# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5759 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.402 0.234 0.174 0.123 0.053 0.012 0.001 2 E 0.714 0.192 0.057 0.025 0.010 0.003 0.001 3 D 0.538 0.232 0.128 0.074 0.023 0.005 0.001 4 R 0.600 0.239 0.089 0.049 0.019 0.005 0.001 5 M 0.540 0.239 0.133 0.065 0.021 0.003 0.001 6 N 0.566 0.263 0.113 0.043 0.012 0.002 0.001 7 D 0.528 0.257 0.132 0.062 0.017 0.003 0.001 8 P 0.494 0.291 0.135 0.057 0.019 0.004 0.001 9 F 0.177 0.142 0.191 0.265 0.170 0.053 0.004 10 I 0.157 0.213 0.223 0.214 0.129 0.057 0.006 11 M 0.120 0.143 0.179 0.233 0.201 0.109 0.015 12 S 0.149 0.157 0.170 0.195 0.187 0.122 0.020 13 Q 0.101 0.157 0.218 0.248 0.184 0.083 0.010 14 N 0.225 0.316 0.206 0.130 0.073 0.040 0.008 15 E 0.074 0.217 0.274 0.250 0.137 0.044 0.003 16 V 0.057 0.127 0.221 0.308 0.231 0.055 0.002 17 K 0.450 0.328 0.140 0.063 0.017 0.003 0.001 18 G 0.465 0.333 0.135 0.053 0.012 0.002 0.001 19 K 0.058 0.268 0.319 0.245 0.091 0.018 0.001 20 K 0.002 0.016 0.092 0.315 0.415 0.151 0.008 21 V 0.001 0.001 0.003 0.019 0.130 0.637 0.211 22 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.415 0.538 23 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.219 0.753 24 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.237 0.724 25 G 0.001 0.001 0.004 0.019 0.097 0.438 0.441 26 H 0.001 0.004 0.016 0.067 0.221 0.473 0.219 27 F 0.003 0.021 0.071 0.201 0.337 0.313 0.055 28 P 0.037 0.151 0.225 0.252 0.204 0.112 0.018 29 H 0.024 0.086 0.179 0.271 0.269 0.155 0.017 30 L 0.013 0.024 0.063 0.209 0.392 0.276 0.023 31 E 0.190 0.405 0.259 0.109 0.029 0.007 0.001 32 S 0.143 0.369 0.295 0.150 0.037 0.007 0.001 33 L 0.021 0.037 0.075 0.254 0.394 0.208 0.011 34 L 0.044 0.177 0.325 0.300 0.128 0.024 0.001 35 E 0.364 0.411 0.156 0.052 0.014 0.003 0.001 36 P 0.174 0.313 0.284 0.163 0.054 0.011 0.001 37 I 0.077 0.214 0.263 0.252 0.141 0.050 0.004 38 C 0.019 0.056 0.138 0.289 0.328 0.158 0.013 39 D 0.055 0.224 0.332 0.244 0.105 0.035 0.005 40 L 0.001 0.005 0.020 0.084 0.277 0.522 0.090 41 S 0.002 0.013 0.051 0.157 0.340 0.384 0.054 42 I 0.001 0.004 0.012 0.044 0.197 0.563 0.180 43 L 0.002 0.008 0.019 0.074 0.254 0.479 0.164 44 E 0.005 0.040 0.098 0.196 0.298 0.310 0.055 45 W 0.014 0.093 0.230 0.357 0.235 0.067 0.005 46 S 0.144 0.369 0.276 0.154 0.050 0.008 0.001 47 P 0.395 0.309 0.183 0.085 0.025 0.002 0.001 48 E 0.693 0.230 0.061 0.013 0.002 0.001 0.001 49 E 0.681 0.222 0.075 0.019 0.003 0.001 0.001 50 G 0.503 0.270 0.140 0.068 0.017 0.002 0.001 51 D 0.453 0.280 0.144 0.080 0.034 0.009 0.001 52 Y 0.069 0.125 0.212 0.294 0.223 0.071 0.006 53 P 0.144 0.250 0.249 0.203 0.109 0.040 0.004 54 L 0.138 0.233 0.268 0.231 0.106 0.022 0.002 55 P 0.431 0.354 0.147 0.048 0.016 0.004 0.001 56 A 0.107 0.240 0.277 0.237 0.110 0.027 0.002 57 S 0.040 0.050 0.092 0.266 0.362 0.178 0.012 58 E 0.104 0.314 0.312 0.188 0.063 0.017 0.001 59 F 0.033 0.163 0.301 0.302 0.152 0.045 0.004 60 I 0.003 0.009 0.024 0.096 0.293 0.488 0.089 61 L 0.005 0.030 0.102 0.284 0.386 0.172 0.020 62 P 0.057 0.285 0.277 0.196 0.114 0.061 0.010 63 E 0.014 0.137 0.301 0.336 0.159 0.046 0.006 64 C 0.001 0.003 0.018 0.109 0.388 0.422 0.059 65 D 0.002 0.027 0.106 0.289 0.370 0.175 0.031 66 Y 0.001 0.001 0.004 0.021 0.120 0.539 0.315 67 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.247 0.731 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.122 0.863 69 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.096 0.890 70 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.202 0.763 71 C 0.001 0.001 0.002 0.012 0.054 0.270 0.661 72 A 0.001 0.007 0.017 0.051 0.113 0.374 0.436 73 S 0.006 0.023 0.053 0.106 0.190 0.354 0.268 74 V 0.003 0.014 0.041 0.112 0.221 0.425 0.184 75 V 0.006 0.018 0.032 0.095 0.231 0.437 0.181 76 D 0.049 0.174 0.222 0.274 0.177 0.094 0.010 77 K 0.057 0.304 0.353 0.192 0.071 0.021 0.002 78 T 0.004 0.017 0.054 0.193 0.375 0.327 0.030 79 L 0.006 0.037 0.105 0.273 0.371 0.192 0.016 80 P 0.105 0.411 0.295 0.135 0.043 0.011 0.001 81 R 0.012 0.111 0.375 0.364 0.120 0.018 0.001 82 L 0.001 0.005 0.013 0.062 0.311 0.557 0.051 83 L 0.005 0.042 0.150 0.390 0.323 0.087 0.004 84 E 0.056 0.517 0.298 0.102 0.023 0.005 0.001 85 L 0.003 0.024 0.146 0.458 0.306 0.060 0.002 86 S 0.003 0.008 0.025 0.162 0.443 0.334 0.026 87 R 0.101 0.407 0.300 0.146 0.041 0.005 0.001 88 N 0.173 0.466 0.234 0.096 0.025 0.005 0.001 89 A 0.015 0.113 0.272 0.329 0.200 0.065 0.006 90 R 0.020 0.171 0.304 0.306 0.148 0.046 0.005 91 R 0.011 0.053 0.121 0.256 0.351 0.182 0.026 92 I 0.001 0.002 0.008 0.043 0.207 0.528 0.211 93 T 0.001 0.002 0.003 0.010 0.049 0.361 0.575 94 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.136 0.838 95 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.143 0.825 96 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.042 0.198 0.749 97 P 0.001 0.002 0.004 0.011 0.042 0.260 0.680 98 G 0.002 0.006 0.011 0.033 0.101 0.304 0.544 99 T 0.003 0.008 0.020 0.057 0.139 0.323 0.451 100 P 0.006 0.016 0.031 0.070 0.153 0.326 0.398 101 L 0.006 0.013 0.022 0.058 0.143 0.399 0.359 102 A 0.010 0.034 0.065 0.127 0.211 0.313 0.240 103 P 0.031 0.075 0.125 0.182 0.225 0.239 0.123 104 V 0.045 0.132 0.181 0.222 0.204 0.158 0.058 105 L 0.018 0.028 0.054 0.144 0.297 0.338 0.120 106 F 0.108 0.204 0.235 0.219 0.135 0.078 0.023 107 E 0.295 0.318 0.185 0.114 0.054 0.026 0.008 108 H 0.085 0.169 0.229 0.246 0.173 0.080 0.017 109 G 0.066 0.120 0.186 0.242 0.225 0.135 0.026 110 L 0.023 0.026 0.041 0.105 0.230 0.401 0.173 111 Q 0.053 0.119 0.172 0.237 0.224 0.150 0.045 112 E 0.028 0.052 0.107 0.182 0.229 0.261 0.141 113 L 0.011 0.019 0.027 0.055 0.125 0.361 0.404 114 S 0.007 0.022 0.044 0.091 0.168 0.343 0.324 115 G 0.007 0.037 0.085 0.165 0.232 0.282 0.193 116 F 0.003 0.010 0.021 0.063 0.199 0.472 0.232 117 M 0.004 0.038 0.128 0.273 0.309 0.217 0.031 118 V 0.002 0.009 0.027 0.112 0.348 0.451 0.052 119 K 0.023 0.156 0.296 0.300 0.163 0.055 0.006 120 D 0.052 0.217 0.276 0.261 0.144 0.045 0.004 121 N 0.140 0.315 0.297 0.179 0.056 0.011 0.002 122 A 0.427 0.339 0.147 0.062 0.020 0.005 0.001 123 R 0.074 0.264 0.378 0.203 0.067 0.013 0.001 124 A 0.010 0.019 0.042 0.160 0.396 0.347 0.026 125 F 0.009 0.047 0.139 0.331 0.325 0.136 0.014 126 R 0.057 0.285 0.296 0.208 0.098 0.051 0.006 127 I 0.013 0.039 0.128 0.310 0.331 0.164 0.015 128 V 0.018 0.026 0.051 0.142 0.309 0.371 0.082 129 A 0.084 0.200 0.222 0.238 0.165 0.078 0.012 130 G 0.131 0.243 0.227 0.198 0.131 0.062 0.009 131 A 0.119 0.204 0.252 0.227 0.139 0.053 0.006 132 E 0.329 0.282 0.198 0.125 0.050 0.014 0.002 133 K 0.380 0.285 0.159 0.101 0.053 0.020 0.004 134 V 0.204 0.203 0.221 0.204 0.122 0.042 0.005 135 K 0.197 0.279 0.224 0.172 0.086 0.036 0.006 136 I 0.055 0.068 0.109 0.209 0.282 0.232 0.045 137 Y 0.084 0.141 0.217 0.265 0.194 0.088 0.013 138 S 0.304 0.352 0.190 0.097 0.038 0.015 0.004 139 A 0.147 0.193 0.222 0.225 0.138 0.063 0.011 140 G 0.077 0.095 0.123 0.192 0.248 0.221 0.044 141 Q 0.076 0.164 0.229 0.248 0.168 0.096 0.019 142 K 0.077 0.173 0.229 0.249 0.171 0.088 0.014 143 V 0.035 0.055 0.096 0.178 0.284 0.294 0.059 144 T 0.042 0.108 0.180 0.251 0.238 0.160 0.021 145 I 0.044 0.039 0.067 0.170 0.326 0.307 0.048 146 K 0.175 0.256 0.247 0.202 0.093 0.025 0.003 147 K 0.318 0.326 0.197 0.105 0.039 0.013 0.002