# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5759 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.006 0.002 0.003 0.009 0.012 0.008 0.959 2 E 0.020 0.017 0.018 0.032 0.020 0.029 0.865 3 D 0.029 0.012 0.088 0.077 0.125 0.106 0.564 4 R 0.030 0.008 0.116 0.087 0.105 0.191 0.464 5 M 0.037 0.023 0.081 0.095 0.134 0.233 0.396 6 N 0.029 0.011 0.036 0.059 0.227 0.173 0.464 7 D 0.032 0.012 0.031 0.080 0.273 0.073 0.499 8 P 0.030 0.019 0.087 0.304 0.104 0.191 0.265 9 F 0.051 0.020 0.115 0.366 0.086 0.191 0.170 10 I 0.092 0.036 0.106 0.355 0.061 0.088 0.263 11 M 0.157 0.023 0.086 0.333 0.075 0.074 0.253 12 S 0.155 0.018 0.111 0.355 0.068 0.091 0.203 13 Q 0.110 0.009 0.138 0.444 0.075 0.106 0.119 14 N 0.147 0.011 0.143 0.365 0.082 0.119 0.133 15 E 0.141 0.019 0.126 0.356 0.068 0.165 0.125 16 V 0.229 0.033 0.084 0.160 0.106 0.157 0.231 17 K 0.016 0.003 0.025 0.025 0.044 0.852 0.034 18 G 0.010 0.001 0.006 0.001 0.066 0.867 0.050 19 K 0.093 0.003 0.001 0.001 0.218 0.022 0.663 20 K 0.808 0.003 0.001 0.001 0.041 0.004 0.144 21 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 22 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 24 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 25 G 0.672 0.002 0.001 0.001 0.060 0.011 0.254 26 H 0.214 0.008 0.006 0.001 0.258 0.035 0.478 27 F 0.124 0.011 0.021 0.019 0.348 0.027 0.450 28 P 0.070 0.014 0.094 0.094 0.236 0.134 0.357 29 H 0.056 0.040 0.148 0.252 0.135 0.143 0.227 30 L 0.018 0.004 0.227 0.611 0.023 0.045 0.073 31 E 0.019 0.002 0.238 0.630 0.022 0.047 0.042 32 S 0.014 0.001 0.255 0.596 0.020 0.084 0.029 33 L 0.064 0.017 0.210 0.377 0.054 0.206 0.072 34 L 0.122 0.027 0.078 0.236 0.145 0.265 0.127 35 E 0.142 0.003 0.027 0.049 0.423 0.062 0.294 36 P 0.152 0.013 0.047 0.040 0.124 0.215 0.408 37 I 0.254 0.036 0.031 0.007 0.060 0.125 0.488 38 C 0.322 0.013 0.008 0.002 0.151 0.040 0.464 39 D 0.765 0.004 0.002 0.001 0.023 0.014 0.192 40 L 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 41 S 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 42 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 43 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 44 E 0.864 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.118 45 W 0.425 0.016 0.003 0.001 0.144 0.012 0.399 46 S 0.160 0.022 0.001 0.001 0.187 0.007 0.622 47 P 0.029 0.011 0.018 0.002 0.372 0.167 0.401 48 E 0.010 0.014 0.031 0.002 0.307 0.269 0.367 49 E 0.007 0.009 0.082 0.004 0.285 0.503 0.110 50 G 0.012 0.015 0.050 0.005 0.275 0.406 0.237 51 D 0.033 0.049 0.036 0.003 0.364 0.094 0.421 52 Y 0.033 0.078 0.005 0.001 0.288 0.014 0.583 53 P 0.024 0.036 0.004 0.002 0.044 0.008 0.883 54 L 0.014 0.022 0.061 0.032 0.090 0.030 0.752 55 P 0.011 0.021 0.234 0.188 0.079 0.144 0.324 56 A 0.003 0.005 0.421 0.377 0.025 0.097 0.073 57 S 0.005 0.003 0.426 0.425 0.020 0.065 0.057 58 E 0.009 0.003 0.341 0.443 0.046 0.112 0.046 59 F 0.014 0.005 0.283 0.383 0.062 0.216 0.037 60 I 0.021 0.046 0.127 0.427 0.118 0.157 0.103 61 L 0.021 0.017 0.031 0.045 0.143 0.021 0.723 62 P 0.007 0.002 0.245 0.097 0.064 0.531 0.054 63 E 0.012 0.010 0.196 0.025 0.040 0.689 0.028 64 C 0.110 0.013 0.143 0.009 0.110 0.054 0.560 65 D 0.090 0.003 0.013 0.005 0.652 0.031 0.207 66 Y 0.807 0.002 0.042 0.016 0.031 0.047 0.055 67 V 0.937 0.004 0.004 0.022 0.002 0.002 0.029 68 Y 0.943 0.002 0.003 0.043 0.002 0.001 0.006 69 I 0.824 0.003 0.005 0.058 0.005 0.008 0.096 70 T 0.379 0.006 0.005 0.058 0.055 0.024 0.473 71 C 0.066 0.001 0.042 0.580 0.084 0.051 0.175 72 A 0.017 0.001 0.073 0.788 0.035 0.041 0.044 73 S 0.004 0.001 0.046 0.908 0.006 0.028 0.006 74 V 0.003 0.001 0.046 0.879 0.010 0.058 0.003 75 V 0.004 0.002 0.040 0.802 0.005 0.140 0.008 76 D 0.001 0.001 0.041 0.814 0.007 0.130 0.006 77 K 0.001 0.003 0.040 0.542 0.049 0.342 0.024 78 T 0.002 0.013 0.047 0.513 0.054 0.157 0.214 79 L 0.001 0.001 0.020 0.963 0.002 0.009 0.007 80 P 0.001 0.001 0.020 0.976 0.001 0.003 0.001 81 R 0.001 0.001 0.022 0.974 0.001 0.003 0.001 82 L 0.001 0.001 0.015 0.978 0.001 0.006 0.001 83 L 0.001 0.001 0.018 0.959 0.001 0.020 0.001 84 E 0.001 0.001 0.023 0.851 0.001 0.122 0.002 85 L 0.001 0.001 0.023 0.788 0.008 0.161 0.018 86 S 0.003 0.006 0.074 0.534 0.071 0.124 0.187 87 R 0.003 0.003 0.164 0.287 0.066 0.419 0.058 88 N 0.007 0.002 0.160 0.080 0.113 0.562 0.076 89 A 0.033 0.004 0.066 0.015 0.213 0.146 0.523 90 R 0.089 0.003 0.015 0.002 0.347 0.090 0.454 91 R 0.848 0.003 0.007 0.001 0.043 0.017 0.081 92 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 93 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 94 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 95 V 0.881 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.102 96 G 0.258 0.008 0.005 0.001 0.251 0.035 0.442 97 P 0.057 0.006 0.022 0.003 0.314 0.190 0.408 98 G 0.073 0.028 0.083 0.014 0.267 0.212 0.323 99 T 0.071 0.031 0.219 0.083 0.247 0.144 0.205 100 P 0.018 0.010 0.479 0.162 0.056 0.166 0.108 101 L 0.018 0.026 0.385 0.261 0.051 0.144 0.115 102 A 0.023 0.008 0.135 0.262 0.200 0.042 0.329 103 P 0.002 0.002 0.297 0.553 0.016 0.091 0.039 104 V 0.002 0.004 0.146 0.715 0.015 0.095 0.024 105 L 0.004 0.003 0.158 0.749 0.011 0.048 0.027 106 F 0.002 0.001 0.062 0.849 0.005 0.078 0.003 107 E 0.001 0.001 0.029 0.786 0.014 0.162 0.008 108 H 0.003 0.002 0.017 0.625 0.040 0.283 0.030 109 G 0.019 0.010 0.006 0.189 0.034 0.613 0.129 110 L 0.176 0.014 0.011 0.033 0.036 0.014 0.715 111 Q 0.311 0.007 0.033 0.031 0.394 0.008 0.216 112 E 0.746 0.005 0.108 0.051 0.027 0.040 0.023 113 L 0.896 0.006 0.023 0.033 0.006 0.009 0.028 114 S 0.886 0.005 0.013 0.045 0.013 0.013 0.025 115 G 0.802 0.002 0.007 0.018 0.033 0.050 0.088 116 F 0.560 0.007 0.004 0.011 0.037 0.027 0.354 117 M 0.741 0.009 0.004 0.007 0.050 0.018 0.170 118 V 0.618 0.016 0.004 0.006 0.035 0.008 0.313 119 K 0.406 0.032 0.005 0.012 0.137 0.013 0.394 120 D 0.074 0.016 0.009 0.072 0.246 0.009 0.574 121 N 0.001 0.001 0.034 0.849 0.007 0.092 0.017 122 A 0.001 0.001 0.014 0.960 0.002 0.022 0.002 123 R 0.001 0.001 0.012 0.975 0.001 0.006 0.006 124 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.002 125 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 127 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 128 V 0.003 0.002 0.007 0.960 0.003 0.023 0.002 129 A 0.002 0.001 0.013 0.873 0.006 0.102 0.004 130 G 0.004 0.001 0.017 0.614 0.016 0.324 0.025 131 A 0.007 0.005 0.037 0.365 0.088 0.218 0.281 132 E 0.015 0.006 0.074 0.154 0.158 0.318 0.276 133 K 0.076 0.013 0.103 0.106 0.226 0.235 0.240 134 V 0.213 0.016 0.080 0.110 0.172 0.065 0.342 135 K 0.389 0.017 0.064 0.087 0.098 0.056 0.289 136 I 0.498 0.028 0.059 0.069 0.055 0.056 0.234 137 Y 0.449 0.029 0.041 0.048 0.065 0.068 0.300 138 S 0.323 0.009 0.048 0.040 0.149 0.160 0.271 139 A 0.124 0.005 0.053 0.020 0.173 0.492 0.134 140 G 0.385 0.007 0.026 0.005 0.094 0.191 0.292 141 Q 0.684 0.009 0.006 0.002 0.117 0.024 0.157 142 K 0.960 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.030 143 V 0.961 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.033 144 T 0.989 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 145 I 0.945 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.047 146 K 0.702 0.003 0.001 0.002 0.018 0.006 0.269 147 K 0.121 0.002 0.001 0.002 0.038 0.004 0.832