# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.031 0.023 0.008 0.025 0.076 0.004 0.791 2 W 0.020 0.046 0.014 0.007 0.017 0.081 0.004 0.812 3 E 0.053 0.103 0.010 0.007 0.013 0.226 0.007 0.582 4 I 0.105 0.499 0.008 0.006 0.011 0.072 0.006 0.293 5 Y 0.045 0.723 0.009 0.005 0.019 0.034 0.005 0.159 6 D 0.032 0.800 0.006 0.004 0.008 0.022 0.006 0.122 7 A 0.050 0.867 0.004 0.002 0.003 0.010 0.009 0.054 8 M 0.119 0.804 0.004 0.002 0.004 0.005 0.015 0.048 9 I 0.056 0.832 0.016 0.006 0.008 0.007 0.018 0.058 10 N 0.126 0.598 0.023 0.011 0.011 0.016 0.053 0.162 11 G 0.321 0.206 0.052 0.009 0.009 0.011 0.149 0.242 12 I 0.246 0.123 0.108 0.026 0.034 0.069 0.034 0.359 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 14 E 0.005 0.007 0.017 0.015 0.034 0.104 0.004 0.814 15 D 0.393 0.008 0.016 0.005 0.005 0.049 0.020 0.504 16 F 0.588 0.020 0.074 0.028 0.019 0.050 0.012 0.210 17 L 0.088 0.017 0.128 0.055 0.069 0.137 0.007 0.499 18 V 0.026 0.018 0.134 0.078 0.187 0.058 0.003 0.495 19 D 0.007 0.020 0.050 0.067 0.127 0.087 0.002 0.640 20 E 0.054 0.033 0.054 0.043 0.088 0.170 0.014 0.545 21 L 0.225 0.091 0.170 0.063 0.066 0.061 0.029 0.295 22 V 0.049 0.079 0.322 0.135 0.103 0.067 0.020 0.225 23 C 0.018 0.045 0.196 0.087 0.124 0.047 0.012 0.471 24 G 0.031 0.037 0.297 0.094 0.163 0.063 0.020 0.296 25 T 0.025 0.016 0.155 0.057 0.065 0.112 0.014 0.556 26 T 0.015 0.007 0.141 0.047 0.064 0.111 0.011 0.604 27 H 0.045 0.009 0.127 0.093 0.144 0.162 0.007 0.412 28 S 0.028 0.011 0.146 0.262 0.217 0.084 0.006 0.248 29 V 0.013 0.009 0.114 0.189 0.246 0.045 0.003 0.381 30 I 0.013 0.010 0.142 0.310 0.374 0.033 0.003 0.116 31 R 0.018 0.014 0.093 0.292 0.348 0.060 0.005 0.170 32 S 0.020 0.014 0.064 0.119 0.290 0.065 0.011 0.417 33 G 0.051 0.009 0.039 0.040 0.072 0.093 0.027 0.668 34 N 0.160 0.005 0.023 0.023 0.021 0.252 0.044 0.471 35 G 0.153 0.006 0.059 0.036 0.036 0.186 0.038 0.486 36 V 0.114 0.007 0.112 0.095 0.177 0.177 0.008 0.310 37 G 0.029 0.006 0.106 0.159 0.283 0.112 0.007 0.298 38 L 0.046 0.008 0.100 0.100 0.281 0.075 0.007 0.382 39 G 0.029 0.006 0.102 0.243 0.289 0.064 0.004 0.262 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 41 N 0.014 0.004 0.052 0.110 0.306 0.105 0.007 0.401 42 R 0.114 0.005 0.045 0.049 0.061 0.083 0.007 0.636 43 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.001 0.981 44 F 0.039 0.005 0.022 0.023 0.066 0.199 0.004 0.641 45 E 0.110 0.016 0.017 0.012 0.018 0.139 0.010 0.679 46 T 0.185 0.034 0.024 0.017 0.027 0.121 0.017 0.576 47 R 0.196 0.038 0.027 0.018 0.026 0.112 0.017 0.566 48 M 0.128 0.038 0.061 0.042 0.064 0.094 0.010 0.563 49 P 0.002 0.003 0.005 0.004 0.007 0.008 0.001 0.971 50 M 0.015 0.024 0.024 0.033 0.081 0.083 0.004 0.736 51 L 0.122 0.066 0.037 0.026 0.050 0.160 0.012 0.528 52 T 0.122 0.126 0.033 0.030 0.064 0.105 0.010 0.510 53 Q 0.149 0.153 0.035 0.031 0.044 0.102 0.016 0.470 54 N 0.286 0.164 0.032 0.017 0.024 0.160 0.031 0.287 55 L 0.344 0.224 0.037 0.021 0.031 0.064 0.030 0.249 56 L 0.149 0.272 0.047 0.028 0.037 0.092 0.030 0.345 57 G 0.200 0.119 0.042 0.021 0.029 0.072 0.065 0.452 58 L 0.159 0.112 0.067 0.019 0.026 0.089 0.008 0.519 59 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.987 60 L 0.035 0.130 0.021 0.017 0.060 0.131 0.005 0.600 61 R 0.030 0.551 0.020 0.011 0.012 0.042 0.004 0.329 62 V 0.034 0.617 0.007 0.006 0.012 0.061 0.005 0.257 63 A 0.010 0.950 0.004 0.003 0.004 0.003 0.001 0.026 64 A 0.003 0.970 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 65 G 0.027 0.902 0.004 0.004 0.005 0.005 0.011 0.042 66 C 0.118 0.800 0.007 0.003 0.003 0.004 0.020 0.044 67 V 0.083 0.817 0.013 0.004 0.007 0.005 0.016 0.055 68 K 0.067 0.635 0.025 0.009 0.012 0.029 0.029 0.194 69 S 0.144 0.412 0.028 0.007 0.008 0.038 0.046 0.317 70 W 0.232 0.247 0.053 0.005 0.006 0.032 0.044 0.381 71 N 0.076 0.158 0.037 0.006 0.006 0.181 0.020 0.516 72 Y 0.034 0.147 0.028 0.005 0.008 0.144 0.007 0.627 73 V 0.039 0.384 0.015 0.005 0.017 0.214 0.004 0.322 74 E 0.016 0.716 0.007 0.002 0.005 0.104 0.002 0.147 75 A 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.035 76 S 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 77 I 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 78 G 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 79 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 80 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 I 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 N 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.026 0.947 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.008 86 Y 0.094 0.870 0.004 0.002 0.001 0.002 0.013 0.014 87 N 0.085 0.772 0.012 0.003 0.002 0.005 0.059 0.062 88 N 0.282 0.280 0.039 0.007 0.006 0.019 0.075 0.293 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 90 Q 0.007 0.024 0.012 0.012 0.024 0.381 0.005 0.536 91 V 0.181 0.093 0.019 0.009 0.012 0.194 0.010 0.482 92 A 0.067 0.601 0.023 0.017 0.026 0.044 0.004 0.219 93 R 0.059 0.489 0.030 0.022 0.034 0.064 0.013 0.289 94 E 0.125 0.367 0.026 0.016 0.018 0.058 0.034 0.355 95 H 0.341 0.260 0.026 0.025 0.025 0.047 0.069 0.207 96 G 0.469 0.096 0.054 0.049 0.040 0.037 0.063 0.192 97 V 0.057 0.043 0.367 0.081 0.084 0.060 0.017 0.290 98 I 0.024 0.024 0.141 0.088 0.140 0.069 0.006 0.508 99 F 0.035 0.030 0.192 0.085 0.138 0.086 0.006 0.428 100 S 0.022 0.025 0.074 0.042 0.082 0.205 0.006 0.544 101 D 0.047 0.016 0.026 0.010 0.024 0.099 0.007 0.772 102 A 0.087 0.011 0.010 0.004 0.011 0.555 0.009 0.313 103 K 0.110 0.028 0.009 0.005 0.006 0.491 0.014 0.336 104 R 0.126 0.099 0.009 0.005 0.009 0.273 0.011 0.469 105 V 0.107 0.263 0.031 0.011 0.034 0.095 0.007 0.451 106 E 0.029 0.212 0.020 0.010 0.030 0.140 0.007 0.553 107 D 0.067 0.405 0.009 0.009 0.023 0.106 0.011 0.369 108 R 0.207 0.527 0.010 0.006 0.013 0.041 0.020 0.177 109 M 0.164 0.561 0.023 0.009 0.012 0.046 0.023 0.162 110 N 0.136 0.331 0.032 0.009 0.013 0.097 0.057 0.326 111 D 0.245 0.229 0.028 0.011 0.012 0.066 0.023 0.385 112 P 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.980 113 F 0.028 0.093 0.034 0.019 0.046 0.410 0.009 0.361 114 I 0.123 0.377 0.032 0.018 0.026 0.206 0.012 0.206 115 M 0.048 0.756 0.012 0.012 0.019 0.021 0.004 0.127 116 S 0.084 0.647 0.023 0.022 0.036 0.044 0.011 0.134 117 Q 0.106 0.583 0.022 0.025 0.041 0.027 0.015 0.179 118 N 0.090 0.479 0.011 0.024 0.042 0.030 0.026 0.298 119 E 0.175 0.348 0.018 0.023 0.039 0.049 0.041 0.306 120 V 0.119 0.471 0.020 0.030 0.031 0.064 0.034 0.230 121 K 0.073 0.164 0.040 0.049 0.044 0.089 0.058 0.483 122 G 0.177 0.074 0.060 0.043 0.037 0.071 0.085 0.453 123 K 0.305 0.014 0.168 0.044 0.037 0.111 0.034 0.287 124 K 0.016 0.003 0.313 0.090 0.068 0.068 0.005 0.436 125 V 0.009 0.001 0.467 0.098 0.180 0.036 0.003 0.204 126 G 0.001 0.001 0.897 0.049 0.034 0.003 0.001 0.015 127 V 0.001 0.001 0.813 0.063 0.056 0.007 0.001 0.059 128 V 0.001 0.001 0.840 0.027 0.061 0.007 0.001 0.064 129 G 0.001 0.001 0.694 0.040 0.083 0.043 0.001 0.138 130 H 0.006 0.002 0.191 0.017 0.046 0.132 0.005 0.602 131 F 0.031 0.002 0.148 0.023 0.052 0.152 0.004 0.587 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 133 H 0.011 0.009 0.011 0.014 0.035 0.176 0.003 0.742 134 L 0.174 0.107 0.031 0.012 0.041 0.049 0.009 0.578 135 E 0.065 0.248 0.011 0.009 0.030 0.109 0.007 0.520 136 S 0.159 0.335 0.005 0.004 0.008 0.100 0.010 0.380 137 L 0.182 0.674 0.003 0.002 0.003 0.011 0.013 0.112 138 L 0.112 0.723 0.013 0.005 0.008 0.010 0.034 0.095 139 E 0.129 0.479 0.027 0.017 0.022 0.028 0.028 0.271 140 P 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.972 141 I 0.125 0.269 0.026 0.030 0.058 0.076 0.032 0.383 142 C 0.172 0.188 0.145 0.056 0.032 0.053 0.050 0.302 143 D 0.076 0.056 0.152 0.050 0.047 0.070 0.029 0.521 144 L 0.092 0.017 0.282 0.043 0.061 0.057 0.009 0.440 145 S 0.021 0.017 0.493 0.231 0.111 0.033 0.007 0.088 146 I 0.005 0.004 0.221 0.039 0.066 0.034 0.003 0.627 147 L 0.006 0.004 0.693 0.097 0.122 0.024 0.002 0.053 148 E 0.014 0.010 0.272 0.132 0.182 0.140 0.004 0.247 149 W 0.036 0.009 0.214 0.043 0.169 0.067 0.016 0.445 150 S 0.059 0.007 0.112 0.062 0.087 0.205 0.008 0.460 151 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 152 E 0.006 0.001 0.007 0.008 0.036 0.755 0.003 0.185 153 E 0.545 0.002 0.006 0.003 0.005 0.091 0.012 0.334 154 G 0.185 0.050 0.039 0.024 0.022 0.084 0.008 0.588 155 D 0.075 0.011 0.036 0.011 0.021 0.100 0.011 0.735 156 Y 0.127 0.015 0.075 0.048 0.073 0.083 0.009 0.571 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 158 L 0.029 0.006 0.027 0.028 0.098 0.111 0.003 0.698 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 160 A 0.032 0.016 0.006 0.009 0.028 0.119 0.003 0.787 161 S 0.354 0.051 0.011 0.008 0.018 0.097 0.010 0.450 162 E 0.238 0.162 0.019 0.013 0.022 0.071 0.013 0.462 163 F 0.250 0.181 0.016 0.014 0.019 0.084 0.020 0.416 164 I 0.215 0.273 0.035 0.018 0.033 0.079 0.042 0.304 165 L 0.110 0.360 0.031 0.040 0.071 0.035 0.013 0.341 166 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 167 E 0.051 0.048 0.018 0.046 0.068 0.156 0.025 0.587 168 C 0.489 0.059 0.063 0.042 0.044 0.057 0.035 0.212 169 D 0.092 0.041 0.219 0.269 0.152 0.077 0.023 0.127 170 Y 0.040 0.008 0.229 0.060 0.100 0.073 0.006 0.483 171 V 0.003 0.002 0.765 0.138 0.070 0.006 0.002 0.013 172 Y 0.002 0.004 0.580 0.124 0.107 0.013 0.002 0.167 173 I 0.001 0.001 0.879 0.039 0.059 0.003 0.001 0.018 174 T 0.001 0.002 0.600 0.090 0.092 0.044 0.001 0.169 175 C 0.002 0.006 0.401 0.090 0.226 0.061 0.002 0.213 176 A 0.009 0.011 0.221 0.073 0.186 0.184 0.003 0.314 177 S 0.048 0.017 0.107 0.069 0.103 0.220 0.014 0.423 178 V 0.094 0.098 0.135 0.118 0.124 0.078 0.010 0.343 179 V 0.027 0.335 0.111 0.103 0.121 0.070 0.012 0.222 180 D 0.054 0.376 0.054 0.051 0.109 0.050 0.022 0.284 181 K 0.158 0.243 0.040 0.023 0.035 0.073 0.037 0.390 182 T 0.145 0.044 0.008 0.003 0.004 0.582 0.028 0.186 183 L 0.269 0.244 0.030 0.006 0.012 0.112 0.023 0.304 184 P 0.004 0.113 0.006 0.001 0.003 0.032 0.001 0.839 185 R 0.011 0.199 0.005 0.002 0.006 0.233 0.004 0.539 186 L 0.022 0.871 0.002 0.001 0.003 0.014 0.002 0.084 187 L 0.006 0.963 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.022 188 E 0.021 0.933 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.033 189 L 0.069 0.891 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.022 190 S 0.092 0.851 0.004 0.002 0.003 0.002 0.015 0.032 191 R 0.095 0.653 0.023 0.007 0.012 0.016 0.033 0.162 192 N 0.112 0.475 0.035 0.011 0.011 0.038 0.055 0.262 193 A 0.353 0.178 0.070 0.010 0.012 0.055 0.113 0.210 194 R 0.193 0.100 0.181 0.033 0.017 0.112 0.071 0.293 195 R 0.022 0.009 0.632 0.045 0.033 0.063 0.012 0.185 196 I 0.017 0.004 0.693 0.064 0.077 0.041 0.004 0.100 197 T 0.001 0.001 0.939 0.029 0.022 0.002 0.001 0.007 198 L 0.001 0.001 0.917 0.033 0.033 0.003 0.001 0.014 199 V 0.001 0.001 0.931 0.015 0.025 0.002 0.001 0.026 200 G 0.001 0.001 0.844 0.035 0.048 0.019 0.001 0.053 201 P 0.001 0.001 0.019 0.001 0.003 0.007 0.001 0.970 202 G 0.004 0.001 0.118 0.014 0.057 0.156 0.004 0.647 203 T 0.151 0.002 0.032 0.011 0.019 0.116 0.005 0.664 204 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.983 205 L 0.066 0.010 0.019 0.020 0.042 0.153 0.009 0.680 206 A 0.240 0.040 0.046 0.032 0.047 0.080 0.010 0.505 207 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 208 V 0.021 0.067 0.017 0.028 0.064 0.135 0.004 0.663 209 L 0.163 0.386 0.027 0.019 0.036 0.057 0.012 0.300 210 F 0.079 0.650 0.012 0.014 0.031 0.023 0.010 0.181 211 E 0.116 0.647 0.020 0.010 0.014 0.024 0.015 0.154 212 H 0.239 0.494 0.022 0.015 0.009 0.023 0.055 0.143 213 G 0.691 0.050 0.010 0.005 0.004 0.017 0.100 0.123 214 L 0.092 0.091 0.526 0.033 0.034 0.045 0.017 0.163 215 Q 0.014 0.108 0.184 0.110 0.112 0.098 0.011 0.363 216 E 0.042 0.055 0.091 0.028 0.078 0.113 0.012 0.580 217 L 0.047 0.150 0.412 0.087 0.094 0.070 0.013 0.126 218 S 0.031 0.129 0.371 0.113 0.089 0.067 0.018 0.182 219 G 0.052 0.066 0.160 0.072 0.110 0.049 0.036 0.455 220 F 0.115 0.025 0.278 0.132 0.174 0.074 0.017 0.185 221 M 0.035 0.017 0.083 0.130 0.146 0.079 0.007 0.504 222 V 0.014 0.009 0.117 0.107 0.190 0.049 0.005 0.509 223 K 0.016 0.020 0.097 0.173 0.141 0.106 0.004 0.443 224 D 0.020 0.026 0.033 0.054 0.098 0.093 0.005 0.672 225 N 0.015 0.015 0.011 0.010 0.043 0.053 0.003 0.849 226 A 0.023 0.018 0.004 0.003 0.009 0.410 0.005 0.528 227 R 0.059 0.055 0.001 0.002 0.003 0.550 0.010 0.319 228 A 0.057 0.767 0.003 0.004 0.005 0.048 0.004 0.111 229 F 0.010 0.911 0.006 0.007 0.012 0.012 0.002 0.040 230 R 0.013 0.895 0.008 0.022 0.022 0.005 0.003 0.033 231 I 0.012 0.854 0.013 0.019 0.036 0.004 0.005 0.057 232 V 0.016 0.856 0.012 0.030 0.053 0.004 0.006 0.022 233 A 0.019 0.833 0.020 0.035 0.034 0.007 0.011 0.041 234 G 0.096 0.570 0.026 0.032 0.041 0.018 0.058 0.159 235 A 0.257 0.260 0.072 0.023 0.028 0.029 0.075 0.255 236 E 0.108 0.098 0.042 0.026 0.022 0.087 0.053 0.564 237 K 0.075 0.040 0.041 0.019 0.025 0.077 0.030 0.693 238 V 0.172 0.052 0.085 0.046 0.067 0.115 0.015 0.448 239 K 0.042 0.066 0.083 0.090 0.093 0.117 0.009 0.500 240 I 0.029 0.073 0.059 0.062 0.129 0.068 0.006 0.572 241 Y 0.055 0.145 0.090 0.144 0.238 0.084 0.011 0.233 242 S 0.068 0.117 0.026 0.093 0.100 0.124 0.024 0.448 243 A 0.155 0.086 0.042 0.063 0.092 0.081 0.029 0.451 244 G 0.200 0.077 0.035 0.087 0.102 0.147 0.041 0.311 245 Q 0.180 0.041 0.086 0.160 0.167 0.130 0.031 0.205 246 K 0.023 0.032 0.069 0.166 0.190 0.063 0.006 0.450 247 V 0.022 0.019 0.092 0.244 0.437 0.045 0.004 0.138 248 T 0.012 0.026 0.107 0.389 0.366 0.023 0.003 0.075 249 I 0.010 0.024 0.137 0.291 0.376 0.018 0.004 0.140 250 K 0.010 0.022 0.129 0.284 0.400 0.033 0.003 0.120 251 K 0.013 0.029 0.057 0.157 0.287 0.057 0.007 0.393