# TARGET T0321 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.587 0.206 0.100 0.065 0.032 0.010 0.001 2 W 0.418 0.287 0.190 0.078 0.022 0.005 0.001 3 E 0.386 0.414 0.147 0.043 0.009 0.001 0.001 4 I 0.036 0.063 0.126 0.307 0.341 0.123 0.005 5 Y 0.024 0.096 0.238 0.328 0.222 0.087 0.005 6 D 0.221 0.444 0.241 0.075 0.016 0.003 0.001 7 A 0.106 0.257 0.350 0.217 0.060 0.010 0.001 8 M 0.035 0.054 0.085 0.218 0.378 0.221 0.010 9 I 0.046 0.134 0.242 0.312 0.211 0.053 0.002 10 N 0.351 0.438 0.150 0.050 0.009 0.002 0.001 11 G 0.104 0.246 0.322 0.237 0.074 0.016 0.001 12 I 0.051 0.100 0.186 0.325 0.259 0.076 0.003 13 P 0.310 0.341 0.213 0.102 0.029 0.005 0.001 14 E 0.661 0.244 0.066 0.023 0.005 0.001 0.001 15 D 0.407 0.392 0.144 0.046 0.009 0.002 0.001 16 F 0.040 0.109 0.222 0.330 0.227 0.069 0.003 17 L 0.101 0.233 0.250 0.231 0.139 0.042 0.003 18 V 0.022 0.050 0.112 0.262 0.350 0.186 0.019 19 D 0.232 0.348 0.231 0.125 0.045 0.015 0.004 20 E 0.052 0.140 0.219 0.249 0.198 0.119 0.022 21 L 0.014 0.021 0.042 0.116 0.264 0.419 0.125 22 V 0.015 0.037 0.073 0.145 0.235 0.344 0.151 23 C 0.011 0.019 0.030 0.066 0.141 0.354 0.378 24 G 0.009 0.021 0.035 0.079 0.163 0.348 0.346 25 T 0.005 0.015 0.035 0.080 0.158 0.308 0.398 26 T 0.004 0.014 0.034 0.081 0.161 0.343 0.363 27 H 0.002 0.006 0.018 0.055 0.148 0.397 0.373 28 S 0.004 0.009 0.019 0.043 0.112 0.381 0.431 29 V 0.004 0.009 0.015 0.037 0.113 0.411 0.411 30 I 0.007 0.016 0.032 0.100 0.262 0.412 0.171 31 R 0.018 0.087 0.175 0.300 0.279 0.124 0.018 32 S 0.115 0.266 0.235 0.210 0.119 0.045 0.011 33 G 0.216 0.353 0.228 0.131 0.051 0.016 0.004 34 N 0.094 0.240 0.262 0.223 0.122 0.052 0.007 35 G 0.014 0.036 0.090 0.215 0.340 0.269 0.036 36 V 0.003 0.007 0.018 0.051 0.168 0.501 0.252 37 G 0.006 0.015 0.024 0.040 0.098 0.374 0.443 38 L 0.006 0.013 0.030 0.067 0.136 0.305 0.443 39 G 0.004 0.007 0.013 0.038 0.123 0.368 0.447 40 P 0.012 0.023 0.044 0.105 0.214 0.383 0.220 41 N 0.031 0.082 0.137 0.230 0.256 0.215 0.048 42 R 0.070 0.176 0.244 0.256 0.169 0.070 0.015 43 P 0.265 0.285 0.191 0.141 0.073 0.034 0.011 44 F 0.187 0.214 0.191 0.187 0.128 0.075 0.017 45 E 0.296 0.232 0.166 0.144 0.093 0.055 0.015 46 T 0.201 0.221 0.204 0.178 0.119 0.064 0.014 47 R 0.163 0.207 0.207 0.196 0.136 0.076 0.014 48 M 0.071 0.098 0.133 0.211 0.240 0.200 0.047 49 P 0.162 0.190 0.188 0.190 0.141 0.099 0.029 50 M 0.239 0.255 0.191 0.147 0.091 0.059 0.017 51 L 0.128 0.129 0.161 0.225 0.205 0.130 0.022 52 T 0.130 0.171 0.193 0.218 0.173 0.098 0.017 53 Q 0.329 0.313 0.178 0.109 0.048 0.019 0.004 54 N 0.178 0.330 0.253 0.156 0.060 0.019 0.003 55 L 0.040 0.070 0.133 0.259 0.301 0.177 0.020 56 L 0.076 0.227 0.280 0.236 0.124 0.052 0.006 57 G 0.125 0.302 0.254 0.189 0.092 0.034 0.004 58 L 0.046 0.197 0.259 0.259 0.173 0.062 0.005 59 P 0.010 0.107 0.250 0.336 0.221 0.069 0.006 60 L 0.001 0.003 0.010 0.074 0.340 0.480 0.093 61 R 0.005 0.091 0.309 0.389 0.166 0.038 0.002 62 V 0.006 0.067 0.226 0.335 0.248 0.107 0.010 63 A 0.005 0.008 0.012 0.037 0.161 0.565 0.212 64 A 0.006 0.013 0.040 0.137 0.312 0.425 0.068 65 G 0.056 0.222 0.269 0.221 0.136 0.080 0.015 66 C 0.029 0.064 0.106 0.230 0.303 0.230 0.038 67 V 0.011 0.032 0.073 0.183 0.297 0.334 0.071 68 K 0.063 0.174 0.244 0.237 0.170 0.091 0.021 69 S 0.254 0.290 0.184 0.127 0.079 0.050 0.017 70 W 0.121 0.196 0.244 0.225 0.138 0.064 0.010 71 N 0.170 0.250 0.207 0.167 0.119 0.069 0.017 72 Y 0.078 0.108 0.122 0.179 0.211 0.220 0.083 73 V 0.032 0.055 0.084 0.169 0.260 0.300 0.101 74 E 0.037 0.084 0.112 0.168 0.248 0.240 0.111 75 A 0.016 0.029 0.052 0.119 0.217 0.312 0.254 76 S 0.006 0.012 0.028 0.062 0.135 0.305 0.452 77 I 0.005 0.012 0.020 0.039 0.077 0.247 0.599 78 G 0.003 0.008 0.018 0.051 0.096 0.224 0.599 79 L 0.001 0.003 0.008 0.020 0.075 0.276 0.617 80 A 0.001 0.001 0.003 0.017 0.073 0.250 0.656 81 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 0.156 0.818 82 I 0.001 0.001 0.003 0.011 0.032 0.197 0.755 83 N 0.001 0.002 0.007 0.033 0.114 0.325 0.518 84 A 0.001 0.002 0.006 0.022 0.094 0.383 0.492 85 Y 0.001 0.003 0.008 0.029 0.107 0.440 0.412 86 Y 0.003 0.014 0.035 0.098 0.232 0.435 0.183 87 N 0.014 0.056 0.122 0.264 0.332 0.179 0.034 88 N 0.034 0.117 0.221 0.290 0.222 0.103 0.013 89 P 0.150 0.210 0.235 0.209 0.129 0.057 0.010 90 Q 0.386 0.309 0.149 0.089 0.043 0.019 0.004 91 V 0.178 0.214 0.232 0.212 0.119 0.041 0.004 92 A 0.194 0.199 0.206 0.214 0.139 0.045 0.003 93 R 0.557 0.260 0.110 0.049 0.017 0.005 0.001 94 E 0.659 0.211 0.078 0.036 0.013 0.004 0.001 95 H 0.284 0.279 0.214 0.146 0.060 0.015 0.001 96 G 0.139 0.235 0.249 0.215 0.115 0.042 0.004 97 V 0.061 0.071 0.124 0.237 0.298 0.184 0.024 98 I 0.075 0.144 0.194 0.244 0.211 0.121 0.012 99 F 0.096 0.149 0.221 0.271 0.184 0.073 0.006 100 S 0.386 0.287 0.165 0.102 0.044 0.013 0.002 101 D 0.423 0.324 0.152 0.071 0.023 0.006 0.001 102 A 0.195 0.209 0.228 0.223 0.110 0.033 0.002 103 K 0.469 0.308 0.135 0.061 0.021 0.005 0.001 104 R 0.355 0.311 0.190 0.102 0.034 0.008 0.001 105 V 0.083 0.132 0.219 0.307 0.197 0.059 0.003 106 E 0.317 0.316 0.187 0.110 0.049 0.018 0.003 107 D 0.283 0.305 0.214 0.132 0.049 0.015 0.002 108 R 0.066 0.117 0.176 0.273 0.245 0.114 0.009 109 M 0.080 0.113 0.145 0.223 0.238 0.169 0.031 110 N 0.175 0.231 0.201 0.179 0.116 0.076 0.022 111 D 0.094 0.183 0.234 0.227 0.154 0.088 0.020 112 P 0.069 0.085 0.112 0.178 0.236 0.243 0.078 113 F 0.050 0.078 0.110 0.158 0.212 0.280 0.112 114 I 0.098 0.135 0.168 0.188 0.174 0.169 0.068 115 M 0.078 0.088 0.101 0.150 0.203 0.261 0.118 116 S 0.080 0.077 0.100 0.168 0.249 0.253 0.072 117 Q 0.073 0.173 0.237 0.245 0.169 0.087 0.017 118 N 0.187 0.289 0.208 0.160 0.091 0.048 0.017 119 E 0.114 0.254 0.230 0.225 0.121 0.050 0.006 120 V 0.038 0.131 0.235 0.314 0.208 0.071 0.003 121 K 0.344 0.327 0.173 0.108 0.041 0.007 0.001 122 G 0.301 0.477 0.161 0.050 0.009 0.001 0.001 123 K 0.013 0.200 0.361 0.314 0.097 0.015 0.001 124 K 0.001 0.006 0.052 0.280 0.489 0.165 0.008 125 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 0.638 0.288 126 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.291 0.693 127 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.124 0.869 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.112 0.883 129 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.276 0.686 130 H 0.001 0.001 0.006 0.038 0.172 0.529 0.254 131 F 0.001 0.014 0.068 0.211 0.386 0.287 0.033 132 P 0.022 0.190 0.294 0.257 0.157 0.071 0.009 133 H 0.012 0.079 0.190 0.282 0.271 0.148 0.019 134 L 0.007 0.014 0.036 0.148 0.393 0.367 0.034 135 E 0.098 0.353 0.336 0.161 0.044 0.007 0.001 136 S 0.151 0.451 0.278 0.096 0.020 0.004 0.001 137 L 0.017 0.047 0.096 0.272 0.379 0.183 0.006 138 L 0.016 0.071 0.195 0.388 0.267 0.062 0.002 139 E 0.430 0.419 0.116 0.029 0.005 0.001 0.001 140 P 0.243 0.382 0.238 0.109 0.024 0.004 0.001 141 I 0.040 0.152 0.243 0.271 0.206 0.085 0.004 142 C 0.009 0.045 0.126 0.294 0.345 0.170 0.011 143 D 0.034 0.184 0.330 0.299 0.118 0.029 0.005 144 L 0.001 0.003 0.013 0.062 0.253 0.568 0.100 145 S 0.002 0.012 0.044 0.133 0.284 0.436 0.088 146 I 0.001 0.005 0.016 0.052 0.169 0.500 0.257 147 L 0.002 0.009 0.021 0.066 0.204 0.481 0.217 148 E 0.005 0.035 0.094 0.199 0.295 0.301 0.071 149 W 0.013 0.071 0.203 0.334 0.273 0.095 0.010 150 S 0.143 0.337 0.250 0.176 0.074 0.018 0.002 151 P 0.382 0.284 0.173 0.108 0.041 0.010 0.001 152 E 0.656 0.232 0.075 0.028 0.007 0.001 0.001 153 E 0.502 0.289 0.145 0.053 0.010 0.001 0.001 154 G 0.297 0.252 0.220 0.159 0.061 0.012 0.001 155 D 0.321 0.301 0.186 0.119 0.056 0.016 0.001 156 Y 0.103 0.130 0.212 0.282 0.199 0.068 0.005 157 P 0.250 0.317 0.215 0.136 0.060 0.020 0.002 158 L 0.179 0.220 0.246 0.214 0.104 0.033 0.003 159 P 0.342 0.349 0.171 0.085 0.038 0.014 0.002 160 A 0.072 0.198 0.259 0.255 0.150 0.059 0.006 161 S 0.018 0.043 0.094 0.235 0.348 0.233 0.029 162 E 0.068 0.290 0.312 0.206 0.091 0.029 0.004 163 F 0.030 0.158 0.300 0.300 0.152 0.055 0.006 164 I 0.004 0.012 0.025 0.100 0.330 0.458 0.072 165 L 0.004 0.030 0.116 0.296 0.364 0.178 0.012 166 P 0.095 0.391 0.277 0.149 0.059 0.024 0.004 167 E 0.022 0.135 0.290 0.338 0.165 0.046 0.006 168 C 0.001 0.005 0.018 0.089 0.345 0.472 0.070 169 D 0.003 0.035 0.120 0.296 0.348 0.171 0.027 170 Y 0.001 0.007 0.024 0.063 0.163 0.441 0.300 171 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.050 0.274 0.659 172 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.183 0.777 173 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.106 0.874 174 T 0.001 0.001 0.003 0.008 0.029 0.182 0.778 175 C 0.001 0.001 0.003 0.014 0.055 0.254 0.674 176 A 0.001 0.004 0.011 0.036 0.118 0.393 0.436 177 S 0.005 0.015 0.031 0.073 0.141 0.414 0.321 178 V 0.004 0.008 0.020 0.066 0.206 0.463 0.233 179 V 0.005 0.017 0.034 0.089 0.220 0.449 0.185 180 D 0.011 0.050 0.124 0.266 0.334 0.189 0.026 181 K 0.021 0.216 0.345 0.262 0.118 0.033 0.006 182 T 0.003 0.017 0.048 0.159 0.328 0.377 0.068 183 L 0.002 0.010 0.024 0.088 0.296 0.500 0.079 184 P 0.020 0.149 0.347 0.317 0.131 0.033 0.002 185 R 0.007 0.097 0.339 0.357 0.161 0.037 0.002 186 L 0.001 0.002 0.005 0.031 0.214 0.610 0.137 187 L 0.004 0.027 0.110 0.294 0.365 0.190 0.009 188 E 0.069 0.391 0.326 0.154 0.045 0.013 0.001 189 L 0.009 0.056 0.196 0.378 0.270 0.085 0.006 190 S 0.004 0.015 0.047 0.202 0.413 0.296 0.022 191 R 0.131 0.393 0.288 0.134 0.044 0.009 0.001 192 N 0.378 0.400 0.150 0.056 0.013 0.002 0.001 193 A 0.044 0.208 0.290 0.267 0.137 0.049 0.005 194 R 0.018 0.121 0.232 0.331 0.223 0.068 0.006 195 R 0.005 0.032 0.102 0.266 0.366 0.193 0.036 196 I 0.001 0.002 0.007 0.027 0.125 0.511 0.327 197 T 0.001 0.001 0.002 0.008 0.042 0.310 0.637 198 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.127 0.857 199 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.124 0.857 200 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.155 0.816 201 P 0.001 0.001 0.003 0.010 0.039 0.220 0.726 202 G 0.001 0.003 0.008 0.027 0.077 0.272 0.611 203 T 0.004 0.011 0.024 0.057 0.135 0.328 0.443 204 P 0.005 0.019 0.035 0.073 0.138 0.322 0.407 205 L 0.004 0.007 0.016 0.048 0.134 0.365 0.426 206 A 0.008 0.019 0.032 0.062 0.140 0.370 0.369 207 P 0.024 0.066 0.100 0.170 0.229 0.269 0.141 208 V 0.017 0.070 0.154 0.232 0.238 0.204 0.084 209 L 0.013 0.017 0.027 0.080 0.225 0.424 0.213 210 F 0.045 0.116 0.167 0.236 0.223 0.171 0.042 211 E 0.162 0.278 0.225 0.171 0.098 0.052 0.014 212 H 0.067 0.159 0.213 0.257 0.196 0.093 0.015 213 G 0.090 0.171 0.203 0.229 0.170 0.108 0.029 214 L 0.027 0.032 0.044 0.107 0.259 0.399 0.133 215 Q 0.046 0.119 0.186 0.243 0.202 0.150 0.054 216 E 0.029 0.050 0.095 0.148 0.192 0.290 0.196 217 L 0.008 0.013 0.021 0.045 0.108 0.361 0.445 218 S 0.007 0.017 0.039 0.083 0.159 0.342 0.352 219 G 0.019 0.044 0.062 0.103 0.168 0.323 0.280 220 F 0.012 0.020 0.032 0.079 0.190 0.392 0.275 221 M 0.017 0.065 0.143 0.237 0.251 0.241 0.046 222 V 0.013 0.033 0.062 0.162 0.327 0.335 0.068 223 K 0.064 0.207 0.254 0.246 0.153 0.067 0.010 224 D 0.061 0.183 0.242 0.265 0.172 0.068 0.009 225 N 0.087 0.209 0.268 0.249 0.134 0.047 0.006 226 A 0.239 0.336 0.231 0.125 0.052 0.015 0.001 227 R 0.111 0.251 0.296 0.221 0.098 0.022 0.002 228 A 0.016 0.025 0.038 0.121 0.334 0.418 0.050 229 F 0.012 0.038 0.099 0.232 0.339 0.251 0.030 230 R 0.069 0.244 0.284 0.224 0.112 0.058 0.008 231 I 0.016 0.037 0.109 0.249 0.309 0.236 0.044 232 V 0.015 0.017 0.026 0.068 0.190 0.462 0.223 233 A 0.054 0.127 0.199 0.229 0.205 0.153 0.033 234 G 0.116 0.193 0.203 0.229 0.162 0.081 0.015 235 A 0.139 0.176 0.181 0.220 0.173 0.091 0.020 236 E 0.203 0.270 0.242 0.174 0.075 0.032 0.005 237 K 0.276 0.276 0.180 0.142 0.086 0.035 0.006 238 V 0.114 0.172 0.198 0.243 0.178 0.086 0.009 239 K 0.149 0.252 0.261 0.202 0.095 0.035 0.005 240 I 0.066 0.080 0.107 0.200 0.274 0.236 0.037 241 Y 0.110 0.157 0.199 0.240 0.184 0.098 0.012 242 S 0.297 0.324 0.199 0.107 0.048 0.021 0.005 243 A 0.175 0.161 0.168 0.210 0.168 0.103 0.016 244 G 0.169 0.156 0.150 0.180 0.178 0.141 0.027 245 Q 0.228 0.232 0.200 0.177 0.104 0.051 0.008 246 K 0.154 0.259 0.241 0.184 0.104 0.050 0.007 247 V 0.135 0.107 0.132 0.208 0.220 0.171 0.028 248 T 0.149 0.258 0.264 0.193 0.092 0.041 0.004 249 I 0.144 0.099 0.142 0.259 0.243 0.104 0.008 250 K 0.489 0.288 0.135 0.065 0.018 0.004 0.001 251 K 0.661 0.234 0.073 0.025 0.006 0.001 0.001