# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.003 0.039 0.002 0.001 0.955 2 W 0.001 0.002 0.005 0.939 0.001 0.008 0.043 3 E 0.001 0.001 0.008 0.893 0.010 0.027 0.059 4 I 0.001 0.001 0.007 0.927 0.007 0.034 0.023 5 Y 0.002 0.001 0.005 0.923 0.018 0.030 0.022 6 D 0.002 0.001 0.005 0.943 0.019 0.013 0.017 7 A 0.002 0.001 0.006 0.950 0.014 0.014 0.013 8 M 0.001 0.001 0.011 0.940 0.005 0.030 0.012 9 I 0.001 0.009 0.024 0.823 0.012 0.103 0.028 10 N 0.001 0.002 0.041 0.557 0.022 0.340 0.038 11 G 0.001 0.001 0.038 0.315 0.042 0.542 0.060 12 I 0.002 0.006 0.056 0.177 0.196 0.209 0.354 13 P 0.004 0.007 0.080 0.064 0.198 0.156 0.490 14 E 0.007 0.004 0.137 0.054 0.167 0.484 0.147 15 D 0.018 0.005 0.104 0.031 0.186 0.491 0.165 16 F 0.112 0.010 0.016 0.034 0.274 0.059 0.496 17 L 0.399 0.043 0.007 0.030 0.068 0.021 0.432 18 V 0.692 0.016 0.008 0.020 0.027 0.010 0.227 19 D 0.759 0.009 0.018 0.024 0.052 0.009 0.129 20 E 0.867 0.005 0.015 0.017 0.017 0.005 0.073 21 L 0.925 0.002 0.010 0.009 0.010 0.012 0.033 22 V 0.947 0.004 0.004 0.005 0.007 0.008 0.025 23 C 0.867 0.007 0.008 0.003 0.019 0.018 0.077 24 G 0.615 0.007 0.013 0.002 0.106 0.070 0.186 25 T 0.453 0.011 0.024 0.002 0.177 0.075 0.258 26 T 0.539 0.006 0.015 0.001 0.216 0.057 0.164 27 H 0.924 0.006 0.003 0.001 0.012 0.008 0.046 28 S 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.022 29 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 30 I 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 31 R 0.941 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.046 32 S 0.774 0.008 0.001 0.002 0.020 0.010 0.186 33 G 0.370 0.013 0.011 0.004 0.199 0.227 0.177 34 N 0.074 0.005 0.021 0.006 0.295 0.508 0.092 35 G 0.093 0.009 0.031 0.012 0.311 0.391 0.153 36 V 0.279 0.022 0.034 0.021 0.180 0.161 0.303 37 G 0.548 0.026 0.029 0.022 0.089 0.073 0.214 38 L 0.633 0.023 0.030 0.032 0.065 0.055 0.161 39 G 0.676 0.027 0.030 0.028 0.056 0.041 0.141 40 P 0.567 0.017 0.028 0.032 0.079 0.061 0.215 41 N 0.424 0.029 0.020 0.025 0.167 0.064 0.271 42 R 0.228 0.022 0.010 0.016 0.197 0.036 0.491 43 P 0.134 0.025 0.012 0.013 0.180 0.062 0.573 44 F 0.106 0.028 0.022 0.024 0.186 0.082 0.552 45 E 0.073 0.020 0.035 0.028 0.179 0.103 0.563 46 T 0.074 0.020 0.053 0.048 0.199 0.107 0.499 47 R 0.117 0.038 0.072 0.071 0.161 0.113 0.427 48 M 0.133 0.061 0.061 0.085 0.134 0.086 0.440 49 P 0.109 0.032 0.057 0.095 0.160 0.114 0.433 50 M 0.069 0.025 0.072 0.118 0.167 0.173 0.377 51 L 0.039 0.019 0.076 0.123 0.186 0.156 0.400 52 T 0.020 0.010 0.115 0.144 0.141 0.340 0.229 53 Q 0.018 0.011 0.141 0.147 0.164 0.321 0.198 54 N 0.022 0.022 0.136 0.157 0.218 0.149 0.297 55 L 0.017 0.021 0.107 0.170 0.178 0.205 0.302 56 L 0.020 0.009 0.045 0.177 0.158 0.340 0.251 57 G 0.018 0.009 0.021 0.079 0.194 0.253 0.427 58 L 0.023 0.018 0.017 0.178 0.239 0.069 0.456 59 P 0.038 0.046 0.014 0.354 0.082 0.037 0.429 60 L 0.001 0.001 0.010 0.972 0.005 0.006 0.006 61 R 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.004 0.004 62 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.004 0.002 63 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.002 64 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.008 0.002 65 G 0.001 0.001 0.008 0.940 0.004 0.044 0.003 66 C 0.001 0.001 0.018 0.855 0.006 0.112 0.008 67 V 0.004 0.009 0.043 0.673 0.055 0.159 0.056 68 K 0.013 0.013 0.054 0.419 0.065 0.328 0.108 69 S 0.011 0.012 0.027 0.251 0.185 0.264 0.250 70 W 0.006 0.007 0.013 0.158 0.350 0.123 0.343 71 N 0.005 0.005 0.011 0.203 0.226 0.076 0.473 72 Y 0.004 0.003 0.020 0.770 0.060 0.058 0.085 73 V 0.001 0.001 0.019 0.944 0.008 0.020 0.008 74 E 0.001 0.001 0.009 0.974 0.005 0.006 0.005 75 A 0.001 0.001 0.004 0.981 0.003 0.006 0.005 76 S 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.007 0.003 77 I 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.014 0.002 78 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 79 L 0.002 0.001 0.001 0.990 0.002 0.002 0.004 80 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 81 A 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.001 82 I 0.002 0.001 0.002 0.981 0.002 0.011 0.001 83 N 0.005 0.001 0.005 0.969 0.005 0.012 0.004 84 A 0.003 0.001 0.016 0.947 0.005 0.020 0.008 85 Y 0.004 0.002 0.038 0.861 0.008 0.076 0.012 86 Y 0.008 0.002 0.056 0.657 0.030 0.216 0.030 87 N 0.011 0.005 0.043 0.531 0.068 0.263 0.079 88 N 0.009 0.008 0.035 0.280 0.204 0.108 0.354 89 P 0.013 0.008 0.104 0.208 0.102 0.135 0.430 90 Q 0.022 0.006 0.191 0.237 0.101 0.232 0.210 91 V 0.037 0.012 0.201 0.212 0.101 0.187 0.249 92 A 0.039 0.018 0.113 0.190 0.181 0.099 0.360 93 R 0.042 0.018 0.080 0.185 0.134 0.102 0.439 94 E 0.026 0.009 0.127 0.193 0.110 0.293 0.243 95 H 0.024 0.006 0.100 0.134 0.114 0.463 0.159 96 G 0.044 0.023 0.082 0.116 0.189 0.222 0.324 97 V 0.080 0.042 0.040 0.102 0.210 0.085 0.441 98 I 0.110 0.038 0.054 0.132 0.130 0.151 0.384 99 F 0.102 0.042 0.071 0.132 0.129 0.190 0.333 100 S 0.085 0.036 0.065 0.119 0.169 0.176 0.350 101 D 0.070 0.020 0.047 0.114 0.208 0.184 0.356 102 A 0.053 0.019 0.048 0.124 0.200 0.197 0.359 103 K 0.039 0.017 0.042 0.087 0.210 0.177 0.429 104 R 0.040 0.018 0.075 0.133 0.195 0.217 0.323 105 V 0.041 0.018 0.100 0.163 0.159 0.225 0.292 106 E 0.039 0.017 0.085 0.173 0.171 0.146 0.370 107 D 0.042 0.015 0.091 0.274 0.156 0.116 0.305 108 R 0.063 0.015 0.092 0.358 0.102 0.123 0.247 109 M 0.055 0.014 0.080 0.412 0.083 0.115 0.241 110 N 0.042 0.011 0.057 0.454 0.100 0.088 0.248 111 D 0.050 0.008 0.050 0.516 0.079 0.097 0.200 112 P 0.049 0.007 0.057 0.631 0.051 0.090 0.116 113 F 0.089 0.010 0.058 0.620 0.042 0.066 0.115 114 I 0.149 0.008 0.068 0.572 0.046 0.059 0.098 115 M 0.206 0.008 0.087 0.493 0.047 0.067 0.092 116 S 0.247 0.010 0.089 0.440 0.040 0.058 0.116 117 Q 0.274 0.008 0.091 0.378 0.045 0.062 0.143 118 N 0.282 0.008 0.076 0.320 0.053 0.110 0.150 119 E 0.184 0.023 0.054 0.199 0.124 0.102 0.314 120 V 0.087 0.013 0.053 0.043 0.128 0.092 0.585 121 K 0.007 0.002 0.041 0.014 0.102 0.797 0.037 122 G 0.011 0.001 0.026 0.003 0.101 0.821 0.037 123 K 0.211 0.004 0.004 0.002 0.275 0.027 0.477 124 K 0.640 0.015 0.001 0.001 0.068 0.005 0.272 125 V 0.947 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 126 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 127 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 128 V 0.935 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.057 129 G 0.768 0.005 0.002 0.001 0.030 0.006 0.188 130 H 0.523 0.014 0.007 0.003 0.111 0.023 0.318 131 F 0.182 0.029 0.012 0.011 0.184 0.024 0.558 132 P 0.046 0.011 0.078 0.075 0.246 0.178 0.366 133 H 0.024 0.021 0.115 0.102 0.146 0.306 0.287 134 L 0.010 0.012 0.211 0.413 0.074 0.119 0.160 135 E 0.006 0.004 0.127 0.638 0.037 0.076 0.111 136 S 0.006 0.002 0.112 0.680 0.030 0.083 0.088 137 L 0.007 0.004 0.084 0.735 0.020 0.101 0.051 138 L 0.009 0.010 0.054 0.719 0.034 0.100 0.073 139 E 0.011 0.003 0.095 0.612 0.043 0.172 0.064 140 P 0.019 0.003 0.109 0.483 0.073 0.245 0.068 141 I 0.026 0.008 0.127 0.268 0.098 0.329 0.144 142 C 0.082 0.015 0.034 0.061 0.181 0.255 0.371 143 D 0.174 0.003 0.017 0.021 0.277 0.113 0.396 144 L 0.659 0.010 0.010 0.014 0.052 0.016 0.239 145 S 0.865 0.003 0.003 0.008 0.014 0.003 0.104 146 I 0.926 0.002 0.002 0.007 0.007 0.002 0.052 147 L 0.932 0.003 0.002 0.007 0.005 0.002 0.050 148 E 0.831 0.007 0.004 0.008 0.015 0.003 0.132 149 W 0.557 0.012 0.004 0.012 0.072 0.009 0.332 150 S 0.203 0.013 0.003 0.005 0.186 0.019 0.570 151 P 0.054 0.013 0.012 0.008 0.275 0.068 0.571 152 E 0.021 0.018 0.029 0.012 0.210 0.089 0.621 153 E 0.009 0.007 0.093 0.019 0.235 0.270 0.368 154 G 0.009 0.003 0.078 0.019 0.245 0.296 0.349 155 D 0.025 0.051 0.062 0.023 0.270 0.099 0.470 156 Y 0.022 0.122 0.021 0.025 0.208 0.024 0.577 157 P 0.008 0.014 0.015 0.035 0.066 0.029 0.832 158 L 0.002 0.003 0.195 0.465 0.075 0.157 0.104 159 P 0.001 0.002 0.225 0.562 0.038 0.129 0.043 160 A 0.001 0.002 0.222 0.613 0.031 0.076 0.055 161 S 0.002 0.004 0.207 0.621 0.022 0.083 0.061 162 E 0.003 0.003 0.213 0.598 0.021 0.131 0.032 163 F 0.004 0.002 0.174 0.638 0.020 0.132 0.031 164 I 0.003 0.013 0.112 0.659 0.041 0.108 0.064 165 L 0.008 0.009 0.137 0.325 0.059 0.100 0.362 166 P 0.008 0.005 0.208 0.211 0.077 0.345 0.144 167 E 0.018 0.017 0.135 0.137 0.082 0.504 0.107 168 C 0.028 0.002 0.002 0.006 0.100 0.012 0.851 169 D 0.031 0.001 0.001 0.001 0.847 0.002 0.120 170 Y 0.977 0.004 0.001 0.005 0.009 0.001 0.004 171 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 172 Y 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 173 I 0.947 0.001 0.001 0.013 0.005 0.002 0.032 174 T 0.196 0.003 0.005 0.050 0.152 0.037 0.557 175 C 0.013 0.001 0.022 0.439 0.270 0.048 0.207 176 A 0.004 0.003 0.048 0.845 0.042 0.025 0.033 177 S 0.007 0.004 0.038 0.892 0.021 0.024 0.014 178 V 0.010 0.002 0.042 0.883 0.011 0.037 0.014 179 V 0.006 0.002 0.037 0.862 0.013 0.055 0.025 180 D 0.006 0.001 0.033 0.824 0.022 0.094 0.021 181 K 0.009 0.002 0.026 0.774 0.039 0.101 0.048 182 T 0.010 0.011 0.011 0.787 0.041 0.069 0.071 183 L 0.001 0.001 0.004 0.964 0.008 0.009 0.013 184 P 0.001 0.001 0.004 0.989 0.002 0.004 0.001 185 R 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.010 0.001 186 L 0.001 0.001 0.008 0.974 0.001 0.015 0.001 187 L 0.001 0.001 0.021 0.936 0.002 0.037 0.003 188 E 0.001 0.001 0.042 0.697 0.008 0.245 0.006 189 L 0.002 0.001 0.062 0.501 0.029 0.372 0.033 190 S 0.011 0.056 0.081 0.217 0.170 0.156 0.308 191 R 0.015 0.014 0.143 0.098 0.136 0.339 0.255 192 N 0.024 0.012 0.160 0.068 0.246 0.287 0.204 193 A 0.091 0.009 0.119 0.032 0.182 0.231 0.335 194 R 0.325 0.002 0.011 0.008 0.191 0.032 0.430 195 R 0.800 0.001 0.003 0.006 0.125 0.006 0.059 196 I 0.980 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 197 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 198 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 199 V 0.779 0.010 0.001 0.002 0.017 0.003 0.189 200 G 0.146 0.002 0.003 0.001 0.178 0.017 0.652 201 P 0.021 0.004 0.022 0.003 0.402 0.284 0.263 202 G 0.023 0.043 0.048 0.008 0.358 0.244 0.277 203 T 0.023 0.018 0.059 0.025 0.448 0.084 0.344 204 P 0.037 0.017 0.064 0.054 0.222 0.153 0.453 205 L 0.063 0.077 0.070 0.110 0.155 0.144 0.380 206 A 0.051 0.053 0.066 0.163 0.106 0.040 0.522 207 P 0.044 0.011 0.194 0.296 0.064 0.115 0.274 208 V 0.034 0.007 0.243 0.355 0.062 0.149 0.149 209 L 0.043 0.008 0.219 0.385 0.076 0.150 0.119 210 F 0.036 0.012 0.200 0.344 0.068 0.203 0.137 211 E 0.053 0.011 0.198 0.169 0.149 0.229 0.191 212 H 0.020 0.006 0.076 0.071 0.299 0.429 0.098 213 G 0.043 0.009 0.017 0.013 0.126 0.626 0.165 214 L 0.112 0.002 0.001 0.001 0.041 0.005 0.839 215 Q 0.572 0.003 0.001 0.001 0.187 0.003 0.233 216 E 0.962 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 217 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 218 S 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 219 G 0.949 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.040 220 F 0.878 0.002 0.001 0.001 0.025 0.002 0.091 221 M 0.861 0.009 0.001 0.001 0.019 0.003 0.105 222 V 0.391 0.062 0.003 0.001 0.047 0.010 0.486 223 K 0.192 0.089 0.002 0.001 0.327 0.022 0.366 224 D 0.042 0.011 0.001 0.005 0.344 0.013 0.583 225 N 0.001 0.001 0.046 0.850 0.026 0.046 0.030 226 A 0.001 0.001 0.015 0.944 0.013 0.022 0.005 227 R 0.001 0.001 0.010 0.976 0.002 0.009 0.002 228 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 229 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.002 230 R 0.002 0.001 0.001 0.986 0.002 0.006 0.002 231 I 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.005 0.003 232 V 0.003 0.001 0.004 0.977 0.003 0.009 0.003 233 A 0.002 0.001 0.006 0.933 0.004 0.051 0.004 234 G 0.001 0.001 0.005 0.681 0.012 0.293 0.008 235 A 0.003 0.002 0.005 0.320 0.096 0.477 0.097 236 E 0.011 0.008 0.015 0.104 0.232 0.268 0.363 237 K 0.063 0.018 0.059 0.087 0.210 0.177 0.386 238 V 0.185 0.017 0.101 0.148 0.130 0.089 0.331 239 K 0.361 0.017 0.097 0.170 0.069 0.067 0.219 240 I 0.458 0.025 0.071 0.169 0.050 0.072 0.154 241 Y 0.444 0.025 0.056 0.095 0.069 0.087 0.224 242 S 0.265 0.011 0.091 0.077 0.157 0.151 0.247 243 A 0.141 0.010 0.090 0.069 0.210 0.342 0.137 244 G 0.192 0.009 0.073 0.056 0.175 0.288 0.207 245 Q 0.452 0.011 0.026 0.026 0.093 0.051 0.340 246 K 0.679 0.012 0.009 0.018 0.043 0.025 0.215 247 V 0.845 0.007 0.006 0.017 0.024 0.011 0.090 248 T 0.885 0.007 0.003 0.010 0.014 0.005 0.076 249 I 0.757 0.014 0.003 0.010 0.020 0.007 0.190 250 K 0.437 0.014 0.003 0.010 0.008 0.014 0.514 251 K 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.991