# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5759 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.058 0.368 0.189 0.022 0.154 0.009 0.020 0.079 0.042 0.033 0.025 2 E 0.057 0.282 0.151 0.024 0.171 0.020 0.033 0.132 0.081 0.028 0.021 3 D 0.044 0.092 0.033 0.006 0.076 0.012 0.047 0.328 0.252 0.082 0.028 4 R 0.057 0.065 0.032 0.009 0.081 0.012 0.040 0.266 0.198 0.197 0.042 5 M 0.051 0.152 0.048 0.021 0.124 0.036 0.109 0.269 0.099 0.070 0.021 6 N 0.057 0.060 0.058 0.042 0.060 0.031 0.040 0.069 0.084 0.394 0.105 7 D 0.103 0.258 0.176 0.012 0.291 0.003 0.008 0.060 0.030 0.024 0.034 8 P 0.028 0.071 0.020 0.003 0.055 0.008 0.024 0.391 0.326 0.060 0.014 9 F 0.033 0.046 0.017 0.010 0.051 0.011 0.065 0.460 0.179 0.103 0.024 10 I 0.063 0.045 0.014 0.008 0.081 0.019 0.054 0.380 0.165 0.130 0.041 11 M 0.087 0.110 0.044 0.010 0.143 0.008 0.021 0.306 0.128 0.100 0.044 12 S 0.077 0.050 0.021 0.005 0.084 0.006 0.017 0.397 0.181 0.134 0.029 13 Q 0.044 0.192 0.071 0.014 0.121 0.017 0.043 0.285 0.128 0.067 0.018 14 N 0.089 0.100 0.040 0.012 0.200 0.013 0.027 0.275 0.106 0.093 0.046 15 E 0.108 0.066 0.043 0.008 0.084 0.011 0.064 0.402 0.131 0.050 0.032 16 V 0.083 0.074 0.142 0.094 0.066 0.065 0.045 0.166 0.094 0.116 0.055 17 K 0.002 0.125 0.090 0.281 0.014 0.133 0.244 0.089 0.015 0.004 0.002 18 G 0.011 0.005 0.009 0.011 0.004 0.004 0.002 0.005 0.025 0.755 0.169 19 K 0.010 0.691 0.106 0.004 0.149 0.002 0.004 0.009 0.010 0.013 0.002 20 K 0.449 0.034 0.002 0.001 0.447 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.055 21 V 0.147 0.138 0.012 0.008 0.669 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 22 G 0.168 0.073 0.003 0.001 0.739 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 23 V 0.421 0.045 0.010 0.001 0.461 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.056 24 V 0.118 0.047 0.020 0.030 0.131 0.088 0.167 0.059 0.028 0.143 0.168 25 G 0.073 0.235 0.204 0.077 0.159 0.037 0.026 0.030 0.036 0.067 0.057 26 H 0.100 0.100 0.063 0.026 0.152 0.006 0.006 0.034 0.082 0.314 0.117 27 F 0.040 0.226 0.159 0.025 0.149 0.010 0.016 0.206 0.130 0.025 0.014 28 P 0.010 0.077 0.020 0.005 0.040 0.012 0.055 0.568 0.189 0.017 0.008 29 H 0.027 0.051 0.016 0.003 0.026 0.003 0.021 0.527 0.134 0.169 0.023 30 L 0.007 0.011 0.004 0.002 0.009 0.002 0.004 0.605 0.299 0.053 0.005 31 E 0.001 0.014 0.004 0.003 0.006 0.010 0.022 0.713 0.219 0.007 0.001 32 S 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.025 0.755 0.157 0.046 0.002 33 L 0.006 0.006 0.003 0.004 0.010 0.013 0.064 0.716 0.125 0.048 0.004 34 L 0.034 0.024 0.007 0.007 0.034 0.008 0.025 0.309 0.231 0.277 0.044 35 E 0.026 0.135 0.139 0.040 0.069 0.038 0.059 0.319 0.126 0.039 0.011 36 P 0.029 0.075 0.041 0.014 0.066 0.020 0.136 0.373 0.153 0.073 0.019 37 I 0.136 0.089 0.044 0.012 0.129 0.013 0.044 0.082 0.123 0.238 0.089 38 C 0.036 0.379 0.092 0.025 0.180 0.038 0.056 0.090 0.048 0.039 0.017 39 D 0.343 0.063 0.017 0.003 0.295 0.004 0.013 0.019 0.021 0.090 0.133 40 L 0.224 0.171 0.013 0.001 0.562 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 41 S 0.090 0.210 0.019 0.002 0.665 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.005 42 I 0.482 0.039 0.005 0.001 0.417 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.046 43 L 0.139 0.197 0.030 0.010 0.543 0.011 0.013 0.008 0.006 0.011 0.031 44 E 0.303 0.109 0.012 0.001 0.517 0.001 0.003 0.007 0.003 0.006 0.038 45 W 0.093 0.326 0.066 0.010 0.328 0.012 0.019 0.021 0.018 0.056 0.049 46 S 0.243 0.131 0.048 0.002 0.528 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.033 47 P 0.037 0.129 0.101 0.020 0.062 0.025 0.035 0.248 0.270 0.054 0.021 48 E 0.025 0.150 0.208 0.062 0.079 0.049 0.117 0.132 0.087 0.074 0.017 49 E 0.012 0.211 0.109 0.101 0.051 0.099 0.284 0.075 0.029 0.020 0.009 50 G 0.009 0.012 0.032 0.076 0.010 0.019 0.006 0.016 0.046 0.638 0.136 51 D 0.102 0.229 0.089 0.008 0.251 0.013 0.050 0.058 0.075 0.080 0.046 52 Y 0.033 0.493 0.214 0.003 0.223 0.001 0.004 0.010 0.006 0.004 0.008 53 P 0.045 0.489 0.219 0.010 0.149 0.004 0.007 0.020 0.018 0.018 0.020 54 L 0.034 0.262 0.099 0.009 0.103 0.007 0.028 0.186 0.203 0.043 0.027 55 P 0.007 0.043 0.018 0.002 0.015 0.007 0.033 0.466 0.368 0.033 0.008 56 A 0.012 0.029 0.008 0.002 0.017 0.003 0.020 0.225 0.330 0.339 0.015 57 S 0.053 0.071 0.017 0.004 0.086 0.003 0.008 0.235 0.338 0.148 0.037 58 E 0.003 0.009 0.004 0.008 0.006 0.064 0.180 0.413 0.289 0.020 0.004 59 F 0.033 0.037 0.016 0.005 0.049 0.003 0.039 0.235 0.249 0.306 0.028 60 I 0.072 0.062 0.023 0.011 0.091 0.016 0.052 0.217 0.226 0.162 0.069 61 L 0.078 0.259 0.041 0.014 0.199 0.006 0.011 0.148 0.131 0.036 0.078 62 P 0.010 0.036 0.022 0.003 0.026 0.013 0.068 0.358 0.443 0.016 0.004 63 E 0.029 0.014 0.004 0.001 0.026 0.003 0.055 0.095 0.178 0.561 0.032 64 C 0.325 0.134 0.022 0.001 0.407 0.001 0.001 0.006 0.009 0.019 0.076 65 D 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.216 0.624 0.127 0.019 0.002 0.001 66 Y 0.244 0.064 0.007 0.002 0.632 0.001 0.002 0.005 0.005 0.008 0.030 67 V 0.162 0.022 0.001 0.001 0.804 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 68 Y 0.188 0.024 0.001 0.001 0.737 0.001 0.002 0.014 0.002 0.002 0.029 69 I 0.285 0.045 0.006 0.004 0.290 0.005 0.018 0.061 0.011 0.037 0.236 70 T 0.146 0.076 0.016 0.022 0.127 0.019 0.093 0.181 0.053 0.165 0.103 71 C 0.093 0.099 0.035 0.022 0.112 0.015 0.018 0.290 0.191 0.083 0.041 72 A 0.033 0.038 0.009 0.005 0.054 0.010 0.029 0.426 0.355 0.030 0.011 73 S 0.021 0.049 0.010 0.003 0.054 0.010 0.064 0.616 0.144 0.022 0.007 74 V 0.040 0.027 0.008 0.002 0.028 0.004 0.059 0.647 0.107 0.056 0.022 75 V 0.013 0.030 0.013 0.044 0.018 0.128 0.106 0.320 0.174 0.128 0.027 76 D 0.020 0.336 0.178 0.071 0.114 0.080 0.038 0.088 0.041 0.018 0.017 77 K 0.008 0.012 0.014 0.009 0.008 0.015 0.051 0.318 0.211 0.323 0.030 78 T 0.005 0.076 0.050 0.010 0.008 0.003 0.018 0.443 0.106 0.275 0.006 79 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.859 0.128 0.005 0.001 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.032 0.001 0.001 81 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.037 0.003 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.066 0.009 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.853 0.138 0.005 0.001 84 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.869 0.087 0.008 0.001 85 L 0.002 0.004 0.004 0.003 0.003 0.009 0.090 0.553 0.206 0.125 0.003 86 S 0.046 0.063 0.025 0.007 0.057 0.005 0.021 0.405 0.244 0.099 0.027 87 R 0.005 0.035 0.020 0.015 0.010 0.066 0.169 0.390 0.248 0.038 0.004 88 N 0.052 0.036 0.013 0.005 0.062 0.004 0.053 0.105 0.141 0.444 0.085 89 A 0.190 0.129 0.017 0.002 0.262 0.003 0.014 0.048 0.107 0.151 0.078 90 R 0.112 0.172 0.019 0.012 0.352 0.024 0.067 0.072 0.060 0.078 0.031 91 R 0.253 0.075 0.007 0.004 0.620 0.003 0.007 0.004 0.003 0.006 0.016 92 I 0.171 0.074 0.004 0.001 0.737 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 93 T 0.169 0.067 0.003 0.001 0.737 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 94 L 0.365 0.051 0.007 0.001 0.483 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.078 95 V 0.185 0.106 0.058 0.055 0.194 0.021 0.047 0.022 0.021 0.154 0.136 96 G 0.012 0.168 0.400 0.242 0.047 0.058 0.016 0.023 0.013 0.014 0.007 97 P 0.087 0.169 0.067 0.021 0.176 0.015 0.048 0.165 0.124 0.081 0.047 98 G 0.040 0.139 0.090 0.054 0.075 0.050 0.053 0.132 0.166 0.165 0.035 99 T 0.022 0.153 0.169 0.062 0.086 0.047 0.062 0.192 0.133 0.056 0.018 100 P 0.048 0.146 0.085 0.013 0.093 0.015 0.074 0.313 0.132 0.056 0.026 101 L 0.031 0.135 0.075 0.014 0.053 0.011 0.044 0.199 0.202 0.197 0.040 102 A 0.048 0.199 0.067 0.012 0.120 0.007 0.013 0.378 0.122 0.011 0.023 103 P 0.012 0.051 0.011 0.004 0.037 0.013 0.026 0.611 0.209 0.020 0.007 104 V 0.007 0.034 0.014 0.004 0.013 0.004 0.026 0.734 0.114 0.046 0.004 105 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.014 0.812 0.123 0.030 0.004 106 F 0.006 0.019 0.006 0.002 0.006 0.006 0.041 0.649 0.241 0.017 0.008 107 E 0.012 0.016 0.005 0.003 0.019 0.011 0.150 0.607 0.105 0.061 0.012 108 H 0.002 0.427 0.510 0.009 0.043 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 109 G 0.126 0.023 0.028 0.022 0.026 0.005 0.006 0.041 0.013 0.244 0.467 110 L 0.254 0.042 0.004 0.004 0.207 0.008 0.010 0.155 0.143 0.066 0.107 111 Q 0.008 0.006 0.002 0.029 0.019 0.156 0.171 0.502 0.093 0.009 0.005 112 E 0.149 0.095 0.033 0.016 0.384 0.014 0.032 0.176 0.054 0.031 0.016 113 L 0.342 0.034 0.013 0.012 0.279 0.020 0.037 0.131 0.035 0.041 0.056 114 S 0.066 0.213 0.058 0.037 0.210 0.044 0.057 0.115 0.030 0.098 0.073 115 G 0.093 0.060 0.021 0.025 0.080 0.014 0.012 0.028 0.033 0.423 0.209 116 F 0.165 0.286 0.046 0.004 0.373 0.004 0.010 0.023 0.023 0.028 0.037 117 M 0.052 0.457 0.065 0.002 0.353 0.002 0.005 0.031 0.017 0.010 0.007 118 V 0.354 0.105 0.017 0.001 0.365 0.002 0.015 0.035 0.015 0.019 0.073 119 K 0.010 0.146 0.196 0.096 0.054 0.164 0.174 0.097 0.038 0.019 0.007 120 D 0.262 0.200 0.084 0.002 0.333 0.001 0.003 0.023 0.008 0.010 0.074 121 N 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.422 0.513 0.045 0.003 122 A 0.002 0.017 0.007 0.003 0.008 0.015 0.048 0.799 0.082 0.018 0.002 123 R 0.005 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.006 0.759 0.097 0.111 0.004 124 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.913 0.058 0.016 0.002 125 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.916 0.068 0.003 0.001 126 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.942 0.038 0.003 0.001 127 I 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.025 0.894 0.057 0.010 0.001 128 V 0.010 0.006 0.004 0.002 0.008 0.005 0.039 0.737 0.120 0.064 0.006 129 A 0.009 0.072 0.024 0.018 0.019 0.058 0.208 0.448 0.084 0.053 0.007 130 G 0.031 0.103 0.066 0.056 0.052 0.034 0.055 0.083 0.056 0.397 0.068 131 A 0.133 0.132 0.081 0.049 0.165 0.020 0.019 0.047 0.061 0.175 0.117 132 E 0.044 0.125 0.063 0.037 0.108 0.038 0.062 0.231 0.173 0.093 0.026 133 K 0.141 0.099 0.026 0.009 0.207 0.012 0.050 0.129 0.107 0.151 0.068 134 V 0.143 0.286 0.051 0.008 0.360 0.008 0.015 0.043 0.025 0.027 0.033 135 K 0.161 0.228 0.078 0.007 0.407 0.006 0.009 0.039 0.016 0.017 0.031 136 I 0.279 0.128 0.025 0.010 0.289 0.019 0.033 0.088 0.031 0.035 0.062 137 Y 0.168 0.152 0.054 0.051 0.213 0.033 0.037 0.089 0.051 0.081 0.071 138 S 0.063 0.180 0.157 0.090 0.119 0.056 0.052 0.131 0.064 0.066 0.022 139 A 0.075 0.143 0.067 0.061 0.125 0.044 0.110 0.171 0.094 0.074 0.035 140 G 0.128 0.151 0.073 0.045 0.167 0.032 0.025 0.046 0.054 0.182 0.096 141 Q 0.084 0.379 0.057 0.008 0.383 0.007 0.013 0.029 0.011 0.017 0.012 142 K 0.431 0.047 0.005 0.002 0.431 0.003 0.009 0.007 0.004 0.010 0.050 143 V 0.148 0.168 0.017 0.003 0.643 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 144 T 0.234 0.098 0.007 0.001 0.624 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.026 145 I 0.340 0.119 0.021 0.004 0.410 0.003 0.004 0.007 0.003 0.014 0.075 146 K 0.127 0.277 0.067 0.020 0.339 0.019 0.034 0.027 0.013 0.030 0.047 147 K 0.146 0.272 0.095 0.017 0.280 0.014 0.026 0.047 0.026 0.027 0.049