# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.209 0.235 0.265 0.138 0.035 0.002 2 W 0.059 0.156 0.271 0.297 0.171 0.044 0.002 3 E 0.408 0.416 0.132 0.032 0.009 0.003 0.001 4 I 0.109 0.358 0.314 0.154 0.052 0.012 0.001 5 Y 0.013 0.015 0.038 0.172 0.427 0.316 0.020 6 D 0.046 0.164 0.299 0.332 0.136 0.022 0.001 7 A 0.345 0.520 0.107 0.021 0.005 0.001 0.001 8 M 0.030 0.112 0.317 0.383 0.135 0.023 0.001 9 I 0.054 0.053 0.094 0.285 0.367 0.143 0.004 10 N 0.348 0.398 0.165 0.066 0.019 0.004 0.001 11 G 0.581 0.317 0.077 0.021 0.004 0.001 0.001 12 I 0.220 0.280 0.262 0.176 0.054 0.008 0.001 13 P 0.291 0.267 0.202 0.147 0.074 0.017 0.001 14 E 0.484 0.295 0.129 0.071 0.018 0.003 0.001 15 D 0.352 0.367 0.174 0.075 0.026 0.005 0.001 16 F 0.096 0.184 0.209 0.280 0.180 0.049 0.003 17 L 0.085 0.264 0.291 0.234 0.101 0.024 0.001 18 V 0.025 0.028 0.054 0.181 0.364 0.310 0.037 19 D 0.064 0.222 0.271 0.254 0.141 0.044 0.004 20 E 0.043 0.123 0.225 0.267 0.205 0.118 0.019 21 L 0.012 0.023 0.035 0.099 0.252 0.434 0.146 22 V 0.019 0.057 0.103 0.204 0.283 0.261 0.073 23 C 0.017 0.025 0.035 0.065 0.131 0.394 0.334 24 G 0.016 0.030 0.055 0.125 0.199 0.305 0.268 25 T 0.023 0.036 0.047 0.087 0.159 0.316 0.333 26 T 0.018 0.043 0.076 0.139 0.173 0.270 0.280 27 H 0.007 0.012 0.034 0.078 0.164 0.307 0.398 28 S 0.006 0.016 0.036 0.061 0.112 0.341 0.429 29 V 0.010 0.013 0.033 0.096 0.169 0.374 0.305 30 I 0.008 0.011 0.024 0.051 0.155 0.450 0.300 31 R 0.013 0.039 0.094 0.235 0.308 0.253 0.058 32 S 0.040 0.064 0.094 0.174 0.326 0.249 0.053 33 G 0.101 0.218 0.251 0.247 0.125 0.052 0.007 34 N 0.211 0.263 0.198 0.183 0.105 0.035 0.004 35 G 0.121 0.190 0.201 0.207 0.179 0.088 0.014 36 V 0.123 0.149 0.161 0.221 0.187 0.130 0.028 37 G 0.099 0.068 0.093 0.133 0.187 0.265 0.155 38 L 0.072 0.073 0.087 0.135 0.192 0.249 0.192 39 G 0.038 0.038 0.060 0.096 0.154 0.287 0.327 40 P 0.028 0.036 0.051 0.091 0.154 0.308 0.331 41 N 0.029 0.047 0.068 0.129 0.200 0.301 0.225 42 R 0.042 0.087 0.122 0.183 0.224 0.227 0.115 43 P 0.092 0.150 0.180 0.208 0.194 0.130 0.046 44 F 0.180 0.215 0.206 0.191 0.120 0.066 0.022 45 E 0.284 0.239 0.173 0.143 0.096 0.054 0.013 46 T 0.232 0.229 0.195 0.161 0.108 0.062 0.013 47 R 0.265 0.244 0.190 0.149 0.089 0.051 0.011 48 M 0.163 0.170 0.176 0.194 0.164 0.111 0.022 49 P 0.159 0.138 0.150 0.189 0.197 0.141 0.027 50 M 0.237 0.253 0.207 0.163 0.090 0.041 0.008 51 L 0.196 0.176 0.187 0.210 0.151 0.069 0.012 52 T 0.237 0.207 0.176 0.175 0.130 0.065 0.010 53 Q 0.347 0.282 0.172 0.116 0.058 0.022 0.003 54 N 0.253 0.260 0.194 0.158 0.091 0.039 0.004 55 L 0.091 0.113 0.162 0.246 0.247 0.128 0.014 56 L 0.186 0.285 0.253 0.188 0.071 0.016 0.001 57 G 0.283 0.351 0.210 0.105 0.039 0.010 0.001 58 L 0.390 0.303 0.156 0.091 0.044 0.015 0.002 59 P 0.090 0.284 0.275 0.215 0.102 0.030 0.004 60 L 0.007 0.039 0.134 0.295 0.371 0.144 0.010 61 R 0.120 0.449 0.300 0.101 0.024 0.005 0.001 62 V 0.054 0.316 0.355 0.204 0.058 0.013 0.001 63 A 0.002 0.005 0.014 0.084 0.377 0.477 0.040 64 A 0.002 0.019 0.095 0.319 0.396 0.159 0.010 65 G 0.075 0.455 0.292 0.132 0.036 0.009 0.001 66 C 0.007 0.052 0.228 0.414 0.242 0.056 0.002 67 V 0.002 0.005 0.013 0.081 0.352 0.507 0.041 68 K 0.043 0.224 0.316 0.252 0.122 0.038 0.006 69 S 0.193 0.369 0.224 0.140 0.055 0.016 0.002 70 W 0.018 0.134 0.329 0.337 0.149 0.030 0.002 71 N 0.119 0.365 0.273 0.166 0.065 0.011 0.001 72 Y 0.017 0.065 0.164 0.293 0.319 0.127 0.014 73 V 0.006 0.019 0.034 0.111 0.336 0.416 0.077 74 E 0.010 0.069 0.151 0.273 0.291 0.171 0.034 75 A 0.009 0.048 0.115 0.224 0.287 0.244 0.072 76 S 0.001 0.002 0.004 0.016 0.084 0.367 0.525 77 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 0.215 0.740 78 G 0.001 0.001 0.003 0.012 0.048 0.216 0.719 79 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.173 0.793 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.935 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.939 82 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.126 0.858 83 N 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.239 0.718 84 A 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.252 0.697 85 Y 0.001 0.001 0.003 0.015 0.084 0.441 0.457 86 Y 0.001 0.005 0.021 0.099 0.320 0.432 0.122 87 N 0.004 0.042 0.136 0.270 0.301 0.203 0.044 88 N 0.013 0.059 0.138 0.227 0.278 0.246 0.039 89 P 0.026 0.085 0.135 0.241 0.299 0.195 0.019 90 Q 0.091 0.192 0.230 0.241 0.162 0.074 0.010 91 V 0.208 0.289 0.238 0.148 0.077 0.035 0.005 92 A 0.140 0.206 0.225 0.221 0.147 0.055 0.006 93 R 0.279 0.265 0.197 0.143 0.080 0.031 0.004 94 E 0.462 0.256 0.145 0.083 0.035 0.015 0.003 95 H 0.456 0.264 0.141 0.082 0.040 0.016 0.002 96 G 0.309 0.254 0.177 0.135 0.084 0.037 0.004 97 V 0.202 0.187 0.201 0.210 0.135 0.059 0.006 98 I 0.294 0.220 0.170 0.154 0.104 0.053 0.005 99 F 0.289 0.207 0.162 0.157 0.117 0.062 0.007 100 S 0.319 0.191 0.170 0.167 0.107 0.042 0.005 101 D 0.466 0.212 0.134 0.100 0.059 0.026 0.003 102 A 0.471 0.213 0.129 0.102 0.057 0.024 0.004 103 K 0.533 0.215 0.111 0.077 0.042 0.018 0.003 104 R 0.376 0.223 0.155 0.128 0.079 0.035 0.005 105 V 0.413 0.209 0.139 0.129 0.077 0.029 0.004 106 E 0.437 0.257 0.138 0.095 0.051 0.019 0.003 107 D 0.310 0.190 0.168 0.170 0.112 0.043 0.007 108 R 0.339 0.214 0.155 0.141 0.097 0.044 0.009 109 M 0.320 0.240 0.169 0.128 0.084 0.045 0.013 110 N 0.159 0.178 0.187 0.203 0.162 0.088 0.023 111 D 0.195 0.207 0.162 0.166 0.145 0.098 0.029 112 P 0.087 0.147 0.175 0.206 0.195 0.143 0.047 113 F 0.069 0.073 0.086 0.157 0.252 0.279 0.084 114 I 0.103 0.150 0.169 0.211 0.182 0.144 0.041 115 M 0.088 0.124 0.157 0.206 0.208 0.171 0.046 116 S 0.043 0.061 0.082 0.148 0.242 0.293 0.131 117 Q 0.038 0.070 0.115 0.201 0.237 0.230 0.110 118 N 0.125 0.229 0.210 0.182 0.125 0.091 0.038 119 E 0.094 0.178 0.197 0.240 0.179 0.089 0.023 120 V 0.134 0.178 0.176 0.216 0.190 0.093 0.014 121 K 0.295 0.325 0.207 0.118 0.044 0.011 0.001 122 G 0.194 0.367 0.243 0.141 0.048 0.007 0.001 123 K 0.019 0.157 0.284 0.344 0.163 0.032 0.001 124 K 0.002 0.023 0.090 0.282 0.381 0.209 0.014 125 V 0.001 0.001 0.004 0.029 0.154 0.537 0.274 126 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.315 0.639 127 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.160 0.826 128 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.038 0.247 0.701 129 G 0.001 0.001 0.005 0.018 0.069 0.332 0.574 130 H 0.001 0.008 0.025 0.087 0.202 0.378 0.298 131 F 0.002 0.009 0.029 0.092 0.268 0.419 0.180 132 P 0.025 0.123 0.233 0.253 0.212 0.126 0.028 133 H 0.054 0.155 0.221 0.261 0.179 0.108 0.022 134 L 0.033 0.049 0.071 0.163 0.312 0.329 0.043 135 E 0.043 0.120 0.179 0.283 0.252 0.115 0.009 136 S 0.204 0.401 0.229 0.110 0.041 0.013 0.001 137 L 0.083 0.204 0.280 0.272 0.125 0.033 0.002 138 L 0.073 0.110 0.146 0.263 0.285 0.117 0.006 139 E 0.301 0.341 0.199 0.111 0.037 0.010 0.001 140 P 0.576 0.299 0.087 0.028 0.007 0.002 0.001 141 I 0.222 0.292 0.248 0.162 0.061 0.013 0.001 142 C 0.090 0.149 0.218 0.277 0.205 0.058 0.004 143 D 0.168 0.299 0.263 0.176 0.073 0.020 0.002 144 L 0.049 0.088 0.143 0.256 0.284 0.163 0.016 145 S 0.022 0.058 0.120 0.251 0.304 0.218 0.028 146 I 0.009 0.016 0.041 0.109 0.256 0.434 0.136 147 L 0.006 0.012 0.032 0.093 0.226 0.453 0.176 148 E 0.027 0.073 0.122 0.191 0.273 0.264 0.050 149 W 0.050 0.121 0.201 0.275 0.222 0.117 0.014 150 S 0.110 0.186 0.243 0.254 0.150 0.052 0.004 151 P 0.273 0.258 0.225 0.158 0.068 0.017 0.001 152 E 0.654 0.230 0.073 0.030 0.010 0.002 0.001 153 E 0.618 0.212 0.108 0.045 0.014 0.003 0.001 154 G 0.565 0.250 0.105 0.058 0.018 0.004 0.001 155 D 0.289 0.292 0.209 0.138 0.058 0.013 0.001 156 Y 0.172 0.169 0.228 0.247 0.144 0.038 0.002 157 P 0.450 0.294 0.144 0.077 0.027 0.007 0.001 158 L 0.512 0.251 0.124 0.076 0.029 0.007 0.001 159 P 0.559 0.259 0.108 0.050 0.018 0.005 0.001 160 A 0.248 0.289 0.208 0.164 0.071 0.018 0.002 161 S 0.107 0.194 0.221 0.240 0.167 0.064 0.008 162 E 0.210 0.324 0.226 0.154 0.065 0.019 0.002 163 F 0.127 0.272 0.255 0.201 0.103 0.037 0.005 164 I 0.019 0.042 0.084 0.223 0.357 0.247 0.029 165 L 0.022 0.061 0.122 0.252 0.325 0.195 0.022 166 P 0.091 0.227 0.217 0.222 0.159 0.075 0.008 167 E 0.041 0.182 0.312 0.293 0.135 0.035 0.002 168 C 0.005 0.017 0.039 0.136 0.360 0.398 0.045 169 D 0.002 0.039 0.131 0.292 0.310 0.199 0.026 170 Y 0.001 0.002 0.008 0.038 0.130 0.503 0.318 171 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.051 0.315 0.624 172 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.173 0.803 173 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.151 0.829 174 T 0.001 0.004 0.012 0.039 0.086 0.282 0.576 175 C 0.001 0.004 0.010 0.033 0.091 0.338 0.522 176 A 0.002 0.011 0.034 0.098 0.245 0.360 0.250 177 S 0.009 0.027 0.063 0.117 0.208 0.380 0.197 178 V 0.008 0.026 0.056 0.153 0.263 0.340 0.154 179 V 0.009 0.021 0.038 0.101 0.222 0.439 0.170 180 D 0.010 0.074 0.167 0.286 0.302 0.144 0.017 181 K 0.017 0.116 0.252 0.301 0.202 0.097 0.014 182 T 0.004 0.021 0.041 0.132 0.306 0.404 0.091 183 L 0.001 0.005 0.018 0.093 0.351 0.461 0.071 184 P 0.018 0.214 0.378 0.278 0.090 0.021 0.002 185 R 0.026 0.116 0.256 0.359 0.196 0.045 0.003 186 L 0.003 0.006 0.010 0.041 0.215 0.625 0.099 187 L 0.004 0.018 0.075 0.295 0.416 0.181 0.011 188 E 0.057 0.385 0.319 0.166 0.055 0.016 0.002 189 L 0.011 0.063 0.216 0.391 0.239 0.073 0.008 190 S 0.007 0.029 0.061 0.199 0.398 0.275 0.030 191 R 0.094 0.288 0.264 0.202 0.115 0.034 0.003 192 N 0.180 0.360 0.242 0.160 0.049 0.008 0.001 193 A 0.047 0.189 0.276 0.292 0.161 0.034 0.001 194 R 0.030 0.177 0.265 0.286 0.185 0.054 0.003 195 R 0.004 0.035 0.107 0.281 0.356 0.198 0.019 196 I 0.001 0.004 0.013 0.060 0.212 0.493 0.217 197 T 0.001 0.001 0.002 0.010 0.052 0.327 0.608 198 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.152 0.829 199 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 0.162 0.807 200 G 0.001 0.002 0.007 0.019 0.053 0.211 0.707 201 P 0.001 0.005 0.010 0.033 0.097 0.287 0.567 202 G 0.008 0.030 0.049 0.088 0.173 0.295 0.357 203 T 0.017 0.045 0.090 0.159 0.202 0.277 0.209 204 P 0.031 0.070 0.108 0.176 0.226 0.243 0.147 205 L 0.035 0.053 0.078 0.150 0.229 0.290 0.166 206 A 0.039 0.071 0.105 0.198 0.257 0.231 0.100 207 P 0.108 0.178 0.190 0.204 0.157 0.110 0.052 208 V 0.105 0.204 0.213 0.207 0.141 0.095 0.034 209 L 0.084 0.098 0.114 0.174 0.254 0.223 0.054 210 F 0.076 0.159 0.230 0.272 0.177 0.076 0.010 211 E 0.200 0.349 0.230 0.137 0.061 0.021 0.002 212 H 0.043 0.110 0.166 0.292 0.278 0.101 0.011 213 G 0.065 0.212 0.246 0.235 0.146 0.082 0.013 214 L 0.005 0.007 0.022 0.078 0.220 0.441 0.227 215 Q 0.008 0.027 0.064 0.165 0.302 0.312 0.123 216 E 0.002 0.008 0.020 0.053 0.126 0.386 0.404 217 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.042 0.246 0.698 218 S 0.001 0.002 0.007 0.022 0.062 0.284 0.623 219 G 0.003 0.007 0.018 0.047 0.119 0.367 0.438 220 F 0.002 0.005 0.010 0.030 0.108 0.413 0.432 221 M 0.009 0.042 0.094 0.208 0.257 0.289 0.101 222 V 0.009 0.034 0.073 0.162 0.329 0.315 0.077 223 K 0.047 0.172 0.252 0.260 0.167 0.086 0.016 224 D 0.046 0.180 0.232 0.280 0.181 0.070 0.010 225 N 0.038 0.127 0.228 0.280 0.235 0.085 0.007 226 A 0.255 0.446 0.202 0.074 0.019 0.004 0.001 227 R 0.059 0.210 0.341 0.244 0.112 0.029 0.004 228 A 0.005 0.012 0.027 0.105 0.359 0.446 0.045 229 F 0.013 0.082 0.221 0.347 0.247 0.084 0.006 230 R 0.115 0.381 0.280 0.150 0.052 0.019 0.002 231 I 0.036 0.077 0.140 0.248 0.291 0.184 0.024 232 V 0.011 0.015 0.035 0.118 0.296 0.432 0.093 233 A 0.095 0.231 0.260 0.221 0.123 0.054 0.016 234 G 0.191 0.221 0.206 0.182 0.122 0.063 0.015 235 A 0.101 0.137 0.149 0.197 0.201 0.171 0.045 236 E 0.134 0.185 0.188 0.205 0.165 0.099 0.025 237 K 0.206 0.233 0.186 0.174 0.120 0.067 0.015 238 V 0.156 0.175 0.173 0.201 0.178 0.098 0.019 239 K 0.200 0.205 0.180 0.185 0.140 0.077 0.014 240 I 0.152 0.200 0.211 0.215 0.146 0.067 0.010 241 Y 0.127 0.139 0.170 0.253 0.217 0.084 0.010 242 S 0.339 0.327 0.191 0.097 0.034 0.010 0.001 243 A 0.528 0.269 0.125 0.056 0.018 0.004 0.001 244 G 0.380 0.248 0.173 0.122 0.059 0.016 0.001 245 Q 0.228 0.195 0.193 0.200 0.138 0.043 0.003 246 K 0.362 0.307 0.198 0.098 0.029 0.006 0.001 247 V 0.373 0.277 0.173 0.118 0.046 0.012 0.001 248 T 0.303 0.325 0.206 0.119 0.040 0.006 0.001 249 I 0.191 0.175 0.213 0.265 0.135 0.020 0.001 250 K 0.675 0.244 0.061 0.017 0.003 0.001 0.001 251 K 0.755 0.188 0.042 0.012 0.003 0.001 0.001