.018 0.010 0.004 143 V 0.011 0.009 0.028 0.036 0.045 0.086 0.214 0.176 0.162 0.141 0.093 144 T 0.027 0.058 0.075 0.171 0.130 0.117 0.153 0.118 0.074 0.047 0.029 145 I 0.003 0.003 0.010 0.008 0.013 0.027 0.087 0.135 0.226 0.265 0.223 146 K 0.085 0.134 0.133 0.228 0.176 0.106 0.073 0.031 0.018 0.010 0.006 147 K 0.140 0.126 0.104 0.173 0.121 0.107 0.105 0.051 0.041 0.023 0.009