# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5759 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.031 0.005 0.008 0.022 0.020 0.034 0.026 0.001 0.001 0.002 0.852 2 E 0.016 0.002 0.002 0.021 0.027 0.046 0.082 0.001 0.001 0.002 0.800 3 D 0.050 0.003 0.002 0.017 0.014 0.019 0.047 0.001 0.001 0.003 0.843 4 R 0.091 0.008 0.001 0.029 0.018 0.029 0.144 0.002 0.001 0.006 0.673 5 M 0.194 0.009 0.004 0.031 0.018 0.032 0.182 0.001 0.001 0.014 0.515 6 N 0.154 0.011 0.004 0.036 0.013 0.022 0.183 0.002 0.001 0.011 0.564 7 D 0.126 0.007 0.004 0.022 0.011 0.013 0.172 0.001 0.001 0.008 0.634 8 P 0.007 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.947 9 F 0.038 0.005 0.001 0.016 0.014 0.032 0.512 0.001 0.001 0.018 0.362 10 I 0.461 0.034 0.003 0.032 0.015 0.035 0.175 0.003 0.001 0.029 0.213 11 M 0.131 0.187 0.004 0.035 0.029 0.034 0.097 0.003 0.001 0.004 0.477 12 S 0.047 0.094 0.004 0.022 0.025 0.038 0.058 0.002 0.001 0.003 0.707 13 Q 0.089 0.112 0.003 0.035 0.053 0.102 0.115 0.005 0.001 0.007 0.477 14 N 0.137 0.114 0.005 0.016 0.056 0.071 0.147 0.012 0.001 0.007 0.434 15 E 0.236 0.201 0.006 0.030 0.064 0.066 0.082 0.016 0.001 0.009 0.291 16 V 0.243 0.218 0.006 0.027 0.062 0.081 0.130 0.016 0.001 0.016 0.200 17 K 0.060 0.069 0.004 0.009 0.025 0.021 0.082 0.012 0.001 0.005 0.712 18 G 0.186 0.023 0.004 0.015 0.014 0.024 0.121 0.034 0.001 0.026 0.554 19 K 0.655 0.002 0.060 0.016 0.014 0.010 0.064 0.007 0.001 0.036 0.137 20 K 0.022 0.001 0.105 0.090 0.047 0.023 0.106 0.001 0.001 0.004 0.602 21 V 0.001 0.001 0.013 0.344 0.107 0.163 0.048 0.001 0.001 0.001 0.323 22 G 0.001 0.001 0.001 0.711 0.118 0.157 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 23 V 0.001 0.001 0.001 0.786 0.084 0.093 0.009 0.001 0.001 0.001 0.027 24 V 0.001 0.001 0.001 0.865 0.050 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 25 G 0.001 0.001 0.001 0.887 0.026 0.056 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 26 H 0.002 0.001 0.001 0.540 0.054 0.149 0.031 0.001 0.001 0.003 0.220 27 F 0.006 0.001 0.001 0.212 0.072 0.294 0.078 0.001 0.001 0.006 0.330 28 P 0.002 0.001 0.001 0.014 0.005 0.017 0.012 0.001 0.001 0.001 0.948 29 H 0.018 0.004 0.001 0.016 0.021 0.024 0.050 0.001 0.001 0.001 0.866 30 L 0.147 0.053 0.001 0.011 0.012 0.028 0.060 0.001 0.001 0.003 0.684 31 E 0.040 0.257 0.001 0.015 0.027 0.026 0.056 0.001 0.001 0.001 0.575 32 S 0.131 0.317 0.001 0.003 0.005 0.011 0.086 0.001 0.001 0.002 0.443 33 L 0.170 0.547 0.003 0.005 0.012 0.023 0.043 0.006 0.001 0.002 0.190 34 L 0.224 0.535 0.010 0.007 0.011 0.027 0.025 0.010 0.001 0.005 0.146 35 E 0.117 0.345 0.028 0.009 0.020 0.042 0.023 0.013 0.001 0.002 0.403 36 P 0.026 0.053 0.003 0.007 0.009 0.007 0.003 0.008 0.001 0.001 0.885 37 I 0.259 0.090 0.010 0.027 0.034 0.048 0.041 0.016 0.001 0.004 0.470 38 C 0.142 0.058 0.021 0.053 0.055 0.090 0.058 0.009 0.001 0.005 0.510 39 D 0.053 0.030 0.006 0.107 0.085 0.129 0.077 0.004 0.001 0.003 0.507 40 L 0.067 0.008 0.012 0.161 0.073 0.162 0.051 0.001 0.001 0.006 0.460 41 S 0.016 0.004 0.003 0.348 0.250 0.236 0.050 0.001 0.001 0.002 0.090 42 I 0.009 0.003 0.005 0.324 0.152 0.167 0.044 0.001 0.001 0.002 0.293 43 L 0.003 0.002 0.001 0.315 0.231 0.338 0.028 0.001 0.001 0.001 0.082 44 E 0.004 0.002 0.001 0.232 0.198 0.341 0.035 0.001 0.001 0.002 0.186 45 W 0.008 0.003 0.001 0.209 0.150 0.304 0.066 0.001 0.001 0.005 0.252 46 S 0.017 0.002 0.001 0.093 0.196 0.258 0.130 0.001 0.001 0.005 0.296 47 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.968 48 E 0.010 0.001 0.001 0.021 0.025 0.043 0.340 0.001 0.001 0.008 0.551 49 E 0.361 0.001 0.002 0.009 0.006 0.009 0.086 0.001 0.001 0.028 0.496 50 G 0.131 0.011 0.001 0.029 0.022 0.016 0.161 0.001 0.001 0.006 0.622 51 D 0.230 0.005 0.008 0.023 0.011 0.025 0.149 0.001 0.001 0.014 0.533 52 Y 0.070 0.006 0.006 0.126 0.048 0.087 0.104 0.001 0.001 0.003 0.549 53 P 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.975 54 L 0.033 0.001 0.002 0.049 0.019 0.107 0.104 0.001 0.001 0.004 0.681 55 P 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.977 56 A 0.025 0.006 0.001 0.019 0.007 0.013 0.149 0.001 0.001 0.002 0.777 57 S 0.145 0.049 0.001 0.021 0.006 0.012 0.189 0.001 0.001 0.005 0.572 58 E 0.081 0.343 0.001 0.013 0.007 0.007 0.101 0.001 0.001 0.001 0.445 59 F 0.179 0.478 0.001 0.005 0.009 0.015 0.062 0.002 0.001 0.003 0.245 60 I 0.242 0.541 0.005 0.003 0.008 0.013 0.016 0.005 0.001 0.002 0.166 61 L 0.157 0.591 0.014 0.010 0.018 0.049 0.016 0.011 0.001 0.002 0.132 62 P 0.010 0.048 0.002 0.002 0.005 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.919 63 E 0.167 0.065 0.002 0.030 0.041 0.032 0.027 0.049 0.001 0.003 0.584 64 C 0.536 0.033 0.046 0.048 0.020 0.029 0.024 0.014 0.001 0.010 0.241 65 D 0.037 0.010 0.028 0.366 0.169 0.129 0.069 0.003 0.001 0.002 0.188 66 Y 0.005 0.001 0.010 0.554 0.118 0.157 0.022 0.001 0.001 0.001 0.133 67 V 0.001 0.001 0.001 0.754 0.110 0.126 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.845 0.061 0.070 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 69 I 0.001 0.001 0.001 0.887 0.039 0.067 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 70 T 0.001 0.001 0.001 0.732 0.086 0.130 0.016 0.001 0.001 0.001 0.033 71 C 0.001 0.001 0.001 0.454 0.072 0.153 0.020 0.001 0.001 0.002 0.297 72 A 0.001 0.001 0.001 0.198 0.133 0.363 0.105 0.001 0.001 0.005 0.194 73 S 0.060 0.006 0.001 0.112 0.130 0.166 0.106 0.001 0.001 0.021 0.396 74 V 0.065 0.073 0.003 0.091 0.171 0.208 0.127 0.003 0.001 0.013 0.247 75 V 0.062 0.102 0.004 0.094 0.156 0.206 0.154 0.003 0.001 0.010 0.209 76 D 0.094 0.153 0.004 0.047 0.035 0.055 0.219 0.008 0.001 0.010 0.374 77 K 0.234 0.087 0.027 0.020 0.015 0.021 0.165 0.006 0.001 0.025 0.401 78 T 0.145 0.052 0.038 0.007 0.006 0.010 0.531 0.003 0.001 0.018 0.190 79 L 0.084 0.101 0.022 0.026 0.008 0.018 0.236 0.004 0.001 0.012 0.490 80 P 0.007 0.091 0.004 0.004 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.862 81 R 0.022 0.187 0.001 0.004 0.010 0.017 0.203 0.003 0.001 0.004 0.550 82 L 0.064 0.692 0.001 0.003 0.003 0.013 0.030 0.002 0.001 0.001 0.191 83 L 0.008 0.943 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 84 E 0.017 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 85 L 0.063 0.895 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.031 86 S 0.078 0.869 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.029 87 R 0.068 0.771 0.011 0.002 0.004 0.004 0.007 0.024 0.001 0.001 0.108 88 N 0.120 0.334 0.023 0.003 0.009 0.008 0.030 0.050 0.001 0.002 0.421 89 A 0.257 0.166 0.046 0.016 0.015 0.019 0.045 0.033 0.001 0.012 0.391 90 R 0.170 0.032 0.049 0.108 0.071 0.078 0.158 0.033 0.001 0.017 0.284 91 R 0.071 0.006 0.137 0.339 0.163 0.105 0.031 0.003 0.001 0.004 0.142 92 I 0.001 0.001 0.001 0.740 0.144 0.102 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 93 T 0.001 0.001 0.001 0.673 0.133 0.155 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 94 L 0.001 0.001 0.001 0.778 0.094 0.123 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 95 V 0.001 0.001 0.001 0.835 0.044 0.074 0.012 0.001 0.001 0.001 0.034 96 G 0.001 0.001 0.001 0.641 0.103 0.112 0.038 0.001 0.001 0.001 0.104 97 P 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.940 98 G 0.003 0.001 0.001 0.099 0.029 0.087 0.225 0.001 0.001 0.010 0.547 99 T 0.358 0.001 0.001 0.027 0.009 0.017 0.117 0.001 0.001 0.032 0.438 100 P 0.014 0.001 0.001 0.011 0.004 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.946 101 L 0.057 0.004 0.002 0.036 0.018 0.055 0.143 0.001 0.001 0.007 0.677 102 A 0.207 0.021 0.002 0.063 0.043 0.111 0.120 0.001 0.001 0.006 0.427 103 P 0.003 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.978 104 V 0.039 0.013 0.001 0.017 0.031 0.062 0.211 0.001 0.001 0.004 0.620 105 L 0.241 0.055 0.002 0.033 0.024 0.043 0.090 0.002 0.001 0.006 0.504 106 F 0.099 0.340 0.001 0.060 0.061 0.065 0.057 0.005 0.001 0.004 0.308 107 E 0.196 0.178 0.004 0.008 0.009 0.036 0.071 0.005 0.001 0.009 0.484 108 H 0.270 0.169 0.013 0.027 0.023 0.040 0.040 0.018 0.001 0.004 0.397 109 G 0.275 0.037 0.014 0.026 0.039 0.022 0.099 0.025 0.001 0.009 0.453 110 L 0.057 0.015 0.295 0.036 0.024 0.038 0.041 0.001 0.001 0.005 0.487 111 Q 0.002 0.009 0.002 0.247 0.177 0.223 0.093 0.001 0.001 0.001 0.245 112 E 0.034 0.021 0.001 0.181 0.073 0.113 0.078 0.001 0.001 0.004 0.493 113 L 0.025 0.088 0.001 0.287 0.141 0.273 0.044 0.001 0.001 0.003 0.137 114 S 0.015 0.062 0.002 0.246 0.143 0.319 0.067 0.002 0.001 0.005 0.140 115 G 0.058 0.066 0.002 0.144 0.113 0.186 0.049 0.008 0.001 0.009 0.366 116 F 0.097 0.067 0.015 0.132 0.165 0.218 0.041 0.008 0.001 0.010 0.246 117 M 0.038 0.045 0.018 0.104 0.133 0.172 0.102 0.009 0.001 0.005 0.374 118 V 0.041 0.026 0.024 0.099 0.069 0.140 0.065 0.005 0.001 0.006 0.525 119 K 0.049 0.028 0.010 0.110 0.098 0.205 0.162 0.004 0.001 0.007 0.328 120 D 0.046 0.017 0.003 0.019 0.023 0.035 0.234 0.002 0.001 0.005 0.615 121 N 0.020 0.015 0.003 0.011 0.005 0.008 0.068 0.001 0.001 0.003 0.865 122 A 0.021 0.019 0.001 0.007 0.007 0.011 0.454 0.001 0.001 0.021 0.457 123 R 0.117 0.055 0.001 0.007 0.012 0.013 0.539 0.003 0.001 0.031 0.223 124 A 0.075 0.632 0.004 0.010 0.012 0.020 0.047 0.003 0.001 0.003 0.194 125 F 0.015 0.827 0.001 0.012 0.024 0.043 0.010 0.002 0.001 0.001 0.064 126 R 0.039 0.665 0.001 0.007 0.027 0.072 0.020 0.015 0.001 0.002 0.152 127 I 0.090 0.733 0.005 0.016 0.028 0.033 0.003 0.022 0.001 0.001 0.071 128 V 0.051 0.753 0.006 0.023 0.033 0.038 0.005 0.017 0.001 0.001 0.074 129 A 0.030 0.356 0.010 0.057 0.096 0.165 0.019 0.028 0.001 0.001 0.237 130 G 0.099 0.171 0.013 0.044 0.047 0.095 0.057 0.030 0.001 0.003 0.441 131 A 0.198 0.089 0.046 0.045 0.023 0.040 0.055 0.013 0.001 0.006 0.484 132 E 0.053 0.031 0.025 0.044 0.035 0.053 0.128 0.004 0.001 0.007 0.620 133 K 0.052 0.015 0.017 0.034 0.031 0.047 0.095 0.002 0.001 0.008 0.699 134 V 0.075 0.034 0.007 0.058 0.065 0.118 0.085 0.001 0.001 0.006 0.550 135 K 0.054 0.036 0.003 0.053 0.079 0.103 0.079 0.002 0.001 0.004 0.589 136 I 0.067 0.052 0.003 0.037 0.081 0.128 0.063 0.002 0.001 0.004 0.563 137 Y 0.065 0.078 0.003 0.065 0.146 0.257 0.076 0.004 0.001 0.005 0.301 138 S 0.076 0.081 0.003 0.026 0.073 0.108 0.129 0.004 0.001 0.007 0.493 139 A 0.092 0.066 0.005 0.018 0.031 0.053 0.092 0.005 0.001 0.010 0.628 140 G 0.191 0.049 0.013 0.021 0.044 0.066 0.183 0.007 0.001 0.026 0.399 141 Q 0.191 0.059 0.042 0.039 0.072 0.082 0.153 0.003 0.001 0.019 0.338 142 K 0.030 0.058 0.016 0.052 0.095 0.183 0.086 0.002 0.001 0.005 0.474 143 V 0.021 0.041 0.003 0.100 0.261 0.340 0.040 0.001 0.001 0.002 0.190 144 T 0.020 0.061 0.002 0.106 0.216 0.351 0.046 0.001 0.001 0.002 0.194 145 I 0.013 0.065 0.003 0.112 0.242 0.380 0.030 0.002 0.001 0.002 0.150 146 K 0.015 0.053 0.002 0.121 0.194 0.413 0.048 0.002 0.001 0.003 0.148 147 K 0.024 0.043 0.004 0.074 0.114 0.220 0.064 0.004 0.001 0.005 0.449